Optimized nonlinear gradients for reversed-phase liquid chromatography in shotgun proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 16, 2013, Pages 7777-7785

  Moruz, Luminita ^a   Pichler, Peter ^b   Stranzl, Thomas ^b   Mechtler, Karl ^b,d   Käll, Lukas ^c  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

^b RESEARCH INSTITUTE OF MOLECULAR PATHOLOGY   (Austria)

^c ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^d INSTITUTE OF MOLECULAR BIOTECHNOLOGY   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHY COLUMNS; COMPLEX PEPTIDE MIXTURES; COMPLEX SAMPLES; LINEAR FUNCTIONS; OPTIMIZED GRADIENTS; PEPTIDE IDENTIFICATION; REVERSED-PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SHOTGUN PROTEOMICS;

COLUMN CHROMATOGRAPHY; EXPERIMENTS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; OPTIMIZATION;

PEPTIDES;

EID: 84882713295     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac401145q     Document Type: Article

References (27)

1. Angel, T. E.; Aryal, U. K.; Hengel, S. M.; Baker, E. S.; Kelly, R. T.; Robinson, E. W.; Smith, R. D. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 3912-3928
2. Walther, T. C.; Mann, M. J. Cell Biol. 2010, 190, 491-500
3. Walsh, G. M.; Rogalski, J. C.; Klockenbusch, C.; Kast, J. Expert Rev. Mol. Med. 2010, 12 e30
4. Käll, L.; Vitek, O. PLoS Comput. Biol. 2011, 7 e1002277
5. Nagaraj, N.; Alexander Kulak, N.; Cox, J.; Neuhauser, N.; Mayr, K.; Hoerning, O.; Vorm, O.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 M111.013722
6. Xie, F.; Smith, R. D.; Shen, Y. J. Chromatogr., A 2012, 1261, 78-90
7. Sandra, K.; Moshir, M.; D'hondt, F.; Verleysen, K.; Kas, K.; Sandra, P. J. Chromatogr., B 2008, 866, 48-63
8. Shen, Y.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K.; Paša-Tolić, L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775
9. Shen, Y.; Zhao, R.; Berger, S. J.; Anderson, G. A.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4235-4249
10. Rogeberg, M.; Wilson, S. R.; Malerod, H.; Lundanes, E.; Tanaka, N.; Greibrokk, T. J. Chromatogr., A 2011, 1218, 7281-7288
11. Shen, Y.; Zhang, R.; Moore, R. J.; Kim, J.; Metz, T. O.; Hixson, K. K.; Zhao, R.; Livesay, E. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 3090-3100 PMID: 15889897.
12. Kocher, T.; Pichler, P.; Swart, R.; Mechtler, K. Nat. Protoc. 2012, 7, 882-890
13. Gilar, M.; Daly, A.; Kele, M.; Neue, U.; Gebler, J. J. Chromatogr., A 2004, 1061, 183-92
14. Köcher, T.; Swart, R.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2011, 83, 2699-2704
15. Michalski, A.; Cox, J.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10, 1785-1793
16. Moruz, L.; Tomazela, D.; Käll, L. J. Proteome Res. 2010, 9, 5209-5216
17. Kessner, D.; Chambers, M.; Burke, R.; Agus, D.; Mallick, P. Bioinformatics 2008, 24, 2534-2536
18. Hoopmann, M. R.; Finney, G. L.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2007, 79, 5620-5632
19. Hsieh, E.; Hoopmann, M.; MacLean, B.; MacCoss, M. J. J. Proteome Res. 2010, 9, 1138-1143
20. Park, C. Y.; Klammer, A. A.; Käll, L.; MacCoss, M. J.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2008, 7, 3022-3027
21. Käll, L.; Canterbury, J. D.; Weston, J.; Noble, W. S.; MacCoss, M. J. Nature Methods 2007, 4, 923-925
22. Moruz, L.; Staes, A.; Foster, J. M.; Hatzou, M.; Timmerman, E.; Martens, L.; Käll, L. Proteomics 2012, 12, 1151-1159
23. Hoopmann, M. R.; MacCoss, M. J.; Moritz, R. L. Current Protocols in Bioinformatics; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 2002.
24. Michalski, A.; Cox, J.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10, 1785-1793
25. Beck, M.; Claassen, M.; Aebersold, R. Curr. Opin. Biotechnol. 2011, 22, 3-8
26. Swaney, D. L.; Wenger, C. D.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2010, 9, 1323-1329
27. Durr, E.; Yu, J.; Krasinska, K. M.; Carver, L. A.; Yates, J. R.; Testa, J. E.; Oh, P.; Schnitzer, J. E. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 985-992