Microfluidic single-cell analysis for systems immunology

Lab on a Chip

Volumn 14, Issue 7, 2014, Pages 1246-1260

  Junkin, Michael ^a   Tay, Savaş ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMOKINE; CYTOKINE; PROSTAGLANDIN; REACTIVE OXYGEN METABOLITE;

ANTIBODY PRODUCTION; CELL DIFFERENTIATION; CELL INTERACTION; CELL MIGRATION; CELL SIGNALING ASSAY; CYTOKINE RELEASE; CYTOLYSIS; DRUG SCREENING; HOST CELL; HUMAN; IMMUNE RESPONSE; IMMUNE SYSTEM; IN VITRO STUDY; IN VIVO STUDY; INFORMATION PROCESSING; MICROENVIRONMENT; MOLECULAR INTERACTION; NONHUMAN; PATHOGEN CLEARANCE; PRIORITY JOURNAL; QUANTITATIVE ANALYSIS; REGULATORY MECHANISM; REVIEW; SIGNAL TRANSDUCTION; SINGLE CELL ANALYSIS; TISSUE INJURY;

ALLERGY AND IMMUNOLOGY; ANIMALS; AUTOIMMUNITY; HUMANS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; NEOPLASMS; PORTRAITS AS TOPIC; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 84895548187     PISSN: 14730197     EISSN: 14730189     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3lc51182k     Document Type: Review

References (101)

1. W. C. Koff D. R. Burton P. R. Johnson B. D. Walker C. R. King G. J. Nabel R. Ahmed M. K. Bhan S. A. Plotkin Science 2013 340 1232910
2. J. J. Hornberg F. J. Bruggeman H. V. Westerhoff J. Lankelma BioSystems 2006 83 81 90
3. D. Young J. Stark D. Kirschner Nat. Rev. Microbiol. 2008 6 520 528
4. A. Pujol R. Mosca J. Farrés P. Aloy Trends Pharmacol. Sci. 2010 31 115 123
5. A. Aderem J. N. Adkins C. Ansong J. Galagan S. Kaiser M. J. Korth G. L. Law J. E. McDermott S. Proll C. Rosenberger G. Schoolnik M. G. Katze mBio 2011 2 e00325 00310
6. M. Mehling S. Tay Curr. Opin. Biotechnol. 2014 25 95 102
7. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts and P. Walter, Mol. Biol. Cell, Garland science, Taylor & Francis Group, 2007
8. A. Eldar M. B. Elowitz Nature 2010 467 167 173
9. S. Tay J. J. Hughey T. K. Lee T. Lipniacki S. R. Quake M. W. Covert Nature 2010 466 267 271
10. G. Lahav N. Rosenfeld A. Sigal N. Geva-Zatorsky A. J. Levine M. B. Elowitz U. Alon Nat. Genet. 2004 36 147 150
11. M. B. Elowitz A. J. Levine E. D. Siggia P. S. Swain Science 2002 297 1183 1186
12. B. Snijder R. Sacher P. Ramo E.-M. Damm P. Liberali L. Pelkmans Nature 2009 461 520 523
13. A. A. Cohen N. Geva-Zatorsky E. Eden M. Frenkel-Morgenstern I. Issaeva A. Sigal R. Milo C. Cohen-Saidon Y. Liron Z. Kam L. Cohen T. Danon N. Perzov U. Alon Science 2008 322 1511 1516
14. R. Gómez-Sjöberg A. A. Leyrat D. M. Pirone C. S. Chen S. R. Quake Anal. Chem. 2007 79 8557 8563
15. Y. Awwad T. Geng A. S. Baldwin C. Lu Anal. Chem. 2012 84 1224 1228
16. I. Zaretsky M. Polonsky E. Shifrut S. Reich-Zeliger Y. Antebi G. Aidelberg N. Waysbort N. Friedman Lab Chip 2012 12 5007 5015
17. R. Cheong C. J. Wang A. Levchenko Mol. Cell. Proteomics 2009 8 433 442
18. N. Srivastava J. S. Brennan R. F. Renzi M. Wu S. S. Branda A. K. Singh A. E. Herr Anal. Chem. 2009 81 3261 3269
19. M. Wu T. D. Perroud N. Srivastava C. S. Branda K. L. Sale B. D. Carson K. D. Patel S. S. Branda A. K. Singh Lab Chip 2012 12 2823 2831
20. D. R. Gossett H. T. K. Tse S. A. Lee Y. Ying A. G. Lindgren O. O. Yang J. Rao A. T. Clark D. Di Carlo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 7630 7635
21. D. E. Clapham Cell 2007 131 1047 1058
22. M. Kirschbaum M. S. Jaeger C. Duschl Lab Chip 2009 9 3517 3525
23. X. R. Bao I. D. C. Fraser E. A. Wall S. R. Quake M. I. Simon Biophys. J. 2010 99 2414 2422
24. S. L. Faley M. Copland D. Wlodkowic W. Kolch K. T. Seale J. P. Wikswo J. M. Cooper Lab Chip 2009 9 2659 2664
25. K. R. Duffy C. J. Wellard J. F. Markham J. H. S. Zhou R. Holmberg E. D. Hawkins J. Hasbold M. R. Dowling P. D. Hodgkin Science 2012 335 338 341
26. N. Zurgil E. Afrimzon A. Deutsch Y. Namer Y. Shafran M. Sobolev Y. Tauber O. Ravid-Hermesh M. Deutsch Biomaterials 2010 31 5022 5029
27. D. Day K. Pham M. J. Ludford-Menting J. Oliaro D. Izon S. M. Russell M. Gu Immunol. Cell Biol. 2008 87 154 158
28. Y. S. Schiffenbauer Y. Kalma E. Trubniykov O. Gal-Garber L. Weisz A. Halamish M. Sister G. Berke Lab Chip 2009 9 2965 2972
29. N. Dénervaud J. Becker R. Delgado-Gonzalo P. Damay A. S. Rajkumar M. Unser D. Shore F. Naef S. J. Maerkl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 15842 15847
30. R. J. Taylor D. Falconnet A. Niemistö S. A. Ramsey S. Prinz I. Shmulevich T. Galitski C. L. Hansen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 3758 3763
31. A. R. Wu N. F. Neff T. Kalisky P. Dalerba B. Treutlein M. E. Rothenberg F. M. Mburu G. L. Mantalas S. Sim M. F. Clarke S. R. Quake Nat. Methods 2014 11 41 46
32. R. Zenobi Science 2013 342 1243259
33. Y. S. Shin F. Remacle R. Fan K. Hwang W. Wei H. Ahmad R. D. Levine J. R. Heath Biophys. J. 2011 100 2378 2386
34. C. Ma R. Fan H. Ahmad Q. Shi B. Comin-Anduix T. Chodon R. C. Koya C.-C. Liu G. A. Kwong C. G. Radu A. Ribas J. R. Heath Nat. Med. 2011 17 738 743
35. Y. Lu J. J. Chen L. Mu Q. Xue Y. Wu P.-H. Wu J. Li A. O. Vortmeyer K. Miller-Jensen D. Wirtz R. Fan Anal. Chem. 2013 85 2548 2556
36. T. Frisk M. Khorshidi K. Guldevall B. Vanherberghen B. Önfelt Biomed. Microdevices 2011 13 683 693
37. Q. Han N. Bagheri E. M. Bradshaw D. A. Hafler D. A. Lauffenburger J. C. Love Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 1607 1612
38. Y. J. Yamanaka G. L. Szeto T. M. Gierahn T. L. Forcier K. F. Benedict M. S. N. Brefo D. A. Lauffenburger D. J. Irvine J. C. Love Anal. Chem. 2012 84 10531 10536
39. Q. Song Q. Han E. M. Bradshaw S. C. Kent K. Raddassi B. r. Nilsson G. T. Nepom D. A. Hafler J. C. Love Anal. Chem. 2009 82 473 477
40. A. J. Torres R. L. Contento S. Gordo K. W. Wucherpfennig J. C. Love Lab Chip 2013 13 90 99
41. N. Varadarajan B. Julg Y. J. Yamanaka H. Chen A. O. Ogunniyi E. McAndrew L. C. Porter A. Piechocka-Trocha B. J. Hill D. C. Douek F. Pereyra B. D. Walker J. C. Love J. Clin. Invest. 2011 121 4322 4331
42. Y. J. Yamanaka C. T. Berger M. Sips P. C. Cheney G. Alter J. C. Love Integr. Biol. 2012 4 1175 1184
43. N. Varadarajan D. S. Kwon K. M. Law A. O. Ogunniyi M. N. Anahtar J. M. Richter B. D. Walker J. C. Love Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 3885 3890
44. T. Konry M. Dominguez-Villar C. Baecher-Allan D. A. Hafler M. L. Yarmush Biosens. Bioelectron. 2011 26 2707 2710
45. V. Chokkalingam J. Tel F. Wimmers X. Liu S. Semenov J. Thiele C. G. Figdor W. T. S. Huck Lab Chip 2013 13 4740 4744
46. N.-T. Huang W. Chen B.-R. Oh T. T. Cornell T. P. Shanley J. Fu K. Kurabayashi Lab Chip 2012 12 4093 4101
47. W. Chen N.-T. Huang B. Oh R. H. W. Lam R. Fan T. T. Cornell T. P. Shanley K. Kurabayashi J. Fu Adv. Healthcare Mater. 2013 2 921 921
48. M. Bielefeld-Sevigny Assay Drug Dev. Technol. 2009 7 90 92
49. H. Zhu G. Stybayeva J. Silangcruz J. Yan E. Ramanculov S. Dandekar M. D. George A. Revzin Anal. Chem. 2009 81 8150 8156
50. Y. Liu J. Yan M. C. Howland T. Kwa A. Revzin Anal. Chem. 2011 83 8286 8292
51. Y. Liu T. Kwa A. Revzin Biomaterials 2012 33 7347 7355
52. C. F. Nathan J. Clin. Invest. 1987 79 319 326
53. J. Yan V. A. Pedrosa J. Enomoto A. L. Simonian A. Revzin Biomicrofluidics 2011 5 032008 032011
54. Y. Shafran N. Zurgil E. Afrimzon Y. Tauber M. Sobolev A. Shainberg M. Deutsch Anal. Chem. 2012 84 7315 7322
55. S. Kim H. J. Kim N. L. Jeon Integr. Biol. 2010 2 584 603
56. S. Vedel S. Tay D. M. Johnston H. Bruus S. R. Quake Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 129 134
57. F.-Q. Nie M. Yamada J. Kobayashi M. Yamato A. Kikuchi T. Okano Biomaterials 2007 28 4017 4022
58. S.-Y. Cheng S. Heilman M. Wasserman S. Archer M. L. Shuler M. Wu Lab Chip 2007 7 763 769
59. Y. Z. Meng Y. X. Li C. D. Galvani G. X. Hao J. N. Turner T. J. Burr H. C. Hoch J. Bacteriol. 2005 187 5560 5567
60. S. K. Kim W. K. Moon J. Y. Park H. Jung Analyst 2012 137 4062 4068
61. P. Sundd E. Gutierrez E. K. Koltsova Y. Kuwano S. Fukuda M. K. Pospieszalska A. Groisman K. Ley Nature 2012 488 399 403
62. S. Nandagopal D. Wu F. Lin PLoS One 2011 6 e18183
63. D. Kim C. L. Haynes Anal. Chem. 2012 84 6070 6078
64. B. G. Ricart B. John D. Lee C. A. Hunter D. A. Hammer J. Immunol. 2011 186 53 61
65. B. G. Ricart M. T. Yang C. A. Hunter C. S. Chen D. A. Hammer Biophys. J. 2011 101 2620 2628
66. T. Frank S. Tay Lab Chip 2013 13 1273 1281
67. C. N. Jones J. Dalli L. Dimisko E. Wong C. N. Serhan D. Irimia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 20560 20565
68. V. Ambravaneswaran I. Y. Wong A. J. Aranyosi M. Toner D. Irimia Integr. Biol. 2010 2 639 647
69. L. Businaro A. De Ninno G. Schiavoni V. Lucarini G. Ciasca A. Gerardino F. Belardelli L. Gabriele F. Mattei Lab Chip 2013 13 229 239
70. A. C. Rowat D. E. Jaalouk M. Zwerger W. L. Ung I. A. Eydelnant D. E. Olins A. L. Olins H. Herrmann D. A. Weitz J. Lammerding J. Biol. Chem. 2013 288 8610 8618
71. K. L. Butler V. Ambravaneswaran N. Agrawal M. Bilodeau M. Toner R. G. Tompkins S. Fagan D. Irimia PLoS One 2010 5 e11921
72. A. Hoerning K. Koss D. Datta L. Boneschansker C. N. Jones I. Y. Wong D. Irimia K. Calzadilla F. Benitez P. F. Hoyer W. E. Harmon D. M. Briscoe Eur. J. Immunol. 2011 41 2291 2302
73. I. Meyvantsson E. Vu C. Lamers D. Echeverria T. Worzella V. Echeverria A. Skoien S. Hayes J. Immunol. Methods 2011 374 70 77
74. T. M. Keenan C. W. Frevert A. Wu V. Wong A. Folch Lab Chip 2010 10 116 122
75. A. Shamloo M. Manchandia M. Ferreira M. Mani C. Nguyen T. Jahn K. Weinberg S. Heilshorn Integr. Biol. 2013 5 1076 1085
76. B. Mitra R. Jindal S. Lee D. X. Dong L. Li N. Sharma T. Maguire R. Schloss M. L. Yarmush RSC Adv. 2013 3 16002 16010
77. S. Han J.-J. Yan Y. Shin J. J. Jeon J. Won H. Eun Jeong R. D. Kamm Y.-J. Kim S. Chung Lab Chip 2012 12 3861 3865
78. U. Haessler M. Pisano M. Wu M. A. Swartz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 5614 5619
79. U. Haessler Y. Kalinin M. Swartz M. Wu Biomed. Microdevices 2009 11 827 835
80. A. A. Tomei S. Siegert M. R. Britschgi S. A. Luther M. A. Swartz J. Immunol. 2009 183 4273 4283
81. K. Guldevall B. Vanherberghen T. Frisk J. Hurtig A. E. Christakou O. Manneberg S. Lindström H. Andersson-Svahn M. Wiklund B. Önfelt PLoS One 2010 5 e15453
82. M. A. Khorshidi B. Vanherberghen J. M. Kowalewski K. R. Garrod S. Lindstrom H. Andersson-Svahn H. Brismar M. D. Cahalan B. Önfelt Integr. Biol. 2011 3 770 778
83. B. Vanherberghen P. E. Olofsson E. Forslund M. Sternberg-Simon M. A. Khorshidi S. Pacouret K. Guldevall M. Enqvist K.-J. Malmberg R. Mehr B. Önfelt Blood 2013 121 1326 1334
84. A. E. Christakou M. Ohlin B. Vanherberghen M. A. Khorshidi N. Kadri T. Frisk M. Wiklund B. Önfelt Integr. Biol. 2013 5 712 719
85. D. Hassin O. G. Garber A. Meiraz Y. S. Schiffenbauer G. Berke Immunology 2011 133 190 196
86. S. Hosmane M. A. Tegenge L. Rajbhandari P. Uapinyoying N. G. Kumar N. Thakor A. Venkatesan J. Neurosci. 2012 32 7745 7757
87. A. Singhal C. A. Haynes C. L. Hansen Anal. Chem. 2010 82 8671 8679
88. B. E. Debs R. Utharala I. V. Balyasnikova A. D. Griffiths C. A. Merten Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 11570 11575
89. K. Kinoshita T. Ozawa K. Tajiri S. Kadowaki H. Kishi A. Muraguchi Cytometry, Part A 2009 75 682 687
90. A. Jin T. Ozawa K. Tajiri T. Obata S. Kondo K. Kinoshita S. Kadowaki K. Takahashi T. Sugiyama H. Kishi A. Muraguchi Nat. Med. 2009 15 1088 1092
91. T. Ozawa X. Piao E. Kobayashi Y. Zhou H. Sakurai T. Andoh A. Jin H. Kishi A. Muraguchi PLoS One 2012 7 e52383
92. S. Park J. Han W. Kim G. M. Lee H.-S. Kim J. Biotechnol. 2011 156 197 202
93. A. O. Ogunniyi C. M. Story E. Papa E. Guillen J. C. Love Nat. Protoc. 2009 4 767 782
94. Y. Gong A. O. Ogunniyi J. C. Love Lab Chip 2010 10 2334 2337
95. A. R. Wu T. L. A. Kawahara N. A. Rapicavoli J. V. Riggelen E. H. Shroff L. Xu D. W. Felsher H. Y. Chang S. R. Quake Lab Chip 2012 12 2190 2198
96. B. R. Schudel B. Harmon V. V. Abhyankar B. W. Pruitt O. A. Negrete A. K. Singh Lab Chip 2013 13 811 817
97. E. Berthier F. Y. Lim Q. Deng C.-J. Guo D. P. Kontoyiannis C. C. C. Wang J. Rindy D. J. Beebe A. Huttenlocher N. P. Keller PLoS Pathog. 2013 9 e1003289
98. J. Y. Park H. O. Kim K.-D. Kim S. K. Kim S. K. Lee H. Jung Analyst 2011 136 2831 2836
99. E. Brouzes M. Medkova N. Savenelli D. Marran M. Twardowski J. B. Hutchison J. M. Rothberg D. R. Link N. Perrimon M. L. Samuels Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 14195 14200
100. J. Seok H. S. Warren A. G. Cuenca M. N. Mindrinos H. V. Baker W. Xu D. R. Richards G. P. McDonald-Smith H. Gao L. Hennessy C. C. Finnerty C. M. López S. Honari E. E. Moore J. P. Minei J. Cuschieri P. E. Bankey J. L. Johnson J. Sperry A. B. Nathens T. R. Billiar M. A. West M. G. Jeschke M. B. Klein R. L. Gamelli N. S. Gibran B. H. Brownstein C. Miller-Graziano S. E. Calvano P. H. Mason J. P. Cobb L. G. Rahme S. F. Lowry R. V. Maier L. L. Moldawer D. N. Herndon R. W. Davis W. Xiao R. G. Tompkins t. Inflammation and L. S. C. R. P. Host Response to Injury Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 3507 3512
101. A. Milias-Argeitis S. Summers J. Stewart-Ornstein I. Zuleta D. Pincus H. El-Samad M. Khammash J. Lygeros Nat. Biotechnol. 2011 29 1114 1116