Understanding the drug resistance mechanism of hepatitis C virus NS5B to PF-00868554 due to mutations of the 423 site: A computational study

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 4, 2014, Pages 767-777

  Jiao, Pingzu ^a   Xue, Weiwei ^b   Shen, Yulin ^c   Jin, Nengzhi ^c   Liu, Huanxiang ^a  

^a LANZHOU UNIVERSITY   (China)

^b LANZHOU UNIVERSITY   (China)

^c Gansu Computing Center   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

6-CYCLOPENTYL-6-(2-(2,6-DIETHYLPYRIDIN-4-YL)ETHYL)-3-((5,7-DIMETHYL-(1,2,4)TRIAZOLO(1,5-A)PYRIMIDIN-2-YL)METHYL)-4-HYDROXY-5,6-DIHYDROPYRAN-2-ONE; ANTIVIRUS AGENT; NS-5 PROTEIN, HEPATITIS C VIRUS; PYRONE DERIVATIVE; RNA DIRECTED RNA POLYMERASE; TRIAZOLE DERIVATIVE; VIRUS PROTEIN;

AMINO ACID SUBSTITUTION; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; ANTIVIRAL RESISTANCE; BINDING SITE; DRUG EFFECTS; GENETICS; HEPACIVIRUS; MOLECULAR DYNAMICS; MUTATION; PHYSIOLOGY; ULTRASTRUCTURE; VIRUS REPLICATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

AMINO ACID SUBSTITUTION; ANTIVIRAL AGENTS; BINDING SITES; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DRUG RESISTANCE, VIRAL; HEPACIVIRUS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MUTATION; PYRONES; RNA REPLICASE; TRIAZOLES; VIRAL NONSTRUCTURAL PROTEINS; VIRUS REPLICATION;

EID: 84897584893     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70498j     Document Type: Article

References (43)

1. Q. L. Choo G. Kuo A. J. Weiner L. R. Overby D. W. Bradley M. Houghton Science 1989 244 359 362
2. D. Moradpour F. Penin C. M. Rice Nat. Rev. Microbiol. 2007 5 453 463
3. M. W. Fried M. L. Shiffman K. R. Reddy C. Smith G. Marinos F. L. Gonçales D. Häussinger M. Diago G. Carosi D. Dhumeaux A. Craxi A. Lin J. Hoffman J. Yu N. Engl. J. Med. 2002 347 975 982
4. S. J. Hadziyannis H. Sette T. R. Morgan V. Balan M. Diago P. Marcellin G. Ramadori H. Bodenheimer D. Bernstein M. Rizzetto S. Zeuzem P. J. Pockros A. Lin A. M. Ackrill F. T. P. I. S. Group Ann. Intern. Med. 2004 140 346 355
5. S. Munir S. Saleem M. Idrees A. Tariq S. Butt B. Rauff A. Hussain S. Badar M. Naudhani Z. Fatima M. Ali L. Ali M. Akram M. Aftab B. Khubaib Z. Awan Virol. J. 2010 7 296 301
6. F. Poordad J. McCone Jr. B. R. Bacon S. Bruno M. P. Manns M. S. Sulkowski I. M. Jacobson K. R. Reddy Z. D. Goodman N. Boparai M. J. DiNubile V. Sniukiene C. A. Brass J. K. Albrecht J. P. Bronowicki SPRINT-2 Investigators N. Engl. J. Med. 2011 364 1195 1206
7. I. M. Jacobson J. G. McHutchison G. Dusheiko A. M. Di Bisceglie K. R. Reddy N. H. Bzowej P. Marcellin A. J. Muir P. Ferenci R. Flisiak J. George M. Rizzetto D. Shouval R. Sola R. A. Terg E. M. Yoshida N. Adda L. Bengtsson A. J. Sankoh T. L. Kieffer S. George R. S. Kauffman S. Zeuzem ADVANCE Study Team N. Engl. J. Med. 2011 364 2405 2416
8. K. E. Sherman S. L. Flamm N. H. Afdhal D. R. Nelson M. S. Sulkowski G. T. Everson M. W. Fried M. Adler H. W. Reesink M. Martin A. J. Sankoh N. Adda R. S. Kauffman S. George C. I. Wright F. Poordad ILLUMINATE Study Team N. Engl. J. Med. 2011 365 1014 1024
9. A. A. Kolykhalov K. Mihalik S. M. Feinstone C. M. Rice J. Virol. 2000 74 2046 2051
10. J. M. Pawlotsky R. G. Gish Antiviral Ther. 2006 11 397 408
11. B. Wolk D. Sansonno H. G. Krausslich F. Dammacco C. M. Rice H. E. Blum D. Moradpour J. Virol. 2000 74 2293 2304
12. K. E. Reed A. E. Gorbalenya C. M. Rice J. Virol. 1998 72 6199 6206
13. J. M. Lyle E. Bullitt K. Bienz K. Kirkegaard Science 2002 296 2218 2222
14. V. Soriano M. G. Peters S. Zeuzem Clin. Infect. Dis. 2009 48 313 320
15. M. Wang K. Wang A. Yan C. Yu Int. J. Mol. Sci. 2012 13 4033 4047
16. V. M. Patil S. P. Gupta S. Samanta N. Masand Curr. Med. Chem. 2011 18 5564 5597
17. H. Li J. Tatlock A. Linton J. Gonzalez T. Jewell L. Patel S. Ludlum M. Drowns S. V. Rahavendran H. Skor R. Hunter S. T. Shi K. J. Herlihy H. Parge M. Hickey X. Yu F. Chau J. Nonomiya C. Lewis J. Med. Chem. 2009 52 1255 1258
18. H. Li A. Linton J. Tatlock J. Gonzalez A. Borchardt M. Abreo T. Jewell L. Patel M. Drowns S. Ludlum M. Goble M. Yang J. Blazel R. Rahavendran H. Skor S. Shi C. Lewis S. Fuhrman J. Med. Chem. 2007 50 3969 3972
19. H. Li J. Tatlock A. Linton J. Gonzalez A. Borchardt P. Dragovich T. Jewell T. Prins R. Zhou J. Blazel H. Parge R. Love M. Hickey C. Doan S. Shi R. Duggal C. Lewis S. Fuhrman Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006 16 4834 4838
20. S. T. Shi K. J. Herlihy J. P. Graham J. Nonomiya S. V. Rahavendran H. Skor R. Irvine S. Binford J. Tatlock H. Li J. Gonzalez A. Linton A. K. Patick C. Lewis Antimicrob. Agents Chemother. 2009 53 2544 2552
21. M. M. May D. Brohm A. Harrenga T. Marquardt B. Riedl J. Kreuter H. Zimmermann H. Ruebsamen-Schaeff A. Urban Antiviral Res. 2012 95 182 191
22. P. J. F. Troke M. Lewis P. Simpson K. Gore J. Hammond C. Craig M. Westby Antimicrob. Agents Chemother. 2012 56 1331 1341
23. G. Yi J. Deval B. Fan H. Cai C. Soulard C. T. Ranjith-Kumar D. B. Smith L. Blatt L. Beigelman C. Cheng Kao Antimicrob. Agents Chemother. 2012 56 830 837
24. H. Liu X. Yao C. Wang J. Han Mol. Pharmaceutics 2010 7 894 904
25. T. Rungrotmongkol M. Malaisree N. Nunthaboot P. Sompornpisut S. Hannongbua Amino Acids 2010 39 393 398
26. L. Li Y. Li L. Zhang T. Hou J. Chem. Inf. Model. 2012 52 2715 2729
27. T. Hou R. Yu J. Med. Chem. 2007 50 1177 1188
28. Z. Guo A. Prongay X. Tong T. Fischmann S. Bogen F. Velazquez S. Venkatraman F. G. Njoroge V. Madison J. Chem. Theory Comput. 2006 2 1657 1663
29. W. Xue D. Pan Y. Yang H. Liu X. Yao Antiviral Res. 2012 93 126 137
30. D. Pan W. Xue W. Zhang H. Liu X. Yao Biochim. Biophys. Acta 2012 1820 1526 1534
31. W. L. DeLano, The PyMOL Molecular Graphics System DeLano Scientific, Palo Alto, CA, USA, 2002, http://www.pymol.org
32. D. A. Case T. E. Cheatham T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668 1688
33. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins 2006 65 712 725
34. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, N. J. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009
35. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
36. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
37. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. Gunsteren A. DiNola J. K. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
38. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
39. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
40. P. A. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang O. Donini P. Cieplak J. Srinivasan D. A. Case T. E. Cheatham III Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
41. J. Srinivasan T. E. Cheatham P. Cieplak P. A. Kollman D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9401 9409
42. D. Sitkoff K. A. Sharp B. Honig J. Phys. Chem. 1994 98 1978 1988
43. W. Xue M. Wang X. Jin H. Liu X. Yao Mol. BioSyst. 2012 8 2753 2765