Synthesis and properties of oligothymidylates incorporating an artificial bend motif

Helvetica Chimica Acta

Volumn 83, Issue 1, 2000, Pages 162-180

  Seio, Kohji ^a   Wada, Takeshi ^a   Sekine, Mitsuo ^a  

^a TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA BINDING PROTEIN; RIBOZYME; THYMIDINE PHOSPHATE;

ANTICODON; ARTICLE; COMPUTER MODEL; CRYSTALLOGRAPHY; HYDROGEN BOND; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN EXPRESSION; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; SYNTHESIS; THERMOSTABILITY;

EID: 0033960170     PISSN: 0018019X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1522-2675(20000119)83:1<162::AID-HLCA162>3.0.CO;2-Y     Document Type: Article

References (60)

1. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
2. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
3. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
4. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
5. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
6. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
7. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
8. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
9. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
10. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
11. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
12. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
13. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
14. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
15. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
16. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
17. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
18. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
19. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
20. H. M. Wu, D. M. Crothers, Nature (London) 1984, 308, 509; C. A. Frederick, J. Grable, M. Melia, C. Samudzi, L. Jen-Jacobson, B.-C. Wang, P. Green, H. W. Boyer, J. M. Rosenberg, ibid. 1984, 309, 327; A. K. Aggarwal, D. W. Rodgers, M. Drottar, M. Ptashne, S. C. Harisson, Science (Washington, D.C.) 1988, 242, 899; I. Husain, J. Griffith, A. Sancer, Proc. Mall. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558; R. G. Brennan, S. L. Roderick, Y. Takeda, B. W. Matthews, ibid. 1990, 87, 8165; D. B. Nicolov, H. Chen, E. D. Halay, A. A. Usheva, K. Hisataka, D. K. Lee, R. G. Roeder, S. K. Burley, Nature (London) 1990, 377, 119; C. I. Wang, J. S. Taylor, ibid. 1991, 1991, 9072; S. C. Schultz, G. C. Shields, T. A. Steitz, Science (Washington, D.C.) 1991. 253, 1001; J. L. Kim, D. B. Nikolov, S. K. Burley, Nature (London) 1993, 365, 520: Y. Kim, J. H. Geiger, S. Hahn, P. B. Sigler, ibid. 1993, 365, 512; for recent studies on DNA binding, see P. A. Rice, S. Yang, K. Mizuuchi, H.A. Nash, Cell (Cambridge, Mass.) 1996, 87, 1295; F. Pio, R. Kodandapani, C.Z. Ni, W. Shepard, M. Klemsz, S. R. McKercher, R. A. Maki, K. R. Ely, J. Biol. Chem. 1996, 271, 23329; K. Swaminathan, P. Flynn, R. J. Reece, R. Marmorstein, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 751, F. J. Meyer-Almes, D. Porschke, J. Mol. Biol. 1997, 269, 842; N. Rajaram, T. K. Kerppola, EMBO J. 1997, 16, 2917; P. Brownlie, T. Ceska, M. Lamers, C. Romier, G. Stier, H. Teo, D. Suck, Structure (London) 1997, 5, 509; C. M. Nunn, E. German, S. Neidle, Biochemistry 1997, 36, 4792; C. R. Escalante, J. Yie, D. Thanos, A. K. Aggarwal, Nature (London) 1998, 391, 103; C. J. Squire, G. R. Clarke, W. A. Denny, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4072; D. A. Leonard, N. Rajaram, T. K. Kerppola, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4913.
21. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature (London) 1994, 372, 68; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Nucleic Acids Symp. Ser. 1995, 34, 214; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell (Cambridge, Mass.) 1995, 81, 991; W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 2065; S. T. Sigurdsson, F. Eckstein, Trends-Biotechnology 1995, 13, 286.
22. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature (London) 1994, 372, 68; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Nucleic Acids Symp. Ser. 1995, 34, 214; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell (Cambridge, Mass.) 1995, 81, 991; W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 2065; S. T. Sigurdsson, F. Eckstein, Trends-Biotechnology 1995, 13, 286.
23. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature (London) 1994, 372, 68; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Nucleic Acids Symp. Ser. 1995, 34, 214; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell (Cambridge, Mass.) 1995, 81, 991; W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 2065; S. T. Sigurdsson, F. Eckstein, Trends-Biotechnology 1995, 13, 286.
24. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature (London) 1994, 372, 68; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Nucleic Acids Symp. Ser. 1995, 34, 214; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell (Cambridge, Mass.) 1995, 81, 991; W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 2065; S. T. Sigurdsson, F. Eckstein, Trends-Biotechnology 1995, 13, 286.
25. H. W. Pley, K. M. Flaherty, D. B. McKay, Nature (London) 1994, 372, 68; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Nucleic Acids Symp. Ser. 1995, 34, 214; W. G. Scott, J. T. Finch, A. Klug, Cell (Cambridge, Mass.) 1995, 81, 991; W. G. Scott, J. B. Murray, J. R. P. Arnold, B. L. Stoddard, A. Klug, Science (Washington, D.C.) 1996, 274, 2065; S. T. Sigurdsson, F. Eckstein, Trends-Biotechnology 1995, 13, 286.
26. G. J. Quigley, A. Rich, Science (Washington, D.C.) 1976, 194, 796.
27. K. Seio, T. Wada, K. Sakamoto, S. Yokoyama, M. Sekine, J. Org. Chem. 1996, 61, 1500.
28. K. Seio, T. Wada, K. Sakamoto, S. Yokoyama, M. Sekine, J. Org. Chem. 1998, 63, 1429.
29. a) A. Kamp, C. J. Pillar, W. J. Woodford, M. P. Mertes, J. Med. Chem. 1976, 19, 900;
30. b) G. T. Shiau, R. F. Schinazi, M. S. Chen, W. H. Prusoff, ibid. 1980, 23, 127.
31. M. Sekine, L. S. Peshakova, T. Hata, unpuhlished work.
32. J. C. Sheehan, P. A. Cruickshank, G. L. Boshart, J. Org. Chem. 1961, 26, 2525; J. C. Sheehan, J. J. Hlavka, ibid. 1956, 21, 439.
33. J. C. Sheehan, P. A. Cruickshank, G. L. Boshart, J. Org. Chem. 1961, 26, 2525; J. C. Sheehan, J. J. Hlavka, ibid. 1956, 21, 439.
34. M. Sekine, J. Matsuzaki, T. Hata, Tetrahedron 1985, 41, 5279.
35. M. D. Matteucci, M. H. Caruthers, J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 3185.
36. S. L. Beaucage, Tetrahedron Lett. 1984, 25, 375; M. F. Moore, S. L. Beaucage, J. Org. Chem. 1985, 50, 2019.
37. S. L. Beaucage, Tetrahedron Lett. 1984, 25, 375; M. F. Moore, S. L. Beaucage, J. Org. Chem. 1985, 50, 2019.
38. J. Brahms, J. C. Maurizot, A. M. Michelson, J. Mol. Biol. 1967, 25, 481; C. Cantor, M. M. Warshaw, H. Shapiro, Biopolymers 1970, 9, 1059.
39. J. Brahms, J. C. Maurizot, A. M. Michelson, J. Mol. Biol. 1967, 25, 481; C. Cantor, M. M. Warshaw, H. Shapiro, Biopolymers 1970, 9, 1059.
40. C. Altona, M. Sundaralingam, J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, S205; H. A. Gabb, S. C. Harvey, ibid. 1993, 115, 4218; M. Levitt, A. Warshal, ibid. 1978, 100, 2607.
41. C. Altona, M. Sundaralingam, J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, S205; H. A. Gabb, S. C. Harvey, ibid. 1993, 115, 4218; M. Levitt, A. Warshal, ibid. 1978, 100, 2607.
42. C. Altona, M. Sundaralingam, J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, S205; H. A. Gabb, S. C. Harvey, ibid. 1993, 115, 4218; M. Levitt, A. Warshal, ibid. 1978, 100, 2607.
43. M. Sundaralingam, Biopolymers 1969, 7, 821.
44. D. B. Davis, Prog. Nucl. Magn. Res. Spectrosc. 1978, 12, 135.
45. D. B. Davies, S. S. Danyluk, Biochemistry 1974, 13, 4417.
46. M. Lipton, W. C. Still, J. Comput. Chem. 1988, 9, 343.
47. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. Profeta, Jr., P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765; S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. T. Nguyen, D. A. Case, J. Comput. Chem. 1986, 7, 230; D. Q. McDonald, W. C. Still, Tetrahedron Lett. 1992, 33, 7743.
48. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. Profeta, Jr., P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765; S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. T. Nguyen, D. A. Case, J. Comput. Chem. 1986, 7, 230; D. Q. McDonald, W. C. Still, Tetrahedron Lett. 1992, 33, 7743.
49. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. Profeta, Jr., P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765; S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. T. Nguyen, D. A. Case, J. Comput. Chem. 1986, 7, 230; D. Q. McDonald, W. C. Still, Tetrahedron Lett. 1992, 33, 7743.
50. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
51. D. G. Gorenstein, Chem. Rev. 1994, 94, 1315; V. A. Roongta, C. R. Jones, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1990, 29, 5245; C. Karslake, M. V. Botuyan, D. G. Gorenstein, ibid. 1992, 31, 1849; D. G. Gorenstein, K. Lai, D. O. Shah, ibid. 1984, 23, 6717; P. K. Kline, L. G. Marzilli, D. Live, G. Zon, Biochem. Pharmacol. 1990, 40, 97; E. M. Goldfield, B. A. Luxon, V. Bowie, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1983, 22, 3336.
52. D. G. Gorenstein, Chem. Rev. 1994, 94, 1315; V. A. Roongta, C. R. Jones, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1990, 29, 5245; C. Karslake, M. V. Botuyan, D. G. Gorenstein, ibid. 1992, 31, 1849; D. G. Gorenstein, K. Lai, D. O. Shah, ibid. 1984, 23, 6717; P. K. Kline, L. G. Marzilli, D. Live, G. Zon, Biochem. Pharmacol. 1990, 40, 97; E. M. Goldfield, B. A. Luxon, V. Bowie, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1983, 22, 3336.
53. D. G. Gorenstein, Chem. Rev. 1994, 94, 1315; V. A. Roongta, C. R. Jones, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1990, 29, 5245; C. Karslake, M. V. Botuyan, D. G. Gorenstein, ibid. 1992, 31, 1849; D. G. Gorenstein, K. Lai, D. O. Shah, ibid. 1984, 23, 6717; P. K. Kline, L. G. Marzilli, D. Live, G. Zon, Biochem. Pharmacol. 1990, 40, 97; E. M. Goldfield, B. A. Luxon, V. Bowie, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1983, 22, 3336.
54. D. G. Gorenstein, Chem. Rev. 1994, 94, 1315; V. A. Roongta, C. R. Jones, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1990, 29, 5245; C. Karslake, M. V. Botuyan, D. G. Gorenstein, ibid. 1992, 31, 1849; D. G. Gorenstein, K. Lai, D. O. Shah, ibid. 1984, 23, 6717; P. K. Kline, L. G. Marzilli, D. Live, G. Zon, Biochem. Pharmacol. 1990, 40, 97; E. M. Goldfield, B. A. Luxon, V. Bowie, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1983, 22, 3336.
55. D. G. Gorenstein, Chem. Rev. 1994, 94, 1315; V. A. Roongta, C. R. Jones, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1990, 29, 5245; C. Karslake, M. V. Botuyan, D. G. Gorenstein, ibid. 1992, 31, 1849; D. G. Gorenstein, K. Lai, D. O. Shah, ibid. 1984, 23, 6717; P. K. Kline, L. G. Marzilli, D. Live, G. Zon, Biochem. Pharmacol. 1990, 40, 97; E. M. Goldfield, B. A. Luxon, V. Bowie, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1983, 22, 3336.
56. D. G. Gorenstein, Chem. Rev. 1994, 94, 1315; V. A. Roongta, C. R. Jones, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1990, 29, 5245; C. Karslake, M. V. Botuyan, D. G. Gorenstein, ibid. 1992, 31, 1849; D. G. Gorenstein, K. Lai, D. O. Shah, ibid. 1984, 23, 6717; P. K. Kline, L. G. Marzilli, D. Live, G. Zon, Biochem. Pharmacol. 1990, 40, 97; E. M. Goldfield, B. A. Luxon, V. Bowie, D. G. Gorenstein, Biochemistry 1983, 22, 3336.
57. J. C. Marine, S. D. Levene, D. M. Crothers, P. T. Englund, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 7664; T. E. Haran, D.M. Crothers, Biochemistry 1989, 28, 2763; M. Shatzky-Schwartz, Y. Hiller, Z. Reich, R. Ghirlando, S. Weinberger, A. Minsky, ibid. 1992, 31, 2339, and refs. cit. therein.
58. J. C. Marine, S. D. Levene, D. M. Crothers, P. T. Englund, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 7664; T. E. Haran, D.M. Crothers, Biochemistry 1989, 28, 2763; M. Shatzky-Schwartz, Y. Hiller, Z. Reich, R. Ghirlando, S. Weinberger, A. Minsky, ibid. 1992, 31, 2339, and refs. cit. therein.
59. J. C. Marine, S. D. Levene, D. M. Crothers, P. T. Englund, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 7664; T. E. Haran, D.M. Crothers, Biochemistry 1989, 28, 2763; M. Shatzky-Schwartz, Y. Hiller, Z. Reich, R. Ghirlando, S. Weinberger, A. Minsky, ibid. 1992, 31, 2339, and refs. cit. therein.
60. W. Saenger. 'Principle of Nucleic Acid Structure', Springer-Verlag, New York, 1978.