DNA sequencing by mass spectrometry

Journal of Mass Spectrometry

Volumn 31, Issue 11, 1996, Pages 1203-1215

  Murray, Kermit K ^a  

^a EMORY UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

DNA sequencing; Electrospray ionization; Matrix assisted laser desorption ionization

Indexed keywords

DNA FRAGMENT; DOUBLE STRANDED DNA; OLIGODEOXYNUCLEOTIDE; SINGLE STRANDED DNA;

DNA SEQUENCE; DNA STRUCTURE; GENE MAPPING; GENETIC ANALYSIS; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; TECHNIQUE;

EID: 0029851893     PISSN: 10765174     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-9888(199611)31:11<1203::AID-JMS445>3.0.CO;2-3     Document Type: Review

References (87)

1. National Research Council, Mapping and Sequencing the Human Genome. National Academy Press, Washington, DC (1988).
2. US Department of Energy, Office of Energy Research, Office of Health and Environmental Research, Human Genome 1991-92 Program Report, DOE/ER-0544P. US Government Printing Office, Washington, DC (1992).
3. R. D. Fleischmann, M. D. Adams, O. White, R. A. Clayton, E. F. Kirkness, A. R. Kerlavage, C. J. Bult, J. F. Tomb, B. A. Dougherty, J. M. Merrick, K. McKenney, G. Sutton, W. FitzHugh, C. Fields, J. D. Gocayne, J. Scott, R. Shirley, L. Liu, A. Glodek, J. M. Kelley, J. F. Weidman, C. A. Phillips, T. Spriggs, E. Hedblom, M. D. Cotton, T. R. Utterback, M. C. Hanna, D. T. Nguyen, D. M. Saudek, R. C. Brandon, L. D. Fine, J. L. Fritchman, J. L. Fuhrmann, N. S. M. Geohagen, C. L. Gnehm, L. A. McDonald, K. V. Small, C. M. Fraser, H. O. Smith, and J. C. Venter, Science 269, 496 (1995).
4. C. M. Fraser, J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. D. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, J. L. Fritchman, J. F. Weidman, K. V. Small, M. Sandusky, J. Fuhrman, D. Nguyen, T. R. Utterback, D. M. Saudek, C. A. Phillips, J. M. Merrick, J. Tomb, B. A. Dougherty, K. F. Bott, P. Hu, T. S. Lucier, S. N. Peterson, H. O. Smith, C. A. Hutchison III, and J. C. Venter, Science 270, 397 (1995).
5. R. Nowack, Science 269, 468 (1995).
6. L. Rowen, B. F. Koop and L. Hood, Science 272, 1755 (1996).
7. M. V. Olsen, Science 270, 394 (1995).
8. E. Marshall, Science 268, 1270 (1995).
9. J. B. Fenn, M. Mann, C. K. Meng, S. F. Wong and C. M. Whitehouse, Mass Spectrom. Rev. 9, 37 (1990).
10. F. Hillenkamp, M. Karas, R. C. Beavis and B. T. Chait, Anal. Chem. 63, 1193A (1991).
11. Nature (London) 380, 377 (1996).
12. L. Stryer, Biochemistry, 4th edn. Freeman, San Francisco (1995).
13. S. A. McLuckey, G. J. Van Berkel and G. L. Glish, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 3, 60 (1992).
14. P. Roepstorff and J. Fohlman, Biomed. Mass Spectrom. 11, 601 (1984).
15. R. S. Johnson, S. A. Martin and K. Biemann, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 86, 137 (1988).
16. J. C. Venter, H. O. Smith and L. Hood, Nature (London), 381, 364 (1996).
17. F. Sanger, S. Nicklen and A. R. Couslon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 74, 5463 (1977).
18. E. N. Fung and E. S. Yeung, Anal. Chem. 67, 1913 (1995).
19. A. T. Wolley and R. A. Mathies, Anal. Chem. 67, 3676 (1995).
20. J. T. Perry, M. E. Johnson, P. M. Goodwin, J. C. Martin, J. H. Jett and R. A. Keller, Anal. Chem. 67, 1755 (1995).
21. J. Frank, Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies. Academic Press, San Diego (1996).
22. P. G. Arscott and V. A. Bloomfield, in STM and SFM in Biology, edited by O. Marti and M. Amrein, Chapt. 6. Academic Press, San Diego (1993).
23. A. C. Pease, D. Solas, E. J. Sullivan, M. T. Cronin, C. P. Holmes and S. P. A. Fodor, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 5022 (1994).
24. U. Pieles, W. Zürcher, M. Schär and H. E. Moser, Nucleic Acids Res. 21, 3191 (1993).
25. D. P. Little, A. C. Russell, J. P. Spier, M. W. Senko, N. L. Kelleher and F. W. McLafferty, J. Am. Chem. Soc. 116, 4893 (1994).
26. P. F. Crain, Mass Spectrom. Rev. 9, 505 (1990).
27. A. L. Burlingame, R. K. Boyd and S. J. Gaskell, Anal. Chem. 68, 599 (1996).
28. P. A. Limbach, P. F. Crain and J. A. McCloskey, Curr. Opin. Biotechnol. 6, 96 (1995).
29. M. C. Fitzgerald and L. M. Smith, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 24, 117 (1995).
30. J. A. McCloskey and P. F. Crain, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 118/119, 593, (1992).
31. M. J. Doktycz, G. B. Hurst, S. Habibi-Goudarzi, S. A. McLuckey, K. Tang, C. H. Chen, M. Uziel, K. B. Jacobson, R. P. Woychik and M. V. Buchanan, Anal. Biochem. 230, 205 (1995).
32. B. Spengler, Y. Pan, R. J. Cotter and L.-S. Kan, Rapid Commun. Mass Spectrom. 4, 99 (1990).
33. P. Williams, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 131, 335 (1994).
34. R. W. Nelson, M. J. Rainbow, D. E. Lohr and P. Williams, Science 246, 1585 (1989).
35. R. W. Nelson, R. M. Thomas and P. Williams, Rapid Commun. Mass Spectrom. 4, 348 (1990).
36. D. M. Schieltz, C. Chou, C. Luo, R. M. Thomas and P. Williams, Rapid Commun. Mass Spectrom. 6, 631 (1992).
37. T. Huth-Fehre, J. N. Gosine, K. J. Wu and C. H. Becker, Rapid Commun. Mass Spectrom. 6, 209 (1992).
38. E. Nordhoff, R. Cramer, M. Karas, F. Hillenkamp, F. Kirpekar, K. Kristiansen and P. Roepstorff, Nucleic Acids Res. 21, 3347 (1993).
39. K. J. Wu, A. Steding and C. H. Becker, Rapid Commun. Mass Spectrom. 7, 142 (1993).
40. M. Karas and F. Hillenkamp, Anal. Chem. 60, 2299 (1988).
41. K. Tang, N. I. Taranenko, S. L. Allman, L. Y. Cháng and C. H. Chen, Rapid Commun. Mass Spectrom. 8, 727 (1994).
42. K. Tang, S. L. Allman, C. H. Chen, L. Y. Cháng and M. Schell, Rapid Commun. Mass Spectrom. 8, 183 (1994).
43. M. Karas and U. Bahr, Trends Anal. Chem. 9, 321 (1990).
44. G. R. Parr, M. C. Fitzgerald and L. M. Smith, Rapid Commun. Spectrom. 6, 369 (1992).
45. E. Nordhoff, A. Ingendoh, R. Cramer, A. Overberg, B. Stahl, M. Karas and F. Hillenkamp, Rapid Commun. Mass Spectrom. 6, 771 (1992).
46. K. Schneider and B. T. Chait, Org. Mass Spectrom. 28, 1353 (1993).
47. F. Kirpekar, E. Nordhof, K. Kristiansen, P. Roepstorff, A. Lezius, S. Hahner, M. Karas and F. Hillenkamp, Nucleic Acids Res. 22, 3866 (1994).
48. E. Nordhoff, M. Karas, R. Cramer, S. Hahner, F. Hillenkamp, F. Kirpekar, A. Lezius, J. Muth, C. Meier and J. W. Engels, J. Mass Spectrom. 30, 99 (1995).
49. F. Kirpekar, E. Nordhoff, K. Kristiansen, P. Roepstorff, S. Hahner and F. Hillenkamp, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 525 (1995).
50. L. Zhu, G. R. Parr, M. C. Fitzgerald, C. M. Nelson and L. M. Smith, J. Am. Chem. Soc. 117, 6048 (1995).
51. F. Greco, A. Liguori, G. Sindona and N. Uccella, J. Am. Chem. Soc. 112, 9092 (1990).
52. A. Liguori, A. Napoli and G. Sindona, Rapid Commun. Mass Spectrom. 8, 89 (1994).
53. K. Schneider and B. T. Chait, Nucleic Acids Res. 23, 1570 (1995).
54. F. Seela and H. Steker, J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 2573 (1985).
55. S. M. Colby, T. B. King and J. P. Reilly, Rapid Commun. Mass Spectrom. 8, 865 (1994).
56. M. L. Vestal, P. Juhasz and S. A. Martin, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 1044 (1995).
57. N. P. Christian, S. M. Colby, L. Giver, C. T. Houston, R. J. Arnold, A. D. Ellington and J. P. Reilly, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 1061 (1995).
58. P. Juhasz, M. T. Roskey, I. P. Smirnov, L. A. Haff, M. L. Vestal and S. A. Martin, Anal. Chem. 68, 941 (1996).
59. C. Kösten, J. A. Castoro and C. L. Wilkins, J. Am. Chem. Soc. 114, 7572 (1992).
60. T. Solouki, K. J. Gillig and D. H. Russell, Anal. Chem. 66, 1583 (1994).
61. Y. Li, K. Tang, D. P. Little, H. Köster, R. L. Hunter and R. T. McIver, Jr, Anal. Chem. 68, 2090 (1996).
62. T. R. Covey, R. F. Bonner, B. I. Shushan and J. Henion, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2, 249 (1988).
63. J. T. Stults and J. C. Marsters, Rapid Commun. Mass Spectrom. 5, 359 (1991).
64. D. P. Little, T. W. Thannhauser and F. W. McLafferty, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 2318 (1995).
65. S. C. Pomerantz, J. A. Kowalak and J. A. McCloskey, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 4, 204 (1993).
66. X. Cheng, D. C. Gale, H. R. Udseth and R. D. Smith, Anal. Chem. 67, 586 (1995).
67. D. C. Muddiman, X. Cheng, H. R. Udseth and R. D. Smith, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 7, 697 (1996).
68. R. Chen, X. Cheng, D. W. Mitchell, S. A. Hofstadler, Q. Wu, A. L. Rockwood, M. G. Sherman and R. D. Smith, Anal. Chem. 67, 1159 (1995).
69. S. D. Fuerstenau and W. H. Benner, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 1528 (1995).
70. M. B. Comisarow and A. G. Marshall, J. Mass Spectrom. 31, 581 (1996).
71. P. G. Sealey and E. M. Southern, in Gel Electrophoresis of Nucleic Acids, edited by D. Rickwood and B. D. Hames, 2nd edn., p. 51. Oxford University Press, New York (1990).
72. M. C. Fitzgerald, L. Zhu and L. M. Smith, Rapid Commun. Mass Spectrom. 7, 895 (1993).
73. T. A. Shaler, Y. Tan, J. N. Wickham, K. J. Wu and C. H. Becker, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 942 (1995).
74. L. Ch'ang, K. Tang, M. Schell, C. Ringelberg, K. J. Matteson, S. L. Allman and C. H. Chen, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 772 (1995).
75. B. T. Chait, R. Wang, R. C. Beavis and S. B. H. Kent, Science 262, 89 (1993).
76. C. M. Bentzley, M. V. Johnston, B. S. Larsen and S. Gutteridge, Anal. Chem. 68, 2141 (1996).
77. P. A. Limbach, J. A. McCloskey and P. F. Crain, Nucleic Acids Symp. Ser. 31, 127 (1994).
78. R. P. Glover, G. M. A. Sweetman, P. B. Farmer and G. C. K. Roberts, Rapid Commun. Mass Spectrom. 9, 897 (1995).
79. R. Kaufmann, D. Kirsch and B. Spengler, Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 131, 355 (1994).
80. E. A. Stemmler, R. L. Hettich, G. B. Hurst and M. V. Buchanan, Rapid Commun. Mass Spectrom. 7, 828 (1993).
81. P. Juhasz, M. T. Roskey, I. P. Smirnov, L. A. Haff, M. L. Vestal and S. A. Martin, Anal. Chem. 68, 941 (1996).
82. M. W. Senko and F. W. McLafferty, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 23, 763 (1994).
83. S. A. McLuckey, G. J. Van Berkel and G. L. Glish, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 3, 60 (1992).
84. S. A. McLuckey and S. Habibi-Goudarzi, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 5, 740 (1994).
85. J. Ni, S. C. Pomerantz, J. Rozenski, Y. Zhang and J. A. McCloskey, Anal. Chem. 68, 1989 (1996).
86. R. S. Brown and J. J. Lennon, Anal. Chem. 67, 3990 (1995).
87. S. Alimpiev, E. Dratz, P. Kraft and J. Sunner, Proceedings of the 44th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Portland, OR, May 12-16, 1996 p. 645.