Hydrolysis of phosphodiester bonds within RNA hairpin loops in buffer solutions: The effect of secondary structure on the inherent reactivity of RNA phosphodiester bonds

Helvetica Chimica Acta

Volumn 82, Issue 12, 1999, Pages 2105-2111

  Zagorowska, Izabela ^a   Mikkola, Satu ^a   Lönnberg, Harri ^a  

^a UNIVERSITY OF TURKU   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BUFFER; OLIGONUCLEOTIDE; RNA;

ARTICLE; CHEMICAL BOND; CHEMICAL REACTION KINETICS; CONFORMATIONAL TRANSITION; HYDROLYSIS; NONHUMAN; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; RNA CLEAVAGE;

EID: 0033450956     PISSN: 0018019X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1522-2675(19991215)82:12<2105::AID-HLCA2105>3.0.CO;2-N     Document Type: Article

References (30)

1. D. M. Perreault, E. V. Anslyn, Angew. Chem., Int. Ed. 1997, 36, 432; M. Oivanen, S. Kuusela, H. Lönnberg, Chem. Rev. 1998, 98, 961.
2. D. M. Perreault, E. V. Anslyn, Angew. Chem., Int. Ed. 1997, 36, 432; M. Oivanen, S. Kuusela, H. Lönnberg, Chem. Rev. 1998, 98, 961.
3. S. Kuusela, H. Lönnberg, Metal Ions Biol. Syst. 1995, 33, 561; J. R. Morrow, ibid. 1996, 33, 561; S. Kuusela, H. Lönnberg, Curr. Topics Sol. Chem. 1997, 2, 29; B. N. Trawick, A. T. Daniher, J. K. Bashkin, Chem. Rev. 1998, 98, 939.
4. S. Kuusela, H. Lönnberg, Metal Ions Biol. Syst. 1995, 33, 561; J. R. Morrow, ibid. 1996, 33, 561; S. Kuusela, H. Lönnberg, Curr. Topics Sol. Chem. 1997, 2, 29; B. N. Trawick, A. T. Daniher, J. K. Bashkin, Chem. Rev. 1998, 98, 939.
5. S. Kuusela, H. Lönnberg, Metal Ions Biol. Syst. 1995, 33, 561; J. R. Morrow, ibid. 1996, 33, 561; S. Kuusela, H. Lönnberg, Curr. Topics Sol. Chem. 1997, 2, 29; B. N. Trawick, A. T. Daniher, J. K. Bashkin, Chem. Rev. 1998, 98, 939.
6. S. Kuusela, H. Lönnberg, Metal Ions Biol. Syst. 1995, 33, 561; J. R. Morrow, ibid. 1996, 33, 561; S. Kuusela, H. Lönnberg, Curr. Topics Sol. Chem. 1997, 2, 29; B. N. Trawick, A. T. Daniher, J. K. Bashkin, Chem. Rev. 1998, 98, 939.
7. A. De Masmaeker, R. Häner, P. Martin, H. E. Moser. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 366; J. K. Bashkin, U. Sampath, E. Frolova, Appl. Biochem. Biotech. 1995, 54, 43; M. Komiyama, J. Biochem. 1995, 118, 665; D. Magda, S. Crofts, A. Lin, D. Miles, M. Wright, J. Sessler, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2293; D. A. Konevetz, I. E. Beck, N. G. Beloglazova, I. V. Sulimenkov, V. N. Sil'nikov, M. A. Zenkova, V. N. Shishkin, V. V. Vlassov, Tetrahedron 1999, 55, 503; J. Hovinen, A. Guzaev, E. Azhayeva, A. Azhayev, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1995, 60, 2205.
8. A. De Masmaeker, R. Häner, P. Martin, H. E. Moser. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 366; J. K. Bashkin, U. Sampath, E. Frolova, Appl. Biochem. Biotech. 1995, 54, 43; M. Komiyama, J. Biochem. 1995, 118, 665; D. Magda, S. Crofts, A. Lin, D. Miles, M. Wright, J. Sessler, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2293; D. A. Konevetz, I. E. Beck, N. G. Beloglazova, I. V. Sulimenkov, V. N. Sil'nikov, M. A. Zenkova, V. N. Shishkin, V. V. Vlassov, Tetrahedron 1999, 55, 503; J. Hovinen, A. Guzaev, E. Azhayeva, A. Azhayev, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1995, 60, 2205.
9. A. De Masmaeker, R. Häner, P. Martin, H. E. Moser. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 366; J. K. Bashkin, U. Sampath, E. Frolova, Appl. Biochem. Biotech. 1995, 54, 43; M. Komiyama, J. Biochem. 1995, 118, 665; D. Magda, S. Crofts, A. Lin, D. Miles, M. Wright, J. Sessler, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2293; D. A. Konevetz, I. E. Beck, N. G. Beloglazova, I. V. Sulimenkov, V. N. Sil'nikov, M. A. Zenkova, V. N. Shishkin, V. V. Vlassov, Tetrahedron 1999, 55, 503; J. Hovinen, A. Guzaev, E. Azhayeva, A. Azhayev, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1995, 60, 2205.
10. A. De Masmaeker, R. Häner, P. Martin, H. E. Moser. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 366; J. K. Bashkin, U. Sampath, E. Frolova, Appl. Biochem. Biotech. 1995, 54, 43; M. Komiyama, J. Biochem. 1995, 118, 665; D. Magda, S. Crofts, A. Lin, D. Miles, M. Wright, J. Sessler, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2293; D. A. Konevetz, I. E. Beck, N. G. Beloglazova, I. V. Sulimenkov, V. N. Sil'nikov, M. A. Zenkova, V. N. Shishkin, V. V. Vlassov, Tetrahedron 1999, 55, 503; J. Hovinen, A. Guzaev, E. Azhayeva, A. Azhayev, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1995, 60, 2205.
11. A. De Masmaeker, R. Häner, P. Martin, H. E. Moser. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 366; J. K. Bashkin, U. Sampath, E. Frolova, Appl. Biochem. Biotech. 1995, 54, 43; M. Komiyama, J. Biochem. 1995, 118, 665; D. Magda, S. Crofts, A. Lin, D. Miles, M. Wright, J. Sessler, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2293; D. A. Konevetz, I. E. Beck, N. G. Beloglazova, I. V. Sulimenkov, V. N. Sil'nikov, M. A. Zenkova, V. N. Shishkin, V. V. Vlassov, Tetrahedron 1999, 55, 503; J. Hovinen, A. Guzaev, E. Azhayeva, A. Azhayev, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1995, 60, 2205.
12. A. De Masmaeker, R. Häner, P. Martin, H. E. Moser. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 366; J. K. Bashkin, U. Sampath, E. Frolova, Appl. Biochem. Biotech. 1995, 54, 43; M. Komiyama, J. Biochem. 1995, 118, 665; D. Magda, S. Crofts, A. Lin, D. Miles, M. Wright, J. Sessler, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2293; D. A. Konevetz, I. E. Beck, N. G. Beloglazova, I. V. Sulimenkov, V. N. Sil'nikov, M. A. Zenkova, V. N. Shishkin, V. V. Vlassov, Tetrahedron 1999, 55, 503; J. Hovinen, A. Guzaev, E. Azhayeva, A. Azhayev, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1995, 60, 2205.
13. P. Järvinen, M. Oivanen, H. Lönnberg, J. Org. Chem. 1991, 56, 5396.
14. S. Kuusela, H. Lönnberg, J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1994, 2109.
15. J. Hall, D. Hüsken, R. Häner, Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3522.
16. J. Ciesiolka, S. Lorenz, V. A. Erdman, Eur. J. Biochem. 1992, 204, 575; K. A. Kolasa, J. R. Morrow, A. P. Sharma, Inorg. Chem. 1993, 30, 3983.
17. J. Ciesiolka, S. Lorenz, V. A. Erdman, Eur. J. Biochem. 1992, 204, 575; K. A. Kolasa, J. R. Morrow, A. P. Sharma, Inorg. Chem. 1993, 30, 3983.
18. D. Hüsken, G. Goodal, M. J. J. Blommers, W. Jahnke, J. Hall, R. Häner, H. E. Moser, Biochemistry 1996, 35, 16591.
19. I. Zagorowska, S. Kuusela, H. Lönnberg, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3392.
20. A. J. Zaug, T. R. Cech, Science 1986, 231, 470.
21. S. Portmann, S. Grimm, C. Workman, N. Usmann, M. Egli, Chem. Biol. 1996, 3, 173.
22. M. Popenda, E. Biala, J. Milceki, R. W. Adamiak, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4589.
23. R. Breslow, M. LaBelle, J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 2655.
24. E. Anslyn, R. Breslow, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4473; R. Breslow, S. D. Dong, Y. Webb, R. Xu, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6588; C. Beckmann, A. K. Kirby, S. Kuusela, D. C. Tickle, J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1998, 573.
25. E. Anslyn, R. Breslow, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4473; R. Breslow, S. D. Dong, Y. Webb, R. Xu, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6588; C. Beckmann, A. K. Kirby, S. Kuusela, D. C. Tickle, J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1998, 573.
26. E. Anslyn, R. Breslow, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4473; R. Breslow, S. D. Dong, Y. Webb, R. Xu, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6588; C. Beckmann, A. K. Kirby, S. Kuusela, D. C. Tickle, J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1998, 573.
27. D. D. Usher, A. H. McHale, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 1149.
28. L. G. Laing, K. B. Hall, Biochemistry 1996, 35, 13586; M. Molinaro, I. Tinoco Jr., Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3056; F. M. Jucker, A. Pardi, Biochemistry 1995, 34, 14416.
29. L. G. Laing, K. B. Hall, Biochemistry 1996, 35, 13586; M. Molinaro, I. Tinoco Jr., Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3056; F. M. Jucker, A. Pardi, Biochemistry 1995, 34, 14416.
30. L. G. Laing, K. B. Hall, Biochemistry 1996, 35, 13586; M. Molinaro, I. Tinoco Jr., Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3056; F. M. Jucker, A. Pardi, Biochemistry 1995, 34, 14416.