Computational modeling of catalysis and binding in low-molecular-weight protein tyrosine phosphatase

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 73, Issue 2, 1999, Pages 147-159

  Kolmodin, Karin ^a   Aqvist, Johan ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

Empirical valence bond method; Enzyme catalysis; Free energy perturbation; Molecular dynamics; Protein tyrosine phosphatase

Indexed keywords

EID: 0000789754     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-461X(1999)73:2<147::AID-QUA9>3.0.CO;2-M     Document Type: Article

References (68)

1. Hunter, T. Cell 1989, 58, 1013-1016.
2. Ramponi, G.; Manao, G.; Camici, G.; Cappugi, G.; Ruggiero, M.; Bottaro, D. P. FEBS Lett 1989, 250, 469-473.
3. Fischer, E. H.; Charbonneau, H.; Tonks, N. K. Science 1991, 253, 401-406.
4. Ruggiero, M.; Pazzagli, C.; Rigacci, S.; Magnelli, L.; Raugei, G.; Berti, A.; Chiarugi, V. P.; Pierce, J. H.; Camici, G.; Ramponi, G. FEBS Lett 1993, 326, 294-298.
5. Mondesert, O.; Moreno, S.; Russel, P. J Biol Chem 1994, 269, 27996-27999.
6. Barford, D.; Jia, Z.; Tonks, N. K. Nature Struct Biol 1995, 2, 1043-1053.
7. Stuckey, J. A.; Schubert, H. L.; Fauman, E. B.; Zhang, Z.-Y.; Dixon, J. E.; Saper, M. A. Nature 1994, 370, 571-575.
8. Su, X.-D.; Taddei, N.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Nordlund, P. Nature 1994, 370, 575-578.
9. Logan, T. M.; Zhou, M. M.; Nettesheim, D. G.; Meadows, R. P.; Van Etten, R. L.; Fersik, S. W. Biochemistry 1994, 33, 11087-11096.
10. Zhang, M.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry 1994, 33, 11097-11105.
11. Barford, D.; Flint, A. J.; Tonks, N. K. Science 1994, 263, 1397-1404.
12. Jia, Z.; Barford, D.; Flint, A. J.; Tonks, N. K. Science 1995, 268, 1754-1758.
13. Yuvaniyama, J.; Denu, J. M.; Dixon, J. E.; Saper, M. A. Science 1996, 272, 1328-1331.
14. Bilwes, A. M.; den Hertog, J.; Hunter, T.; Noel, J. P. Nature 1996, 382, 555-559.
15. Fauman, E. B.; Yuvaniyama, C.; Schubert, H. L.; Stuckey, J. A.; Saper, M. A. J Biol Chem 1996, 271, 18780-18788.
16. Zhang, M.; Zhou, M.; Van Etten, R. L.; Stauffacher, C. V. Biochemistry 1997, 36, 15-23.
17. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; Wiley: New York, 1991.
18. Warshel, A.; Sussman, F.; Hwang, J.-K. J Mol Biol 1988, 201, 139-159.
19. Åqvist, J.; Warshel, A. Chem Rev 1993, 93, 2523-2544.
20. Zhang, Z.-Y.; Malachowski, W. P.; Van Etten, R. L.; Dixon, J. E. J Biol Chem 1994, 269, 8140-8145.
21. Zhang, Z.-Y. J Biol Chem 1995, 270, 11199-11204.
22. Denu, J. M.; Zhou, G.; Guo, Y.; Dixon, J. E. Biochemistry 1995, 34, 3396-3403.
23. Evans, B.; Tishmack, P. A.; Pokalsky, C.; Zhang, M.; Van Erten, R. L. Biochemistry 1996, 35, 13609-13617.
24. Rigacci, S.; Degl'Inocenti, D.; Bucciantini, M.; Cirri, P.; Berti, A.; Ramponi, G. J Biol Chem 1996, 271, 1278-1281.
25. Tailor, P.; Gilman, J.; Williams, S.; Couture, C.; Mustelin, T. J Biol Chem 1997, 272, 5371-5374.
26. Saini, M. S.; Buchwald, S. L.; Van Etten, R. L.; Knowles, J. R. J Biol Chem 1981, 256, 10453-10455.
27. Chiarugi, P.; Marzocchini, R.; Raugei, G.; Pazzagli, C.; Berti, A.; Camici, G.; Manao, G.; Cappugi, G.; Ramponi, G. FEBS Lett 1992, 310, 9-12.
28. Cirri, P.; Chiarugi, P.; Camici, G.; Manao, G.; Raugei, G.; Cappugi, G.; Ramponi, G. Eur J Biochem 1993, 214, 647-657.
29. Guan, K.-L.; Dixon, J. E. J Biol Chem 1991, 266, 17026-17030.
30. Zhang, Z.-Y.; Dixon, J. E. Advan Enzymol 1994, 68, 1-36.
31. Zhang, Z.-Y.; Wang, Y.; Dixon, J. E. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 1624-1627.
32. Davis, J. P.; Zhou, M.-M.; Van Etten, R. L. J Biol Chem 1994, 269, 8734-8740.
33. Zhang, Z.-Y.; Van Etten, R. L. J Biol Chem 1991, 266, 1516-1525.
34. Taddei, N.; Chiarugi, P.; Cirri, P.; Fiaschi, T.; Stefani, M.; Camici, M.; Raugei, G.; Ramponi, G. FEBS Lett 1994, 350, 328-332.
35. Zhang, Z.-Y.; Davis, J. P.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1992, 31, 1701-1711.
36. Wu, L.; Zhang, Z.-Y. Biochemistry 1996, 35, 5426-5435.
37. Peters, G. H.; Frimurer, T. M.; Olsen, O. H. Biochemistry 1998, 37, 5383-5393.
38. Hansson, T.; Nordlund, P.; Åqvist, J. J Mol Biol 1997, 265, 118-127.
39. Kolmodin, K.; Hansson, T.; Danielsson, J.; Åqvist, J. ACS Symp Ser 1998, 721.
40. Florian, J.; Warshel, A. J Phys Chem B 1998, 102, 719-734.
41. Florian, J.; Åqvist, J.; Warshel, A. J. Amer Chem Soc 1998, 120, 11524-11525.
42. Gorenstein, D. G.; Luxon, B. A.; Findlay, J. B. J Am Chem Soc 1979, 101, 5869-5875.
43. Yliniemela, A.; Uchimaru, T.; Kanabe, K.; Taira, K. J Am Chem Soc 1993, 115, 3032-3033.
44. Åqvist, J.; Kolmodin, K.; Florian, J.; Warshel, A. 1998.
45. Guthrie, J. P. J Am Chem Soc 1977, 99, 3991-4001.
46. Åqvist, J.; Fothergill, M. J Biol Chem 1996, 271, 10010-10016.
47. Kirby, A. J.; Varvoglis, A. G. J Am Chem Soc 1967, 89, 415-423.
48. Åkerfeldt, S. Acta Chem Scand 1963, 17, 319-328.
49. Bourne, N.; Williams, A. J Org Chem 1984, 49, 1200-1204.
50. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Science 1992, 256, 213-217.
51. Karle, J. M.; Karle, I. I. Acta Cryst C 1988, 44, 135-138.
52. Alhambra, C.; Wu, L.; Zhang, Z.-Y.; Gao, J. J Am Chem Soc 1998, 120, 3858-3866.
53. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual; Biomos: Groningen, The Netherlands, 1987.
54. Åqvist, J.; Marelius, J. Q, Version 3; Uppsala University, 1998.
55. King, G.; Warshel, A. J Chem Phys 1989, 91, 3647-3661.
56. Essex, J. W.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 1995, 16, 951-972.
57. Lee, F. S.; Warshel, A. J Chem Phys 1992, 97, 3100-3107.
58. Zhang, Z.-Y.; Van Etten, R. L. Biochemistry 1991, 30, 8954-8959.
59. Zhang, Z.; Harms, E.; Van Etten, R. L. J Biol Chem 1994, 269, 25947-25950.
60. Zhang, Z.-Y.; Van Etten, R. L. Arch Biochem Biophys 1990, 282, 39-49.
61. Åqvist, J. J Comput Chem 1996, 17, 1587-1597.
62. Åqvist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J.-E. Protein Eng 1994, 7, 385-391.
63. Marelius, J.; Graffner-Nordberg, M.; Hansson, T.; Hallberg, A.; Åqvist, J. J Comput-Aided Mol Design 1998, 12, 119-131.
64. Hengge, A. C.; Zhao, Y.; Wu, L.; Zhang, Z.-Y. Biochemistry 1997, 36, 7928-7936.
65. Pope, M. T.; Dale, B. W. Q. Rev Chem Soc 1968, 22, 527-548.
66. Scheffzek, K.; Ahmadian, M. R.; Kabsch, W.; Weismöller, L.; Lautwein, A.; Schmitz, F.; Wittinghofer, A. Science 1997, 277, 333-338.
67. Sondek, J.; Lambright, D. G.; Noel, J. P.; Hamm, H. E.; Sigler, P. B. Nature 1994, 372, 276-279.
68. Langen, R.; Schweins, T.; Warshel, A. Biochemistry 1992, 31, 8691-8696.