Conformational heterogeneity observed in simulations of a pyrene-substituted DNA

Journal of the American Chemical Society

Volumn 124, Issue 41, 2002, Pages 12154-12164

  Cui, Guanglei ^a   Simmerling, Carlos ^a  

^a STONY BROOK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SUBSTITUTION REACTIONS;

CONFORMATIONAL CHANGES;

DNA;

ADENINE; DNA; PYRENE; THYMINE;

ARTICLE; BASE PAIRING; CALCULATION; CONFORMATION; CONFORMATIONAL TRANSITION; DNA STRUCTURE; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; SIMULATION;

EID: 0037120830     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja026825l     Document Type: Article

References (51)

1. Matray, T. J.; Kool, E. T. Nature 1999, 399, 704-708.
2. Smirnov, S.; Matray, T. J.; Kool, E. T.; De Los Santos, C. To be published.
3. Mackerell, A. D.; Wiorkiewiczkuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
4. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
5. Langley, D. R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 487-509.
6. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182-196.
7. Cheatham, T. E.; Young, M. A. Biopolymers 2000, 56, 232-256.
8. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434-444.
9. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. Structure 1997, 5, 1297-1311.
10. Cheatham, T. E.; Crowley, M. F.; Fox, T.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 9626-9630.
11. Jayaram, B.; Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10629-10633.
12. Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4658-4667.
13. Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 1998, 281, 675-687.
14. Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 1999, 285, 16231632.
15. Ayadi, L.; Jourdan, M.; Coulombeau, C.; Garcia, J.; Lavery, R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 17, 245-257.
16. Ayadi, L.; Coulombeau, C.: Lavery, R. J. Biomol. Struct. Dyn. 2000, 17, 645-653.
17. Barsky, D.; Foloppe, N.; Ahmadia, S.; Wilson, D. M.; MacKerell, A. D. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 2613-2626.
18. Cieplak, P.; Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6722-6730.
19. Cubero, E.; Sherer, E. C.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8653-8654.
20. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.: Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
21. Jeancharles, A.; Nicholls, A.; Sharp, K.; Honig, B.; Tempczyk, A.; Hendrickson, T. F.; Still, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1454-1455.
22. Simonson, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 243-252.
23. Jayaram, B.; Sprous, D.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9571-9576.
24. Williams, D. J.; Hall, K. B. J. Mol. Biol. 2000, 297, 251-265.
25. Srinivasan, J.; Trevathan, M. W.; Beroza, P.; Case, D. A. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 426-434.
26. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers 2000, 56, 275-291.
27. Tsui, V.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2489-2498.
28. Elber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9161-9175.
29. Yan, S. X.; Shapiro, R.; Geacintov, N. E.; Broyde, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7054-7066.
30. Case, D. A.; D. A. P., J. W.; Caldwell, T. E.; Cheatham, W. S., III; Ross, C. L. Simmerling, T. A.; Darden, K. M.; Merz, R. V.; Stanton, A. L.; Cheng, J. J.; Vincent, M.; Crowley, V.; Tsui, R. J.; Radmer, Y.; Duan, J.; Pitera, I.; Massova, G. L.; Seibel, U. C.; Singh, P. K.; Weiner; Kollman, P. A. AMBER 6; University of California: San Francisco, CA, 1999.
31. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
32. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357-1377.
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision 7.x; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
34. Constanciel, R.; Contreras, R. Theor. Chim. Acta 1984, 65, 1-11.
35. Schaefer, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1578-1599.
36. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441.
37. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016-1024.
38. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
39. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
40. Harvey, S. C.; Tan, R. K. Z.; Cheatham, T. E. J. Comput. Chem. 1998, 19, 726-740.
41. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409.
42. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S. H.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897.
43. Nicholls, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435-445.
44. Williams, D. J.; Hall, K. B. Biophys. J. 1999, 76, 3192-3205.
45. Elber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9161-9175.
46. Roitberg, A.; Elber, R. J. Chem. Phys. 1991, 95, 9277-9287.
47. Simmerling, C.; Elber, R. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2534-2547.
48. Simmerling, C.; Lee, M. R.; Ortiz, A. R.; Kolinski, A.; Skolnick, J.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8392-8402.
49. Simmerling, C.; Miller, J. L.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7149-7155.
50. Miller, J. L.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1997, 270, 436-450.
51. Schwartz, J. L.; Rice, J. S.; Luxon, B. A.; Sayer, J. M.; Xie, G.; Yeh, H. J. C.; Liu, X.; Jerina, D. M.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1997, 36, 11069-11076.