Conserved motifs as the basis for recognition of homologous proteins across species boundaries using peptide-mass fingerprinting

Journal of Mass Spectrometry

Volumn 32, Issue 4, 1997, Pages 370-378

  Cordwell, Stuart J ^a   Wasinger, Valerie C ^a   Cerpa Poljak, Anne ^b,c   Duncan, Mark W ^b   Humphery Smith, Ian ^a  

^a National Innovation Centre   (Australia)

^b UNIVERSITY OF NEW SOUTH WALES   (Australia)

^c Coop Res Ctr Biopharmaceut D ^*  (Australia)

Author keywords

Elongation factor; Euglena gracilis; MALDI TOF mass spectrometry; Motifs; Mycoplasma gallisepticum; Peptide mass fingerprinting; Profiles; Protein characterization; Spiroplasma melliferum; Two dimensional gel electrophoresis

Indexed keywords

ELONGATION FACTOR; ELONGATION FACTOR TU;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DATA BASE; EUGLENA GRACILIS; GEL ELECTROPHORESIS; HUMAN; MOLECULAR WEIGHT; MYCOPLASMA GALLISEPTICUM; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; SEQUENCE HOMOLOGY; SPIROPLASMA; THEORY; YEAST;

AMINO ACID SEQUENCE; COMPUTER COMMUNICATION NETWORKS; CONSERVED SEQUENCE; HYDROLYSIS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE ELONGATION FACTOR TU; PEPTIDES; PROTEINS; TRYPSIN;

EUGLENA GRACILIS; EUKARYOTA; MYCOPLASMA GALLISEPTICUM; PROKARYOTA; SPIROPLASMA; SPIROPLASMA MELLIFERUM;

EID: 0030937075     PISSN: 10765174     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-9888(199704)32:4<370::AID-JMS434>3.0.CO;2-U     Document Type: Article

References (78)

1. D. F. Hunt H. Michel, T. A. Dickinson, J. Shabanowitz and A. L. Cox, Science 256, 1817 (1992).
2. K. K. Mock, C. W. Sutton and J. S. Cottrell, Rapid Commun. Mass Spectrom. 6, 233 (1992).
3. B. Spengler, D. Kirsch, R. Kaufmann and E. Jaeger, Rapid Commun. Mass Spectrom. 6, 105 (1992).
4. J. R. Yates III, S. Speicher, P. R. Griffin and T. Hunkapiller, Anal. Biochem. 214, 397 (1993).
5. E. Mørtz, O. Vorm, M. Mann and P. Roepstorff, Biol. Mass. Spectrom. 23, 249 (1994).
6. D. J. C. Pappin, P. Højrup and A. J. Bleasby, Curr. Biol. 3, 327 (1993).
7. M. Mann, P. Højrup and P. Roepstorff, Biol. Mass. Spectrom. 22, 338 (1993).
8. W. J. Henzel, T. M. Billeci, J. T. Stults, S. C. Wong, C. Grimley and C. Watanabe, Proc. Natl Acad. Sci. USA 90, 5011 (1993).
9. M. Barlet-Jones, W. A. Jeffery, H. F. Hansen and D. J. C. Pappin, Rapid. Commun. Mass Spectrom. 8, 737 (1994).
10. M. Mann and M. Wilm, Anal. Chem. 66, 4390 (1994).
11. M. M. Vestling and C. Fenselau, Anal. Chem. 66, 471 (1994).
12. M. M. Vestling and C. Fenselau, Biochem. Appl. Mass Spectrom. 22, 547 (1994).
13. S. D. Patterson, Anal. Biochem. 221, 1 (1994).
14. M. Mann and M. Wilm, TIBS 20, 219 (1995).
15. S. D. Patterson and R. Aebersold, Electrophoresis 16, 1791 (1995).
16. C. W. Sutton, K. S. Pemberton, J. S. Cottrell, J. M. Corbett, C. H. Wheeler, M. J. Dunn and D. J. C. Pappin, Electrophoresis 16, 308 (1995).
17. J. Klose and U. Kobalz, Electrophoresis 16, 1034 (1995).
18. R. D. Fleischmann, M. D. Adams, O. White, R. A. Clayton, E. F. Kirkness, A. R. Kerlavage, C. J. Butt, J.-F. Tomb, B. A. Dougherty, J. M. Merrick, K. McKenney, G. Sutton, W. FitzHugh, C. Fields, J. D. Gocayne, J. Scott, R. Shirley, L.-I. Liu, A. Glodek, J. M. Kelley, J. F. Weidman, C. A. Phillips, T. Spriggs, E. Hedblom, M. D. Cotton, T. R. Utterback, M. C. Hanna, D. T. Nguyen, D. M. Saudek, R. C. Brandon, L. D. Fine, J. L. Fritchman, J. L. Fuhrmann, N. S. M. Geoghagen, C. L. Gnehm, L. A. McDonald, K. V. Small, C. M. Fraser, H. O. Smith and J. C. Venter, Science 269, 496 (1995).
19. C. M. Fraser, J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. D. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, J. L. Fritchman, J. F. Weidman, K. V. Small, M. Sandusky, J. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, D. M. Saudek, C. A. Phillips, J. M. Merrick, J.-F. Tomb, B. A. Dougherty, K. F. Bott, P.-C. Hu, T. S. Lucier, S. N. Peterson, H. O. Smith, C. A. Hutchison III and J. C. Venter, Science 270, 397 (1995).
20. P. Edman, Acta. Chem. Scand. 4, 283 (1950).
21. R. M. Hewick, M. W. Hunkapiller, L. E. Hood and W. J. Dreyer, J. Biol. Chem. 256, 7990 (1981).
22. J. Vandekerckhove, G. Bauw, M. Puype, J. Van Damme and M. Van Montagu, Eur. J. Biochem. 152, 9 (1985).
23. P. Matsudaira, J. Biol. Chem. 262, 10035 (1987).
24. B. Bauw, J. Van Damme, M. Puype, J. Vandkerckhove, B. Gesser, G. P. Ratz, J. B. Lauridsen and J. E. Celis, Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 7701 (1989).
25. J. Rosenfeld, J. Capdevielle, J. C. Guillemot and P. Ferrara, Anal. Biochem. 203, 173 (1992).
26. J. E. Celis, H. H. Rasmussen, E. Olsen, P. Madsen, H. Leffers, B. Honore, K. Dejgaard, P. Gromov, H. Vorum, A. Vassilev, Y. Baskin, X. Liu, A. Celis, B. Basse, J. B. Lauridsen, G. P. Ratz, A. A. Andersen, E. Walbum, I. Kjaergaard, I. Andersen, M. Puype, J. Van Damme and J. Vandekerckhove, Electrophoresis 15, 1349 (1994).
27. S. J. Cordwell, M. R. Wilkins, A. Cerpa-Poljak, A. A. Gooley, M. Duncan, K. L. Williams and I. Humphrey-Smith, Electrophoresis 16, 438 (1995).
28. V. C. Wasinger, S. J. Cordwell, A. Cerpa-Poljak, J. X. Yan, A. A. Gooley, M. R. Wilkins, M. W. Duncan, R. Harris, K. L. Williams and I. Humphery-Smith, Electrophoresis 16, 1090 (1995).
29. C. Eckerskorn, P. Jungblut, W. Mewes, J. Klose and F. Lottspeich, Electrophoresis 9, 830 (1988).
30. P. Jungblut, M. Dzionara, J. Klose and B. Wittman-Leibold, J. Prot. Chem. 11, 603 (1992).
31. G. Shaw, Proc. Natl Acad. Sci. USA 90, 5138 (1993).
32. U. Hobohm, T. Houthaeve and C. Sander, Anal. Biochem. 222, 202 (1994).
33. P. Jungblut, A. Otto, E. Zeindl-Eberhart, K.-P. Pleissner, M. Knecht, V. Regitz-Zagrosek, E. Fleck and B. Wittmann-Liebold, Electrophoresis 15, 685 (1994).
34. J. R. Frey, L. Kuhn, J. R. Kettman and I. Lefkovits, Mol. Immunol. 31, 1219 (1994).
35. J. I. Garrels, B. Futcher, R. Kobayashi, G. I. Latter, B. Schwender, T. Volpe, J. R. Warner and C. S. McLaughlin, Electrophoresis 15, 1466 (1994).
36. A. Galat, F. Bouet and S. Rivière, Electrophoresis 16, 1095 (1995).
37. M. R. Wilkins, J.-C. Sanchez, A. A. Gooley, R. D. Appel, I. Humphery-Smith, D. F. Hochstrasser and K. L. Williams, Biotechnol. Genet. Engng Rev. 13, 19 (1996).
38. H. H. Rasmussen, E. Mørtz, M. Mann, P. Roepstorff and J. E. Celis, Electrophoresis 15, 406 (1994).
39. B. F. C. Clark, M. Kjeldgaard, T. F. M. La Cour, S. Thirup and J. Nyborg, Biochim. Biophys. Acta 1050, 203 (1990).
40. A. Weijland, K. Harmark, R. H. Cool, P. H. Anborgh and A. Parmeggiani, Mol. Micro. 6, 683 (1992).
41. A. Weijland and A. Parmeggiani, Science 259, 1311 (1993).
42. A. Bairoch and B. Boeckmann, Nucleic Acids Res. 20, 2019 (1992).
43. W. R. Pearson and D. J. Lipman, Proc. Natl Acad. Sci. USA 85, 2444 (1988).
44. A. Bairoch, Nucleic Acids Res. 21, 3097 (1993).
45. B. Bjellqvist, J.-C. Sanchez, C. Pasquali, F. Ravier, N. Paquet, S. Frutiger, G. J. Hughes and D. Hochstrasser, Electrophoresis 14, 1375 (1993).
46. B. Bjellqvist, C. Pasquali, F. Ravier, J.-C. Sanchez and D. F. Hochstrasser, Electrophoresis 14, 1357 (1993).
47. J.-C. Sanchez, F. Ravier, C. Pasquali, S. Frutiger, N. Paquet, B. Bjellqvist, D. Hochstrasser and G. J. Hughes, Electrophoresis 13, 715 (1992).
48. H. Berchtold, L. Reshetnikova, C. O. A. Reiser, N. K. Schirmer M. Sprinzl and R. Hilgenfeld, Nature 365, 126 (1993).
49. J. K. Eng, A. L. McCormack and J. R. Yates III, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 5, 976 (1994).
50. J. R. Yates III, J. K. Eng, A. L. McCormack and D. Schieltz, Anal. Chem. 67, 1426 (1995).
51. R. Nowak, Science 268, 1273 (1995).
52. D. Butler, Nature 380, 660 (1996).
53. N. Williams, Science 268, 1560 (1995).
54. M. S. Johnson, J. P. Overington and T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 231, 735 (1993).
55. P. Bork and R. F. Doolittle, Proc. Natl Acad. Sci. USA 89, 8990 (1992).
56. M. W. Smith, D.-A. Feng and R. F. Doolittle, TIBS 17, 489 (1992).
57. R. F. Doolittle and P. Bork, Sci. Am. Oct, 50 (1993).
58. W. Gilbert and M. Glynias, Gene 135, 137 (1993).
59. J. S. Mattick, Curr. Opin. Genet. Dev. 4, 823 (1994).
60. A. Stoltzfus, D. F. Spencer, M. Zuker, J. M. Lodgson Jr. and W. F. Doolittle, Science 265, 202 (1994).
61. S. Henikoff and J. G. Henikoff, Nucleic Acids Res. 19, 6565 (1991).
62. T. K. Attwood, M. E. Beck, A. J. Bleasby and D. J. Parry-Smith, Nucleic Acids Res. 22, 3590 (1994).
63. E. L. Sonnhammer and D. Kahn, Protein Sci. 3, 482 (1994).
64. R. L. Tatusov, S. F. Altschul and E. V. Koonin, Proc. Natl Acad. Sci. USA 91, 12091 (1994).
65. A. F. M. Cremers, L. Bosch, J. E. Mellema and A. P. Sam, J. Mol. Biol. 153, 477 (1981).
66. T. Blumenthal, T. A. Landers and K. Weber, Proc. Natl Acad. Sci. USA 77, 866 (1972).
67. J. Weiser, K. Mikulik, Z. Zizka, J. Stastná, I. Janda and A. Jiránová, Eur. J. Biochem. 129, 127 (1982).
68. L. A. H. Zeef, L. Bosch, P. H. Anborgh, R. Cetin, A. Parmeggiani and R. Hilgenfeld, EMBO J. 13, 5113 (1994).
69. J. P. Abrahams, M. Van Raaij, G. Ott, B. Kraal and L. Bosch, Biochemistry 30, 6705 (1991).
70. E. V. Koonin, R. L. Tatusov and K. E. Rudd, Proc. Natl Acad. Sci. USA 92, 11921 (1995).
71. S. J. Cordwell, D. J. Basseal, J. D. Pollack and I. Humphery-Smith, Gene (1997) (in press).
72. C. J. Bult, O. White, G. J. Olsen, L. Zhou, R. D. Fleischmann, G. G. Sutton, J. A. Blake, L. M. FitzGerald, R. A. Clayton, J. D. Gocayne, A. R. Kerlavage, B. A. Dougherty, J-F. Tomb, M. D. Adams, C. I. Reich, R. Overbeek, E. F. Kirkness, K. G. Weinstock, J. M. Merrick, A. Glodek, J. L. Scott, N. S. M. Geoghagen, J. F. Weidman, J. L. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, J. M. Kelley, J. D. Peterson, P. W. Sadow, M. C. Hanna, M. D. Cotton, K. M. Roberts, M. A. Hurst, B. P. Kaine, M. Borodovsky, H-P. Klenk, C. M. Fraser, H. O. Smith, C. R. Woese, J. C. Venter, Science 273, 1058 (1996).
73. T. Kaneko, S. Sato, H. Kotani, A. Tanaka, E. Asamizu, Y. Nakamura, N. Miyajima, M. Hirosawa, M. Sugiura, S. Sasamoto, T. Kimura, T. Hosouchi, A. Matsuno, A. Muraki, N. Nakazaki, K. Naruo, S. Okumura, S. Shimpo, C. Takeuchi, T. Wada, A. Watanabe, M. Yamada, M. Yasuda, S. Tabata, DNA Res. 3, 109 (1996).
74. T. Kaneko, S. Sato, H. Kotani, A. Tanaka, E. Asamizu, Y. Nakamura, N. Miyajima, M. Hirosawa, M. Sugiura, S. Sasamoto, T. Kimura, T. Hosouchi, A. Matsuno, A. Muraki, N. Nakazaki, K. Naruo, S. Okumura, S. Shimpo, C. Takeuchi, T. Wada, A. Watanabe, M. Yamada, M. Yasuda, S. Tabata, DNA Res. 3, 185 (1996).
75. R. Himmelreich, H. Hilbert, H. Plagens, E. Pirkl, B.-C. Li, R. Herrmann, Nucleic Acids Res. 24, 4420 (1996).
76. A. Goffeau, B. G. Barrell, H. Bussey, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, S. G. Oliver, Science 274, 546 (1996).
77. The genome of Escherichia coli was completed in January 1997, Blattner and Mori, personal communication.
78. I. Humphery-Smith, and W. Blackstock, J. Protein Chem. (1997) (in press).