Double-Stranded Ligation Assay for the Rapid Multiplex Quantification of MicroRNAs

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 24, 2015, Pages 12104-12111

  Hofmann, Stefan ^a   Huang, Yiwei ^b   Paulicka, Peter ^b   Kappel, Andreas ^b   Katus, Hugo A ^c   Keller, Andreas ^d   Meder, Benjamin ^c   Stähler, Cord Friedrich ^e   Gumbrecht, Walter ^b  

^a UNIVERSITY OF WÜRZBURG   (Germany)

^b Technology Center   (Germany)

^c UNIVERSITY HOSPITAL HEIDELBERG   (Germany)

^d SAARLAND UNIVERSITY   (Germany)

^e Siemens Healthcare   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMARKERS; DIAGNOSIS; MULTIPLEXING; NUCLEIC ACIDS; SIGNAL DETECTION;

ACUTE CORONARY SYNDROMES; AUTOMATED DEVICE; GOLD ELECTRODES; LIMIT OF DETECTION; POINT-OF-CARE SYSTEMS; SIGNAL DYNAMICS; SPECIFIC DETECTION; TECHNICAL TOOLS;

RNA;

MICRORNA;

GENETIC PROCEDURES; GENETICS; LIMIT OF DETECTION; MOLECULAR DIAGNOSIS; TIME FACTOR;

GENETIC TECHNIQUES; LIMIT OF DETECTION; MICRORNAS; MOLECULAR DIAGNOSTIC TECHNIQUES; TIME FACTORS;

EID: 84950136108     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02850     Document Type: Article

References (39)

1. Bartel, D. P. Cell 2004, 116, 281-297 10.1016/S0092-8674(04)00045-5
2. Lee, R. C.; Feinbaum, R. L.; Ambros, V. Cell 1993, 75, 843-854 10.1016/0092-8674(93)90529-Y
3. Meder, B.; Keller, A.; Vogel, B.; Haas, J.; Sedaghat-Hamedani, F.; Kayvanpour, E.; Just, S.; Borries, A.; Rudloff, J.; Leidinger, P.; Meese, E.; Katus, H. A.; Rottbauer, W. Basic Res. Cardiol. 2011, 106, 13-23 10.1007/s00395-010-0123-2
4. Kondkar, A. A.; Abu-Amero, K. K. BioMed Res. Int. 2015, 2015, 821823 10.1155/2015/821823
5. Keller, A.; Leidinger, P.; Bauer, A.; Elsharawy, A.; Haas, J.; Backes, C.; Wendschlag, A.; Giese, N.; Tjaden, C.; Ott, K.; Werner, J.; Hackert, T.; Ruprecht, K.; Huwer, H.; Huebers, J.; Jacobs, G.; Rosenstiel, P.; Dommisch, H.; Schaefer, A.; Muller-Quernheim, J.; Wullich, B.; Keck, B.; Graf, N.; Reichrath, J.; Vogel, B.; Nebel, A.; Jager, S. U.; Staehler, P.; Amarantos, I.; Boisguerin, V.; Staehler, C.; Beier, M.; Scheffler, M.; Buchler, M. W.; Wischhusen, J.; Haeusler, S. F.; Dietl, J.; Hofmann, S.; Lenhof, H. P.; Schreiber, S.; Katus, H. A.; Rottbauer, W.; Meder, B.; Hoheisel, J. D.; Franke, A.; Meese, E. Nat. Methods 2011, 8, 841-843 10.1038/nmeth.1682
6. Bianchi, F.; Nicassio, F.; Marzi, M.; Belloni, E.; Dall'olio, V.; Bernard, L.; Pelosi, G.; Maisonneuve, P.; Veronesi, G.; Di Fiore, P. P. EMBO Mol. Med. 2011, 3, 495-503 10.1002/emmm.201100154
7. Li, C.; Fang, Z.; Jiang, T.; Zhang, Q.; Liu, C.; Zhang, C.; Xiang, Y. BMC Med. Genomics 2013, 6, 16 10.1186/1755-8794-6-16
8. Schultz, N. A.; Dehlendorff, C.; Jensen, B. V.; Bjerregaard, J. K.; Nielsen, K. R.; Bojesen, S. E.; Calatayud, D.; Nielsen, S. E.; Yilmaz, M.; Hollander, N. H.; Andersen, K. K.; Johansen, J. S. JAMA 2014, 311, 392-404 10.1001/jama.2013.284664
9. Vogel, B.; Keller, A.; Frese, K. S.; Leidinger, P.; Sedaghat-Hamedani, F.; Kayvanpour, E.; Kloos, W.; Backe, C.; Thanaraj, A.; Brefort, T.; Beier, M.; Hardt, S.; Meese, E.; Katus, H. A.; Meder, B. Eur. Heart J. 2013, 34, 2812-2822 10.1093/eurheartj/eht256
10. de Planell-Saguer, M.; Rodicio, M. C. Anal. Chim. Acta 2011, 699, 134-152 10.1016/j.aca.2011.05.025
11. Chin, C. D.; Linder, V.; Sia, S. K. Lab Chip 2012, 12, 2118-2134 10.1039/c2lc21204h
12. Elsholz, B.; Nitsche, A.; Achenbach, J.; Ellerbrok, H.; Blohm, L.; Albers, J.; Pauli, G.; Hintsche, R.; Worl, R. Biosens. Bioelectron. 2009, 24, 1737-1743 10.1016/j.bios.2008.09.003
13. Elsholz, B.; Worl, R.; Blohm, L.; Albers, J.; Feucht, H.; Grunwald, T.; Jurgen, B.; Schweder, T.; Hintsche, R. Anal. Chem. 2006, 78, 4794-4802 10.1021/ac0600914
14. Nebling, E.; Grunwald, T.; Albers, J.; Schafer, P.; Hintsche, R. Anal. Chem. 2004, 76, 689-696 10.1021/ac0348773
15. Niwa, O.; Xu, Y.; Halsall, H. B.; Heineman, W. R. Anal. Chem. 1993, 65, 1559-1563 10.1021/ac00059a013
16. Albers, J.; Grunwald, T.; Nebling, E.; Piechotta, G.; Hintsche, R. Anal. Bioanal. Chem. 2003, 377, 521-527 10.1007/s00216-003-2192-7
17. Gumbrecht, W.; Hintsche, R.; Mund, K.; Stanzel, M. Method for Preventing Chemical Crosstalk in Enzyme-linked Reactions, and Associated System. U.S. Patent 7,838,261 B2, Nov 23, 2010.
18. Gumbrecht, W.; Paulicka, P.; Stanzel, M. Apparatus and Method Comprising a Sensor Array and a Porous Plunger and Use Thereof. U.S. Patent 8,753,582 B2, June 17, 2014.
19. Wang, Y. R.; Stanzel, M.; Gumbrecht, W.; Humenik, M.; Sprinzl, M. Biosens. Bioelectron. 2007, 22, 1798-1806 10.1016/j.bios.2006.08.046
20. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402 10.1093/nar/25.17.3389
21. Keller, A.; Leidinger, P.; Borries, A.; Wendschlag, A.; Wucherpfennig, F.; Scheffler, M.; Huwer, H.; Lenhof, H. P.; Meese, E. BMC Cancer 2009, 9, 353 10.1186/1471-2407-9-353
22. Hayashi, K.; Nakazawa, M.; Ishizaki, Y.; Hiraoka, N.; Obayashi, A. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 7617-7631 10.1093/nar/14.19.7617
23. Lane, M. J.; Paner, T.; Kashin, I.; Faldasz, B. D.; Li, B.; Gallo, F. J.; Benight, A. S. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 611-617 10.1093/nar/25.3.611
24. Yakovchuk, P.; Protozanova, E.; Frank-Kamenetskii, M. D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 564-574 10.1093/nar/gkj454
25. Yuan, B. F.; Zhuang, X. Y.; Hao, Y. H.; Tan, Z. Chem. Commun. 2008, 6600-6602 10.1039/b812929k
26. Pöhlmann, C.; Sprinzl, M. Anal. Chem. 2010, 82, 4434-4440 10.1021/ac100186p
27. Bullard, D. R.; Bowater, R. P. Biochem. J. 2006, 398, 135-144 10.1042/BJ20060313
28. Arora, P.; Wu, C.; Khan, A. M.; Bloch, D. B.; Davis-Dusenbery, B. N.; Ghorbani, A.; Spagnolli, E.; Martinez, A.; Ryan, A.; Tainsh, L. T.; Kim, S.; Rong, J.; Huan, T.; Freedman, J. E.; Levy, D.; Miller, K. K.; Hata, A.; Del Monte, F.; Vandenwijngaert, S.; Swinnen, M.; Janssens, S.; Holmes, T. M.; Buys, E. S.; Bloch, K. D.; Newton-Cheh, C.; Wang, T. J. J. Clin. Invest. 2013, 123, 3378-3382 10.1172/JCI67383
29. Li, J.; Xu, J.; Cheng, Y.; Wang, F.; Song, Y.; Xiao, J. J. Cell. Mol. Med. 2013, 17, 1363-1370 10.1111/jcmm.12148
30. Liu, X.; Wang, L.; Li, H.; Lu, X.; Hu, Y.; Yang, X.; Huang, C.; Gu, D. Atherosclerosis 2014, 233, 349-356 10.1016/j.atherosclerosis.2014.01.039
31. van Rooij, E.; Olson, E. N. Nat. Rev. Drug Discovery 2012, 11, 860-872 10.1038/nrd3864
32. Vogel, B.; Keller, A.; Frese, K. S.; Kloos, W.; Kayvanpour, E.; Sedaghat-Hamedani, F.; Hassel, S.; Marquart, S.; Beier, M.; Giannitis, E.; Hardt, S.; Katus, H. A.; Meder, B. Clin. Chem. 2013, 59, 410-418 10.1373/clinchem.2011.181370
33. Zhou, L.; Zang, G.; Zhang, G.; Wang, H.; Zhang, X.; Johnston, N.; Min, W.; Luke, P.; Jevnikar, A.; Haig, A.; Zheng, X. PLoS One 2013, 8, e79805 10.1371/journal.pone.0079805
34. Moldovan, L.; Batte, K. E.; Trgovcich, J.; Wisler, J.; Marsh, C. B.; Piper, M. J. Cell. Mol. Med. 2014, 18, 371-390 10.1111/jcmm.12236
35. Chen, Y.; Gelfond, J. A.; McManus, L. M.; Shireman, P. K. BMC Genomics 2009, 10, 407 10.1186/1471-2164-10-407
36. Camarillo, C.; Swerdel, M.; Hart, R. P. Methods Mol. Biol. 2011, 698, 419-429 10.1007/978-1-60761-999-4-30
37. Wang, B.; Howel, P.; Bruheim, S.; Ju, J.; Owen, L. B.; Fodstad, O.; Xi, Y. PLoS One 2011, 6, e17167 10.1371/journal.pone.0017167
38. Lee, L. W.; Zhang, S.; Etheridge, A.; Ma, L.; Martin, D.; Galas, D.; Wang, K. RNA 2010, 16, 2170-2180 10.1261/rna.2225110
39. Bustin, S. A.; Nolan, T. J. Biomol. Technol. 2004, 15, 155-166