Moving the needle: Optimizing classification for glioma

Science Translational Medicine

Volumn 8, Issue 350, 2016, Pages 350fs14-

  Verhaak, Roel G W ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS MD ANDERSON CANCER CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TEMOZOLOMIDE; TUMOR MARKER;

ARTICLE; ASTROCYTOMA; CANCER CLASSIFICATION; CANCER GRADING; DNA METHYLATION; FOLLOW UP; GENE MUTATION; GENETIC ANALYSIS; GLIOBLASTOMA; GLIOMA; GLIOMA CELL LINE; HUMAN; OLIGODENDROGLIOMA; OUTCOME ASSESSMENT; PRIORITY JOURNAL; PROMOTER REGION; SURVIVAL RATE; BRAIN TUMOR; CLASSIFICATION; METABOLISM;

ASTROCYTOMA; BIOMARKERS, TUMOR; BRAIN NEOPLASMS; GLIOBLASTOMA; GLIOMA; HUMANS; OLIGODENDROGLIOMA;

EID: 84982861748     PISSN: 19466234     EISSN: 19466242     Source Type: Journal    
DOI: 10.1126/scitranslmed.aah4740     Document Type: Article

References (10)

1. Q. T. Ostrom,H. Gittleman, J. Fulop,M. Liu, R. Blanda, C. Kromer, Y. Wolinsky, C. Kruchko, J. S. Barnholtz-Sloan, CBTRUS statistical report: Primary brain and central nervous system tumors diagnosed in the United States in 2008-2012. Neuro. Oncol. 17, iv1-iv62 (2015).
2. Cancer Genome Atlas Research Network, Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways. Nature 455, 1061-1068 (2008).
3. P. J. M. Valk, R. G. W. Verhaak, M. A. Beijen, C. A. J. Erpelinck, S. B. van Waalwijk van Doorn-Khosrovani, J. M. Boer, H. B. Beverloo, M. J. Moorhouse, P. J. van der Spek, B. Löwenberg, R. Delwel, Prognostically useful geneexpression profiles in acute myeloid leukemia. N. Engl. J. Med. 350, 1617-1628 (2004).
4. R. G. W. Verhaak, K. A. Hoadley, E. Purdom, V. Wang, Y. Qi, M. D. Wilkenson, C. R. Miller, L. Ding, T. Golub, J. P. Mesirov, G. Alexe, M. Lawrence, M. O'Kelly, P. Tamayo, B. A. Weir, S. Gabriel, W. Winckler, S. Gupta, L. Jakkula, H. S. Feiler, J. G. Hodgson, C. D. James, J. N. Sarkaria, C. Brennan, A. Kahn, P. T. Spellman, R. K. Wilson, T. P. Speed, J. W. Gray, M. Meyerson, G. Getz, C. M. Perou, D. N. Hayes; The Cancer Genome Atlas Research Network, Integrated genomic analysis identifies clinically relevant subtypes of glioblastoma characterized by abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1. Cancer Cell 17, 98-110 (2010).
5. C. W. Brennan, R. G. Verhaak, A. McKenna, B. Campos, H. Noushemhr, S. R. Salama, S. Zheng, D. Chakravarty, J. Z. Sanborn, S. H. Berman, R. Beroukhim, B. Bernard, C.-J. Wu, G. Genovese, I. Shmulevich, J. Barnholtz-Sloan, L. Zou, R. Vegesna, S. A. Shukla, G. Ciriello, W. K. Yung, W. Zhang, C. Sougnez, T. Mikkelsen, K. Aldape, D. D. Bigner, E. G. Van Meir,M. Prados, A. Sloan, K. L. Black, J. Eschbacher, G. Finocchiaro, W. Friedman, D. W. Andrews, A. Guha, M. Iacocca, B. P. O'Neil, G. Foltz, J. Myers, D. J. Weisenberger, R. Penny, R. Kucherlapati, C. M. Perou, D. N. Hayes, R. Gibbs, M. Marra, G. B. Mills, E. Lander, P. Spellman, R. Wilson, C. Sander, J. Weinstein, M.Meyerson, S. Gabriel, P.W. Laird, D. Haussler, G. Getz, L. Chin; TCGA Research Network, The somatic genomic landscape of glioblastoma. Cell 155, 462-477 (2013).
6. H. Noushmehr, D. J. Weisenberger, K. Diefes, H. S. Phillips, K. Pujara, B. P. Berman, F. Pan, C. E. Pelloski, E. P. Sulman, K. P. Bhat, R. G. W. Verhaak, K. A. Hoadley, D. N. Hayes, C. M. Perou, H. K. Schmidt, L. Ding, R. K.Wilson, D. Van Den Berg, H. Shen, H. Bengtsson, P. Neuvial, L. M. Cope, J. Buckley, J. G. Herman, S. B. Baylin, P.W. Laird, K. Aldape; The Cancer Atlas Research Network, Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma. Cancer Cell 17, 510-522 (2010).
7. E. P. Sulman, M. Won, D. T. Blumenthal, M. A. Vogelbaum, H. Colman, R. B. Jenkins, A. Chakravarti, R. Jeraj, P. D. Brown, K. A. Jaeckle, D. Schiff, J. Dignam, J. N. Atkins, D. Brachman, M. Werner-Wasik, R. Komaki, M. R. Gilbert, M. P. Mehta, K. D. Aldape, Molecular predictors of outcome and response to bevacizumab (BEV) based on analysis of RTOG 0825, a phase III trial comparing chemoradiation (CRT) with and without BEV in patients with newly diagnosed glioblastoma (GBM). J. Clin. Oncol. 31, LBA2010 (2013).
8. The Cancer Genome Atlas Research Network, D. J. Brat, R. G. Verhaak, K. D. Aldape,W. K. Yung, S. R. Salama, L. A. Cooper, E. Rheinbay,C. R.Miller, M. Vitucci,O. Morozova, A. G. Robertson, H. Noushmehr, P. W. Laird, A. D. Cherniack, R. Akbani, J. T. Huse, G. Ciriello, L. M. Poisson, J. S. Barnholtz-Sloan, M. S. Berger, C. Brennan, R. R. Colen, H. Colman, A. E. Flanders, C. Giannini, M. Grifford, A. Iavarone, R. Jain, I. Joseph, J. Kim, K. Kasaian, T. Mikkelsen, B. A. Murray, B. P. O'Neill, L. Pachter, D. W. Parsons, C. Sougnez, E. P. Sulman, S. R. Vandenberg, E. G. Van Meir, A. von Deimling, H. Zhang, D. Crain, K. Lau, D. Mallery, S. Morris, J. Paulauskis, R. Penny, T. Shelton, M. Sherman, P. Yena, A. Black, J. Bowen, K. Dicostanzo, J. Gastier-Foster, K. M. Leraas, T. M. Lichtenberg, C. R. Pierson, N. C. Ramirez, C. Taylor, S. Weaver, L. Wise, E. Zmuda, T. Davidsen, J. A. Demchok, G. Eley, M. L. Ferguson, C. M. Hutter, K. R. Mills Shaw, B. A. Ozenberger, M. Sheth, H. J. Sofia, R. Tarnuzzer, Z. Wang, L. Yang, J. C. Zenklusen, B. Ayala, J. Baboud, S. Chudamani, M. A. Jensen, J. Liu, T. Pihl, R. Raman, Y. Wan, Y. Wu, A. Ally, J. T. Auman, M. Balasundaram, S. Balu, S. B. Baylin, R. Beroukhim, M. S. Bootwalla, R. Bowlby, C. A. Bristow, D. Brooks, Y. Butterfield, R. Carlsen, S. Carter, L. Chin, A. Chu, E. Chuah, K. Cibulskis, A. Clarke, S. G. Coetzee, N. Dhalla, T. Fennell, S. Fisher, S. Gabriel, G. Getz, R. Gibbs, R. Guin, A. Hadjipanayis, D. N. Hayes, T. Hinoue, K. Hoadley, R. A. Holt, A. P. Hoyle, S. R. Jefferys, S. Jones, C. D. Jones, R. Kucherlapati, P. H. Lai, E. Lander, S. Lee, L. Lichtenstein, Y. Ma, D. T. Maglinte, H. S. Mahadeshwar, M. A. Marra,M.Mayo, S. Meng,M. L.Meyerson, P. A. Mieczkowski, R. A. Moore, L. E. Mose, A. J. Mungall, A. Pantazi, M. Parfenov, P. J. Park, J. S. Parker, C. M. Perou, A. Protopopov, X. Ren, J. Roach, T. S. Sabedot, J. Schein, S. E. Schumacher, J. G. Seidman, S. Seth, H. Shen, J. V. Simons, P. Sipahimalani, M. G. Soloway, X. Song, H. Sun, B. Tabak, A. Tam, D. Tan, J. Tang, N. Thiessen, T. Triche Jr., D. J. Van Den Berg, U. Veluvolu, S. Waring, D. J. Weisenberger, M. D. Wilkerson, T. Wong, J. Wu, L. Xi, A. W. Xu, L. Yang, T. I. Zack, J. Zhang, B. A. Aksoy, H. Arachchi, C. Benz, B. Bernard, D. Carlin, J. Cho, D. DiCara, S. Frazer, G. N. Fuller, J. Gao, N. Gehlenborg, D. Haussler, D. I. Heiman, L. Iype, A. Jacobsen, Z. Ju, S. Katzman, H. Kim, T. Knijnenburg, R. B. Kreisberg, M. S. Lawrence, W. Lee, K. Leinonen, P. Lin, S. Ling, W. Liu, Y. Liu, Y. Liu, Y. Lu, G. Mills, S. Ng, M. S. Noble, E. Paull,A. Rao, S. Reynolds, G. Saksena, Z. Sanborn, C. Sander, N. Schultz, Y. Senbabaoglu, R. Shen, I. Shmulevich, R. Sinha, J. Stuart, S. O. Sumer, Y. Sun, N. Tasman, B. S. Taylor, D. Voet, N. Weinhold, J. N. Weinstein, D. Yang, K. Yoshihara, S. Zheng, W. Zhang, L. Zou, T. Abel, S. Sadeghi, M. L.Cohen, J. Eschbacher, E. M. Hattab, A. Raghunathan, M. J. Schniederjan, D. Aziz, G. Barnett, W. Barrett, D. D. Bigner, L. Boice, C. Brewer, C. Calatozzolo, B. Campos, C. G. Carlotti Jr., T. A. Chan, L. Cuppini, E. Curley, S. Cuzzubbo, K. Devine, F. DiMeco, R. Duell, J. B. Elder, A. Fehrenbach, G. Finocchiaro, W. Friedman, J. Fulop, J. Gardner, B. Hermes, C. Herold-Mende, C. Jungk, A. Kendler, N. L. Lehman, E. Lipp, O. Liu, R. Mandt, M. McGraw, R. Mclendon, C. McPherson, L. Neder, P. Nguyen, A. Noss, R.Nunziata, Q. T. Ostrom, C. Palmer, A. Perin, B. Pollo, A. Potapov, O. Potapova, W. K. Rathmell, D. Rotin, L. Scarpace, C. Schilero, K. Senecal, K. Shimmel, V. Shurkhay, S. Sifri, R. Singh, A. E. Sloan, K. Smolenski, S. M. Staugaitis, R. Steele, L. Thorne, D. P. Tirapelli, A. Unterberg, M. Vallurupalli, Y. Wang, R. Warnick, F. Williams, Y. Wolinsky, S. Bell, M. Rosenberg, C. Stewart, F. Huang, J. L. Grimsby, A. J. Radenbaugh, J. Zhang, Comprehensive, integrative genomic analysis of diffuse lower-grade gliomas. N. Engl. J. Med. 372, 2481-2498 (2015).
9. M. Ceccarelli, F. P. Barthel, T.M.Malta, T. S. Sabedot, S. R. Salama, A. M. Bradley, O. Morozova, Y. Newton, A. Radenbaugh, S. M. Pagnotta, S. Anjum, J. Wang, G. Manyam, P. Zoppoli, S. Ling, A. A. Rao, M. Grifford, A. D. Cherniack, H. Zhang, L. Poisson, C. G. Carlotti Jr., D. Pretti da Cunha Tirapelli, A. Rao, T. Mikkelsen, C. C. Lau, W. K. A. Yung, R. Rabadan, J. Huse, D. J. Brat, N. L. Lehman, J. S. Barnholtz-Sloan, S. Zheng, K. Hess, G. Rao, M. Meyerson, R. Beroukhim, L. Cooper, R. Akbani, M. Wrensch, D. Haussler, K. D. Aldape, P. W. Laird, D. H. Gutmann; TCGA Research Network, H. Noushmehr, A. Iavarone, R. G. W. Verhaak, Molecular profiling reveals biologically discrete subsets and pathways of progression in diffuse glioma. Cell 164, 550-563 (2016).
10. D. N. Louis, A. Perry, G. Reifenberger, A. von Deimling, D. Figarella-Branger, W. K. Cavenee, H. Ohgaki, O. D. Wiestler, P. Kleihues, D. W. Ellison, The 2016 World Health Organization Classification of Tumors of the Central Nervous System: A summary. Acta Neuropathol. 131, 803-820 (2016).