Bayesian deconvolution of mass and ion mobility spectra: From binary interactions to polydisperse ensembles

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 8, 2015, Pages 4370-4376

  Marty, Michael T ^a   Baldwin, Andrew J ^a   Marklund, Erik G ^a   Hochberg, Georg K A ^a   Benesch, Justin L P ^a   Robinson, Carol V ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MEMBRANES; IONS; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; PROBABILITY DISTRIBUTIONS;

BAYESIAN FRAMEWORKS; BINARY INTERACTIONS; CHARGE STATE DISTRIBUTION; ION MOBILITY SPECTRA; MANUAL INTERVENTION; MEMBRANE PROTEINS; MULTIPLE COMPONENTS; PHYSICAL QUANTITIES;

PROTEINS;

PROTEIN;

ALGORITHM; BAYES THEOREM; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY;

ALGORITHMS; BAYES THEOREM; PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 84928344005     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00140     Document Type: Article

References (47)

1. Sharon, M.; Robinson, C. V. Annu. Rev. Biochem. 2007, 76, 167-193
2. Marcoux, J.; Robinson, C. V. Structure 2013, 21, 1541-1550
3. Heck, A. J. R. Nat. Methods 2008, 5, 927-933
4. Lanucara, F.; Holman, S. W.; Gray, C. J.; Eyers, C. E. Nat. Chem. 2014, 6, 281-294
5. van den Heuvel, R. H. H.; Heck, A. J. R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 519-526
6. Loo, J. A. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 200, 175-186
7. van Duijn, E. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2010, 21, 971-978
8. Mann, M.; Meng, C. K.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1989, 61, 1702-1708
9. Marty, M. T.; Zhang, H.; Cui, W. D.; Gross, M. L.; Sligar, S. G. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2014, 25, 269-277
10. Morgner, N.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2012, 84, 2939-2948
11. Stengel, F.; Baldwin, A. J.; Bush, M. F.; Hilton, G. R.; Lioe, H.; Basha, E.; Jaya, N.; Vierling, E.; Benesch, J. L. P. Chem. Biol. 2012, 19, 599-607
12. Stengel, F.; Baldwin, A. J.; Painter, A. J.; Jaya, N.; Basha, E.; Kay, L. E.; Vierling, E.; Robinson, C. V.; Benesch, J. L. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 2007-2012
13. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2000, 11, 320-332
14. Tseng, Y.-H.; Uetrecht, C.; Yang, S.-C.; Barendregt, A.; Heck, A. J. R.; Peng, W.-P. Anal. Chem. 2013, 85, 11275-11283
15. Zheng, H.; Ojha, P. C.; McClean, S.; Black, N. D.; Hughes, J. G.; Shaw, C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 429-436
16. Reinhold, B. B.; Reinhold, V. N. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1992, 3, 207-215
17. Hagen, J. J.; Monnig, C. A. Anal. Chem. 1994, 66, 1877-1883
18. Zhang, Z.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1998, 9, 225-233
19. Fernandez-de-Cossio Diaz, J.; Fernandez-de-Cossio, J. Anal. Chem. 2012, 84, 7052-7056
20. Sivalingam, G. N.; Yan, J.; Sahota, H.; Thalassinos, K. Int. J. Mass Spectrom. 2013, 345-347, 54-62
21. van Breukelen, B.; Barendregt, A.; Heck, A. J. R.; van den Heuvel, R. H. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 2490-2496
22. Hilton, G. R.; Hochberg, G. K.; Laganowsky, A.; McGinnigle, S. I.; Baldwin, A. J.; Benesch, J. L. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B: Biol. Sci. 2013, 368, 20110405
23. Ferrige, A. G.; Seddon, M. J.; Green, B. N.; Jarvis, S. A.; Skilling, J.; Staunton, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 707-711
24. Ferrige, A. G.; Seddon, M. J.; Jarvis, S.; Skilling, J.; Aplin, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 374-377
25. Lucy, L. B. Astron. J. 1974, 79, 745
26. Richardson, W. H. J. Opt. Soc. Am. 1972, 62, 55-59
27. Laganowsky, A.; Reading, E.; Allison, T. M.; Ulmschneider, M. B.; Degiacomi, M. T.; Baldwin, A. J.; Robinson, C. V. Nature 2014, 510, 172-175
28. Benesch, J. L. P.; Aquilina, J. A.; Ruotolo, B. T.; Sobott, F.; Robinson, C. V. Chem. Biol. 2006, 13, 597-605
29. Bush, M. F.; Hall, Z.; Giles, K.; Hoyes, J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Anal. Chem. 2010, 82, 9557-9565
30. Painter, A. J.; Jaya, N.; Basha, E.; Vierling, E.; Robinson, C. V.; Benesch, J. L. P. Chem. Biol. 2008, 15, 246-253
31. Benesch, J. L. P.; Aquilina, J. A.; Baldwin, A. J.; Rekas, A.; Stengel, F.; Lindner, R. A.; Basha, E.; Devlin, G. L.; Horwitz, J.; Vierling, E.; Carver, J. A.; Robinson, C. V. Chem. Biol. 2010, 17, 1008-1017
32. Baldwin, A. J.; Lioe, H.; Robinson, C. V.; Kay, L. E.; Benesch, J. L. P. J. Mol. Biol. 2011, 413, 297-309
33. Zhong, Y.; Han, L.; Ruotolo, B. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 9209-9212
34. Aquilina, J. A.; Benesch, J. L. P.; Bateman, O. A.; Slingsby, C.; Robinson, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 10611-10616
35. Benesch, J. P. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2009, 20, 341-348
36. Ruotolo, B. T.; Benesch, J. L. P.; Sandercock, A. M.; Hyung, S.-J.; Robinson, C. V. Nat. Protoc. 2008, 3, 1139-1152
37. Shepherd, D. A.; Marty, M. T.; Giles, K.; Baldwin, A. J.; Benesch, J. L. P. Int. J. Mass Spectrom. 2015, 377, 663-671
38. Hall, Z.; Politis, A.; Bush, M. F.; Smith, L. J.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3429-3438
39. Bayburt, T. H.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. Nano Lett. 2002, 2, 853-856
40. Marty, M. T.; Zhang, H.; Cui, W. D.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L.; Sligar, S. G. Anal. Chem. 2012, 84, 8957-8960
41. Bayburt, T. H.; Sligar, S. G. FEBS Lett. 2010, 584, 1721-1727
42. Marklund, E. G.; Degiacomi, M. T.; Robinson, C. V.; Baldwin, A. J.; Benesch, J. L. P. Structure 2015, 10.1016/j.str.2015.02.010
43. Shih, A. Y.; Denisov, I. G.; Phillips, J. C.; Sligar, S. G.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 88, 548-556
44. Denisov, I. G.; Grinkova, Y. V.; Lazarides, A. A.; Sligar, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3477-3487
45. Denisov, I. G.; McLean, M. A.; Shaw, A. W.; Grinkova, Y. V.; Sligar, S. G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15580-15588
46. McLean, J. A. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2009, 20, 1775-1781
47. Hewitt, D.; Marklund, E.; Scott, D. J.; Robinson, C. V.; Borysik, A. J. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 8489-8495