Site-specificity of bis-benzimidazole Hoechst 33258 in A-tract recognition of the DNA dodecamer duplex d(GCAAAATTTTGC)2

Chemical Communications

Volumn , Issue 18, 1999, Pages 1861-1862

  Higgins, Lee D ^a   Searle, Mark S ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

4 [5 (4 METHYL 1 PIPERAZINYL)[2,5' BI 1H BENZIMIDAZOL] 2' YL]PHENOL; ADENOSINE; AROMATIC COMPOUND; BENZIMIDAZOLE DERIVATIVE; CYTOSINE; DOUBLE STRANDED DNA; GUANOSINE; PIPERAZINE DERIVATIVE; THYMINE;

ARTICLE; BASE PAIRING; BINDING SITE; DNA BINDING; DNA SEQUENCE; DRUG BINDING SITE; FLUORESCENCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

EID: 0033592464     PISSN: 13597345     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/a905232a     Document Type: Article

References (24)

1. J. Portugal and M. J. Waring, Biochem. Biophys. Acta, 1988, 949, 158.
2. K. D. Harshman and P. B. Dervan, Nucleic Acids Res., 1985, 13, 4825; A. Abu-Daya, P. M. Brown and K. R. Fox, Nucleic Acids Res., 1995, 23, 3385.
3. K. D. Harshman and P. B. Dervan, Nucleic Acids Res., 1985, 13, 4825; A. Abu-Daya, P. M. Brown and K. R. Fox, Nucleic Acids Res., 1995, 23, 3385.
4. M. S. Searle and K. J. Embrey, Nucleic Acids Res., 1990, 18, 3753; J. A. Parkinson, J. Barber, K. T. Douglas, J. Rosamond and D. Sharpies, Biochemistry, 1990, 29, 10 181; A. Fede, A. Labhardt, W. Bannwart and W. Leupin, Biochemistry, 1991, 30, 11 377; K. J. Embrey, M. S. Searle and D. J. Craik, Eur. J. Biochem., 1993, 211, 437; A. Fede, M. Billeter, W. Leupin and K. Wuthrich, Structure, 1993, 1, 177; C. E. Bostock-Smith, C. A Laughton and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 1660.
5. M. S. Searle and K. J. Embrey, Nucleic Acids Res., 1990, 18, 3753; J. A. Parkinson, J. Barber, K. T. Douglas, J. Rosamond and D. Sharpies, Biochemistry, 1990, 29, 10 181; A. Fede, A. Labhardt, W. Bannwart and W. Leupin, Biochemistry, 1991, 30, 11 377; K. J. Embrey, M. S. Searle and D. J. Craik, Eur. J. Biochem., 1993, 211, 437; A. Fede, M. Billeter, W. Leupin and K. Wuthrich, Structure, 1993, 1, 177; C. E. Bostock-Smith, C. A Laughton and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 1660.
6. M. S. Searle and K. J. Embrey, Nucleic Acids Res., 1990, 18, 3753; J. A. Parkinson, J. Barber, K. T. Douglas, J. Rosamond and D. Sharpies, Biochemistry, 1990, 29, 10 181; A. Fede, A. Labhardt, W. Bannwart and W. Leupin, Biochemistry, 1991, 30, 11 377; K. J. Embrey, M. S. Searle and D. J. Craik, Eur. J. Biochem., 1993, 211, 437; A. Fede, M. Billeter, W. Leupin and K. Wuthrich, Structure, 1993, 1, 177; C. E. Bostock-Smith, C. A Laughton and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 1660.
7. M. S. Searle and K. J. Embrey, Nucleic Acids Res., 1990, 18, 3753; J. A. Parkinson, J. Barber, K. T. Douglas, J. Rosamond and D. Sharpies, Biochemistry, 1990, 29, 10 181; A. Fede, A. Labhardt, W. Bannwart and W. Leupin, Biochemistry, 1991, 30, 11 377; K. J. Embrey, M. S. Searle and D. J. Craik, Eur. J. Biochem., 1993, 211, 437; A. Fede, M. Billeter, W. Leupin and K. Wuthrich, Structure, 1993, 1, 177; C. E. Bostock-Smith, C. A Laughton and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 1660.
8. M. S. Searle and K. J. Embrey, Nucleic Acids Res., 1990, 18, 3753; J. A. Parkinson, J. Barber, K. T. Douglas, J. Rosamond and D. Sharpies, Biochemistry, 1990, 29, 10 181; A. Fede, A. Labhardt, W. Bannwart and W. Leupin, Biochemistry, 1991, 30, 11 377; K. J. Embrey, M. S. Searle and D. J. Craik, Eur. J. Biochem., 1993, 211, 437; A. Fede, M. Billeter, W. Leupin and K. Wuthrich, Structure, 1993, 1, 177; C. E. Bostock-Smith, C. A Laughton and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 1660.
9. M. S. Searle and K. J. Embrey, Nucleic Acids Res., 1990, 18, 3753; J. A. Parkinson, J. Barber, K. T. Douglas, J. Rosamond and D. Sharpies, Biochemistry, 1990, 29, 10 181; A. Fede, A. Labhardt, W. Bannwart and W. Leupin, Biochemistry, 1991, 30, 11 377; K. J. Embrey, M. S. Searle and D. J. Craik, Eur. J. Biochem., 1993, 211, 437; A. Fede, M. Billeter, W. Leupin and K. Wuthrich, Structure, 1993, 1, 177; C. E. Bostock-Smith, C. A Laughton and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1998, 26, 1660.
10. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
11. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
12. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
13. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
14. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
15. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
16. P. E. Pjura, K. Grzeskowiak and R. E. Dickerson, J. Mol. Biol., 1987, 197, 257; M.-K. Teng, N. Usman, C. A. Frederick and A. H. J. Wang, Nucleic Acids Res., 1988, 16, 2671; M. A. A. F. deC. T. Carrondo, M. Coll, J. Aymami, A. H. J. Wang, G. A. van der Marel, J. H. van Boom and A. Rich, Biochemistry, 1989, 28, 7849; J. R. Quintana, A. A. Lipanov and R. E. Dickerson, Biochemistry, 1991, 30, 10 294; G. R. Clark, C. J. Squire, E. J. Gray, W. Leupin and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1996, 24, 4882; G. R. Clark, D. W. Boykin, A. Czarny and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 1510; G. R. Clark, E. J. Gray, S. Neidle, Y.-H. Li and W. Leupin, Biochemistry, 1996, 35, 13 745.
17. N. Spink, D. G. Brown, J. V. Skelly and S. Neidle, Nucleic Acids Res., 1994, 22, 1607.
18. M. C. Vega, I. Garcia Saez, J. Aymami, R. Eritja, G. A. van der Marel, J. H. van Boom, A. Rich and M. Coll, Eur. J. Biochem., 1994, 222, 721.
19. C. E. Bostock-Smith and M. S. Searle, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 1619.
20. I. Haq, J. E. Ladbury, B. Z. Chowdhry, T. C. Jenkins and J. B. Chaires, J. Mol. Biol., 1997, 271, 244.
21. F. G. Loontiens, L. W. McLaughlin, S. Diekmann and R. M. Clegg, Biochemistry, 1991, 30, 182.
22. A. Abu-Daya and K. R. Fox, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 4962.
23. N. V. Hud, V. Sklenar and J. Feigon, J. Mol. Biol., 1999, 286, 651.
24. A. M. Burkhoff and T. D. Tullius, Cell, 1987, 48, 935.