SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 12, 2014, Pages 5706-5715

Reparameterized united atom model for molecular dynamics simulations of gel and fluid phosphatidylcholine bilayers

(2) Tjörnhammar, Richard a Edholm, Olle a

a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84916613010 PISSN: 15499618 EISSN: 15499626 Source Type: Journal
DOI: 10.1021/ct500589z Document Type: Article

Times cited : (37)

References (56)

1
- 0001563901
- Egberts, E.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3718-3733.
- (1988) J. Chem. Phys. , vol.89 , pp. 3718-3733
- Egberts, E.¹ Berendsen, H.J.C.²

2
- 0030031374
- Tu, K.; Tobias, D.; Blasie, J.; Klein, M. Biophys. J. 1996, 70, 595-608.
- (1996) Biophys. J. , vol.70 , pp. 595-608
- Tu, K.¹ Tobias, D.² Blasie, J.³ Klein, M.⁴

3
- 0001455442
- Venable, R. M.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 4822-4832.
- (2000) J. Chem. Phys. , vol.112 , pp. 4822-4832
- Venable, R.M.¹ Brooks, B.R.² Pastor, R.W.³

4
- 0000206982
- Goetz, R.; Lipowsky, R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7397-7409.
- (1998) J. Chem. Phys. , vol.108 , pp. 7397-7409
- Goetz, R.¹ Lipowsky, R.²

5
- 19744367689
- Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223-244.
- (2005) Chem. Phys. Lipids , vol.135 , pp. 223-244
- Marrink, S.J.¹ Risselada, J.² Mark, A.E.³

6
- 33745700351
- Cooke, I. R.; Deserno, M. Biophys. J. 2006, 91, 487-495.
- (2006) Biophys. J. , vol.91 , pp. 487-495
- Cooke, I.R.¹ Deserno, M.²

7
- 52649147983
- Högberg, C.-J.; Nikitin, A. M.; Lyubartsev, A. P. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2359-2369.
- (2008) J. Comput. Chem. , vol.29 , pp. 2359-2369
- Högberg, C.-J.¹ Nikitin, A.M.² Lyubartsev, A.P.³

8
- 77953377650
- Klauda, J. B.; Venable, R. M.; Freites, J. A.; O'Connor, J. W.; Tobias, D. J.; Mondragon-Ramirez, C.; Vorobyov, I.; MacKerell, A. D.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830-7843.
- (2010) J. Phys. Chem. B , vol.114 , pp. 7830-7843
- Klauda, J.B.¹ Venable, R.M.² Freites, J.A.³ O'Connor, J.W.⁴ Tobias, D.J.⁵ Mondragon-Ramirez, C.⁶ Vorobyov, I.⁷ MacKerell, A.D.⁸ Pastor, R.W.⁹

9
- 84858321169
- Jämbeck, J. P. M.; Lyubartsev, A. P. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3164-3179.
- (2012) J. Phys. Chem. B , vol.116 , pp. 3164-3179
- Jämbeck, J.P.M.¹ Lyubartsev, A.P.²

10
- 0030999097
- Berger, O.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013.
- (1997) Biophys. J. , vol.72 , pp. 2002-2013
- Berger, O.¹ Edholm, O.² Jähnig, F.³

11
- 0029099308
- Chiu, S.; Clark, M.; Balaji, V.; Subramaniam, S.; Scott, H.; Jakobsson, E. Biophys. J. 1995, 69, 1230-1245.
- (1995) Biophys. J. , vol.69 , pp. 1230-1245
- Chiu, S.¹ Clark, M.² Balaji, V.³ Subramaniam, S.⁴ Scott, H.⁵ Jakobsson, E.⁶

12
- 65249111085
- Chiu, S.-W.; Pandit, S. A.; Scott, H. L.; Jakobsson, E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2748-2763.
- (2009) J. Phys. Chem. B , vol.113 , pp. 2748-2763
- Chiu, S.-W.¹ Pandit, S.A.² Scott, H.L.³ Jakobsson, E.⁴

13
- 17244370140
- de Vries, A. H.; Yefimov, S.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5392-5396.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.102 , pp. 5392-5396
- De Vries, A.H.¹ Yefimov, S.² Mark, A.E.³ Marrink, S.J.⁴

14
- 0027288319
- Tristram-Nagle, S.; Zhang, R.; Suter, R.; Worthington, C.; Sun, W.; Nagle, J. Biophys. J. 1993, 64, 1097-1109.
- (1993) Biophys. J. , vol.64 , pp. 1097-1109
- Tristram-Nagle, S.¹ Zhang, R.² Suter, R.³ Worthington, C.⁴ Sun, W.⁵ Nagle, J.⁶

15
- 0000014011
- Sun, W. J.; Sutter, R. M.; Knewtson, M. A.; Worthington, C. R.; Tristram-Nagle, S.; Zhang, R.; Nagle, J. F. Phys. Rev. E 1994, 49, 4665-4676.
- (1994) Phys. Rev. E , vol.49 , pp. 4665-4676
- Sun, W.J.¹ Sutter, R.M.² Knewtson, M.A.³ Worthington, C.R.⁴ Tristram-Nagle, S.⁵ Zhang, R.⁶ Nagle, J.F.⁷

16
- 34547474332
- PMID: 17569554.
- Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824 PMID: 17569554.
- (2007) J. Phys. Chem. B , vol.111 , pp. 7812-7824
- Marrink, S.J.¹ Risselada, H.J.² Yefimov, S.³ Tieleman, D.P.⁴ De Vries, A.H.⁵

17
- 84894191473
- Dickson, C. J.; Madej, B. D.; Skjevik, A.; Betz, R. M.; Teigen, K.; Gould, I. R.; Walker, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 865-879.
- (2014) J. Chem. Theory Comput. , vol.10 , pp. 865-879
- Dickson, C.J.¹ Madej, B.D.² Skjevik, A.³ Betz, R.M.⁴ Teigen, K.⁵ Gould, I.R.⁶ Walker, R.C.⁷

18
- 27344454932
- van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
- (2005) J. Comput. Chem. , vol.26 , pp. 1701-1718
- Van Der Spoel, D.¹ Lindahl, E.² Hess, B.³ Groenhof, G.⁴ Mark, A.E.⁵ Berendsen, H.J.⁶

19
- 33846823909
- Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
- (1993) J. Chem. Phys. , vol.98 , pp. 10089-10092
- Darden, T.¹ York, D.² Pedersen, L.³

20
- 33846086933
- Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101.
- (2007) J. Chem. Phys. , vol.126 , pp. 014101
- Bussi, G.¹ Donadio, D.² Parrinello, M.³

21
- 33750587438
- Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
- (1984) J. Chem. Phys. , vol.81 , pp. 3684-3690
- Berendsen, H.J.C.¹ Postma, J.P.M.² Van Gunsteren, W.F.³ DiNola, A.⁴ Haak, J.R.⁵

22
- 0019707626
- Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190.
- (1981) J. Appl. Phys. , vol.52 , pp. 7182-7190
- Parrinello, M.¹ Rahman, A.²

23
- 4243606192
- Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
- (1985) Phys. Rev. Lett. , vol.55 , pp. 2471-2474
- Car, R.¹ Parrinello, M.²

24
- 29244471731
- Abascal, J.; Vega, C. J. Chem. Phys. 2005, 123, 234505.
- (2005) J. Chem. Phys. , vol.123 , pp. 234505
- Abascal, J.¹ Vega, C.²

25
- 34247324361
- Vega, C.; de Miguel, E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 154707.
- (2007) J. Chem. Phys. , vol.126 , pp. 154707
- Vega, C.¹ De Miguel, E.²

26
- 16644389728
- Wohlert, J.; Edholm, O. Biophys. J. 1975, 87, 2433-2445, 2004.
- (1975) Biophys. J. , vol.87 , pp. 2433-2445
- Wohlert, J.¹ Edholm, O.²

27
- 79959770281
- Braun, A. R.; Brandt, E. G.; Edholm, O.; Nagle, J. F.; Sachs, J. N. Biophys. J. 2011, 100, 2112-2120.
- (2011) Biophys. J. , vol.100 , pp. 2112-2120
- Braun, A.R.¹ Brandt, E.G.² Edholm, O.³ Nagle, J.F.⁴ Sachs, J.N.⁵

28
- 9944255300
- Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10311-10316.
- (2004) J. Phys. Chem. A , vol.108 , pp. 10311-10316
- Tsuzuki, S.¹ Honda, K.² Uchimaru, T.³ Mikami, M.⁴

29
- 36549097979
- Toxvaerd, S. J. Chem. Phys. 1990, 93, 4290-4295.
- (1990) J. Chem. Phys. , vol.93 , pp. 4290-4295
- Toxvaerd, S.¹

30
- 0000432930
- Toxvaerd, S. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5197-5204.
- (1997) J. Chem. Phys. , vol.107 , pp. 5197-5204
- Toxvaerd, S.¹

31
- 0001061046
- Martin, M. G.; Siepmann, J. I. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2569-2577.
- (1998) J. Phys. Chem. B , vol.102 , pp. 2569-2577
- Martin, M.G.¹ Siepmann, J.I.²

32
- 0010299174
- Herrebout, W. A.; van der Veken, B. J.; Wang, A.; Durig, J. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 578-585.
- (1995) J. Phys. Chem. , vol.99 , pp. 578-585
- Herrebout, W.A.¹ Van Der Veken, B.J.² Wang, A.³ Durig, J.R.⁴

33
- 49549141675
- Ryckaert, J.-P.; Bellemans, A. Chem. Phys. Lett. 1975, 30, 123-125.
- (1975) Chem. Phys. Lett. , vol.30 , pp. 123-125
- Ryckaert, J.-P.¹ Bellemans, A.²

34
- 77950590441
- Poger, D.; Van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1117-1125.
- (2010) J. Comput. Chem. , vol.31 , pp. 1117-1125
- Poger, D.¹ Van Gunsteren, W.F.² Mark, A.E.³

35
- 2942627316
- Jiemchooroj, A.; Sernelius, B. E.; Norman, P. Phys. Rev. A 2004, 69, 044701.
- (2004) Phys. Rev. A , vol.69 , pp. 044701
- Jiemchooroj, A.¹ Sernelius, B.E.² Norman, P.³

36
- 0003998388
- CRC Press
- CRC Handbook, CRC Handbook of Chemistry and Physics, 88th Edition, 88th ed.; CRC Press: 2007.
- (2007) CRC Handbook, CRC Handbook of Chemistry and Physics, 88th Edition, 88th Ed.

37
- 84859241561
- Mashaghi, A.; Partovi-Azar, P.; Jadidi, T.; Nafari, N.; Maass, P.; Tabar, M. R. R.; Bonn, M.; Bakker, H. J. J. Chem. Phys. 2012, 136, 114709.
- (2012) J. Chem. Phys. , vol.136 , pp. 114709
- Mashaghi, A.¹ Partovi-Azar, P.² Jadidi, T.³ Nafari, N.⁴ Maass, P.⁵ Tabar, M.R.R.⁶ Bonn, M.⁷ Bakker, H.J.⁸

38
- 0025828644
- Bechinger, B.; Seelig, J. Biochemistry 1991, 30, 3923-3929.
- (1991) Biochemistry , vol.30 , pp. 3923-3929
- Bechinger, B.¹ Seelig, J.²

39
- 0026635481
- Gawrisch, K.; Ruston, D.; Zimmerberg, J.; Parsegian, V.; Rand, R.; Fuller, N. Biophys. J. 1992, 61, 1213-1223.
- (1992) Biophys. J. , vol.61 , pp. 1213-1223
- Gawrisch, K.¹ Ruston, D.² Zimmerberg, J.³ Parsegian, V.⁴ Rand, R.⁵ Fuller, N.⁶

40
- 51649129838
- Kucerka, N.; Nagle, J. F.; Sachs, J. N.; Feller, S. E.; Pencer, J.; Jackson, A.; Katsaras, J. Biophys. J. 2008, 95, 2356-2367.
- (2008) Biophys. J. , vol.95 , pp. 2356-2367
- Kucerka, N.¹ Nagle, J.F.² Sachs, J.N.³ Feller, S.E.⁴ Pencer, J.⁵ Jackson, A.⁶ Katsaras, J.⁷

41
- 0034634708
- Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159-161.
- (2000) Biochim. Biophys. Acta , vol.1469 , pp. 159-161
- Nagle, J.F.¹ Tristram-Nagle, S.²

42
- 0036923942
- Tristram-Nagle, S.; Liu, Y.; Legleiter, J.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2002, 83, 3324-3335.
- (2002) Biophys. J. , vol.83 , pp. 3324-3335
- Tristram-Nagle, S.¹ Liu, Y.² Legleiter, J.³ Nagle, J.F.⁴

43
- 77952125598
- Kucerka, N.; Nagle, J. F.; Katsaras, J. J. Membr. Biol. 2010, 235, 43-50.
- (2010) J. Membr. Biol. , vol.235 , pp. 43-50
- Kucerka, N.¹ Nagle, J.F.² Katsaras, J.³

44
- 80052268628
- Kucerka, N.; Nieh, M.-P.; Katsaras, J. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1808, 2761-2771.
- (2011) Biochim. Biophys. Acta , vol.1808 , pp. 2761-2771
- Kucerka, N.¹ Nieh, M.-P.² Katsaras, J.³

45
- 22144486884
- Kucerka, N.; Liu, Y.; Chu, N.; Petrache, H. I.; Tristram-Nagle, S.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2005, 88, 2626-2637.
- (2005) Biophys. J. , vol.88 , pp. 2626-2637
- Kucerka, N.¹ Liu, Y.² Chu, N.³ Petrache, H.I.⁴ Tristram-Nagle, S.⁵ Nagle, J.F.⁶

46
- 0000835532
- Smith, G. S.; Sirota, E. B.; Safinya, C. R.; Plano, R. J.; Clark, N. A. J. Chem. Phys. 1990, 92, 4519-4529.
- (1990) J. Chem. Phys. , vol.92 , pp. 4519-4529
- Smith, G.S.¹ Sirota, E.B.² Safinya, C.R.³ Plano, R.J.⁴ Clark, N.A.⁵

47
- 84877084695
- Braun, A. R.; Sachs, J. N.; Nagle, J. F. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 5065-5072.
- (2013) J. Phys. Chem. B , vol.117 , pp. 5065-5072
- Braun, A.R.¹ Sachs, J.N.² Nagle, J.F.³

48
- 54049156215
- Kucerka, N.; Perlmutter, J. D.; Pan, J.; Tristram-Nagle, S.; Katsaras, J.; Sachs, J. N. Biophys. J. 2008, 95, 2792-2805.
- (2008) Biophys. J. , vol.95 , pp. 2792-2805
- Kucerka, N.¹ Perlmutter, J.D.² Pan, J.³ Tristram-Nagle, S.⁴ Katsaras, J.⁵ Sachs, J.N.⁶

49
- 33846399333
- Leekumjorn, S.; Sum, A. K. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1768, 354-365.
- (2007) Biochim. Biophys. Acta , vol.1768 , pp. 354-365
- Leekumjorn, S.¹ Sum, A.K.²

50
- 84916636673
- Schubert, T.; Schneck, E.; Tanaka, M. J. Chem. Phys. 2011, 135, 1-11.
- (2011) J. Chem. Phys. , vol.135 , pp. 1-11
- Schubert, T.¹ Schneck, E.² Tanaka, M.³

51
- 77956954404
- Brandt, E. G.; Edholm, O. J. Chem. Phys. 2010, 133, 115101.
- (2010) J. Chem. Phys. , vol.133 , pp. 115101
- Brandt, E.G.¹ Edholm, O.²

52
- 0027198849
- Nagle, J. F. Biophys. J. 1993, 64, 1110-1112.
- (1993) Biophys. J. , vol.64 , pp. 1110-1112
- Nagle, J.F.¹

53
- 0018510430
- Davis, J. H. Biophys. J. 1979, 27, 339-358.
- (1979) Biophys. J. , vol.27 , pp. 339-358
- Davis, J.H.¹

54
- 0017597363
- Yellin, N.; Levin, I. W. Biochemistry 1977, 16, 642-647.
- (1977) Biochemistry , vol.16 , pp. 642-647
- Yellin, N.¹ Levin, I.W.²

55
- 78951491640
- Leftin, A.; Brown, M. F. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1808, 818-839.
- (2011) Biochim. Biophys. Acta , vol.1808 , pp. 818-839
- Leftin, A.¹ Brown, M.F.²

56
- 0342822452
- Albon, N.; Sturtevant, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 2258-2260.
- (1978) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. , vol.75 , pp. 2258-2260
- Albon, N.¹ Sturtevant, J.M.²

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.