Simple method for locating possible ligand binding sites on protein surfaces

Journal of Computational Chemistry

Volumn 20, Issue 9, 1999, Pages 983-988

  Bliznyuk, Andrey A ^a,b   Gready, Jill E ^a  

^a Biology and Environment   (Australia)

^b AUSTRALIAN NATIONAL UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

Enzyme active sites; Fast fourier transform (FFT); Molecular docking; Protein binding sites; Van der Waals (vdW) interactions

Indexed keywords

EID: 0000416633     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19990715)20:9<983::AID-JCC9>3.0.CO;2-R     Document Type: Article

References (28)

1. Balbes, L. M.; Mascarella, S. W.; Boyd, D. B. In: Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., eds. Reviews in Computational Chemistry, Vol. 5; VCH: New York, 1994, p 337.
2. Böhm, H. J.; Klebe, G. Angew Chem Int Ed Engl 1996, 35, 2589.
3. Murcko, M. A. In: Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., eds. Reviews in Computational Chemistry, Vol. 11; Wiley-VCH: New York, 1997, p 1.
4. Bobbyer, D. N. A.; Goodford, P. J.; McWhinnie, P. M.; Wade, R. C. J Med Chem 1989, 32, 1083.
5. Reynolds, C. A.; Wade, R. C.; Goodford, P. J. J Mol Graph 1989, 7, 103.
6. Ruppert, J.; Welch, W.; Jain, A. N. Prot Sci 1997, 6, 524.
7. Kunz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Venkataraghavan, R. J Med Chem 1986, 29, 2149.
8. Lin, S. L.; Nussinov, R. J. J Mol Graph 1996, 14, 78.
9. Fischer, D.; Lin, S. L.; Wolfson, H. L.; Nussinov, R. J. J Mol Biol 1995, 248, 459.
10. Kasinos, N.; Lilley, G. A.; Subbarao, N.; Haneel, I. Prot Eng 1992, 5, 69.
11. Katchalski-Katzir, E.; Shariv, I.; Eisenstein, M.; Friesem, A. A.; Aflalo, C.; Vakser, I. A. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 2195.
12. Vakser, I. A.; Aflalo, C. Proteins 1994, 20, 320.
13. Bliznyuk, A. A.; Gready, J. E. Unpublished results.
14. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J Am Chem Soc 1998, 110, 1664.
15. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Cadwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
16. Harrison, R. W.; Kourinov, I. V.; Andrews, L. C. Prot Eng 1994, 7, 359.
17. Luty, B. A.; Wasserman, Z. R.; Stouten, P. F. W.; Hodge, C. N.; Zacharias, M.; McCammon, J. A. J Comput Chem 1995, 16, 454.
18. Rarey, M.; Wefing, S.; Lengaur, T. J Comput-Aid Mol Des 1996, 10, 41.
19. Gschwend, D. A.; Kuntz, I. D. J Comput-Aid Mol Des 1996, 10, 123.
20. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. D.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535.
21. INSIGHT II, Version 95, October 1995. Molecular Simulations Inc., 9685 Scranton Road, San Diego, CA 92121-3752.
22. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1984, 5, 129.
23. Besler, B. H.; Merz, K. M., Jr.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1990, 11, 431.
24. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Peterson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; AlLaham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. GAUSSIAN-94 (Revision C.2); Gaussian Inc.: Carnegie, PA.
25. DELPHI Program, Biosym Technologies, Version 2.5, 1993. Molecular Simulations Inc.: San Diego, CA.
26. Bliznyuk, A. A.; Gready, J. E. J Phys Chem 1995, 99, 14506.
27. Bliznyuk, A. A.; Gready, J. E. J Comput-Aid Mol Des 1998, 12, 325.
28. Kollman, P. A. Curr Opin Struct Biol 1994, 4, 240.