Intrinsic torsional potential parameters for conformational analysis of peptides and proteins

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 38, 1996, Pages 15588-15598

  Kang, Young Kee ^a,c   No, Kyoung Tai ^a,b,d   Scheraga, Harold A ^c  

^a Chungbuk National University   (South Korea)

^b Soongsil University   (South Korea)

^c Cornell University ^*  (United States)

^d Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748377360     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9611434     Document Type: Article

References (98)

1. Lowe, J. P. Prog. Phys. Org. Chem. 1968, 6, 1.
2. Orville-Thomas, W. J., Ed. Internal Rotation in Molecules; John Wiley: London, 1974.
3. Umemoto, K.; Ouchi, K. In Topics in Molecular Interactions; Orville-Thomas, W. J., Ratajczak, H., Rao, C. N. R., Eds.; Elsevier: New York, 1985; p 1.
4. Scheraga, H. A: Adv. Phys. Org. Chem. 1968, 6, 103.
5. Scheraga, H. A. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH: New York, 1992; Chapter 2.
6. Thornton, J. M. In Protein Folding; Creighton, T. E., Ed.; W. H. Freeman: New York, 1992; p 59.
7. Radom, L.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2371.
8. Allinger, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 8127.
9. Burkert, U.; Allinger, N. L. Molecular Mechanics; ACS Monograph 177; American Chemical Society: Washington, DC, 1982.
10. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J. Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
11. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
12. Maple, J. R.; Hwang, M.-J.; Stockfisch, T. P.; Dinur, U.; Waldman, M.; Ewig, C. S.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1994, 15, 162.
13. Momany, F. A.; McGuire, R. F.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1975, 79, 2361.
14. Némethy, G.; Pottle, M. S; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1983, 87, 1883.
15. Sippl, M. J.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1984, 88, 6231.
16. Némethy, G.; Gibson, K. D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472.
17. No, K. T.; Grant, J. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4732.
18. No, K. T.; Grant, J. A.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4740.
19. Park, J. M.; No, K. T.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1482.
20. Park, J. M.; Kwon, O. Y.; No, K. T.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1011.
21. No, K. T.; Cho, K. H.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2005.
22. No, K. T.; Cho, K. H.; Kwon, O. Y.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10742.
23. No, K. T.; Kwon, O. Y.; Kim, S. Y.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3478.
24. No, K. T.; Kwon, O. Y.; Kim, S. Y.; Cho, K. H.; Yoon, C. N.; Kana, Y. K.; Gibson, K. D.; Jhon, M. S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 13019.
25. Bartell, L. S. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 3279.
26. Gay, D. M. ACM Trans. Math. Software 1983, 9, 503.
27. Landolt-Börnstein; Hellwege, K.-H., Hellwege, A. M., Eds.; Springer Verlag: Berlin, 1976; Vol. 7, Structure Data of Free Polyatomic Molecules.
28. Harmony, M. D.; Laurie, V. W.; Kuczkowski, R. L.; Schwendeman, R. H.; Ramsay, D. A.; Lovas, F. J.; Lafferty, W. J.; Maki, A. G. J. Phys. Chem. Ref. Data 1979, 8, 619.
29. Piercy, J. E.; Rao, M. G. S. J. Chem. Phys. 1967, 46, 3951.
30. Compton, D. A. C.; Montera, S.; Murphy, W. F. J. Phys. Chem. 1980, 84, 3587.
31. Bradford, W. F.; Fitzwater, S.; Bartell, L. S. J. Mol. Struct. 1977, 38, 185.
32. Heenan, R. K.; Bartell, L. S. J. Chem. Phys. 1983, 78, 1270.
33. Bestmann, G.; Lalowski, W.; Dreizler, H. Z. Naturforsch. 1985, 40A, 271.
34. Brickwedde, F. G.; Moskow, M.; Scott, R. B. J. Chem. Phys. 1945, 13, 547.
35. Scharfenberg, P.; Rozsondai, B.; Hargittai, I. Z. Naturforsch. 1980, 35A, 431.
36. Wiberg, K. B.; Murcko, M. A. J. Comput. Chem. 1988, 9, 488.
37. Abe, M.; Kuchitsu, K.; Shimanouchi, T. J. Mol. Struct. 1969, 4, 245.
38. Nelson, R.; Pierce, L. J. Mol. Spectrosc. 1965, 18, 344.
39. Filiaux, F.; Tomkinson, J. Chem. Phys. 1977, 26, 295.
40. Kojima, T.; Yano, E.; Nakaaawa, K.; Tsunekawa, S. J. Mol. Spectrosc. 1987, 122, 408.
41. Fischer, E.; Botskor, I. J. Mol. Spectrosc. 1984, 104, 226.
42. Takagi, K.; Kojima, T. J. Phys. Soc. Jpn. 1971, 30, 1145.
43. Allinger, N. L.; Burkert, U.; Profeta, S., Jr. J. Comput. Chem. 1980, 1, 281.
44. Fateley, W. G.; Miller, F. A. Spectrochim. Acta 1962, 18, 977.
45. Drakenberg, T. Tetrahedron Lett. 1972, 1743.
46. Drakenberg, T.; Forsén, S. Chem. Commun. 1971, 1404.
47. Ross, B. D.; True, N. S.; Maison, G. B. J. Phys. Chem. 1984, 88, 2675.
48. Sapse, A. M.; Snyder, G.; Santoro, A. V. J. Phys. Chem. 1981, 85, 662.
49. Allinger, N. L.; Rahman, M.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8293.
50. Kitagawa, T.; Miyazawa, T. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1968, 41, 1976.
51. Oyanagi, K.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1978, 51, 2237.
52. Kakar, R. K.; Quade, C. R. J. Chem. Phys. 1980, 72, 4300.
53. Sasada, Y.; Takano, M.; Satoh, T. J. Mol. Spectrosc. 1971, 38, 33.
54. Ivash, E. V.; Dennison, D. M. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1804.
55. Pedersen, T.; Larsen, N. W.; Nygaard, L. J. Mol. Struct. 1969, 4, 59.
56. Wiberg, K. B.; Laidig, K. E. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 5935.
57. Bailey, J.; Walker, S.; North, A. M. J. Mol. Struct. 1970, 6, 53.
58. Blom, C. E.; Günthard, Hs. H. Chem. Phys. Lett. 1981, 84, 267.
59. Ruschin, S.; Bauer, S. H. J. Phys, Chem. 1980, 84, 3061.
60. Curl, R. F., Jr. J. Chem. Phys. 1959, 30, 1529.
61. Adachi, M.; Nakagawa, J.; Hayashi, M. J. Mol. Spectrosc. 1982, 91, 381.
62. Dung, J. R.; Compton, D. A. C.; Jalilian, M.-R. J. Phys. Chem. 1979, 83, 511.
63. Hayashi, M.; Nakata, N.; Miyazaki, S. J. Mol. Spectrosc. 1989, 135, 270.
64. Schmidt, R. E.; Quade, C. R. J. Chem. Phys. 1975, 62, 3864.
65. Kojima, T.; Nishikawa, T. J. Phys. Soc. Jpn. 1957, 12, 680.
66. Scott, D. W.; Finke, H. L.; Gross, M. E.; Guthrie, G. B.; Huffman, H. M. J. Am. Chem. Soc. 1950, 72, 2424.
67. Van Wart, H. E.; Cardinaux, F.; Scherasa, H. A. J. Phys. Chem. 1976, 80, 625.
68. Van Wart, H. E.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1976, 80, 1812.
69. Van Wart, H. E.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1976, 80, 1823.
70. El-Sabban, M. Z.; Scott, D. W. U.S., Bur. Mines, Bull. 1970, No. 654.
71. Yokozeki, A.; Bauer, S. H. J. Phys. Chem. 1976, 80, 618.
72. Jiao, D.; Barfield, M.; Combariza, J. E.; Hruby, V. J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3639.
73. Hamada, Y.; Tsuboi, M.; Yamanouchi, K.; Kuchitsu, K. J. Mol. Struct. 1986, 146, 253.
74. Schmitz, L. R.; Allinger, N. L.; Profeta, Jr., S. J. Comput. Chem. 1988, 9, 460.
75. Batista de Carvalho, L. A. E.; AMorim da Costa, A. M.; Teixeira-Dias, J. J. C. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1990, 205, 327.
76. Bartell, L. S.; Kohl, D. A. J. Chem. Phys. 1963, 39, 3097.
77. Bartell, L. S.; Boates, T. L. J. Mol. Struct. 1976, 32, 379.
78. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J.-H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
79. Butcher, S. S.; Wilson, E. B., Jr. J. Chem. Phys. 1964, 40, 1671.
80. Stiefvater, O. L. J. Chem. Phys. 1975, 62, 233.
81. Stiefvater, O. L. J. Chem. Phys. 1975, 62, 244.
82. Iijima, T. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1972, 45, 1291.
83. Riveros, J. M.; Wilson, E. B., Jr. J. Chem. Pins. 1967, 46, 4605.
84. Ohsaku, M.; Allinger, N. L. J. Phys. Chem. 1988, 92, 4591.
85. Yan, J. F.; Momany, F. A.; Hoffmann, R.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1970, 74, 420.
86. Zimmerman, S. S.; Pottle, M. S.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1977, 10, 1.
87. 88 and ECEPP/3 for N-acetyl-N′-methylalanineamide.
88. Vásquez, M.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Macromolecules 1983, 16, 1043.
89. Roterman, I. K.; Lambert, M. H.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 421.
90. Zimmerman, S. S.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1977, 16, 811.
91. Grant, J. A.; Williams, R. L.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1990, 30, 929.
92. Dudek, M. J.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 1995, 16, 791.
93. Head-Gordon, T.; Head-Gordon, M.; Frisch, M. J.; Brooks, C. L., III; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5989.
94. Böhm, H.-J.; Brode, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7129.
95. Could, I. R.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9255.
96. Gould, I. R.; Cornell, W. D.; Hillier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9250.
97. Néel, J. Pure Appl. Chem. 1972, 31, 201.
98. Madison, V.; Kopple, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 4855.