PredRet: Prediction of Retention Time by Direct Mapping between Multiple Chromatographic Systems

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 18, 2015, Pages 9421-9428

  Stanstrup, Jan ^a   Neumann, Steffen ^b   Vrhovšek, Urška ^a  

^a RESEARCH AND INNOVATION CENTRE   (Italy)

^b LEIBNIZ INSTITUTE OF PLANT BIOCHEMISTRY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHY; DATABASE SYSTEMS; ISOMERS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

AUTOMATED TOOLS; CHROMATOGRAPHIC SYSTEMS; DIRECT MAPPING; PREDICTION INTERVAL; PREDICTION OF RETENTION TIME; PROJECTION MODELS; RETENTION TIME; SMALL MOLECULES;

FORECASTING;

CHROMATOGRAPHY; DRUG DATABASE; INFORMATION SCIENCE; INTERNET; ISOMERISM; PROCEDURES; TIME;

CHROMATOGRAPHY; DATABASES, PHARMACEUTICAL; INFORMATICS; INTERNET; ISOMERISM; TIME FACTORS;

EID: 84941702773     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02287     Document Type: Article

References (48)

1. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45 (7) 703-714 10.1002/jms.1777
2. Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Eisner, R.; Young, N.; Gautam, B.; Hau, D. D.; Psychogios, N.; Dong, E.; Bouatra, S.; Mandal, R.; Sinelnikov, I.; Xia, J.; Jia, L.; Cruz, J. A.; Lim, E.; Sobsey, C. A.; Shrivastava, S.; Huang, P.; Liu, P.; Fang, L.; Peng, J.; Fradette, R.; Cheng, D.; Tzur, D.; Clements, M.; Lewis, A.; De Souza, A.; Zuniga, A.; Dawe, M.; Xiong, Y.; Clive, D.; Greiner, R.; Nazyrova, A.; Shaykhutdinov, R.; Li, L.; Vogel, H. J.; Forsythe, I. Nucleic Acids Res. 2009, 37 (Database) D603-D610 10.1093/nar/gkn810
3. Gerlich, M.; Neumann, S. J. Mass Spectrom. 2013, 48 (3) 291-298 10.1002/jms.3123
4. Wolf, S.; Schmidt, S.; Müller-Hannemann, M.; Neumann, S. BMC Bioinf. 2010, 11 (1) 148 10.1186/1471-2105-11-148
5. Peironcely, J. E.; Rojas-Chertó, M.; Tas, A.; Vreeken, R.; Reijmers, T.; Coulier, L.; Hankemeier, T. Anal. Chem. 2013, 85 (7) 3576-3583 10.1021/ac303218u
6. Krokhin, O. V.; Craig, R.; Spicer, V.; Ens, W.; Standing, K. G.; Beavis, R. C.; Wilkins, J. A. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3 (9) 908-919 10.1074/mcp.M400031-MCP200
7. Gillet, L. C.; Navarro, P.; Tate, S.; Röst, H.; Selevsek, N.; Reiter, L.; Bonner, R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 (6) O111.016717 10.1074/mcp.O111.016717
8. Menikarachchi, L. C.; Cawley, S.; Hill, D. W.; Hall, L. M.; Hall, L.; Lai, S.; Wilder, J.; Grant, D. F. Anal. Chem. 2012, 84 (21) 9388-9394 10.1021/ac302048x
9. Hall, L. M.; Hall, L. H.; Kertesz, T. M.; Hill, D. W.; Sharp, T. R.; Oblak, E. Z.; Dong, Y. W.; Wishart, D. S.; Chen, M.-H.; Grant, D. F. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52 (5) 1222-1237 10.1021/ci300092s
10. Creek, D. J.; Jankevics, A.; Breitling, R.; Watson, D. G.; Barrett, M. P.; Burgess, K. E. V. Anal. Chem. 2011, 83 (22) 8703-8710 10.1021/ac2021823
11. Eugster, P. J.; Boccard, J.; Debrus, B.; Bréant, L.; Wolfender, J.-L.; Martel, S.; Carrupt, P.-A. Phytochemistry 2014, 108, 196-207 10.1016/j.phytochem.2014.10.005
12. Cao, M.; Fraser, K.; Huege, J.; Featonby, T.; Rasmussen, S.; Jones, C. Metabolomics 2015, 11 (3) 696-706 10.1007/s11306-014-0727-x
13. Goryński, K.; Bojko, B.; Nowaczyk, A.; Buciński, A.; Pawliszyn, J.; Kaliszan, R. Anal. Chim. Acta 2013, 797, 13-19 10.1016/j.aca.2013.08.025
14. Stanstrup, J.; Gerlich, M.; Dragsted, L. O.; Neumann, S. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405 (15) 5037-5048 10.1007/s00216-013-6954-6
15. Wood, S. N. J. R. Stat. Soc. Ser. B Stat. Methodol. 2011, 73 (1) 3-36 10.1111/j.1467-9868.2010.00749.x
16. R Development Core Team. R: A Language and Environment for Statistical Computing; The R Foundation for Statistical Computing: Vienna, Austria, 2014.
17. Barri, T.; Holmer-Jensen, J.; Hermansen, K.; Dragsted, L. O. Anal. Chim. Acta 2012, 718, 47-57 10.1016/j.aca.2011.12.065
18. Theodoridis, G.; Gika, H.; Franceschi, P.; Caputi, L.; Arapitsas, P.; Scholz, M.; Masuero, D.; Wehrens, R.; Vrhovsek, U.; Mattivi, F. Metabolomics 2012, 8 (2) 175-185 10.1007/s11306-011-0298-z
19. Arapitsas, P.; Speri, G.; Angeli, A.; Perenzoni, D.; Mattivi, F. Metabolomics 2014, 10 (5) 816-832 10.1007/s11306-014-0638-x
20. Della Corte, A.; Chitarrini, G.; Di Gangi, I. M.; Masuero, D.; Soini, E.; Mattivi, F.; Vrhovsek, U. Talanta 2015, 140, 52-61 10.1016/j.talanta.2015.03.003
21. Strehmel, N.; Böttcher, C.; Schmidt, S.; Scheel, D. Phytochemistry 2014, 108, 35-46 10.1016/j.phytochem.2014.10.003
22. Sawada, Y.; Akiyama, K.; Sakata, A.; Kuwahara, A.; Otsuki, H.; Sakurai, T.; Saito, K.; Hirai, M. Y. Plant Cell Physiol. 2009, 50 (1) 37-47 10.1093/pcp/pcn183
23. Schymanski, E. L.; Singer, H. P.; Longrée, P.; Loos, M.; Ruff, M.; Stravs, M. A.; Ripollés Vidal, C.; Hollender, J. Environ. Sci. Technol. 2014, 48 (3) 1811-1818 10.1021/es4044374
24. Stravs, M. A.; Schymanski, E. L.; Singer, H. P.; Hollender, J. J. Mass Spectrom. 2013, 48 (1) 89-99 10.1002/jms.3131
25. Rasche, F.; Svatoš, A.; Maddula, R. K.; Böttcher, C.; Böcker, S. Anal. Chem. 2011, 83 (4) 1243-1251 10.1021/ac101825k
26. Koulman, A.; Woffendin, G.; Narayana, V. K.; Welchman, H.; Crone, C.; Volmer, D. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23 (10) 1411-1418 10.1002/rcm.4015
27. Ressom, H. W.; Xiao, J. F.; Tuli, L.; Varghese, R. S.; Zhou, B.; Tsai, T.-H.; Nezami Ranjbar, M. R.; Zhao, Y.; Wang, J.; Di Poto, C.; Cheema, A. K.; Tadesse, M. G.; Goldman, R.; Shetty, K. Anal. Chim. Acta 2012, 743, 90-100 10.1016/j.aca.2012.07.013
28. Xiao, J. F.; Varghese, R. S.; Zhou, B.; Nezami Ranjbar, M. R.; Zhao, Y.; Tsai, T.-H.; Di Poto, C.; Wang, J.; Goerlitz, D.; Luo, Y.; Cheema, A. K.; Sarhan, N.; Soliman, H.; Tadesse, M. G.; Ziada, D. H.; Ressom, H. W. J. Proteome Res. 2012, 11 (12) 5914-5923 10.1021/pr300673x
29. Roux, A.; Xu, Y.; Heilier, J.-F.; Olivier, M.-F.; Ezan, E.; Tabet, J.-C.; Junot, C. Anal. Chem. 2012, 84 (15) 6429-6437 10.1021/ac300829f
30. Beisken, S.; Earll, M.; Baxter, C.; Portwood, D.; Ament, Z.; Kende, A.; Hodgman, C.; Seymour, G.; Smith, R.; Fraser, P.; Seymour, M.; Salek, R. M.; Steinbeck, C. Sci. Data 2014, 1, 140029 10.1038/sdata.2014.29
31. Beisken, S.; Earll, M.; Portwood, D.; Seymour, M.; Steinbeck, C. Mol. Inf. 2014, 33 (4) 307-310 10.1002/minf.201400016
32. Dal Santo, S.; Tornielli, G. B.; Zenoni, S.; Fasoli, M.; Farina, L.; Anesi, A.; Guzzo, F.; Delledonne, M.; Pezzotti, M. Genome Biol. 2013, 14 (6) r54 10.1186/gb-2013-14-6-r54
33. Chaleckis, R.; Ebe, M.; Pluskal, T.; Murakami, I.; Kondoh, H.; Yanagida, M. Mol. BioSyst. 2014, 10 (10) 2538-2551 10.1039/C4MB00346B
34. Haug, K.; Salek, R. M.; Conesa, P.; Hastings, J.; de Matos, P.; Rijnbeek, M.; Mahendraker, T.; Williams, M.; Neumann, S.; Rocca-Serra, P.; Maguire, E.; Gonzalez-Beltran, A.; Sansone, S.-A.; Griffin, J. L.; Steinbeck, C. Nucleic Acids Res. 2013, 41 (D1) D781-D786 10.1093/nar/gks1004
35. Munro, K.; Miller, T. H.; Martins, C. P. B.; Edge, A. M.; Cowan, D. A.; Barron, L. P. J. Chromatogr. A 2015, 1396, 34-44 10.1016/j.chroma.2015.03.063
36. DArchivio, A. A.; Maggi, M. A.; Ruggieri, F. J. Sep. Sci. 2010, 33 (2) 155-166 10.1002/jssc.200900537
37. Miller, T. H.; Musenga, A.; Cowan, D. A.; Barron, L. P. Anal. Chem. 2013, 85 (21) 10330-10337 10.1021/ac4024878
38. Aicheler, F.; Li, J.; Hoene, M.; Lehmann, R.; Xu, G.; Kohlbacher, O. Anal. Chem. 2015, 87 (15) 7698-7704 10.1021/acs.analchem.5b01139
39. Bade, R.; Bijlsma, L.; Sancho, J. V.; Hernández, F. Talanta 2015, 139, 143-149 10.1016/j.talanta.2015.02.055
40. Kern, S.; Fenner, K.; Singer, H. P.; Schwarzenbach, R. P.; Hollender, J. Environ. Sci. Technol. 2009, 43 (18) 7039-7046 10.1021/es901979h
41. Escher, C.; Reiter, L.; MacLean, B.; Ossola, R.; Herzog, F.; Chilton, J.; MacCoss, M. J.; Rinner, O. Proteomics 2012, 12 (8) 1111-1121 10.1002/pmic.201100463
42. Spicer, V.; Yamchuk, A.; Cortens, J.; Sousa, S.; Ens, W.; Standing, K. G.; Wilkins, J. A.; Krokhin, O. V. Anal. Chem. 2007, 79 (22) 8762-8768 10.1021/ac071474k
43. DArchivio, A. A.; Giannitto, A.; Maggi, M. A. J. Chromatogr. A 2013, 1298, 118-131 10.1016/j.chroma.2013.05.018
44. Boswell, P. G.; Schellenberg, J. R.; Carr, P. W.; Cohen, J. D.; Hegeman, A. D. J. Chromatogr. A 2011, 1218 (38) 6742-6749 10.1016/j.chroma.2011.07.070
45. Boswell, P. G.; Schellenberg, J. R.; Carr, P. W.; Cohen, J. D.; Hegeman, A. D. J. Chromatogr. A 2011, 1218 (38) 6732-6741 10.1016/j.chroma.2011.07.105
46. Ng, B. K.; Shellie, R. A.; Dicinoski, G. W.; Bloomfield, C.; Liu, Y.; Pohl, C. A.; Haddad, P. R. J. Chromatogr. A 2011, 1218 (32) 5512-5519 10.1016/j.chroma.2011.06.050
47. Sumner, L.; Amberg, A.; Barrett, D.; Beale, M.; Beger, R.; Daykin, C.; Fan, T.; Fiehn, O.; Goodacre, R.; Griffin, J.; Hankemeier, T.; Hardy, N.; Harnly, J.; Higashi, R.; Kopka, J.; Lane, A.; Lindon, J.; Marriott, P.; Nicholls, A.; Reily, M.; Thaden, J.; Viant, M. Metabolomics 2007, 3 (3) 211-221 10.1007/s11306-007-0082-2
48. Croux, C.; Gijbels, I.; Prosdocimi, I. Biometrics 2012, 68 (1) 31-44 10.1111/j.1541-0420.2011.01630.x