An energy function for dynamics simulations of polypeptides in torsion angle space

Journal of Chemical Physics

Volumn 108, Issue 19, 1998, Pages 8264-8276

  Sartori, F ^a   Melchers, B ^a   Bottcher H ^a   Knapp, E W ^a  

^a FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0012289137     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.476181     Document Type: Article

References (52)

1. P. R. Gerber, Biopolymers 32, 1003 (1992).
2. C. J. Camacho and D. Thirumalai, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 6369 (1993).
3. A. Kokinski and J. Skolnick, Proteins 18, 338 (1994).
4. A. Kokinski and J. Skolnick, Proteins 18, 353 (1994).
5. N. L. Nunes, K. Chen, and J. S. Hutchinson, J. Phys. Chem. 100, 10,443 (1996).
6. B. Park and M. Levitt, J. Mol. Biol. 258, 367 (1996).
7. E. I. Shakhnovich, Phys. Rev. Lett. 72, 3907 (1994).
8. E. Shakhnovich, G. Farztdinov, A. M. Gutin, and M. Karplus, Phys. Rev. Lett. 67, 1665 (1991).
9. K. A. Dill, S. Bromberg, K. Yue, K. M. Fiebig, D. P. Yee, P. D. Thomas, and H. S. Chan, Protein Sci. 4, 561 (1995).
10. J. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. Berendsen, J. Comput. Chem. 23, 327 (1977).
11. W. van Gunsteren, in Advances in Biomedical Simulations, AIP Conf. Proc. No. 239 (AIP, New York, 1991).
12. F. Bernstein, T. Koetzle, G. Williams, and E. Meyer, J. Mol. Biol. 122, 535 (1977).
13. R. Engh and R. Huber, Acta Crystallogr., Sect. A: Found. Crystallogr. 47, 392 (1991).
14. G. Schulz and R. Schirmer, Principles of Protein Structure (Springer, New York, 1979), ninth printing, 1990.
15. W. F. van Gunsteren and M. Karplus, Macromolecules 15, 1528 (1982).
16. R. A. Abagyan and A. K. Mazur, J. Biomol. Struct. Dyn. 4, 833 (1989).
17. G. Kneller and K. Hinsen, Phys. Rev. E 50, 1559 (1994).
18. S. Reich, Phys. Rev. E 53, 4176 (1996).
19. N. Metropolis, A. W. Rosenbluth, M. N. Rosenbluth, A. H. Teller, and E. Teller, J. Chem. Phys. 21, 1087 (1953).
20. D. Hoffmann and E. W. Knapp, Eur. Biophys. J. 24, 387 (1996).
21. F. Momany, R. McGuire, A. Burgess, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 79, 2361 (1975).
22. M. J. Sippl, G. Némethy, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 88, 6231 (1984).
23. S. S. Zimmermann, M. S. Pottle, G. Némethy, and H. A. Scheraga, Macromolecules 10, 1 (1977).
24. M. Vásquez, G. Némethy, and H. A. Scheraga, Macromolecules 16, 1043 (1983).
25. I. Roterman, M. Lambert, K. Gibson, and H. Scheraga, J. Biomol. Struct. Dyn. 7, 421 (1989).
26. G. Némethy, K. D. Gibson, K. Palmer, C. N. Yoon, G. Paterlini, A. Zagari, S. Rumsey, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 96, 6472 (1992).
27. Y. K. Kang, K. T. No, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem. 100, 15588 (1996).
28. F. Sartori, Ph.D. thesis, Freie Universität Berlin, 1997.
29. R. W. Hooft, B. P. van Eijck, and J. Kroon, J. Chem. Phys. 97, 6690 (1992).
30. R. Schmid, B. Teo, and J. Brady, J. Phys. Chem. 99, 11,339 (1995).
31. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, I. W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, J. Phys. Chem. (in press).
32. L. Dodd, T. Boone, and D. Theodorou, Mol. Phys. 78, 961 (1993).
33. W. van Gunsteren and M. Karplus, Nature (London) 293, 677 (1981).
34. S. Sun, Biophys. J. 69, 340 (1995).
35. S. Kumar, D. Bouzida, R. H. Swendsen, P. A. Kollman, and J. M. Rosenberg, J. Comput. Chem. 13, 1011 (1992).
36. S. Kumar, J. M. Rosenberg, D. Bouzida, R. H. Swendsen, and P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 11, 1339 (1995).
37. E. M. Boczko and C. L. Brooks, J. Phys. Chem. 97, 4509 (1993).
38. T. C. Beutler, T. Bremi, R. R. Ernst, and W. van Gunsteren, J. Phys. Chem. 100, 2637 (1996).
39. T. C. Beutler and W. F. van Gunsteren, J. Phys. Chem. 100, 1492 (1994).
40. R. J. Loncharich, B. R. Brooks, and R. W. Pastor, Biopolymers 32, 523 (1992).
41. B. A. Berg and T. Neuhaus, Phys. Rev. Lett. 68, 9 (1992).
42. G. Jeffrey and W. Saenger, Hydrogen Bonding in Biological Structures, 2nd ed. (Springer-Verlag, New York, 1994).
43. S. McDowell and A. Buckingham, Chem. Phys. Lett. 182, 551 (1991).
44. H. Gutowsky, C. Chuang, J. Keen, T. Klots, and T. Emilsson, J. Chem. Phys. 83, 2070 (1985).
45. A. Buckingham and L. Fan-Chen, Int. Rev. Phys. Chem. 1, 253 (1981).
46. K. A. Sharp and B. Honig, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 19, 301 (1990).
47. A. Warshel and J. Åqvist, Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 20, 267 (1991).
48. B. A. Luty, M. E. Davis, and J. A. McCammon, J. Comput. Chem. 9, 1114 (1992).
49. M. Schaefer and M. Karplus, J. Phys. Chem. 100, 1578 (1996).
50. G. Perrot, B. Cheng, J. Vila, K. Palmer, A. Nayeem, B. Maigret, and H. Scheraga, J. Comput. Chem. 13, 1 (1992).
51. F. Eisenmenger, P. Argos, and R. Abagyan, J. Mol. Biol. 231, 849 (1993).
52. J. Hirst, M. Vieth, J. Skolnick, and C. Brooks, Protein Eng. 9, 657 (1996).