Rational design of specific high-affinity peptide ligands for the Abl- SH3 domain

Biochemistry

Volumn 35, Issue 33, 1996, Pages 10634-10640

  Pisabarro, M T ^a   Serrano, L ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MUTANT PROTEIN;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; CIRCULAR DICHROISM; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR CLONING; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN EXPRESSION;

AMINO ACID SEQUENCE; CLONING, MOLECULAR; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTAGENESIS; OLIGOPEPTIDES; PROTO-ONCOGENE PROTEINS; PROTO-ONCOGENE PROTEINS C-ABL; PROTO-ONCOGENE PROTEINS C-FYN; SRC HOMOLOGY DOMAINS;

EID: 0029782121     PISSN: 00062960     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bi960203t     Document Type: Article

References (57)

1. Alexandropoulos, K., Cheng, G., & Baltimore, D. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92, 3110-3114.
2. Bohm, H. J. (1992a) J. Comput.-Aided Mol. Des. 6, 61-78.
3. Bohm, H. J. (1992b) J. Comput.-Aided Mol. Des. 6, 593-606.
4. Booker, G. W., Gout, I., Downing, A. K., Driscoll, P. C., Boyd, J., Waterfield, M. D., & Campbell, I. D. (1993) Cell 73, 813-822.
5. Borchert, T. V., Mathieu, M., Zeelen, J. P., Courtneidge, S. A., & Wierenga, R. K. (1994) FEBS Lett. 341, 79-85.
6. Cheadle, C., Ivashchenko, Y., South, V., Searfoss, G. H., French, S., Howk, R., Ricca, G. A., & Jaye, M. (1994) J. Biol. Chem. 269, 24034-24039.
7. Chen, J. K., Lane, W. S., Brauer, A. W., Tanaka, A., & Schreiber, S. L. (1993) J. Am. Chem. Soc. 115, 12591-12592.
8. Cicchetti, P., Mayer, B. J., Thiel, G., & Baltimore, D. (1992) Science 257, 803-806.
9. Combs, A. P., Kapoor, T. M., Feng, S., Chen, J. K., Daude-Snow, L. F., & Schreiber, S. L. (1996) J. Am. Chem. Soc. 118, 287-288.
10. Cussac, D., Frech, M., & Chardin, P. (1994) EMBO J. 13, 4011-4021.
11. Eck, M. J., Atwell, S. K., Shoelson, S. E., & Harrison, S. C. (1994) Nature 368, 764-769.
12. Farrow, N. A., Zhang, O., Forman, K. J., & Kay, L. E. (1994) J. Biomol. NMR 4, 727-734.
13. Feng, S., Chen, J. K., Yu, H., Simon, J. A., & Schreiber, S. L. (1994) Science 266, 1241-1247.
14. Goodford, P. J. (1985) J. Med. Chem. 28, 849-857.
15. Gosser, Q. Y., Zheng, J., Overduin, M., Mayer, B. J., & Cowburn, D. (1995) Structure 3, 1075-1086.
16. Grzesiek, S., Bax, A., Clore, M., Gronenborn, A. M., Hu, J., Haufman, J., Palmer, I., Stahl, S. J., & Wingfield P. T. (1996) Nat. Struct. Biol. 3, 340-345.
17. INSIGHTII, (1993) Biosym Technologies, 9685 Scranton Road, San Diego, CA 92121-2777.
18. Knudsen, B. S., Zheng, J., Feller, S. M., Mayer, J. P., Burrell, S. K., Cowburn, D., & Hanafusa, H. (1995) EMBO J. 14, 2191-2198.
19. Kohda, D., Hatanaka, H., Odaka, M., Mandiyan, V., Ullrich, A., Schlessinger, J., & Inagaki, F. (1993) Cell 72, 953-960.
20. Kohda, D., Terasawa, H., Ichikawa, S., Ogura, K., Hatanaka, H., Mandiyan, V., Ullrich, A., Schlessinger, J., & Inagaki, F. (1994) Structure 2, 1029-1040.
21. Koyama, S., Yu, H., Dalgarno, D. C., Shin, T. B., Zydowsky, L. D., & Schreiber, S. L. (1993) FEBS Lett. 324, 93-98.
22. Liang, J., Chen, J. K., Schreiber, S. L., & Clardy, J. (1996) J. Mol. Biol. 257, 632-643.
23. Lim, W. A., Fox, R. O., & Richards, F. M. (1994a) Protein Sci. 3, 1261-1266.
24. Lim, W. A., Richards, F. M., & Fox, R. O. (1994b) Nature 372, 375-379.
25. Maignan, S. G., Guilloteau, J.-P., Fromage, N., Arnoux, B., Becquart, J., & Ducruix, A. (1995) Science 268, 291-293.
26. Mayer, B. J., Hamaguchi, M., & Hanafusa, H. (1988) Nature 332, 272-275.
27. Muñoz, V., & Serrano, L. (1994) Proteins 20, 301-311.
28. Musacchio, A., Gibson, T., Lehto, V. P., & Saraste, M. (1992a) FEBS Lett. 307, 55-61.
29. Musacchio, A., Noble, M., Pauptit, R., Wierenga, R., & Saraste, M. (1992b) Nature 359, 851-855.
30. Musacchio, A., Saraste, M., & Wilmanns, M. (1994a) Nat. Struct. Biol. 1, 546-551.
31. Musacchio, A., Wilmanns, M., & Saraste, M. (1994b) Prog. Biophys. Mol. Biol. 61, 283-297.
32. Noble, M. E., Musacchio, A., Saraste, M., Courtneidge, S. A., & Wierenga, R. K. (1993) EMBO J. 12, 2617-2624.
33. Pawson, T. (1992) Curr. Opin. Struct. Biol. 2, 432-437.
34. Pawson, T. (1995) Nature 373, 573-580.
35. Pawson, T., & Gish, G. D. (1992) Cell 71, 359-362.
36. Pawson, T. S. J. (1993) Curr. Biol. 3, 434-445.
37. Pearlman, D. A., Case, D., Caldwell, J. C., Seibel, G. L., Singh, U. C., Weiner, P., & Kollman, P. A. (1991) University of California, San Francisco.
38. Pisabarro, M. T., Ortiz, A. R., Palomer, A., Cabre, F., Garcia, L., Wade, R. C., Gago, F., Mauleon, D., & Carganico, G. (1994a) J. Med. Chem. 57, 337-41.
39. Pisabarro, M. T., Ortiz, A. R., Serrano, L., & Wade, R. C. (1994b) Proteins 20, 203-215.
40. Pisabarro, M. T., Ortiz, A. R., Viguera, A. R., Gago, F., & Serrano, L. (1994c) Protein Eng. 7, 1455-1462.
41. Rabanal, F., Ludevid, M. D., Pons, M., & Giralt, E. (1993) Biopolymers 33, 1019-1028.
42. Ren, R., Mayer, B. J., Cicchetti, P., & Baltimore, D. (1993) Science 259, 1157-1161.
43. Rickles, R. J., Botfield, M. C., Weng, Z., Taylor, J. A., Green, O. M., Brugge, J. S., & Zoller, M. J. (1994) EMBO J. 13, 5598-5604.
44. Schlessinger, J. (1994) Curr. Opin. Genet. Dev. 4, 25-30.
45. Sparks, A. B., Quilliam, L. A., Thorn, J. M., Der, C. J., & Kay, B. K. (1994) J. Biol. Chem. 269, 23853-23856.
46. Sparks, A. B., Rider, J. E., Hoffman, N. G., Fowlkes, D. M., Quilliam, L. A., & Kay, B. K. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 1540-1544.
47. Swindells, M. B., MacArthur, M. W., & Thornton, J. M. (1995) Nat. Struct. Biol. 2, 596-603.
48. Terasawa, H., Kohda, D., Hatanaka, H., Tsuchiya, S., Ogura, K., Nagata, K., Ishii, S., Mandiyan, V., Ullrich, A., Schlessinger, J., & Inagaki, F. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 891-897.
49. Viguera, A. R., Arrondo, J. L., Musacchio, A., Saraste, M., & Serrano, L. (1994) Biochemistry 33, 10925-10933.
50. Weng, Z., Rickles, R. J., Feng, S., Richard, S., Shaw, A. S., Schreiber, S. T., & Brugge, J. S. (1995) Mol. Cell. Biol. 5627-5634.
51. Williamson, M. P. (1994) Biochem J. 297, 249-260.
52. Wittekind, M., Mapelli, C., Farmer, B. N., Suen, K. L., Goldfarb, V., Tsao, J., Lavoie, T., Barbacid, M., Meyers, C. A., & Mueller, L. (1994) Biochemistry 33, 13531-13539.
53. Wu, X., Knudsen, B., Feller, M. S., Zheng, J., Sali, A., Cowburn, D., Hanafusa, H., & Kuriyan, J. (1995) Structure 3, 215-226.
54. Yang, Y. S., Garbay, C., Duchesne, M., Cornille, F., Jullian, N., Fromage, N., Tocque, B., & Roques, B. P. (1994) EMBO J. 13, 1270-1279.
55. Yu, H., Rosen, M. K., Shin, T. B., Seidel, D. C., Brugge, J. S., & Schreiber, S. L. (1992) Science 258, 1665-1668.
56. Yu, H., Rosen, M. K., & Schreiber, S. L. (1993) FEBS Lett. 324, 87-92.
57. Yu, H., Chen, J. K., Feng, S., Dalgarno, D. C., Brauer, A. W., & Schreiber, S. L. (1994) Cell 76, 933-945.