Structural versatility of proteins containing rubredoxin-type centers

Iron Metabolism: Inorganic Biochemistry and Regulatory Mechanisms

Volumn , Issue , 2008, Pages 341-358

  Romão, Maria J ^a   Archer, Margarida ^a  

^a UNIVERSIDADE NOVA DE LISBOA   (Portugal)

Author keywords

Clostridium pasteurianum; Desulforedoxin; Ligands; Proteins; Rubredoxin

Indexed keywords

EID: 84950133864     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9783527613700.ch20     Document Type: Chapter

References (84)

1. B. B. Buchanan, W. Lovenberg, and J. C. Rabinowitz, Proc. Nat. Acad. Sei. USA 1963, 49, 345-353.
2. L. E. Mortenson, Biochim. Biophys. Acta 1964, 81, 71-77.
3. W. Lovenberg, and B. E. Sobel, Proc. Nat. Acad Sei. USA 1965, 54, 193-199.
4. T. G. Spiro, Iron-sulfur Proteins, Wiley (Interscience), New York, 1982.
5. L. C. Sieker, R. E. Stenkam, and J. LeGall, Methods Enzymol. 1994, 243, 203-216.
6. G. Eggink, H. Engel, G. Vriend, P. Terpastra, and B. Witholt, J. Mol. Biol. 1990, 212, 135-142.
7. J. A. Peterson, and M. J. Coon, J. Biol. Chem. 1968, 243, 329-334.
8. M. W. Day, B. T. Hsu, L. Joshua-Tor, J.-B. Park, Z. H. Zhou, M. W. W. Adams, and D. C Rees, Protein Sei. 1992, 1, 1494-1507.
9. P. R. Blake, J. B. Park, Z. H. Zhou, D. R. Hare, M. W. Adams, M. F. Summers, and M. W. W. Adams, Protein Sei. 1992, 1, 1508-1521.
10. K. D. Watenpaugh, L .C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 1979, 131, 509-522.
11. K. D. Watenpaugh, L.C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 1980, 138, 615-633.
12. J. R. Herriott, L. C. Sieker, L. H. Jensen, and W. Lovenberg, J. Mol. Biol. 1970, 50, 391-406.
13. Z. Dauter, K. S. Wilson, L. C. Sieker, J. M. Moulis, and J. Meyer, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1996, 93, 8836-8840.
14. K. D. Watenpaugh, L. C. Sieker, J. R. Herriott, and L. H. Jensen, Acta Crystallogr. 1973, B29, 943-956.
15. M. Frey, L. Sieker, F. Payan, R. Haser, M. Bruschi, G. Pepe, and J. LeGall, J. Mol. Biol. 1987, 197, 525-541.
16. R. E. Stenkamp, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, Proteins: Struct. Funct. Genet. 1990, 8, 352-364.
17. L. C. Sieker, R. E. Stenkamp, L. H. Jensen, B. Prickril, and J. LeGall, FEBS Lett. 1986, 208, 73-76.
18. L. C. Sieker, L. H. Jensen, B. C. Pickril, and J. LeGall, J. Mol. Biol. 1983, 171, 101-103.
19. Z. Dauter, L. C. Sieker, and K. S. Wilson, Acta Crystallogr. 1992, B48, 42-59.
20. E. T. Adman, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Mol. Biol. 1991, 217, 337-352.
21. E. T. Adman, L. C. Sieker, L. H. Jensen, M. Bruschi, and J. LeGall, J. Mol. Biol. 1977, 112, 113-120.
22. P. R. Blake, J. B. Park, F. O. Bryant, S. Aono, J. K. Magnuson, E. Eccleston, J. B. Howard, M. F. Summers, and M. W. W. Adams, Biochemistry 1991, 30, 10885-10895.
23. K. A. Richie, Q. Teng, C. J. Elkin, and D. M. Kurtz Jr, Protein ScL 1996, 5, 883-894.
24. F. Capozzi, S. Ciurli and C. Luchinat, Structure and Bonding - Metal Sites in Proteins and Models - Redox Centers, Springer-Verlag 1998, 90, 127-160.
25. J. A. Peterson, M. Kusunose, E. Kusunose, and M. J. Coon, J. Biol. Chem. 1967, 242, 4334-4340.
26. C. M. Gomes, G. Silva, S. Oliveira, J. LeGall, M.-Y Liu, A. V. Xavier, C. Rodrigues-Pousada, and M. J. Teixeira, J. Biol. Chem. 1997, 272, 22502-22508.
27. L. Chen, M.-Y Liu, J. LeGall, P. Fareleira, H. Santos, and A. V. Xavier, Eur. J. Biochem. 1993, 216, 443-448.
28. H. Santos, P. Fareleira, A. V. Xavier, L. Chen, M. Y. Liu, and J. LeGall, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195, 551-557.
29. S. Seki, A. Ikeda, and M. Ishimoto, J. Biochem. 1988, 103, 583-584
30. S. W. Ragsdale, L. G. Ljungdahl, and D. V. DerVartanian, J. Bacteriol. 1983, 155, 1224-1237.
31. I. Moura, M. Bruschi, J. LeGall, J. J. G. Moura, and A. V. Xavier, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1977, 75, 1037-1044.
32. M. F. J. M. Verhagen, W. G. B. Voorhorst, J. A. Kolkman, R. B. G. Wolbert, and W. R. Hagen, FEBS Lett. 1993, 336, 13-18.
33. M. Bruschi, I. Moura, J. LeGall, A. V. Xavier, and L. Sieker, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1979, 90, 596-605.
34. I. Moura, A. V. Xavier R. Cammack, M. Bruschi, and J. LeGall, Biochim. Biophys. Acta 1978, 533, 156-162
35. I. Moura, B. H. Huynh, J. LeGall, A. V. Xavier, and E. Munck, J. Biol. Chem. 1980, 255, 2493-2498.
36. P. Tavares, N. Ravi, J. J. G. Moura, J. LeGall, Y. H. Huang, B. R. Crouse, M. K. Johnson, B. H. Huynh, and I. Moura, J. Biol. Chem. 1994, 269, 10504-10510.
37. M. Archer, R. Huber, P. Tavares, I. Moura, J. J. G. Moura, M. A. Carrondo, L. C. Sieker, J. LeGall, and M. J. Romäo, J. Mol. Biol. 1995, 251, 690-702.
38. B. J. Goodfellow, P. Tavares, M. J. Romäo, C. Czaja, F. Rusnak, J. LeGall, I. Moura, and J. J. G. Moura, J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 341-354.
39. B. J. Goodfellow, F. Rusnak, I. Moura, T. Domke, and J. J. G. Moura, Protein Sei. 1998, 7, 928-937.
40. R. W. Lane, J. A. Ibers, R. B. Frankel, G. C. Papaefthymiou, and R. H. Holm, J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 84-98.
41. L. Yu, M. Kennedy, C. Czaja, P. Tavares, J. LeGall, J. J. G. Moura, I. Moura, and F. Rusnak, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997, 231, 679-682.
42. J. W. R. Schwabe, and A. Klug, Struct. Biol. 1994, 1, 345-349.
43. A. Klug, and J. W. R. Schwabe, FASEB J. 1995, 9, 597-604.
44. E. T. Adman, K. D. Watenpaugh, and L. H. Jensen, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1975, 72, 4854-4858.
45. G. Backes, Y. Mino, T. M. Loehr, T. E. Meyer, M. A. Cusanovich, W. V. Sweeney, E. T. Adman, and J. Sanders-Loehr, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2055-2064.
46. R. P. Sheridan, L. C. Allen, and C. W. Carger Jr, J. Biol. Chem. 1981, 256, 5052-5057.
47. P. R. Blake, J. B. Park, M. W. W. Adams, and M. F. Summers, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4931-4933.
48. S. W. May, and J.-Y. Kuo, Biochemistry 1978, 17, 3333-3338.
49. A. T. Kowal, I. C. Zambrano, I. Moura, J. J. G. Moura, J. LeGall, and M. K. Johnson, Inorg. Chem. 1988, 27, 1162-1166.
50. I. Moura, M. Teixeira, J. LeGall, and J. J. G. Moura, J. Bioinorg. Chem. 1991, 44, 127-139.
51. P. R. Blake, B. Lee, M. F. Summers, M. W. Adams, J. B. Park, Z. H. Zhou, and A. Bax, J. Biomol. NMR 1992, 2, 527-533.
52. C. J. Henehan, D. L. Pountney, O. Zerbe, and M. Vasak, Protein Sei. 1993, 2, 1756-1764.
53. P. Saint-Martin, P. A. Lespinat, G. Fauque, Y. Berlier, J. LeGall, I. Moura, M. Teixeira, A. V. Xavier, and J. J. G. Moura, Proc. Natl. Acad. Sei. 1988, 85, 9378-9380.
54. M. Ayhan, Z. Xiao, M. J. Lavery, A. M. Hamer, K.W. Nugent, S. D. B. Scrofani, M. Guss, and A. Wedd, Inorg. Chem. 1996, 35, 5902-5911.
55. C. Czaja, R. Litwiller, A. J. Tomlinson, S. Naylor, P. Tavares, J. LeGall, J. J. G. Moura, I. Moura, and F. Rusnak, J. Biol. Chem. 1995, 270, 20273-20277.
56. M. Archer, A. L. Carvalho, S. Teixeira, I. Moura, J. J. G. Moura, F. Rusnak, and M. J. Romäo, Protein Science, in press.
57. J. J. R. Fraústo da Silva, and R. J. P. Williams, The Biological Chemistry of the Elements - The Inorganic Chemistry of Life, Oxford University Press, 1994, pp. 299-318.
58. I. Moura, P. Tavares, and N. Ravi, Methods Enzymol. 1994, 243, 216-240.
59. I. Moura, P. Tavares, J. J. G. Moura, N. Ravi, B. H. Huynh, M. Y. Liu, and J. LeGall, J. Biol. Chem. 1990, 265, 21596-21602.
60. A. V. Coelho, P. Matias, V. Fülop, A. Thompson, A. Gonzalez, and M. A. Carrondo, JBIC 1997, 2, 680-689.
61. M. Baron, A. L. Main, P. C. Driscoll, H. J. Mardon, J. Boyd, and I. D. Campbell, Biochemistry 1992, 57, 2068-2073.
62. M. J. Brumlik, and G. Voordouw, J. Bacteriol. 1989, 171, 4996-5004.
63. M. J. Pianzzola, M. Soubes, and D. Touati, J. Bacteriol. 1996, 178, 6736-6742.
64. L. Chen, P. Sharma, J. Le Gall, A. M. Mariano, M. Teixeira, and A. V. Xavier, Eur. J. Biochem. 1994, 226, 613-618.
65. A. J. Pierik, R. B. G. Wolbert, G. L. Portier, M. F. J. M. Verhagen, and W. R. Hägen, Eur. J. Biochem. 1993, 212, 237-245
66. J. LeGall, B. C. Prockril, I. Moura, A. V. Xavier, J. J. G. Moura, and B.-H. Huynh, Biochemistry 1988, 27, 1636-1642.
67. F. deMare, D. M. Kurtz Jr., and P. Nordlund, Nature Struct. Biol. 1996, 6, 539-546.
68. A. C. Rosenzweig, C. A. Frederick, S. J. Lippard, and P. Nordlund, Nature 1993, 366, 537-543.
69. A. C. Rosenzweig, P. Nordlund, P. M. Takahara, C. A. Frederick, and S. J. Lippard, Chem. Biol. 1995, 2, 409-418.
70. P. Nordlund, B.-M. Sjöberg, and H. Eklund, Nature 1990, 345, 593-598.
71. P. Nordlund, and H. Eklund, J. Mol. Biol. 1993, 231, 123-164
72. P. Harrison, and T. H. Lilley in Iron Carriers and Iron Proteins, (T. M. Loehr, Ed.), VCH Publishers, New York, 1989, pp. 123-237.
73. P. D. Hempstead, A. J. Hudson, P. J. Artymiuk, S. C. Andrews, M. J. Banfield, J. R. Guest, and P. M. Harrison, FEBS Letts. 1994, 350, 258-262.
74. F. Frolow, J. Kalb (Gilboa), and J. Yariv, Nature Struct. Biol. 1994, 7, 453-460.
75. F. Bonomi, D. M. Kurtz Jr., and X. Cui, J. Inorg. Biochem. 1996, 7, 69-72.
76. Y. Lehmann, L. Meile, and M Teuber, J. Bacteriol. 1996, 178, 7152-7158.
77. H. L. Lumppio, N. V. Shenvi, R. P. Garg, A. O. Summers, and D. M. Kurtz Jr, J Bacteriol. 1997, 779, 4607-4615.
78. R. P. Hausinger, Biofactors 1990, 2, 179-184.
79. M. K. Eidsness, S. E. O'Dell, D. M. Kurtz Jr, R. L. Robson, and R. A. Scott, Protein Eng. 1992, 5, 367-371.
80. Y. Petillot, E. Forest, I. Mathieu, J. Meyer, and J. M. Moulis, Biochem. J. 1993, 296, 657-661.
81. M. J. Brumlik G. Leroy, M. Bruschi, and G. Voordouw J. Bacteriol. 1990, 772, 7289-7292.
82. P. J. Kraulis, J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946-950.
83. E.A. Merritt, and M. E. P. Murphy, Acta Crystallog. 1994, D50, 869-873.
84. A. Roussel, and C. Cambilau, in Silicon Graphhics Geometry Partner Directory (Silicon Graphics, Eds), Silicon Graphics, Mountain View, CA, 1989, pp. 77-78.