Sheathless capillary electrophoresis-tandem mass spectrometry for top-down characterization of pyrococcus furiosus proteins on a proteome scale

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 22, 2014, Pages 11006-11012

  Han, Xuemei ^a   Wang, Yueju ^a   Aslanian, Aaron ^a,b   Bern, Marshall ^c,d   Lavallée Adam, Mathieu ^a   Yates, John R ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b SALK INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STUDIES   (United States)

^c Protein Metrics   (United States)

^d PALO ALTO RESEARCH CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; COVALENT BONDS; ELECTROSPRAY IONIZATION; MASS SPECTROMETRY; SPECTROMETRY;

DISULFIDE BONDS; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PROTEIN ISOFORMS; PROTEIN SEPARATIONS; PYROCOCCUS FURIOSUS; SAMPLE CONSUMPTION; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TOP-DOWN MASS SPECTROMETRIES;

PROTEINS;

ARCHAEAL PROTEIN; PROTEOME;

CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CHEMISTRY; PROTEOMICS; PYROCOCCUS FURIOSUS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ARCHAEAL PROTEINS; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; PROTEOME; PROTEOMICS; PYROCOCCUS FURIOSUS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84922511434     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac503439n     Document Type: Article

References (50)

1. Chait, B. T. Science 2006, 314, 65-66
2. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 197A-203A
3. Giometti, C. S.; Tollaksen, S. L.; Mukund, S.; Zhi Hao, Z.; Keren, M.; Xuhong, M.; Adams, M. W. W. J. Chromatogr., A 1995, 698, 341-349
4. Lim, H.; Eng, J.; Yates, J. R., 3rd; Tollaksen, S. L.; Giometti, C. S.; Holden, J. F.; Adams, M. W.; Reich, C. I.; Olsen, G. J.; Hays, L. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 957-970
5. Roepstorff, P. Protein Cell 2012, 3, 641-647
6. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812
7. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J.-H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
8. Han, X.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109-112
9. Ahlf, D. R.; Compton, P. D.; Tran, J. C.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2012, 11, 4308-4314
10. Hu, Q.; Noll, R. J.; Li, H.; Makarov, A.; Hardman, M.; Graham Cooks, R. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 430-443
11. Vellaichamy, A.; Tran, J. C.; Catherman, A. D.; Lee, J. E.; Kellie, J. F.; Sweet, S. M.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2010, 82, 1234-1244
12. Lee, J. E.; Kellie, J. F.; Tran, J. C.; Tipton, J. D.; Catherman, A. D.; Thomas, H. M.; Ahlf, D. R.; Durbin, K. R.; Vellaichamy, A.; Ntai, I.; Marshall, A. G.; Kelleher, N. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 2183-2191
13. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929
14. LeDuc, R. D.; Taylor, G. K.; Kim, Y.-B.; Januszyk, T. E.; Bynum, L. H.; Sola, J. V.; Garavelli, J. S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W340-W345
15. Frank, A. M.; Pesavento, J. J.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L.; Pevzner, P. A. Anal. Chem. 2008, 80, 2499-2505
16. Tsai, Y.; Scherl, A.; Shaw, J.; MacKay, C. L.; Shaffer, S.; Langridge-Smith, P. R.; Goodlett, D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 2154-2166
17. Zamdborg, L.; LeDuc, R. D.; Glowacz, K. J.; Kim, Y. B.; Viswanathan, V.; Spaulding, I. T.; Early, B. P.; Bluhm, E. J.; Babai, S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W701-706
18. Bunger, M. K.; Cargile, B. J.; Ngunjiri, A.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2008, 80, 1459-1467
19. Kellie, J. F.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tran, J. C.; Tipton, J. D.; Norris, J. L.; Witkowski, C. E., 2nd; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2012, 84, 209-215
20. Roth, M. J.; Parks, B. A.; Ferguson, J. T.; Boyne, M. T., 2nd; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2008, 80, 2857-2866
21. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-258
22. Ansong, C.; Wu, S.; Meng, D.; Liu, X.; Brewer, H. M.; Deatherage Kaiser, B. L.; Nakayasu, E. S.; Cort, J. R.; Pevzner, P.; Smith, R. D.; Heffron, F.; Adkins, J. N.; Pasa-Tolic, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 10153-10158
23. Chen, X.; Ge, Y. Proteomics 2013, 13, 2563-2566
24. Haselberg, R.; de Jong, G. J.; Somsen, G. W. Electrophoresis 2011, 32, 66-82
25. Haselberg, R.; de Jong, G. J.; Somsen, G. W. Electrophoresis 2013, 34, 99-112
26. Haselberg, R.; de Jong, G. J.; Somsen, G. W. Anal. Chem. 2013, 85, 2289-2296
27. Sun, L.; Knierman, M. D.; Zhu, G.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2013, 85, 5989-5995
28. Jensen, P. K.; Paša-Tolić, L.; Anderson, G. A.; Horner, J. A.; Lipton, M. S.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2076-2084
29. Smith, R. D.; Barinaga, C. J.; Udseth, H. R. Anal. Chem. 1988, 60, 1948-1952
30. Maxwell, E. J.; Zhong, X.; Chen, D. D. Y. Anal. Chem. 2010, 82, 8377-8381
31. Wojcik, R.; Dada, O. O.; Sadilek, M.; Dovichi, N. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010, 24, 2554-2560
32. Zhong, X.; Maxwell, E. J.; Chen, D. D. Y. Anal. Chem. 2011, 83, 4916-4923
33. Zhao, Y.; Sun, L.; Champion, M. M.; Knierman, M. D.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2014, 86, 4873-4878
34. Li, Y.; Compton, P. D.; Tran, J. C.; Ntai, I.; Kelleher, N. L. Proteomics 2014, 14, 1158-1164
35. Moini, M. Anal. Chem. 2007, 79, 4241-4246
36. Moini, M.; Huang, H. Electrophoresis 2004, 25, 1981-1987
37. Busnel, J. M.; Schoenmaker, B.; Ramautar, R.; Carrasco-Pancorbo, A.; Ratnayake, C.; Feitelson, J. S.; Chapman, J. D.; Deelder, A. M.; Mayboroda, O. A. Anal. Chem. 2010, 82, 9476-9483
38. Ramautar, R.; Busnel, J. M.; Deelder, A. M.; Mayboroda, O. A. Anal. Chem. 2012, 84, 885-892
39. Faserl, K.; Sarg, B.; Kremser, L.; Lindner, H. Anal. Chem. 2011, 83, 7297-7305
40. Wang, Y.; Fonslow, B. R.; Wong, C. C.; Nakorchevsky, A.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2012, 84, 8505-8513
41. Heemskerk, A. A.; Wuhrer, M.; Busnel, J. M.; Koeleman, C. A.; Selman, M. H.; Vidarsson, G.; Kapur, R.; Schoenmaker, B.; Derks, R. J.; Deelder, A. M.; Mayboroda, O. A. Electrophoresis 2013, 34, 383-387
42. Haselberg, R.; de Jong, G. J.; Somsen, G. W. Anal. Chim. Acta 2010, 678, 128-134
43. Wong, C. C.; Cociorva, D.; Miller, C. A.; Schmidt, A.; Monell, C.; Aebersold, R.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2013, 12, 763-770
44. Lee, A. M.; Sevinsky, J. R.; Bundy, J. L.; Grunden, A. M.; Stephenson, J. L. J. Proteome Res. 2009, 8, 3844-3851
45. Nishida, H.; Nishiyama, M.; Kobashi, N.; Kosuge, T.; Hoshino, T.; Yamane, H. Genome Res. 1999, 9, 1175-1183
46. Cohen, G. N.; Barbe, V.; Flament, D.; Galperin, M.; Heilig, R.; Lecompte, O.; Poch, O.; Prieur, D.; Querellou, J.; Ripp, R.; Thierry, J. C.; Van der Oost, J.; Weissenbach, J.; Zivanovic, Y.; Forterre, P. Mol. Microbiol. 2003, 47, 1495-1512
47. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
48. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
49. Shaw, J. B.; Li, W.; Holden, D. D.; Zhang, Y.; Griep-Raming, J.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646-12651
50. Liu, X.; Sirotkin, Y.; Shen, Y.; Anderson, G.; Tsai, Y. S.; Ting, Y. S.; Goodlett, D. R.; Smith, R. D.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.008524