Single-cell forensic short tandem repeat typing within microfluidic droplets

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 1, 2014, Pages 703-712

  Geng, Tao ^a   Novak, Richard ^a   Mathies, Richard A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FORENSIC IDENTIFICATION; FRAGMENT SIZES; LINEAR RELATIONSHIPS; LOW CONCENTRATIONS; MASSIVELY PARALLELS; MICROFLUIDIC DROPLETS; SHORT TANDEM REPEAT TYPING; SHORT TANDEM REPEATS;

CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CELLS; DNA; DROPS; GENES; MICROFLUIDICS; MIXTURES; POLYMERASE CHAIN REACTION;

CYTOLOGY;

MICROSATELLITE DNA;

ARTICLE; FEMALE; FORENSIC GENETICS; GENETICS; HUMAN; MALE; METHODOLOGY; MICROFLUIDICS; SINGLE CELL ANALYSIS; TUMOR CELL LINE;

CELL LINE, TUMOR; FEMALE; FORENSIC GENETICS; HUMANS; MALE; MICROFLUIDICS; MICROSATELLITE REPEATS; SINGLE-CELL ANALYSIS;

EID: 84891776485     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403137h     Document Type: Article

References (45)

1. Hammond, H. A.; Jin, L.; Zhong, Y.; Caskey, C. T.; Chakraborty, R. Am. J. Hum. Genet. 1994, 55, 175-189
2. Butler, J. M. J. Forensic Sci. 2006, 51, 253-265
3. Horsman-Hall, K. M.; Orihuela, Y.; Karczynski, S. L.; Davis, A. L.; Ban, J. D.; Greenspoon, S. A. Forensic Sci. Int. Genet. 2009, 3, 242-250
4. van Oorschot, R. A.; Ballantyne, K. N.; Mitchell, R. J. Investig. Genet. 2010, 1, 14
5. Torres, Y.; Flores, I.; Prieto, V.; Lopez-Soto, M.; Farfan, M. J.; Carracedo, A.; Sanz, P. Forensic Sci. Int. 2003, 134, 180-186
6. Ladd, C.; Lee, H. C.; Yang, N.; Bieber, F. R. Croat. Med. J. 2001, 42, 244-246
7. Budowle, B.; Onorato, A. J.; Callaghan, T. F.; Della Manna, A.; Gross, A. M.; Guerrieri, R. A.; Luttman, J. C.; McClure, D. L. J. Forensic Sci. 2009, 54, 810-821
8. Clayton, T. M.; Whitaker, J. P.; Sparkes, R.; Gill, P. Forensic Sci. Int. 1998, 91, 55-70
9. Gill, P.; Jeffreys, A. J.; Werrett, D. J. Nature 1985, 318, 577-579
10. Yoshida, K.; Sekiguchi, K.; Mizuno, N.; Kasai, K.; Sakai, I.; Sato, H.; Seta, S. Forensic Sci. Int. 1995, 72, 25-33
11. Chen, J.; Kobilinsky, L.; Wolosin, D.; Shaler, R.; Baum, H. J. Forensic Sci. 1998, 43, 114-118
12. Schoell, W. M.; Klintschar, M.; Mirhashemi, R.; Pertl, B. Obstet. Gynecol. 1999, 94, 623-627
13. Di Nunno, N.; Melato, M.; Vimercati, A.; Di Nunno, C.; Costantinides, F.; Vecchiotti, C.; Frezzini, C.; Cina, S.; Vimercati, F. Am. J. Forensic Med. Pathol. 2003, 24, 254-270
14. Horsman, K. M.; Barker, S. L.; Ferrance, J. P.; Forrest, K. A.; Koen, K. A.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2005, 77, 742-749
15. Bienvenue, J. M.; Duncalf, N.; Marchiarullo, D.; Ferrance, J. P.; Landers, J. P. J. Forensic Sci. 2006, 51, 266-273
16. Norris, J. V.; Evander, M.; Horsman-Hall, K. M.; Nilsson, J.; Laurell, T.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2009, 81, 6089-6095
17. Di Martino, D.; Giuffre, G.; Staiti, N.; Simone, A.; Todaro, P.; Saravo, L. Forensic Sci. Int. 2004, 146 (Suppl) S155-S157
18. Sanders, C. T.; Sanchez, N.; Ballantyne, J.; Peterson, D. A. J. Forensic Sci. 2006, 51, 748-757
19. Li, C. X.; Han, J. P.; Ren, W. Y.; Ji, A. Q.; Xu, X. L.; Hu, L. PLoS One 2011, 6, e22316
20. Findlay, I.; Taylor, A.; Quirke, P.; Frazier, R.; Urquhart, A. Nature 1997, 389, 555-556
21. Bruck, S.; Evers, H.; Heidorn, F.; Muller, U.; Kilper, R.; Verhoff, M. A. J. Forensic Sci. 2011, 56, 176-180
22. Pereira, J.; Neves, R.; Forat, S.; Huckenbeck, W.; Olek, K. Forensic Sci. Int. Genet. 2012, 6, 228-235
23. Song, H.; Chen, D. L.; Ismagilov, R. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 7336-7356
24. Theberge, A. B.; Courtois, F.; Schaerli, Y.; Fischlechner, M.; Abell, C.; Hollfelder, F.; Huck, W. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 5846-5868
25. Joensson, H. N.; Andersson Svahn, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 12176-12192
26. He, M.; Edgar, J. S.; Jeffries, G. D.; Lorenz, R. M.; Shelby, J. P.; Chiu, D. T. Anal. Chem. 2005, 77, 1539-1544
27. Huebner, A.; Srisa-Art, M.; Holt, D.; Abell, C.; Hollfelder, F.; deMello, A. J.; Edel, J. B. Chem. Commun. 2007, 1218-1220
28. Clausell-Tormos, J.; Lieber, D.; Baret, J. C.; El-Harrak, A.; Miller, O. J.; Frenz, L.; Blouwolff, J.; Humphry, K. J.; Koster, S.; Duan, H.; Holtze, C.; Weitz, D. A.; Griffiths, A. D.; Merten, C. A. Chem. Biol. 2008, 15, 427-437
29. Brouzes, E.; Medkova, M.; Savenelli, N.; Marran, D.; Twardowski, M.; Hutchison, J. B.; Rothberg, J. M.; Link, D. R.; Perrimon, N.; Samuels, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 14195-14200
30. Baret, J. C.; Beck, Y.; Billas-Massobrio, I.; Moras, D.; Griffiths, A. D. Chem. Biol. 2010, 17, 528-536
31. Juul, S.; Ho, Y. P.; Koch, J.; Andersen, F. F.; Stougaard, M.; Leong, K. W.; Knudsen, B. R. ACS Nano 2011, 5, 8305-8310
32. Gu, S. Q.; Zhang, Y. X.; Zhu, Y.; Du, W. B.; Yao, B.; Fang, Q. Anal. Chem. 2011, 83, 7570-7576
33. Shi, X.; Lin, L. I.; Chen, S. Y.; Chao, S. H.; Zhang, W.; Meldrum, D. R. Lab Chip 2011, 11, 2276-2281
34. Rane, T. D.; Zec, H. C.; Puleo, C.; Lee, A. P.; Wang, T. H. Lab Chip 2012, 12, 3341-3347
35. Zhang, H.; Jenkins, G.; Zou, Y.; Zhu, Z.; Yang, C. J. Anal. Chem. 2012, 84, 3599-3606
36. Zhu, Z.; Zhang, W.; Leng, X.; Zhang, M.; Guan, Z.; Lu, J.; Yang, C. J. Lab Chip 2012, 12, 3907-3913
37. Nakano, M.; Komatsu, J.; Matsuura, S.; Takashima, K.; Katsura, S.; Mizuno, A. J. Biotechnol. 2003, 102, 117-124
38. Dressman, D.; Yan, H.; Traverso, G.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8817-8822
39. Diehl, F.; Li, M.; He, Y.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B.; Dressman, D. Nat. Methods 2006, 3, 551-559
40. Margulies, M.; Egholm, M.; Altman, W. E.; Attiya, S.; Bader, J. S.; Bemben, L. A.; Berka, J.; Braverman, M. S.; Chen, Y. J.; Chen, Z.; Dewell, S. B.; Du, L.; Fierro, J. M.; Gomes, X. V.; Godwin, B. C.; He, W.; Helgesen, S.; Ho, C. H.; Irzyk, G. P.; Jando, S. C.; Alenquer, M. L.; Jarvie, T. P.; Jirage, K. B.; Kim, J. B.; Knight, J. R.; Lanza, J. R.; Leamon, J. H.; Lefkowitz, S. M.; Lei, M.; Li, J.; Lohman, K. L.; Lu, H.; Makhijani, V. B.; McDade, K. E.; McKenna, M. P.; Myers, E. W.; Nickerson, E.; Nobile, J. R.; Plant, R.; Puc, B. P.; Ronan, M. T.; Roth, G. T.; Sarkis, G. J.; Simons, J. F.; Simpson, J. W.; Srinivasan, M.; Tartaro, K. R.; Tomasz, A.; Vogt, K. A.; Volkmer, G. A.; Wang, S. H.; Wang, Y.; Weiner, M. P.; Yu, P.; Begley, R. F.; Rothberg, J. M. Nature 2005, 437, 376-380
41. Williams, R.; Peisajovich, S. G.; Miller, O. J.; Magdassi, S.; Tawfik, D. S.; Griffiths, A. D. Nat. Methods 2006, 3, 545-550
42. Kumaresan, P.; Yang, C. J.; Cronier, S. A.; Blazej, R. G.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2008, 80, 3522-3529
43. Zeng, Y.; Novak, R.; Shuga, J.; Smith, M. T.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2010, 82, 3183-3190
44. Novak, R.; Zeng, Y.; Shuga, J.; Venugopalan, G.; Fletcher, D. A.; Smith, M. T.; Mathies, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 390-395
45. Shuga, J.; Zeng, Y.; Novak, R.; Lan, Q.; Tang, X.; Rothman, N.; Vermeulen, R.; Li, L.; Hubbard, A.; Zhang, L.; Mathies, R. A.; Smith, M. T. Nucleic Acids Res. 2013, 41, e159