Use of laser capture microdissection-generated targets for hybridization of high-density oligonucleotide arrays

Methods in Enzymology

Volumn 356, Issue , 2002, Pages 323-333

  Ohyama, Hiroe ^a   Mahadevappa, Mamatha ^a   Luukkaa, Heikki ^a   Todd, Randy ^a   Warrington, Janet A ^a   Wong, David T W ^a  

^a HARVARD SCHOOL OF DENTAL MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CANCER RESEARCH; DNA HYBRIDIZATION; DNA MICROARRAY; GENE AMPLIFICATION; GENE EXPRESSION; HUMAN; HUMAN TISSUE; LASER CAPTURE MICRODISSECTION; LASER MICROSCOPY; MOUTH CANCER; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRIORITY JOURNAL; REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA DEGRADATION; RNA ISOLATION; TECHNIQUE;

EID: 0036403585     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(02)56946-9     Document Type: Article

References (31)

1. A. Glasow, A. Haidan, J. Gillespie, P. A. Kelly, G. P. Chrousos, and S. R. Bornstein, Endocr. Res. 24, 857 (1998).
2. J. Mora, M. Akram, N. K. Cheung, L. Chen, and W. L. Gerald, Med. Pediatr. Oncol. 35, 534 (2000).
3. D. C. Sgroi, S. Teng, G. Robinson, R. LeVangie, J. R. Hudson, Jr., and A. G. Elkahloun, Cancer Res. 59, 5656 (1999).
4. O. Kitahara, Y. Furukawa, T. Tanaka, C, Kihara, K. Ono, R. Yanagawa, M. E. Nita, T. Takagi, Y. Nakamura, and T. Tsunoda, Cancer Res. 61, 3544 (2001).
5. D. Dillon, K. Zheng, and J. Costa, Exp. Mol. Pathol. 70, 195 (2001).
6. S. Yegappan, B. Schnitzer, and E. D. Hsi, Mod. Pathol. 14, 191 (2001).
7. H. Ohyama, X. Zhang, Y. Kohno, I. Alevizos, M. Posner, D. T. Wong, and R. Todd, BioTechniques 29, 530 (2000).
8. I. Alevizos, M. Mahadevappa, H. Ohyama, X. Zhang, Y. Kohno, M. Posner, G. T, Gallagher, M. Varvares, D. Cohen, D. Kim, R. Kent, R. B. Donoff, R. Todd, J. A. Warrington, and D. T. W. Wong, Oncogene 20, 6196 (2001).
9. C. Leethanakul, V. Patel, J. Gillespie, M. Pallente, J. F. Ensley, S. Koontongkaew, L. A. Liotta, M. Emmert-Buck, and J. S. Gutkind, Oncogene 19, 3220 (2000).
10. C. Leethanakul, V. Patel, J. Gillespie, E. Shillitoe, R. M. Kellman, J. F. Ensley, V. Limwongse, M. R. Emmert-Buck, D. B. Krizman, and J. S. Gutkind, Oral Oncol. 36, 474 (2000).
11. M. C. Chang, Y. T. Chang, M. S. Wu, C. T. Shun, Y. W. Tien, and J. T. Lin, J. Formos. Med. Assoc. 100, 352 (2001).
12. J. Cui, L. R. Rohr, G. Swanson, V. O. Speights, T. Maxwell, and A. R. Brothman, Prostate 46, 249 (2001).
13. N. L. Simone, A. T. Remaley, L. Charboneau, E. F. Petricoin III, J. W. Glickman, M. R. Emmert-Buck, T. A. Fleisher, and L. A. Liotta, Am. J. Pathol. 156, 445 (2000).
14. D. K. Ornstein, C. Englert, J. W. Gillespie, C. P. Paweletz, W. M. Linehan, M. R. Emmert-Buck, and E. F. Petricoin III, Clin. Cancer Res. 6, 353 (2000).
15. D. K. Ornstein, J. W. Gillespie, C. P. Paweletz, P. H. Duray, J. Herring, C. D. Vocke, S. L. Topalian, D. G. Bostwick, W. M. Linehan, E. E Petricoin III, and M. R. Emmert-Buck, Electrophoresis 21, 2235 (2000).
16. J. W. Gillespie, A. Nasir, and H. E. Kaiser, In Vivo 14, 139 (2000).
17. D. J. Lockhart, H. Dong, M. C. Byrne, M. T. Follettie, M. V. Gallo, M. S. Chee, M. Mittmann, C. Wang, M. Kobayashi, H. Horton, and E. L. Brown, Nat. Biotechnol. 14, 1675 (1996).
18. L. Wodicka, H. Dong, M. Mittmann, M. H. Ho, and D. J. Lockhart, Nat. Biotechnol. 15, 1359 (1997).
19. A. de Saizieu, U. Certa, J. Warrington, C. Gray, W. Keck, and J. Mous, Nat. Biotechnol. 16, 45 (1998).
20. C. H. Redfern, M. Y. Degtyarev, A. T. Kwa, N. Salomonis, N. Cotte, T. Nanevicz, N. Fidelman, K. Desai, K. Vranizan, E. K. Lee, P. Coward, N. Shah, J. A. Warrington, G. I. Fishman, D. Bernstein, A. J. Baker, and B. R. Conklin, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 4826 (2000).
21. R. Todd and D. T. Wong, submitted (2001).
22. J. E. Kacharmina, P. B. Crino, and J. Eberwine, Methods Enzymol. 303, 3 (1999).
23. K. K. Wong, R. S. Cheng, and S. C. Mok, BioTechniques 30, 670 (2001).
24. L. Luo, R. C. Salunga, H. Guo, A. Bittner, K. C. Joy, J. E. Galindo, H. Xiao, K. E. Rogers, J. S. Wan, M. R. Jackson, and M. G. Erlander, Nat. Med. 5, 117 (1999).
25. J. A. Warrington, S. Dee, and M. Trulson, in "Microarray Biochip Technology" (M. Schena, ed.), p. 119. Eaton Publishing, MA, 2000.
26. M. Mahadevappa and J. A. Warrington, Nat. Biotechnot. 17, 1134 (1999).
27. N. Simone, R. Bonner, J. Gillespie, M. Emmert-Buck, and L. Liotta, Trends Genet. 14, 253 (1998).
28. E. Wang, L. D. Miller, G. A. Ohnmacht, E. T. Liu, and F. M. Marincola, Nat. Biotechnol. 18, 457 (2000).
29. P. G. Szekeres, A. I. Muir, L. D. Spinage, J. E. Miller, S. I. Butler, A. Smith, G. I. Rennie, P. R. Murdock, L. R. Fitzgerald, H. Wu, L. J. McMillan, S. Guerrera, L. Vawter, N. A. Elshourbagy, J. L. Mooney, D. J. Bergsma, S. Wilson, and J. K. Chambers, J. Biol, Chem. 275, 20247 (2000).
30. R. Fujii, M. Hosoya, S. Fukusumi, Y. Kawamata, Y. Habata, S. Hinuma, H. Onda, O. Nishimura, and M. Fujino, J. Biol. Chem. 275, 21068 (2000).
31. R. Raddatz, A. E. Wilson, R. Artymyshyn, J. A. Bonini, B. Borowsky, L. W. Boteju, S. Zhou, E. V. Kouranova, R. Nagorny, M. S. Guevarra, M. Dai, G. S. Lerman, P. J. Vaysse, T. A. Branchek, C. Gerald, C. Forray, and N. Adham, J. Biol. Chem. 275, 32452 (2000).