Atoms in Molecules Theory for Exploring the Nature of the Active Sites on Surfaces

The Quantum Theory of Atoms in Molecules: From Solid State to DNA and Drug Design

Volumn , Issue , 2007, Pages 231-256

  Aray, Yosslen ^a   Rodríguez, Jesus ^a   Vega, David ^b  

^a INSTITUTO VENEZOLANO DE INVESTIGACIONES CIENTÍFICAS   (Venezuela)

^b UNIVERSIDAD DE CARABOBO   (Venezuela)

Author keywords

Active sites on surfaces; Atoms in molecules; Quantum Theorie; Solid state; Structure of hydrodesulfurization MoS2 catalysts; Surfaces; Three dimensional grid

Indexed keywords

EID: 84889967073     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9783527610709.ch9     Document Type: Chapter

References (79)

1. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules-A Quantum Theory (Clarendon Press: Oxford, U.K., 1990).
2. Bader, R. F. W. J. Phys. Chem. 1998, 102, 7314-7323.
3. Bader, R. F. W.; Popelier, P. L. A.; Keith, T. A. Angew. Chem., Intl. Ed., Eng. 1994, 33, 620-631.
4. Zou, P. F.; Bader, R. F. W. Acta Crystallogr. 1994, A50, 714-725.
5. Eberhart, M. E. Can. J. Chem. 1996, 74, 1229-1235.
6. Eberhart, M. E. Philos. Mag. A. 1996, 73, 47-60.
7. Aray, Y.; Rodriguez, J.; Vega, D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 4608-4612.
8. Martín Pendás, A.; Costales, A.; Luanã, V. Phys. Rev. B 1997, 55, 4275-4284.
9. Popelier, P. L. A. Atoms in Molecules-An Introduction (Prentice Hall, Harlow, UK, 2000).
10. Gillespie, R. J.; Popelier, P. L. A. Chemical Bonding and Molecular Geometry: From Lewis to Electron Densities (Oxford University Press, New York, Oxford, 2001).
11. Numerical Recipes in Fortran 77: The Art of Scientific Computing. (Cambridge University Press, 1992). p. 355.
12. Numerical Recipes in Fortran 77: The Art of Scientific Computing. (Cambridge University Press, 1992). p. 708.
13. Weisser, O.; Landa, S. Sulfide Catalysts: Their Properties and Applications, Pergamon, Oxford, UK., 1973.
14. Topsoe, H.; Clausen, B. S.; Massoth, F. E. Hydrotreating Catalysis Science and Technology, Vol. 11, Springer Verlag, Berlin, 1996.
15. Rodriguez, J. A.; Dvorak, J.; Capitano, A. T.; Gabelnick, A. M.; Gland, J. L. Surf. Sci. 1999, 429, L462-L468.
16. Berhault, G.; Lacroix, M.; Breysse, M.; Maugé, F.; Lavalley, J.-L.; Nie, H.; Qu, L. J. Catal. 1998, 178, 555-565.
17. Breysse, M.; Berhault, G.; Kasztelan, S.; Lacroix, M.; Maugé, F.; Perot, G. Catal. Today. 2001, 66, 13-20.
18. Pis Diez, R.; Jubert, A. H. J. Mol. Catal. 1993, 83, 219-325.
19. Nørskov, J. K.; Clausen, B. S.; Topsøe, H. Catal. Lett. 1992, 13, 1-8.
20. Toulhoat, H.; Kresse, G. Am. Chem. Soc. Div. Petrol. Chem. Prepr. 1997, 42, 114.
21. Pecoraro, T. A.; Chianelli, R. R. J. Catal. 1981, 67, 430-445.
22. Chianelli, R. R.; Daage, M.; Ledoux, M. J. Adv. Catal. 1994, 40, 117-232.
23. Harris, S.; Chianelli, R. R. J. Catal. 1984, 86, 400-412.
24. Vissers, J. P. R.; Groot, C. K.; Vanoers, E. M.; de Beer, V. H. J. Bull. Soc. Chim. Belg. 1984, 93, 813-821.
25. Ledoux, M. J.; Michaux, O.; Agostini, G.; Panisso, P. J. Catal. 1986, 102, 275-288.
26. Burdett, J. K.; Chung, J. T. Surf. Sci. Lett. 1990, 236, L353-L357.
27. Smith, T. S.; Johnson, K. H. Catal. Lett. 1994, 28, 361.
28. Orita, H.; Uchida, K.; Itoh, N. Appl. Catal. A-Gen. 2004, 258, 115-120.
29. Raybaud, P.; Hafner, J.; Kresse, G.; Kasztelan, S.; Toulhoat, H. J. Catal. 2000, 190, 128-143.
30. Neurock, M.; van Santen, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4427-4439.
31. Aray, Y.; Rodriguez, J.; Vega, D.; Rodriguez-Arias, E. N. Angew. Chem. Int. Ed. 2000, 39, 3810-3813.
32. Clausen, B. S.; Lengeler, B.; Candia, R.; Als-Nielsen, J.; Topsoe, H. Bull. Soc. Chim. Belg. 1981, 90, 1249-1259.
33. Parham, T. G.; Merrill, R. P. J. Catal. 1984, 85, 295-310.
34. Tauster, S. J.; Pecoraro, T. A.; Chianelli, R. R. J. Catal. 1980, 63, 515-519.
35. Topsoe, H.; Candia, R.; Topsoe, N. Y.; Clausen, B. S. Bull. Soc. Chim. Belg. 1984, 93, 783-806.
36. Lauritsen, J. V.; Bollinger, M. V.; Lægsgaard, E.; Jacobsen, K. W.; Nørskov, J. K.; Clausen, B. S.; Topsøe, H.; Besenbacher, F. J. Catal. 2004, 221, 510-522.
37. Prins, R.; de Beer, V. H. J.; Somorjai, G. A. Catal. Rev.-Sci. Eng. 1989, 31, 1-41.
38. Sun, S. M.; Adjaye, J.; Nelson, A. E. App. Catal. A: General 2004, 263, 131-143.
39. Sun, M.; Adjaye, J.; Nelson, A. J. Catal. 2004, 226, 32-40.
40. Bronsema, K. D.; De Boer, J. L.; Jellinek, F.; Z. Anorg. Allg. Chem. 1986, 540, 15-17.
41. Raybaud, P.; Kresse, G.; Toulhoat, H. J. Phys. Condens. Matter. 1997, 9, 11085-11106.
42. Aray, Y.; Rodríguez, J.; Vega, D.; Coll, S.; Rodríguez-Arias, E.; Rosillo, F. J. Phys. Chem. B., 2002, 106, 13242-13249.
43. Byskov, L. S.; Norskov, J. K.; Clausen, B. S.; Topsoe, H. Catal. Lett. 2000, 64, 95-99.
44. Schweiger, H.; Raybaud, P.; Toulhoat, H. J. Catal. 2002, 212, 33-38.
45. Byskov, L. S.; Norskov, J. K; Clausen, B. S.; Topsoe, H. Catal. Lett. 1997, 47, 177-182.
46. Byskov, L. S.; Norskov, J. K.; Clausen, B. S.; Topsoe, H. J. Catal. 1999, 187, 109-122.
47. Raybaud, P.; Hafner, J.; Kresse, H.; Toulhoat, H. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 1481-1484.
48. Raybaud, P.; Hafner, J.; Kresse, H.; Toulhoat, H. Surf. Sci. 1998, 407, 237-250.
49. Toulhoat, H.; Raybaud, P.; Kasztelan, S.; Kresse, H.; Hafner, J. Catal Today. 1999, 50, 629-636.
50. Raybaud, P.; Hafner, J.; Kresse, G.; Kasztelan, S.; Toulhoat, H. J. Catal. 2000, 189, 129-146.
51. Cristo, S.; Paul, J. F.; Payen, E.; Bougear, D.; Hutschka, F.; Hafner, J. Proc. 2nd Intern. Symposium on Hydrotreatment and Hydrocracking of Oil Fractions, ed. by B. Delmond, J. F. Froment, and P. Grange, Studies in Surf. Sci. and Catal. 1999, 127, 327-334.
52. Cristol, S.; Paul, J. F.; Payen, E.; Bougeard, D.; Clemendot, F.; Hutschka, F. J. Phys. Chem., 2000, 104, 11220-11229.
53. Travert, A.; Nakamura, H.; van Santen, R. A.; Cristol, S.; Payen, E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7084-7095.
54. Paul, J. F.; Payen, E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 4057-4064.
55. DMol3 is available as part of Material Studio. Accelrys Inc. San Diego. USA. 2002.
56. Delley, B. J. Chem. Phys. 1990, 92, 508-517.
57. Hahn, T. International Tables for Crystallography, Kluwer Academic Publishers. Boston. 1966.
58. Espinosa, E.; Alkorta, I.; Elguero, J.; Molins, E. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5529-5542.
59. Tang, T.-H.; Deretey, E.; Knak Jensen, S. J.; Csizmadia, I. G. Eur. Phys. J. D 2006, 37, 217-222.
60. Gatti, C.; May, E.; Destro, R.; Cargnoni, F. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 2707-2720.
61. Aray, Y.; Rodriguez, J.; Coll, S.; Rodríguez-Arias, E.; Vega, D. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23564-23570.
62. Leboeuf, M.; Koster, M.; Jug, K.; Salahub, D. R. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4893-4905.
63. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N., "Electrostatics of Atoms and molecules", Universities Press, Hyderabad, 2000.
64. Pingale, S. S.; Gadre, S. R.; Batolotti, L. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 9987-9992.
65. Deshmukh, M. M.; Sastry, N. V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12402-12410.
66. Pathak, R. K.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 1990, 93, 1770.
67. Gadre, S. R.; Kulkarni, S. A.; Shrivastava, I. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 5253.
68. Gadre, S. R.; Pathak, R. K. Proc. Ind. Acad. Sci. (Chem. Sci). 1990, 102, 189.
69. Alhambra, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3084-3092.
70. Kornelak, P.; Michalak, A.; Najbar, M. Catal. Today. 2005, 101, 175-183.
71. Politzer, P.; Truhlar, D. G. Chemical Applications of Atomic and Molecular Electrostatic Potentials, Plenum, New York, 1982.
72. Murray, J. S.; Sen, K. D. Molecular Electrostatic Potential: Concepts and Applications, Elsevier, Amsterdam, 1996.
73. Orozco, M.; Luque, F. J. in Theoretical and Computational Chemistry Series (Ed: J. S. Murray, K. D. Sen), Elsevier, Amsterdam, 1996, 3, 181.
74. Aray, Y.; Marquez, M.; Rodríguez, J.; Coll, S.; Simón-Manso, Y.; Gonzalez, C.; Weitz, D. A. J. Phys. Chem. B. 2003, 107, 8946-8952.
75. Aray, Y.; Marquez, M.; Rodríguez, J.; Coll, S.; Simón-Manso, Y.; Gonzalez, C.; Weitz, D. A. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 2418-2424.
76. Aray, Y.; Rodríguez, J.; Coll, S.; Gonzalez, C.; Marquez, M. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 18942-18948.
77. Tal, Y.; Bader, R. F. W.; Erkku, J. Phys. Rev. A, 21, (1980), 1-11.
78. Keith, T. A.; Bader, R. F.; Aray, Y. Int. J. Quantum Chem. 1996, 57, 183-198.
79. Sjoberg, P.; Politzer, P. J. Phys. Chem. 1990, 94, 3959-3961.