메뉴 건너뛰기




Volumn 2, Issue , 2008, Pages 1170-1195

Molecular Dynamics Simulations of Proteins and Peptides: Problems, Achievements, and Perspectives

Author keywords

Achievements; Arguments; Features; Peptides; Problems

Indexed keywords


EID: 84889839928     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9783527619498.ch33     Document Type: Chapter
Times cited : (7)

References (60)
  • 1
    • 0036725277 scopus 로고    scopus 로고
    • Nature Struct. Biol.
    • M. Karplus, J. A. McCammon, Nature Struct. Biol. 2002, 9, 646-652.
    • (2002) , vol.9 , pp. 646-652
    • Karplus, M.1    McCammon, J.A.2
  • 2
    • 0242443693 scopus 로고    scopus 로고
    • Adv. Protein Chem.
    • J. W. Ponder, D. A. Case, Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27-85.
    • (2003) , vol.66 , pp. 27-85
    • Ponder, J.W.1    Case, D.A.2
  • 3
    • 0037397987 scopus 로고    scopus 로고
    • Current Opinion in Struct. Biol.
    • S. Gnanakaran et al., Current Opinion in Struct. Biol. 2003, 13, 168-174.
    • (2003) , vol.13 , pp. 168-174
    • Gnanakaran, S.1
  • 4
    • 0003451443 scopus 로고
    • Computer Simulations of Liquids
    • Clarendon, Oxford
    • M. P. Allen, D. J. Tildesley, Computer Simulations of Liquids. Clarendon, Oxford, 1987.
    • (1987)
    • Allen, M.P.1    Tildesley, D.J.2
  • 5
    • 0021476470 scopus 로고
    • Q. Rev. Biophys.
    • A. Warshel, S. T. Russel, Q. Rev. Biophys. 1984, 17, 283-422.
    • (1984) , vol.17 , pp. 283-422
    • Warshel, A.1    Russel, S.T.2
  • 6
    • 1842422953 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • G. Mathias, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2004, 120, 4393-4403.
    • (2004) , vol.120 , pp. 4393-4403
    • Mathias, G.1    Tavan, P.2
  • 7
    • 0036836445 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Mol. Liquids
    • B. Guillot, J. Mol. Liquids 2002, 101, 219-260.
    • (2002) , vol.101 , pp. 219-260
    • Guillot, B.1
  • 8
    • 0036280693 scopus 로고    scopus 로고
    • Acc. Chem. Res.
    • C. L. Brooks, Acc. Chem. Res. 2002, 35, 447-454.
    • (2002) , vol.35 , pp. 447-454
    • Brooks, C.L.1
  • 11
    • 0003604014 scopus 로고
    • The Hydrophobic Effect: Formation of Micelles and Biological Membranes
    • Wiley, New York
    • C. Tanford, The Hydrophobic Effect: Formation of Micelles and Biological Membranes. Wiley, New York, 1980.
    • (1980)
    • Tanford, C.1
  • 12
    • 0004260243 scopus 로고
    • Protein Folding
    • Ed: T. E. Creighton, Freeman, New York
    • P. L. Privalov, in Protein Folding, Ed: T. E. Creighton, Freeman, New York, 1992.
    • (1992)
    • Privalov, P.L.1
  • 13
    • 0028909764 scopus 로고
    • Meth. Enzymol.
    • F. Siebert, Meth. Enzymol. 1995, 246, 501-526.
    • (1995) , vol.246 , pp. 501-526
    • Siebert, F.1
  • 16
    • 0024094768 scopus 로고
    • Proc. Natl Acad. Sci. USA
    • M. Levitt, R. Sharon, Proc. Natl Acad. Sci. USA 1988, 85, 7557-7561.
    • (1988) , vol.85 , pp. 7557-7561
    • Levitt, M.1    Sharon, R.2
  • 17
    • 0000079878 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • A. Rahman, F. H. Stillinger, J. Chem. Phys. 1971, 55, 3336-3359.
    • (1971) , vol.55 , pp. 3336-3359
    • Rahman, A.1    Stillinger, F.H.2
  • 21
    • 33846823909 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • T. A. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
    • (1993) , vol.98 , pp. 10089-10092
    • Darden, T.A.1    York, D.2    Pedersen, L.3
  • 22
    • 33645961739 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • U. Essmann et al., J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
    • (1995) , vol.103 , pp. 8577-8593
    • Essmann, U.1
  • 25
    • 0000853232 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • C. Niedermeier, P. Tavan, J. Chem. Phys. 1994, 101, 734-748.
    • (1994) , vol.101 , pp. 734-748
    • Niedermeier, C.1    Tavan, P.2
  • 26
    • 0002536003 scopus 로고    scopus 로고
    • Mol. Simul.
    • C. Niedermeier, P. Tavan, Mol. Simul. 1996, 17, 57-66.
    • (1996) , vol.17 , pp. 57-66
    • Niedermeier, C.1    Tavan, P.2
  • 28
    • 84889776283 scopus 로고    scopus 로고
    • Lehrstuhl für BioMolekulare Optik
    • EGO-MMII Users Guide, LMU München, Oettingenstrasse 67, D-80538 München, unpublished
    • G. Mathias et al., EGO-MMII Users Guide. Lehrstuhl für BioMolekulare Optik, LMU München, Oettingenstrasse 67, D-80538 München, unpublished.
    • Mathias, G.1
  • 29
    • 0036882094 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Comput. Chem.
    • G. A. Kaminski et al., J. Comput. Chem. 2002, 23, 1515-1531.
    • (2002) , vol.23 , pp. 1515-1531
    • Kaminski, G.A.1
  • 30
    • 84977303841 scopus 로고
    • Acta Crystallogr. Sec.
    • M. Marquart et al., Acta Crystallogr. Sec. 1983, 39, 480-490.
    • (1983) , vol.39 , pp. 480-490
    • Marquart, M.1
  • 31
    • 0037327061 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • B. Egwolf, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2003, 118, 2039-2056.
    • (2003) , vol.118 , pp. 2039-2056
    • Egwolf, B.1    Tavan, P.2
  • 32
    • 0004016501 scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • L. Jorgensen et al., J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
    • (1983) , vol.79 , pp. 926-935
    • Jorgensen, L.1
  • 33
    • 0041784950 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • A. D. MacKerell et al., J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
    • (1998) , vol.102 , pp. 3586-3616
    • MacKerell, A.D.1
  • 34
    • 0000667030 scopus 로고
    • J. Am. Chem. Soc.
    • W. D. Cornell et al., J. Am. Chem. Soc. 1995, 115, 9620-9631.
    • (1995) , vol.115 , pp. 9620-9631
    • Cornell, W.D.1
  • 36
    • 0000020246 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • M. W. Mahoney, W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910-8922.
    • (2000) , vol.112 , pp. 8910-8922
    • Mahoney, M.W.1    Jorgensen, W.L.2
  • 37
    • 0034806777 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Am. Chem. Soc.
    • X. Daura et al., J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2393-2404.
    • (2001) , vol.123 , pp. 2393-2404
    • Daura, X.1
  • 39
    • 0037062505 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl Acad. Sci. USA
    • S. Spörlein et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA 2002, 99, 7998-8002.
    • (2002) , vol.99 , pp. 7998-8002
    • Spörlein, S.1
  • 40
    • 0001349174 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • W. F. van Gunsteren, A. E. Mark, J. Chem. Phys. 1998, 108, 6109-6116.
    • (1998) , vol.108 , pp. 6109-6116
    • Van Gunsteren, W.F.1    Mark, A.E.2
  • 41
    • 0030021471 scopus 로고    scopus 로고
    • Science
    • H. J. C. Berendsen, Science 1996, 271, 954-955.
    • (1996) , vol.271 , pp. 954-955
    • Berendsen, H.J.C.1
  • 42
    • 0023090541 scopus 로고
    • Science
    • A. T. Brünger et al., Science 1987, 235, 1049-1053.
    • (1987) , vol.235 , pp. 1049-1053
    • Brünger, A.T.1
  • 43
    • 0017100947 scopus 로고
    • J. Mol. Biol
    • A. Warshel and M. Levitt, J. Mol. Biol 1976, 103, 227-249.
    • (1976) , vol.103 , pp. 227-249
    • Warshel, A.1    Levitt, M.2
  • 44
    • 10644250257 scopus 로고
    • Phys. Rev B
    • P. Hohenberg, W. Kohn, Phys. Rev B 1964, 136, 864-870.
    • (1964) , vol.136 , pp. 864-870
    • Hohenberg, P.1    Kohn, W.2
  • 45
    • 0042113153 scopus 로고
    • Phys. Rev. A
    • W. Kohn, L. J. Sham, Phys. Rev. A 1965, 140, 1133-1138.
    • (1965) , vol.140 , pp. 1133-1138
    • Kohn, W.1    Sham, L.J.2
  • 46
    • 0004133516 scopus 로고    scopus 로고
    • Gaussian
    • Gaussian, Inc., Pittsburgh PA
    • M. J. Frisch et al., Gaussian 98, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 1998.
    • (1998) , vol.98
    • Frisch, M.J.1
  • 47
    • 0038737960 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • J. Neugebauer, B. A. Hess, J. Chem. Phys. 2003, 118, 7215-7225.
    • (2003) , vol.118 , pp. 7215-7225
    • Neugebauer, J.1    Hess, B.A.2
  • 48
    • 21844497853 scopus 로고
    • Chem. Phys.
    • M. Nonella, P. Tavan, Chem. Phys. 1995, 199, 19-32.
    • (1995) , vol.199 , pp. 19-32
    • Nonella, M.1    Tavan, P.2
  • 50
    • 0242365465 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. A
    • M. Nonella, G. Mathias, P. Tavan, J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8638-8647.
    • (2003) , vol.107 , pp. 8638-8647
    • Nonella, M.1    Mathias, G.2    Tavan, P.3
  • 51
    • 0033654297 scopus 로고    scopus 로고
    • Annu. Rev. Phys. Chem.
    • D. Bashford, D. A. Case, Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129-152.
    • (2000) , vol.51 , pp. 129-152
    • Bashford, D.1    Case, D.A.2
  • 53
    • 0036789950 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl Acad. Sci. USA
    • R. H. Zhou, B. J. Berne, Proc. Natl Acad. Sci. USA 2002, 99, 12777-12782.
    • (2002) , vol.99 , pp. 12777-12782
    • Zhou, R.H.1    Berne, B.J.2
  • 54
    • 0344702698 scopus 로고    scopus 로고
    • Proc. Natl Acad. Sci. USA
    • H. Nymeyer, A. E. Garcia, Proc. Natl Acad. Sci. USA 2003, 100, 13934-13939.
    • (2003) , vol.100 , pp. 13934-13939
    • Nymeyer, H.1    Garcia, A.E.2
  • 55
    • 1242287118 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Chem. Phys.
    • B. Egwolf, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2004, 120, 2056-2068.
    • (2004) , vol.120 , pp. 2056-2068
    • Egwolf, B.1    Tavan, P.2
  • 56
    • 0034315712 scopus 로고    scopus 로고
    • J. Phys. Chem. B
    • S. Woutersen, P. Hamm, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316-11320.
    • (2000) , vol.104 , pp. 11316-11320
    • Woutersen, S.1    Hamm, P.2
  • 57
    • 84914202563 scopus 로고    scopus 로고
    • Dissertation
    • Ludwig-Maximilians-Universität München
    • H. Carstens, Dissertation, Ludwig-Maximilians-Universität München, 2004.
    • (2004)
    • Carstens, H.1
  • 58
    • 0034578592 scopus 로고    scopus 로고
    • Biopolymers
    • C. Renner et al., Biopolymers 2000, 54, 489-500.
    • (2000) , vol.54 , pp. 489-500
    • Renner, C.1
  • 59
    • 0000430580 scopus 로고    scopus 로고
    • Phys. Rev. E
    • M. Kloppenburg, P. Tavan, Phys. Rev. E 1997, 55, 2089-2092.
    • (1997) , vol.55 , pp. 2089-2092
    • Kloppenburg, M.1    Tavan, P.2
  • 60
    • 0345721398 scopus 로고    scopus 로고
    • Dissertation
    • Ludwig-Maximilians-Universität München
    • S. Spörlein, Dissertation, Ludwig-Maximilians-Universität München, 2001.
    • (2001)
    • Spörlein, S.1


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.