De novo design of α-helical coiled coils and bundles: Models for the development of protein-design principles

Trends in Biotechnology

Volumn 16, Issue 9, 1998, Pages 379-389

  Kohn, Wayne D ^a   Hodges, Robert S ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN; SYNTHETIC PEPTIDE;

ALPHA HELIX; GENETIC ENGINEERING; MODEL; MOLECULAR INTERACTION; OLIGOMERIZATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN SYNTHESIS; REVIEW;

EID: 0032167466     PISSN: 01677799     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/S0167-7799(98)01212-8     Document Type: Review

References (92)

1. Voyer N., Lamothe J. Tetrahedron. 51:1995;9241-9284.
2. Hodges R. S. Biochem. Cell Biol. 74:1996;133-154.
3. Zhou N. E., Zhu B-Y., Kay C. M., Hodges R. S. Biopolymers. 32:1992;419-426.
4. Erickson, B. W. and Merrifield, R. B. (1976) in The Proteins (Vol. 2, 3rd edn), pp. 255-527, Academic Press.
5. Fields G. B., Noble R. L. Int. J. Pept. Protein Res. 35:1990;161-214.
6. Gilbert W., Villa-Komaroff L. Sci. Am. 242:1980;74-94.
7. Houston M. E. Jr., Wallace A., Bianchi E., Pessi A., Hodges R. S. J. Mol. Biol. 262:1996;270-282.
8. Hodges R. S., Saund A. K., Chong P. C. S., St Pierre S. A., Reid R. E. J. Biol. Chem. 256:1981;1214-1224.
9. Talbot J. A., Hodges R. S. Acc. Chem. Res. 15:1982;224-230.
10. DeGrado W. F., Wasserman Z. R., Lear J. D. Science. 243:1989;622-628.
11. Bryson J. W.et al. Science. 270:1995;935-941.
12. Handel T. M., Williams S. A., DeGrado W. F. Science. 261:1993;879-885.
13. Raleigh D. P., DeGrado W. F. J. Am. Chem. Soc. 114:1992;10079-10081.
14. Raleigh D. P., Betz S. F., DeGrado W. F. J. Am. Chem. Soc. 117:1995;7558-7559.
15. Bowie J. U., Lüthy R., Eisenberg D. Science. 253:1991;164-170.
16. Harbury P. B., Tidor B., Kim P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 92:1995;8408-8412.
17. Desjarlais J. R., Handel T. M. Protein Sci. 4:1995;2006-2018.
18. Dahiyat B. I., Sarisky C. A., Mayo S. L. J. Mol. Biol. 273:1997;789-796.
19. Davidson A. R., Lumb K. J., Sauer R. T. Nat. Struct. Biol. 2:1995;856-864.
20. Roy S., Helmer K. J., Hecht M. H. Fold. Design. 2:1997;89-92.
21. Kamtekar S., Schiffer J. M., Xiong H., Babik J. M., Hecht M. H. Science. 262:1993;1680-1685.
22. Kohn W. D., Mant C. T., Hodges R. S. J. Biol. Chem. 272:1997;2583-2586.
23. Lumb K. J., Carr C. M., Kim P. S. Biochemistry. 33:1994;7361-7367.
24. Dill K. Biochemistry. 29:1990;7133-7135.
25. Kaiser E. T., Kezdy F. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 80:1983;1137-1143.
26. Xiong H., Buckwalter B. L., Shieh H-M., Hecht M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 92:1995;6349-6353.
27. Munoz V., Serrano L. Protein Struct. Funct. Genet. 20:1994;301-311.
28. O'Neil K. T., DeGrado W. F. Science. 250:1990;646-651.
29. Monera O. D., Sereda T. J., Zhou N. E., Kay C. M., Hodges R. S. J. Pept. Sci. 1:1995;319-329.
30. Dalal S., Balasubramanian S., Regan L. Nat. Struct. Biol. 4:1997;548-552.
31. Kohn W. D., Kay C. M., Hodges R. S. Protein Sci. 4:1995;237-250.
32. Zhou N. E., Kay C. M., Hodges R. S. Protein Eng. 7:1994;1365-1372.
33. Monera O. D., Zhou N. E., Lavigne P., Kay C. M., Hodges R. S. J. Biol. Chem. 271:1996;3995-4001.
34. Betz S. F., Liebman P. A., DeGrado W. F. Biochemistry. 36:1997;2450-2458.
35. O'Shea E. K., Lumb K. J., Kim P. S. Curr. Biol. 3:1993;658-667.
36. Mant, C. T., Zhou, N. E. and Hodges, R. S. (1993) in The Amphipathic Helix (Epand, R. M., ed.), pp. 39-64, CRC Press.
37. Monera O. D., Sönnichsen F. D., Hicks L., Kay C. M., Hodges R. S. Protein Eng. 9:1996;353-363.
38. Cohen C., Parry D. A. D. Protein Struct. Funct. Genet. 7:1990;1-15.
39. O'Shea E. K., Klemm J. D., Kim P. S., Alber T. Science. 254:1991;539-544.
40. Kamtekar S., Hecht M. H. FASEB J. 9:1995;1013-1022.
41. Barlow D. J., Thornton J. M. J. Mol. Biol. 201:1988;601-619.
42. Zhou N. E., Zhu B.-Y., Sykes B. D., Hodges R. S. J. Am. Chem. Soc. 114:1992;4320-4326.
43. Munson M., O'Brien R., Sturtevant J. M., Regan L. Protein Sci. 3:1994;2015-2022.
44. Munson M.et al. Protein Sci. 5:1996;1584-1593.
45. Regan L., DeGrado W. F. Science. 241:1988;976-978.
46. Hecht M. H., Richardson J. S., Richardson D. C., Ogden R. C. Science. 249:1990;884-891.
47. Zhou N. E., Kay C. M., Hodges R. S. Biochemistry. 31:1992;5739-5746.
48. Zhu B. Y., Zhou N. E., Kay C. M., Hodges R. S. Protein Sci. 2:1993;383-394.
49. Hu J. C., O'Shea E. K., Kim P. S., Sauer R. T. Science. 250:1990;1400-1403.
50. Betz S. F., Bryson J. W., DeGrado W. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 5:1995;457-463.
51. Moitra J., Szilak L., Krylov D., Vinson C. Biochemistry. 36:1997;12567-12573.
52. Hodges R. S., Zhou N. E., Kay C. M., Semchuk P. D. Peptide Res. 3:1990;123-137.
53. Eriksson A. E.et al. Science. 255:1992;178-183.
54. Harbury P. B., Zhang T., Kim P. S., Alber T. Science. 262:1993;1401-1407.
55. Harbury P. B., Kim P. S., Alber T. Nature. 371:1994;80-83.
56. Potekhin S. A., Medvedkin V. N., Kashparov I. A., Venyaminov S. Y. Protein Eng. 7:1994;1097-1101.
57. Lumb K. J., Kim P. S. Biochemistry. 34:1995;8642-8648.
58. Gonzalez L. Jr., Woolfson D. N., Alber T. Nat. Struct. Biol. 3:1996;1011-1018.
59. Gonzalez L. Jr., Plecs J. J., Alber T. Nat. Struct. Biol. 3:1996;510-515.
60. Robinson C. R., Sligar S. G. Protein Sci. 2:1993;826-837.
61. Monera O. D., Kay C. M., Hodges R. S. Biochemistry. 33:1994;3862-3871.
62. Wendt H., Baici A., Bosshard R. J. Am. Chem. Soc. 116:1994;6973-6974.
63. Myszka D. G., Chaiken I. M. Biochemistry. 33:1994;2363-2372.
64. Hendsch Z. S., Tidor B. Protein Sci. 3:1994;211-226.
65. Kohn W. D., Kay C. M., Hodges R. S. J. Mol. Biol. 267:1997;1039-1052.
66. Krylov D., Mikhailenko I., Vinson C. EMBO J. 13:1994;2849-2861.
67. Baxevanis A. D., Vinson C. R. Curr. Opin. Genet. Dev. 3:1993;278-285.
68. Nautiyal S., Woolfson D. N., King D. S., Alber T. Biochemistry. 34:1995;11645-11651.
69. Fairman R.et al. Biochemistry. 35:1996;2824-2829.
70. Betz S. F., DeGrado W. F. Biochemistry. 35:1996;6955-6962.
71. Schneider J. P., Lear J. D., DeGrado W. F. J. Am. Chem. Soc. 119:1997;5742-5743.
72. Lavigne P.et al. J. Mol. Biol. 254:1995;505-520.
73. Szilak L., Moitra J., Vinson C. Protein Sci. 6:1997;1273-1283.
74. Regan L., Clarke N. D. Biochemistry. 29:1990;10878-10883.
75. Kohn W. D., Kay C. M., Sykes B. D., Hodges R. S. J. Am. Chem. Soc. 120:1998;1124-1132.
76. Ghadiri M. R., Soares C., Choi C. J. Am. Chem. Soc. 114:1992;4000-4002.
77. Ghadiri M. R., Soares C., Choi C. J. Am. Chem. Soc. 114:1992;825-831.
78. Tuchscherer G., Mutter M. J. Pept. Sci. 1:1995;3-10.
79. Pack P., Müller K., Zahn R., Plückthun A. J. Mol. Biol. 246:1995;28-34.
80. Wu Z.et al. J. Biol. Chem. 270:1995;16039-16044.
81. Chan D. C., Fass D., Berger J. M., Kim P. S. Cell. 89:1997;263-273.
82. Olive M.et al. J. Biol. Chem. 272:1997;18586-18594.
83. Robertson D. E.et al. Nature. 368:1994;425-432.
84. Kienker P. K., DeGrado W. F., Lear J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 91:1994;4859-4863.
85. Grove A., Tomich J. M., Iwamoto T., Montal M. Protein Sci. 2:1993;1918-1930.
86. Whitley P., Nilsson I., von Heijne G. Nat. Struct. Biol. 1:1994;858-862.
87. Lee S.et al. Biochemistry. 36:1997;3782-3791.
88. Schafmeister C. E., Miercke L. J. W., Stroud R. M. Science. 262:1993;734-738.
89. Johnsson K., Allemann R. K., Widmer H., Benner S. A. Nature. 365:1993;530-532.
90. Hahn K. W., Klis W. A., Stewart J. M. Science. 248:1990;1544-1547.
91. Broo K. S., Brive L., Ahlberg P., Baltzer L. J. Am. Chem. Soc. 119:1997;11362-11372.
92. Dill K. A. J. Biol. Chem. 272:1997;701-704.