Development of a potential surface for simulation of proton and hydride transfer reactions in solution: Application to NADH hydride transfer

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 101, Issue 21, 1997, Pages 3977-3989

  Hurley, M M ^a   Hammes Schiffer, Sharon ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000285389     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp970269d     Document Type: Article

References (62)

1. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
2. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; K. M. Merz, J.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
3. Chandrasekhar, J.; Smith, S. F.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 154.
4. Scheiner, S.; Duan, X. In Modeling the Hydrogen Bond; Smith, D., Ed.; American Chemical Society: Washington, DC, 1994; Chapter 8.
5. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
6. Singh, U.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
7. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
8. Aqvist, J.; Warshel, A. Chem. Rev. 1993, 93, 2523.
9. Gao, J. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298.
10. Cha, Y.; Murray, C. J.; Klinman, J. P. Science 1989, 243, 1325.
11. Bahnson, B. J.; Park, D.-H.; Kim, K.; Plapp, B. V.; Klinman, J. P. Biochemistry 1993, 32, 5503.
12. Huskey, W. P.; Schowen, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 5704.
13. Powell, M. F.; Bruice, T. C. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 7139.
14. Hammes-Schiffer, S.; Tully, J. C. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4657.
15. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Chem. Phys. 1990, 93, 4003.
16. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; John Wiley: New York, 1991.
17. Azzouz, H.; Borgis, D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 7361.
18. Laria, D.; Ciccotti, G.; Ferrario, M.; Kapral, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 378.
19. Staib, A.; Borgis, D.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1995, 102, 2487.
20. Bala, P.; Grochowski, P.; Lesyng, B.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2535.
21. Lobaugh, J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2056.
22. Brewster, M. E.; Kaminski, J. J.; Huang, M.-J.; Bodor, N. J. Org. Chem. 1990, 55, 2361.
23. Bodor, N.; Brewster, M.; Kaminski, J. J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1990, 206, 315.
24. Donkersloot, M. C. A.; Buck, H. M. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 6554.
25. Wu, Y.-D.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2353.
26. Wu, Y.-D.; Houk, K. N. J. Org. Chem. 1993, 58, 2043.
27. Wu, Y.-D.; Lai, D. K. W.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4100.
28. Deng, H.; Zheng, J.; Sloan, D.; Burgner, J.; Callender, R. Biochemistry 1992, 31, 5085.
29. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1989, 183, 161.
30. Cummins, P. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1990, 11, 791.
31. Norris, K. E.; Gready, J. E. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1993, 279, 99.
32. Ranganathan, S.; Gready, J. E. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1994, 90, 2047.
33. Almarsson, O.; Bruice, T. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2125.
34. Vanhommerig, S. A. M.; Meier, R. J.; Sluyterman, L. A.; Meijer, E. M. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1996, 364, 33.
35. Tapia, O.; Cardenas, R.; Andrés, J.; Krechl, J.; Campillo, M.; Colonna-Cesari, F. Int. J. Quantum Chem. 1991, 39, 767.
36. Cárdenas, R.; Andrés, J.; Krechl, J.; Campillo, M.; Tapia, O. Int. J. Quantum Chem. 1996, 57, 245.
37. Andrés, J.; Moliner, V.; Safont, V. S.; Domingo, L. R.; Picher, M. T. J. Org. Chem. 1996, 61, 7777.
38. von Onciul, A. R.; Clark, T. J. Comput. Chem. 1993, 14, 392.
39. Beijer, N. A.; Buck, H. M.; Sluyterman, L. A. A.; Meijer, E. M. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1039, 227.
40. Olson, L. P.; Luo, J.; Almarsson, O.; Bruice, T. C. Biochemistry 1996, 35, 9782.
41. Ho, L. L.; MacKerell, Jr., A. D.; Bash, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4466.
42. Kreevoy, M. M.; Ostovic, D.; Lee, I.-S. H.; Binder, D. A.; King, G. W. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 524.
43. Kim, Y.; Truhlar, D. G.; Kreevoy, M. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7837.
44. Yadav, A.; Jackson, R. M.; Holbrook, J. J.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4800.
45. Hwang, J.-K.; Chu, Z. T.; Yadav, A.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 8445.
46. Meng, E. C.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11460.
47. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
48. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
49. Ciccotti, G.; Ferrario, M.; Ryckaert, J.-P. Mol. Phys. 1982, 47, 1253.
50. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
51. Jorgensen, W. L.; Briggs, J. M. Mol. Phys. 1988, 63, 547.
52. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335.
53. Weast, R. C., Ed.; CRC Handbook of Chemistry and Physics, 63rd ed.; CRC Press, Inc.: Boca Raton, FL, 1982.
54. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, Revision B.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
55. Foresman, J. B.; Frisch, A. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 2nd ed.; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1996.
56. Eisenberg, D.; Crothers, D. Physical Chemistry with Application to the Life Sciences; Benjamin/Cummings: Menlo Park, CA, 1979.
57. Andres, J.; Safont, V. S.; Martins, J. B. L.; Beltran, A.; Moliner, V. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1995, 330, 411.
58. Kvassman, J.; Pettersson, G. Eur. J. Biochem. 1980, 105, 565.
59. Ohno, A.; Kashiwagi, K.; Ishihara, Y. Tetrahedron 1986, 42, 961.
60. Ohno, A.; Tsutsumi, A.; Kawai, Y.; Yamakazi, N.; Mikata, Y.; Okamura, M. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8133.
61. Windholz, M., Ed. The Merck Index, 10th ed.; Merck & Co., Inc.: Rahway, NJ, 1983.
62. Pavelites, J. J.; Gao, J.; Bash, P. A.; Mackerell, Jr., A. D. J. Comput. Chem. 1997, 18, 221.