Digital encoding of cellular mRNAs enabling precise and absolute gene expression measurement by single-molecule counting

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 6, 2014, Pages 2867-2870

  Fu, Glenn K ^a   Wilhelmy, Julie ^a   Stern, David ^a   Fan, H Christina ^a   Fodor, Stephen P A ^a  

^a Cellular Research Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BAR CODES; ENCODING (SYMBOLS); RNA; SIGNAL ENCODING; TRANSCRIPTION;

EXPRESSION MEASUREMENTS; GENE EXPRESSION ANALYSIS; MULTIPLE MEASUREMENTS; PHYSICAL PARTITIONING; PRECISE MEASUREMENTS; REAL TIME MONITORING; RELATIVE QUANTITATIONS; REVERSE TRANSCRIPTION;

POLYMERASE CHAIN REACTION;

MESSENGER RNA;

GENE EXPRESSION; GENETICS; POLYMERASE CHAIN REACTION;

GENE EXPRESSION; POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA, MESSENGER;

EID: 84896525250     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500459p     Document Type: Article

References (21)

1. Tang, F.; Barbacioru, C.; Wang, Y.; Nordman, E.; Lee, C.; Xu, N.; Wang, X.; Bodeau, J.; Tuch, B. B.; Siddiqui, A.; Lao, K.; Surani, M. A. Nat. Methods 2009, 6, 377
2. Islam, S.; Kjallquist, U.; Moliner, A.; Zajac, P.; Fan, J. B.; Lonnerberg, P.; Linnarsson, S. Genome Res. 2011, 21, 1160
3. Ramskold, D.; Luo, S.; Wang, Y. C.; Li, R.; Deng, Q.; Faridani, O. R.; Daniels, G. A.; Khrebtukova, I.; Loring, J. F.; Laurent, L. C.; Schroth, G. P.; Sandberg, R. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 777
4. Islam, S.; Zeisel, A.; Joost, S.; La Manno, G.; Zajac, P.; Kasper, M.; Lonnerberg, P.; Linnarsson, S. Nat. Methods 2014, 11, 163
5. Picelli, S.; Bjorklund, A. K.; Faridani, O. R.; Sagasser, S.; Winberg, G.; Sandberg, R. Nat. Methods 2013, 10, 1096
6. Shalek, A. K.; Satija, R.; Adiconis, X.; Gertner, R. S.; Gaublomme, J. T.; Raychowdhury, R.; Schwartz, S.; Yosef, N.; Malboeuf, C.; Lu, D.; Trombetta, J. J.; Gennert, D.; Gnirke, A.; Goren, A.; Hacohen, N.; Levin, J. Z.; Park, H.; Regev, A. Nature 2013, 498, 236
7. Wu, A. R.; Neff, N. F.; Kalisky, T.; Dalerba, P.; Treutlein, B.; Rothenberg, M. E.; Mburu, F. M.; Mantalas, G. L.; Sim, S.; Clarke, M. F.; Quake, S. R. Nat. Methods 2014, 11, 41
8. Zhu, Y. Y.; Machleder, E. M.; Chenchik, A.; Li, R.; Siebert, P. D. BioTechniques 2001, 30, 892
9. Sanders, R.; Huggett, J. F.; Bushell, C. A.; Cowen, S.; Scott, D. J.; Foy, C. A. Anal. Chem. 2011, 83, 6474
10. Whale, A. S.; Cowen, S.; Foy, C. A.; Huggett, J. F. PloS One 2013, 8 e58177
11. Fu, G. K.; Hu, J.; Wang, P. H.; Fodor, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 9026
12. Warren, L.; Bryder, D.; Weissman, I. L.; Quake, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 17807
13. Charnay, P.; Maniatis, T. Science 1983, 220, 1281
14. Smith, R. D.; Malley, J. D.; Schechter, A. N. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 4998
15. White, A. K.; Heyries, K. A.; Doolin, C.; Vaninsberghe, M.; Hansen, C. L. Anal. Chem. 2013, 85, 7182
16. Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold, B. Nat. Methods 2008, 5, 621
17. Fu, G. K.; Xu, W.; Wilhelmy, J.; Mindrinos, M. N.; Davis, R. W.; Xiao, W.; Fodor, S. P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2014, 10.1073/pnas.1323732111
18. Shiroguchi, K.; Jia, T. Z.; Sims, P. A.; Xie, X. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 1347
19. Jabara, C. B.; Jones, C. D.; Roach, J.; Anderson, J. A.; Swanstrom, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 20166
20. White, R. A., 3rd; Quake, S. R.; Curr, K. J. Virol. Methods 2012, 179, 45
21. Tang, D. T.; Plessy, C.; Salimullah, M.; Suzuki, A. M.; Calligaris, R.; Gustincich, S.; Carninci, P. Nucleic Acids Res. 2013, 41 e44