Absorption spectrum of A-T DNA unraveled by quantum mechanical calculations in solution on the (dA)2·(dT)2 tetramer

ChemPhysChem

Volumn 9, Issue 17, 2008, Pages 2531-2537

  Santoro, Fabrizio ^b   Barone, Vincenzo ^b   Improta, Roberto ^a  

^a UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

^b AREA DELLA RICERCA   (Italy)

Author keywords

Computer chemistry; DNA; Excited states; Solution; UV Vis spectroscopy

Indexed keywords

ABSORPTION SPECTRA; BLUE SHIFT; CHARGE TRANSFER; CONTINUUM MECHANICS; DNA; EXCITED STATES; QUANTUM THEORY; SOLUTIONS; SOLVENTS; ULTRAVIOLET VISIBLE SPECTROSCOPY;

CHARGE TRANSFER STATE; COMPUTER CHEMISTRY; ELECTRONIC TRANSITION; EXPERIMENTAL SPECTRA; POLARIZABLE CONTINUUM MODEL; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; REALISTIC MODEL; UV/ VIS SPECTROSCOPY;

ABSORPTION SPECTROSCOPY;

EID: 84962476234     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.200800617     Document Type: Article

References (44)

1. C. E. Crespo-Hernandez, B. Cohen, P. M. Hare, B. Kohler, Chem. Rev. 2004, 104, 1977-2020.
2. C. E. Crespo-Hernandez, B. Cohen, B. Kohler, Nature 2005, 436, 1141-1145.
3. D. Markovitsi, F. Talbot, T. Gustavsson, D. Onidas, E. Lazzarotto, S. Marguet, Nature 2006, 441, E7.
4. W. J. Schreier, T. E. Schrader, F. O. Koller, P. Gilch, C. E. Crespo-Hernandez, V. N. Swaminathan, T. Carell, W. Zinth, B. Kohler, Science 2007, 315, 625.
5. T. Schultz, E. Samoylova, W. Radloff, I. V. Hertel, A. L. Sobolewski, W. Domcke, Science 2004, 306, 1765.
6. A. L. Sobolewski, W. Domcke, C. Hattig, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 17903-17906.
7. I. Buchvarov, Q. Wang, M. Raytchev, A. Trifonov, T. Fiebig, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 4794.
8. D. Markovitsi, T. Gustavsson, F. Talbot, Photochem. Photobiol. Sci. 2007, 6, 717.
9. D. Onidas, T. Gustavsson, E. Lazzarotto, D. Markovitsi, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9644.
10. S. Tonzani, G. C. Schatz, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7607.
11. D. Varsano, R. Di Felice, M. A. L. Marques, A. Rubio J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7129.
12. L. Hu, Y. Zhao, F. Wang, G. Chen, C. Ma, W.-M. Kwok, D. L. Phillips, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11812-11816.
13. E. B. Starikov, Philos. Mag. Lett. 2003, 93, 699-708.
14. J. P. Lewis, T. E. Cheatham III, E. B. Starikov, H. Wang, O. F. Sankey, J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2581-2587.
15. F. Santoro, V. Barone, R. Improta, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104 9931.
16. R. Improta, Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2656.
17. F. Santoro, V. Barone, T. Gustavsson, R. Improta, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16312.
18. T. Gustavsson, A. Banyasz, E. Lazzarotto, D. Markovitsi, G. Scalmani, M. J. Frisch, V. Barone, R. Improta, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 607-619.
19. T. M. Nordlund, Photochem. Photobiol. 2007, 83, 625-636.
20. O. Valdes-Aguilera, D. C. Neckers, Acc. Chem. Res. 1989, 22, 171-177.
21. a) E. R. Bittner, J. Chem. Phys. 2006, 125, 094909;
22. b) E. R. Bittner, Nat. Phys. 2006, 2, 591-592;
23. c) E. R. Bittner, J. Photochem. Photobiol. A 2007, 2-3, 328-334.
24. R. M. Hochstrasser, M. Kasha, Photochem. Photobiol. 1964, 3, 317-331.
25. a) A. Dreuw, M. Head-Gordon, Chem. Rev. 2005, 105, 4009.
26. a) C. Adamo, V. Barone, J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158-6170;
27. b) M. Enzerhof, G. E. Scuseria, J. Chem. Phys. 1999, 110, 5029.
28. C. Adamo, G. E. Scuseria, V. Barone, J. Chem. Phys. 1999, 111, 2889-2899.
29. V. Barone, R. Improta, N. Rega, Acc. Chem. Res. 2008, 41, 615-616.
30. Y. Zhao, N. E. Schultz, D. G. Truhlar, J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 364.
31. Y. Zhao, D. G. Truhlar, Acc. Chem. Res. 2008, 41, 157.
32. a) S. Miertus, E. Scrocco, J. Tomasi, Chem. Phys. 1981, 55, 117;
33. b)J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi, Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
34. M. Cossi, N. Rega, G. Scalmani, V. Barone, J. Chem. Phys. 2001, 114, 5691.
35. M. Cossi, V. Barone, J. Chem. Phys. 2001, 115, 4708-4717.
36. R. Improta, V. Barone, G. Scalmani, M. J. Frisch, J. Chem. Phys. 2006, 125, 54103.
37. R. Improta, G. Scalmani, M. J. Frisch, V. Barone, J. Chem. Phys. 2007, 127, 074504.
38. Gaussian development version (Revision F.02), M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, G. Scalmani, B. Mennucci, V. Barone, G. A. Petersson, M. Caricato, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, X. Li, H. P. Hratchian, J. E. Peralta, A. F. Izmaylov, K. N. Kudin, J. J. Heyd, E. Brothers, V. Staroverov, G. Zheng, R. Kobayashi, J. Normand, J. L. Sonnenberg, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. C. Burant, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, W. Chen, M. W. Wong, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2006.
39. F. Santoro, V. Barone, R. Improta, unpublished results.
40. P. M. Hare, C. E. Crespo-Hernandez, B. Kohler, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 435-441.
41. T. Takaya, C. Su, K. de La Harpe, C. E. Crespo-Hernandez, B. Kohler Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 10285-10 290.
42. O. A. Vydrov, G. E. Scuseria, J. Chem. Phys. 2006, 125, 234109.
43. a) T. Yanai, D. B. Tew, N. C. Handy, Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51;
44. b)Y. Tawada, T. Tsuneda, S. Yanagisawa, T. Yanai, K. Hirao, J. Chem. Phys. 2004, 120, 8425.