Urine sample preparation in 96-well filter plates for quantitative clinical proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 11, 2014, Pages 5470-5477

  Yu, Yanbao ^a   Suh, Moo Jin ^a   Sikorski, Patricia ^a   Kwon, Keehwan ^a   Nelson, Karen E ^a   Pieper, Rembert ^a  

^a J CRAIG VENTER INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMARKERS; DIAGNOSIS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MIXTURES; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES;

CLINICAL PROTEOMICS; DIAGNOSIS AND PROGNOSIS; EXPERIMENTAL REPEATABILITIES; FALSE DISCOVERY RATE; LIQUID CHROMATOGRAPHY - MASS SPECTROMETRIES; PEARSON CORRELATION ANALYSIS; PROTEIN IDENTIFICATION; URINARY TRACT INFECTIONS;

BODY FLUIDS;

BIOLOGICAL MARKER;

ADULT; CHEMISTRY; CHILD; HEK293 CELL LINE; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; INSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS; MASS SPECTROMETRY; PILOT STUDY; PROCEDURES; PROTEOMICS; SPECIMEN HANDLING; URINARY TRACT INFECTIONS; URINE;

ADULT; BIOMARKERS; CHILD; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; DIABETES MELLITUS, TYPE 1; HEK293 CELLS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PILOT PROJECTS; PROTEOMICS; SPECIMEN HANDLING; URINARY TRACT INFECTIONS; URINE;

EID: 84901763939     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5008317     Document Type: Article

References (53)

1. Hüttenhain, R.; Soste, M.; Selevsek, N.; Röst, H.; Sethi, A.; Carapito, C.; Farrah, T.; Deutsch, E. W.; Kusebauch, U.; Moritz, R. L.; Niméus-Malmström, E.; Rinner, O.; Aebersold, R. Sci. Transl. Med. 2012, 4 142ra94
2. Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Fang, R.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Xiao, W.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G. Anal. Chem. 2004, 76, 1134-44
3. Pisitkun, T.; Johnstone, R.; Knepper, M. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1760-71
4. Spahr, C. S.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Robinson, J. H.; Bures, E. J.; Beierle, J.; Mort, J.; Courchesne, P. L.; Chen, K.; Wahl, R. C.; Yu, W.; Luethy, R.; Patterson, S. D. Proteomics 2001, 1, 93-107
5. Pieper, R.; Gatlin, C. L.; McGrath, A. M.; Makusky, A. J.; Mondal, M.; Seonarain, M.; Field, E.; Schatz, C. R.; Estock, M. A.; Ahmed, N.; Anderson, N. G.; Steiner, S. Proteomics 2004, 4, 1159-74
6. Adachi, J.; Kumar, C.; Zhang, Y.; Olsen, J.; Mann, M. Genome Biol. 2006, 7, R80
7. Cash, P. Expert Rev. Proteomics 2014, 11, 43-58
8. Hagan, E. C.; Mobley, H. L. T. Infect. Immunol. 2007, 75, 3941-9
9. Fouts, D.; Pieper, R.; Szpakowski, S.; Pohl, H.; Knoblach, S.; Suh, M.-J.; Huang, S.-T.; Ljungberg, I.; Sprague, B.; Lucas, S.; Torralba, M.; Nelson, K.; Groah, S. J. Transl. Med. 2012, 10, 174
10. Nielubowicz, G. R.; Mobley, H. L. T. Nat. Rev. Urol. 2010, 7, 430-41
11. Wolfe, A. J.; Toh, E.; Shibata, N.; Rong, R.; Kenton, K.; FitzGerald, M.; Mueller, E. R.; Schreckenberger, P.; Dong, Q.; Nelson, D. E.; Brubaker, L. J. Clin. Microbiol. 2012, 50, 1376-83
12. Zhang, Y.; Fonslow, B. R.; Shan, B.; Baek, M.-C.; Yates, J. R. Chem. Rev. 2013, 113, 2343-94
13. Yu, Y.-Q.; Gilar, M.; Lee, P. J.; Bouvier, E. S. P.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2003, 75, 6023-8
14. Nagaraj, N.; Lu, A.; Mann, M.; Wiśniewski, J. R. J. Proteome Res. 2008, 7, 5028-32
15. Sharma, R.; Dill, B. D.; Chourey, K.; Shah, M.; VerBerkmoes, N. C.; Hettich, R. L. J. Proteome Res. 2012, 11, 6008-18
16. Zhou, J.-Y.; Dann, G. P.; Shi, T.; Wang, L.; Gao, X.; Su, D.; Nicora, C. D.; Shukla, A. K.; Moore, R. J.; Liu, T.; Camp, D. G., II; Smith, R. D.; Qian, W.-J. Anal. Chem. 2012, 84, 2862-7
17. Manza, L. L.; Stamer, S. L.; Ham, A.-J. L.; Codreanu, S. G.; Liebler, D. C. Proteomics 2005, 5, 1742-5
18. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 359-62
19. Tang, Y.; Underwood, A.; Gielbert, A.; Woodward, M. J.; Petrovska, L. Appl. Environ. Microbiol. 2013, 10.1128/AEM.02472-13
20. Skeie, J. M.; Mahajan, V. B. PLoS One 2013, 8 e82140
21. Shimwell, N. J.; Bryan, R. T.; Wei, W.; James, N. D.; Cheng, K. K.; Zeegers, M. P.; Johnson, P. J.; Martin, A.; Ward, D. G. Br. J. Cancer 2013, 108, 1854-61
22. Raimondo, F.; Corbetta, S.; Morosi, L.; Chinello, C.; Gianazza, E.; Castoldi, G.; Di Gioia, C.; Bombardi, C.; Stella, A.; Battaglia, C.; Bianchi, C.; Magni, F.; Pitto, M. Mol. Biosyst. 2013, 9, 1139-46
23. Welberry Smith, M. P.; Zougman, A.; Cairns, D. A.; Wilson, M.; Wind, T.; Wood, S. L.; Thompson, D.; Messenger, M. P.; Mooney, A.; Selby, P. J.; Lewington, A. J. P.; Banks, R. E. Kidney Int. 2013, 84, 1214-25
24. Nagaraj, N.; Wisniewski, J. R.; Geiger, T.; Cox, J.; Kircher, M.; Kelso, J.; Paabo, S.; Mann, M. Mol. Syst. Biol. 2011, 7 548 10.1038/msb.2011.81
25. Wiśniewski, J. R.; Zougman, A.; Mann, M. J. Proteome Res. 2009, 8, 5674-8
26. Han, D.; Moon, S.; Kim, Y.; Kim, J.; Jin, J.; Kim, Y. Proteomics 2013, 13, 2984-8
27. Geiger, T.; Wehner, A.; Schaab, C.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 M111.014050
28. Wisniewski, J. R.; Ostasiewicz, P.; Dus, K.; Zielinska, D. F.; Gnad, F.; Mann, M. Mol. Syst. Biol. 2012, 10.1038/msb.2012.44
29. Mischak, H.; Kolch, W.; Aivaliotis, M.; Bouyssié, D.; Court, M.; Dihazi, H.; Dihazi, G. H.; Franke, J.; Garin, J.; de Peredo, A. G.; Iphöfer, A.; Jänsch, L.; Lacroix, C.; Makridakis, M.; Masselon, C.; Metzger, J.; Monsarrat, B.; Mrug, M.; Norling, M.; Novak, J.; Pich, A.; Pitt, A.; Bongcam-Rudloff, E.; Siwy, J.; Suzuki, H.; Thongboonkerd, V.; Wang, L.-S.; Zoidakis, J.; Zürbig, P.; Schanstra, J. P.; Vlahou, A. Proteomics: Clin. Appl. 2010, 4, 464-78
30. Switzar, L.; van Angeren, J.; Pinkse, M.; Kool, J.; Niessen, W. M. A. Proteomics 2013, 13, 2980-3
31. Chen, Y.-T.; Chen, H.-W.; Domanski, D.; Smith, D. S.; Liang, K.-H.; Wu, C.-C.; Chen, C.-L.; Chung, T.; Chen, M.-C.; Chang, Y.-S.; Parker, C. E.; Borchers, C. H.; Yu, J.-S. J. Proteomics 2012, 75, 3529-45
32. Cox, J.; Matic, I.; Hilger, M.; Nagaraj, N.; Selbach, M.; Olsen, J. V.; Mann, M. Nat. Protoc. 2009, 4, 698-705
33. Schwanhausser, B.; Busse, D.; Li, N.; Dittmar, G.; Schuchhardt, J.; Wolf, J.; Chen, W.; Selbach, M. Nature 2011, 473, 337-42
34. Wiśniewski, J. R.; Zielinska, D. F.; Mann, M. Anal. Biochem. 2011, 410, 307-9
35. Tabb, D. L.; Vega-Montoto, L.; Rudnick, P. A.; Variyath, A. M.; Ham, A.-J. L.; Bunk, D. M.; Kilpatrick, L. E.; Billheimer, D. D.; Blackman, R. K.; Cardasis, H. L.; Carr, S. A.; Clauser, K. R.; Jaffe, J. D.; Kowalski, K. A.; Neubert, T. A.; Regnier, F. E.; Schilling, B.; Tegeler, T. J.; Wang, M.; Wang, P.; Whiteaker, J. R.; Zimmerman, L. J.; Fisher, S. J.; Gibson, B. W.; Kinsinger, C. R.; Mesri, M.; Rodriguez, H.; Stein, S. E.; Tempst, P.; Paulovich, A. G.; Liebler, D. C.; Spiegelman, C. J. Proteome Res. 2009, 9, 761-76
36. Wiśniewski, J. R.; Duś, K.; Mann, M. Proteom. Clin. Appl. 2013, 7, 225-33
37. Lu, A.; Wiśniewski, J. R.; Mann, M. J. Proteome Res. 2009, 8, 2418-25
38. Wisniewski, J. R.; Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 785-6
39. Hubner, N. C.; Bird, A. W.; Cox, J.; Splettstoesser, B.; Bandilla, P.; Poser, I.; Hyman, A.; Mann, M. J. Cell Biol. 2010, 189, 739-54
40. Smaczniak, C.; Li, N.; Boeren, S.; America, T.; van Dongen, W.; Goerdayal, S. S.; de Vries, S.; Angenent, G. C.; Kaufmann, K. Nat. Protoc. 2012, 7, 2144-58
41. Kosanam, H.; Prassas, I.; Chrystoja, C. C.; Soleas, I.; Chan, A.; Dimitromanolakis, A.; Blasutig, I. M.; Rückert, F.; Gruetzmann, R.; Pilarsky, C.; Maekawa, M.; Brand, R.; Diamandis, E. P. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 2820-32
42. Brinkmann, V.; Reichard, U.; Goosmann, C.; Fauler, B.; Uhlemann, Y.; Weiss, D. S.; Weinrauch, Y.; Zychlinsky, A. Science 2004, 303, 1532-5
43. Kentsis, A.; Monigatti, F.; Dorff, K.; Campagne, F.; Bachur, R.; Steen, H. Proteom. Clin. Appl. 2009, 3, 1052-61
44. Zheng, J.; Liu, L.; Wang, J.; Jin, Q. BMC Genomics 2013, 14, 777
45. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nat. Protoc. 2008, 4, 44-57
46. Ronald, A. Am. J. Med. 2002, 113, 14-9
47. Nagaraj, N.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 10, 637-45
48. Decramer, S.; de Peredo, A. G.; Breuil, B.; Mischak, H.; Monsarrat, B.; Bascands, J.-L.; Schanstra, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1850-62
49. Rodríguez-Suárez, E.; Siwy, J.; Zürbig, P.; Mischak, H. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2014, 1844 (5) 884-98
50. Zimmerli, L. U.; Schiffer, E.; Zürbig, P.; Good, D. M.; Kellmann, M.; Mouls, L.; Pitt, A. R.; Coon, J. J.; Schmieder, R. E.; Peter, K. H.; Mischak, H.; Kolch, W.; Delles, C.; Dominiczak, A. F. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 290-8
51. Kentsis, A.; Lin, Y. Y.; Kurek, K.; Calicchio, M.; Wang, Y. Y.; Monigatti, F.; Campagne, F.; Lee, R.; Horwitz, B.; Steen, H.; Bachur, R. Ann. Emerg. Med. 2010, 55, 62-70
52. Carty, D. M.; Siwy, J.; Brennand, J. E.; Zürbig, P.; Mullen, W.; Franke, J.; McCulloch, J. W.; North, R. A.; Chappell, L. C.; Mischak, H.; Poston, L.; Dominiczak, A. F.; Delles, C. Hypertension 2011, 57, 561-9
53. Kentsis, A.; Shulman, A.; Ahmed, S.; Brennan, E.; Monuteaux, M. C.; Lee, Y.-H.; Lipsett, S.; Paulo, J. A.; Dedeoglu, F.; Fuhlbrigge, R.; Bachur, R.; Bradwin, G.; Arditi, M.; Sundel, R. P.; Newburger, J. W.; Steen, H.; Kim, S. EMBO Mol. Med. 2013, 5, 210-20