Strand selective cleavage of DNA by diastereomers of hairpin polyamide- seco-CBI conjugates

Journal of the American Chemical Society

Volumn 122, Issue 20, 2000, Pages 4856-4864

  Chang, Aileen Y ^a   Dervan, Peter B ^a  

^a California Institute of Technology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

POLYAMIDE;

ARTICLE; BASE PAIRING; BINDING SITE; DIASTEREOISOMER; DNA BINDING; DNA CLEAVAGE; DNA SEQUENCE; DNA STRAND; ENANTIOMER; GENETIC TRANSCRIPTION; LIGAND BINDING; RESTRICTION FRAGMENT; SYNTHESIS;

EID: 0034709420     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja994345x     Document Type: Article

References (36)

1. Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Nature 1996, 382, 559-561.
2. White, S.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8756-8765.
3. Swalley, S. E.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6953-6961.
4. Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1998, 37, 1421-1423.
5. Dervan, P. B.; Burli, R. W. Curr. Opin. Chem. Biol. 1999, 3, 688-693.
6. Wade, W. S.; Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8783-8794.
7. Mrksich, M.; Wade, W. S.; Dwyer, T. J.; Geierstanger, B. H.; Wemmer, D. E.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 7586-7590.
8. Wade, W. S.; Mrksich, M.; Dervan, P. B. Biochemistry 1993, 32, 11385-11389.
9. Mrksich, M.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2572-2576.
10. Geierstanger, B. H.; Mrksich, M.; Dervan, P. B.; Wemmer, D. E. Science 1994, 266, 646-650.
11. Kielkopf, C. L.; Baird, E. E.; Dervan, P. D.; Rees, D. C. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 104-109.
12. Pelton, J. G.; Wemmer, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5723-5727.
13. Pelton, J. G.; Wemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1393-1399.
14. Chen, X.; Ramakrishnan, B.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 169-175.
15. White, S.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Biochemistry 1996, 35, 12532-12537.
16. Kielkopf, C. L.; White, S.; Szewczyk, J. W.; Turner, J. M.; Baird, E. E.; Dervan, P. B.; Rees, D. C. Science 1998, 282, 111-115.
17. White, S.; Szewczyk, J. W.; Turner, J. M.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Nature 1998, 391, 468-471.
18. Gottesfeld, J. M.; Neely, L.; Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. Nature 1997, 387, 202-205.
19. Dickinson, L. A.; Gulizia, R. J.; Trauger, J. W.; Baird, E. E.; Mosier, D. E.; Gottesfeld, J. M.; Dervan. P. B. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1998, 95, 12890-12895.
20. Boger, D. L.; Yun, W. Y.; Han, N. H. Bioorg. Med. Chem. 1995, 3, 1429-1453.
21. Boger, D. L.; Johnson, D. S. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996, 35, 1438-1474.
22. Boger, D. L.; Munk, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5487-5496.
23. Boger, D. L.; Ishizaki, T.; Zarrinmayeh, H.; Kitos, P. A.; Suntornwat, O. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1991, 1, 55-58.
24. Herman, D. M.; Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1382-1391.
25. Tao, Z. F.; Fujiwara, T.; Saito, I.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4961-4967.
26. Baird, E. E.; Dervan, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6141-6146.
27. Boger, D. L.; Yun, W. Y.; Teegarden, B. R. J. Org. Chem. 1992, 57, 2873-2876.
28. Boger, D. L.; McKie, J. A. J. Org. Chem. 1995, 60, 1271-1275.
29. Boger, D. L.; Ishizaki, T.; Kitos, P. A.; Suntornwat, O. J. Org. Chem. 1990, 55, 5823-5832.
30. Boger, D. L.; Munk, S. A.; Zarrinmayeh, H.; Ishizaki, T.; Haught, J.; Bina, M. Tetrahedron 1991, 47, 2661-2682.
31. Boger, D. L.; Yun, W. Y.; Terashima, S.; Fukuda, Y.; Nakatani, K.; Kitos, P. A.; Jin, Q. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1992, 2, 759.
32. Boger, D. L.; Yun, W. Y.; Cai, H.; Han, N. H. Bioorg. Med. Chem. 1995, 3, 761-775.
33. Boger, D. L.; Bollinger, B.; Hertzog, D. L.; Johnson, D. S.; Cai, H.; Mesini, P.; Garbaccio, R. M.; Jin, Q.; Kitos, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4987-4998.
34. Lukhtanov, E. A.; Kutyavin, I. V.; Gorn, V. V.; Reed, M. W.; Adams, A. D.; Lucas, D. D.; Meyer, R. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6214-6225.
35. Sugiyama, H.; Lian, C. Y.; Isomura, M.; Saito, I.; Wang, A. H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14405-14410.
36. Ebbinghaus, S. W.; Fortinberry, H.; Camper, H. B. Biochemistry 1999, 38, 619-628.