A fast and space-efficient boundary element method for computing electrostatic and hydration effects in large molecules

Journal of Computational Chemistry

Volumn 17, Issue 7, 1996, Pages 864-877

  Zauhar, Randy J ^a   Varnek, Alexander ^b  

^a TRIPOS INC   (United States)

^b UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962420696     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(199605)17:7<864::AID-JCC10>3.0.CO;2-B     Document Type: Article

References (39)

1. P. Beroza, D. R. Fredkin, M. Y. Okamura, and G. Feher, Proc. Natl. Acad. Sci., 88, 5804 (1991).
2. D. Bashford, D. A. Case, C. Dalvit, L. Tennant, and P. E. Wright, Biochem., 32, 8045 (1993).
3. T. Takahasi, H. Nakamura, and A. Wada, Biopolymers, 32, 897 (1992).
4. R. Constanciel, Theor. Chim. Acta, 69, 505 (1986).
5. C. J. Cramer and D. G. Truhlar, J. Am. Chem. Soc., 113, 8305 (1991).
6. P. T. van Duijnen, A. H. Juffer, and H. P. Dijkman, J. Mol. Struct., 260, 195 (1992).
7. T. Fox, N. Rosch, and R. J. Zauhar, J. Comput. Chem., 14, 253 (1993).
8. M. E. Davis and J. A. McCammon, Comp. Phys. Comm., 62, 187 (1990).
9. R. J. Zauhar, J. Comput. Chem., 12, 575 (1991).
10. A. A. Varnek, A. S. Glebov, G. Wipff, and D. Feil, J. Comput. Chem., 16, 1 (1995).
11. M. K. Gilson and B. Honig, Proteins, 4, 7 (1988).
12. B. J. Yoon and A. M. Lenhoff, J. Phys. Chem., 96, 3130 (1992).
13. J. Warwicker, J. Mol. Biol., 223, 247 (1992).
14. S. J. Shire, G. I. H. Hanania, and F. R. N. Gurd, Biochem., 13, 2967 (1974).
15. A. Karshikov, W. Bode, A. Tulinsky, and S. R. Stone, Prot. Sci., 1, 727 (1992).
16. V. Frecer and S. Miertus, Intl. J. Quant. Chem., 42, 1449 (1992).
17. J. Warwicker and H. C. Watson, J. Mol. Biol., 157, 671 (1982).
18. S. Miertus, E. Scrocco, and J. Tomasi, Chem. Phys., 55, 117 (1981).
19. R. J. Zauhar and R. S. Morgan, J. Mol. Biol., 186, 815 (1985).
20. I. Klapper, R. Hagstrom, R. Fine, K. Sharp, and B. Honig, Proteins, 1, 47 (1986).
21. A. H. Juffer, E. F. F. Botta, B. A. M. van Keulen, A. van der Ploeg, and H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys., 97, 144 (1991).
22. M. E. Davis and J. A. McCammon, J. Comput. Chem., 11, 401 (1990).
23. M. K. Gilson, M. E. Davis, B. A. Luty, and J. A. McCammon, J. Phys. Chem., 97, 3591 (1993).
24. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, and T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc., 112, 6127 (1990).
25. M. K. Gilson, K. A. Sharp, and B. H. Honig, J. Comput. Chem., 9, 327 (1987).
26. V. Mohan, M. E. Davis, J. A. McCammon, and B. M. Pettitt, J. Phys. Chem., 96, 6428 (1992).
27. R. J. Zauhar and R. S. Morgan, J. Comput. Chem., 9, 171 (1988).
28. R. J. Zauhar and R. S. Morgan, J. Comput. Chem., 11, 603 (1990).
29. A. M. Mathiowetz, A. Jain, N. Karasawa, and W. A. Goddard III, Proteins, 20, 227 (1994).
30. R. J. Zauhar, J. Comp-Aided Mol. Des., 9, 149 (1995).
31. F. M. Richards, Ann. Rev. Biophys. Bioeng., 6, 151 (1977).
32. M. L. Connolly, J. App. Cryst., 16, 548 (1983).
33. M. L. Connolly, J. App. Cryst., 18, 499 (1985).
34. Protein Data Bank Entry 6LYZ, T. Imoto, L. N. Johnson, A. C. T. North, D. C. Phillips, and J. A. Rupley, The Enzymes, 7, 665 (1972).
35. Protein Data Bank Entry 4CLN, D. A. Taylor, J. S. Sack, J. F. Maune, K. Beckingham, and F. A. Quiocho, J. Biol. Chem., 266, 21375 (1991).
36. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 4, 187 (1983).
37. A. Nicholls and B. Honig, J. Comput. Chem., 12, 435 (1991).
38. M. Holst and F. Saied, J. Comput. Chem., 14, 105 (1993).
39. Numerical Recipes, W. H. Press, B. P. Flannery, S. A. Teukolsky and W. T. Vetterling, Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1990.