Tracking changes in HIV-1 envelope quasispecies using DNA heteroduplex analysis

Methods: A Companion to Methods in Enzymology

Volumn 12, Issue 4, 1997, Pages 348-354

  Delwart, Eric L ^a   Gordon, Cynthia J ^a  

^a ROCKEFELLER UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HETERODUPLEX;

ARTICLE; ASSAY; DNA PROBE; ELECTROPHORETIC MOBILITY; GENETIC VARIABILITY; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; NONHUMAN; NUCLEIC ACID BASE SUBSTITUTION; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRIORITY JOURNAL; VIRUS ENVELOPE; VIRUS TRANSMISSION;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

EID: 0031214224     PISSN: 10462023     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1006/meth.1997.0489     Document Type: Article

References (47)

1. Meyerhans A., Cheynier R., Albert J., Seth M., Kwok S., Sninsky J., Morfeldt-Månson L., Asjö B., Wain-Hobson S. Cell. 58:1989;901-910.
2. Mansky L. M., Temin H. M. J. Virol. 69:1995;5087-5094.
3. Perelson A. S., Neumann A. U., Markowitz M., Leonard J. M., Ho D. D. Science. 271:1996;1582-1586.
4. Ho D. D., Neumann A. U., Perelson A. S., Chen W., Leonard J. M., Markowitz M. Nature. 373:1995;123-126.
5. Wei X., Ghosh S. K., Taylor M. E., Johnson V. A., Emini E. A., Deutsch P., Lifson J. D., Bonhoeffer S., Novak M. A., Hahn B. H., Saag M. S., Shaw G. M. Nature. 373:1995;117-126.
6. Piatak M., Saag M. S., Yang L. C., Clark S. J., Kappes J. C., Luk K.-C., Hahn B. H., Shaw G. M., Lifson J. D. Science. 259:1993;1749-1754.
7. Delwart E. L., Sheppard H. W., Walker B. D., Goudsmit J., Mullins J. I. J. Virol. 68:1994;6672-6683.
8. Holmes E. C., Zhang L. Q., Simmonds P., Ludlam C. A., Leigh Brown A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89:1992;4835-4839.
9. Zhang L. Q., MacKenzie P., Cleland A., Holmes E. C., Leigh Brown A. J., Simmonds P. J. Virol. 67:1993;3345-3356.
10. Wolinsky S. M., Korber B. T. M., Neumann A. U., Daniels M., Kunstman K. J., Whetsell A. J., Furtado M. R., Cao Y., Ho D. D., Safrit J. T., Koup R. A. Science. 272:1996;537-542.
11. Grez M., Dietrich U., Balfe P., von Briesen H., Maniar J. K., Mahambre G., Delwart E. L., Mullins J. I., Rübsamen-Waigmann H. J. Virol. 68:1994;2161-2168.
12. Delwart E. L., Shpaer E. G., McCutchan F. E., Louwagie J., Grez M., Rübsamen-Waigmann H., Mullins J. I. Science. 262:1993;1257-1261.
13. McCutchan F. E., Hegerich P. A., Brennan T. P., Phanuphak P., Singharaj P., Jugsudee A., Berman P. W., Gray A. M., Fowler A. K., Burke D. S. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 8:1992;1887-1895.
14. Ou C. Y., Takebe Y., Weniger B. G., Luo C. C., Kalish M. L., Auwanit W., Yamazaki S., Gayle H. D., Young N. L., Schochetman G. Lancet. 341:1993;1171-1174.
15. Domingo E., Holland J. J. The Evolutionary biology of viruses. 1994;Raven Press, New York. p. 161-184.
16. Coffin J. M. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 176:1992;143-164.
17. Lui S. L., Rodrigo A. G., Shankarappa R., Learn G. H., Hsu L., Davidov O., Zhao L. P., Mullins J. I. Science. 273:1996;415-416.
18. Simmonds P., Balfe P., Ludlam C. A., Bishop J. O., Leigh Brown A. J. J. Virol. 64:1990;5840-5850.
19. Simmonds P., Balfe P., Peutherer J. F., Ludlam C. A., Bishop J. O., Leigh Brown A. J. J. Virol. 64:1990;864-872.
20. Meyerhans A., Vartanian J.-P., Wain-Hobson S. Nucleic Acids Res. 18:1990;1687-1691.
21. Larder B. A., Kohli A., Kellam P., Kemp S. D., Kronick M., Henfrey R. D. Nature. 365:1993;671-673.
22. Lopez-Galindez C., Rojas J. M., Najera R., Richman D. D., Perucho M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88:1991;4280-4284.
23. Kusumi K., Conway B., Cunningham S., Berson A., Evans C., Iversen A. K. N., Colvin D., Gallo M. V., Coutre S., Shpaer E. G., Faulkner D. V., DeRonde A., Volkman S., Williams C., Hirsch M. S., Mullins J. I. J. Virol. 66:1992;875-885.
24. Fujita K., Silver J., Peden K. J. Virol. 66:1992;4445-4451.
25. Hynes N. A., Adger-Johnson D., Dapolito G., Hirsch V. M. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 9:1993;803-806.
26. Nkengasong J. N., Peeters M., Zhong P., Willems B., Janssens W., Heyndrickx L., Fransen K., Ndumbe P. M., Gershy-Damet G. M., Nys P. J. Med. Virol. 47:1995;278-284.
27. Wasi C., Herring B., Raktham S., Vanichseni S., Mastro T. D., Young N. L., Rubsamen-Waigmann H., von Briesen H., Kalish M. L., Luo C.-C., Pau C.-P., Baldwin A., Mullins J. I., Delwart E. L., Esparza J., Heyward W. L., Osmanov S. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 9:1995;843-849.
28. Kalish M. L., Baldwin A., Raktham S., Wasi C., Luo C.-C., Schochetman G., Mastro T. D., Young N. L., Vanichseni S., Rubsamen-Waigmann H., von Briesen H., Mullins J. I., Delwart E. L., Herring B., Esparza J., Heyward W. L., Osmanov S. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 9:1995;851-857.
29. Delwart E. L., Herring B. L., Rodrigo A. G., Mullins J. I. PCR Methods Appl. 4:1995;S202-S216.
30. Bachmann M. H., Delwart E. L., Shpaer E. G., Lingenfelter P., Singal R., Mullins J. I. WHO Network on HIV Isolation and Characterization. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 10:1994;1345-1353.
31. Osmanov S., Belsey L., Heyward W., Esparza J., Bradac J., Galvao-Castro B., Van de Perre P., Karita E., Sempala S., Tugume B., Biryanwaho B., Wasi C., Rübsamen-Waigmann H., von Briesen H., Esser U., Grez M., Holmes H., McCutchan F. E., Louwagie J., Hegerich P., Lopez-Galindez C., Mullins J. I., Delwart E. L., Bachmann M. H., Goudsmit J., deWolf F., Hahn B., Gao F., Yue L., Saragosti S., Schochetman G., Kalish M., George R., Weber J., Cheingson-Popov R., Kaleebu P., Nara P., Fenyo E. M., Albert J., Myers G., Korber B. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 10:1994;1327-1343.
32. Buonaguro L., Del Guadio E., Monaco M., Greco D., Corti P., Beth-Giraldo E., Buonaguro F. M., Giraldo G. J. Virol. 69:1995;7971-7981.
33. Kostrikis L. G., Bagdades E., Cao Y., Zhang L., Dimitriou D., Ho D. D. J. Virol. 69:1995;6122-6130.
34. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Garaev M., Rzhaninova A., Kaleebu P., Beddows S., Bachmann M. H., Mullins J. I., Louwagie J., Janssens W. Aids. 8:1994;1649-1655.
35. Louwagie J., Delwart E. L., Mullins J. I., McCutchan F. E., Eddy G., Burke D. S. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 10:1994;561-567.
36. Zhu T., Wang N., Carr A., Nam D. S., Moor-Jankowski R., Cooper D. A., Ho D. D. J. Virol. 70:1996;3098-3107.
37. Boom R., Sol C. J. A., Salimans M. M. M., Jansen C. L., Wertheim-van Dillen P. M. E., van der Noordaa J. J. Clin. Microbiol. 28:1990;495-503.
38. Bhattacharyya A., Lilley D. M. J. Nuc. Acids Res. 17:1989;6821-6841.
39. Hsieh C. H., Griffith J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 86:1989;4833-4837.
40. Wang Y.-H., Griffith J. Biochemistry. 30:1991;1358-1363.
41. Poss M., Martin H. L., Kreiss J. K., Granville L., Chohan B., Nyange P., Mandaliya K., Overbaugh J. J. Virol. 69:1995;8118-8122.
42. Sabino E. C., Delwart E., Lee T. H., Mayer A., Mullins J. I., Busch M. P. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 7:1994;853-859.
43. Delwart E. L., Busch M. P., Kalish M. L., Mosley J. W., Mullins J. I. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 11:1995;1181-1193.
44. Contag C. H., Ehrnst A., Duda J., Bohlin A.-B., Lindgren S., Learn G. H., Mullins J. I. J. Virol. 71:1997;1292-1300.
45. D. Sodora.
46. E. L. Delwart, H. Pan, H. W. Sheppard, D. Wolpert, A. U. Neumann, B. Korber, J. I. Mullins.
47. E. L. Delwart, H. Pan, A. Neumann, M. Markowitz.