Fully automated and rapid flexible docking of inhibitors covalently bound to serine proteases

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)

Volumn 1447, Issue , 1998, Pages 450-461

  Gehlhaar, Daniel K ^a   Bouzida, Djamal ^a   Rejto, Paul A ^a  

^a AGOURON PHARMACEUTICALS INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER PROGRAMMING; SEARCH ENGINES;

COVALENT ATTACHMENT; COVALENTLY BOUND; DATABASE SEARCHES; ENERGY FUNCTIONS; FLEXIBLE DOCKING; MOLECULAR DOCKING; RATIONAL DRUG DESIGNS; SEARCH EFFICIENCY;

AMINO ACIDS;

EID: 84947742361     PISSN: 03029743     EISSN: 16113349     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1007/bfb0040797     Document Type: Conference Paper

References (23)

1. Kuntz, I. D.; Meng, E. C; Shoichet, B. K. Accts. Chem. Res. 1994, 27, 117-123.
2. Jones, G.; Willett, P., Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1997, 267, 727-748.
3. Kuntz, I. D.; Makino, S. J. Comp. Chem, 1997, 18, 1812-1825.
4. Desmet, J.; Wilson, I. A.; Jonìau, M.; DeMaeyer, M.; Lasters, I. FASEB J. 1997, 11, 164-172.
5. Welch, W.; Ruppert, J.; Jain, A. N. Chem. Biol. 1996, 3, 449-463.
6. Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 1996, 261, 470-489.
7. Gehlhaar, D. K.; Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Sherman, C. J.; Fogel, D. B.; Fogel, L. J.; Freer, S. T. Chem. Biol. 1995, 2, 317-324.
8. Chen, P.; Tsuge, H.; Almassy, R. J.; Gribskov, C. L.; Katoh, S.; Vanderpool, D. L.; Margosiak, S. A.; Pinko, C.; Matthews, D. A.; Kan, C.-C. Cell 1996, 86, 835-843.
9. Love, R. A.; Parge, H. E.; Wickersham, J. A.; Hostomsky, Z.; Habuka, N.; Moomaw, E. W.; Adachi, T.; Hostomska, Z. Cell 1996, 86, 331-342.
10. Kim, J. L. Morgenstem, K. A.; Lin, C.; Fox, T.; Dwyer, M. D.; Landro, J. A.; Chambers, S. P.; Markland, W.; Lepre, C. A.; O'Malley, E. T.; Harbeson, S. I.; Rice, C. M.; Murcko, M. A.; Caron, P. R.; Thomson, J. A. Cell 1996, 87, 343-355.
11. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359-1472.
12. Wlodawer, A.; Erickson, J. W. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62,543-585.
13. Appelt, K.; Bacquet, R. J.; Bartlett, C. A.; Booth, C. L.; Freer, S. T.; Fuhry, M. A. M.; Gehring, M. R.; Herrmann, S. M.; Howland, E. F.; Janson, C. A.; Jones, T. R.; Kan, C.; Kathardekar, V.; Lewis, K. K.; Marzoni, G. P.; Matthews, D. A.; Mohr, C.; Moomaw, E. W.; Morse, C. A.; Oatley, S. J.; Ogden, R. C.; Reddy, M. R.; Reich, S. H.; Schoettlin, W. S.; Smith, W. W.; Varney, M. D.; Villafranca, J. E.; Ward, R. W.; Webber, S.; Webber, S. E.; Welsh, K. M.; White, J. J. Med. Chem. 1991, 34,1925-1934.
14. LaFemina, R. L.; Bakshi, K.; Long, W. J.; Pramanik, B.; Veloski, C. A.; Wolanski, B. S.; Marcy, A.; Hazuda, D. J. J. Virology 1996, 70,4819-4824.
15. Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8897-8909.
16. Fogel, D.B. Evolutionary Computation: Towards a New Philosophy of Machine Intelligence. IEEE Press: New York, NY, 1995; 75-155.
17. Hall, S. R.; Allen, F. H.; Brown, I. D. Acta Cryst. 1991, A47, 655-685.
18. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Kiskamp, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1990, 11, 440-467.
19. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Algona, G.; Profeta, S. Jr.; Weiner, P. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
20. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J.; Meyer, E. F. Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542.
21. Rose, P. W. In Computer-Assisted Molecular Design Course, UCSF; San Francisco, CA, 1997; Chapter 12.
22. Bohm, H. J. J. Comput. Aided Mol. Des. 1994, 8, 243-256.
23. McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 777-793.