Translocating kilobase RNA through the staphylococcal α-hemolysin nanopore

Nano Letters

Volumn 13, Issue 6, 2013, Pages 2500-2505

  Cracknell, James A ^a   Japrung, Deanpen ^a   Bayley, Hagan ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

Hemolysin; heteropolymer; nanopore; RNA; single molecule; translocation

Indexed keywords

HETEROPOLYMER; HETEROPOLYMERS; IONIC CURRENT; POLYNUCLEOTIDES; SINGLE-MOLECULE; STREPTAVIDIN; TRANSLOCATION; TRANSMEMBRANE POTENTIALS;

BIOELECTRIC POTENTIALS; BLOOD; COPOLYMERS; MOLECULES; PROTEINS; RNA; UREA;

NANOPORES;

BACTERIAL RNA; HEMOLYSIN; NANOMATERIAL;

GENETICS; METABOLISM; STAPHYLOCOCCUS; ARTICLE;

HEMOLYSIN PROTEINS; NANOSTRUCTURES; RNA, BACTERIAL; STAPHYLOCOCCUS;

EID: 84879077504     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl400560r     Document Type: Article

References (45)

1. Bayley, H. Phys. Life Rev. 2012, 9 (2) 161-163
2. Branton, D.; Deamer, D. W.; Marziali, A.; Bayley, H.; Benner, S. A.; Butler, T.; Di Ventra, M.; Garaj, S.; Hibbs, A.; Huang, X. H.; Jovanovich, S. B.; Krstic, P. S.; Lindsay, S.; Ling, X. S. S.; Mastrangelo, C. H.; Meller, A.; Oliver, J. S.; Pershin, Y. V.; Ramsey, J. M.; Riehn, R.; Soni, G. V.; Tabard-Cossa, V.; Wanunu, M.; Wiggin, M.; Schloss, J. A. Nat. Biotechnol. 2008, 26 (10) 1146-1153
3. Cherf, G. M.; Lieberman, K. R.; Rashid, H.; Lam, C. E.; Karplus, K.; Akeson, M. Nat. Biotechnol. 2012, 30 (4) 344-348
4. Howorka, S.; Siwy, Z. Chem. Soc. Rev. 2009, 38 (8) 2360-2384
5. Manrao, E. A.; Derrington, I. M.; Laszlo, A. H.; Langford, K. W.; Hopper, M. K.; Gillgren, N.; Pavlenok, M.; Niederweis, M.; Gundlach, J. H. Nat. Biotechnol. 2012, 30 (4) 349-U174
6. Venkatesan, B. M.; Bashir, R. Nat. Nanotechnol. 2011, 6 (10) 615-624
7. Wanunu, M. Phys. Life Rev. 2012, 9 (2) 125-158
8. Kasianowicz, J. J.; Brandin, E.; Branton, D.; Deamer, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. 1996, 93 (24) 13770-13773
9. Song, L. Z.; Hobaugh, M. R.; Shustak, C.; Cheley, S.; Bayley, H.; Gouaux, J. E. Science 1996, 274 (5294) 1859-1866
10. Vercoutere, W.; Winters-Hilt, S.; Olsen, H.; Deamer, D.; Haussler, D.; Akeson, M. Nat. Biotechnol. 2001, 19 (3) 248-252
11. Bayley, H.; Cremer, P. S. Nature 2001, 413 (6852) 226-230
12. Maglia, G.; Henricus, M.; Wyss, R.; Li, Q. H.; Cheley, S.; Bayley, H. Nano Lett. 2009, 9 (11) 3831-3836
13. Maglia, G.; Restrepo, M. R.; Mikhailova, E.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2008, 105 (50) 19720-19725
14. Rincon-Restrepo, M.; Milthallova, E.; Bayley, H.; Maglia, G. Nano Lett. 2011, 11 (2) 746-750
15. Kang, X. F.; Gu, L. Q.; Cheley, S.; Bayley, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44 (10) 1495-1499
16. Japrung, D.; Henricus, M.; Li, Q. H.; Maglia, G.; Bayley, H. Biophys. J. 2010, 98 (9) 1856-1863
17. Akeson, M.; Branton, D.; Kasianowicz, J. J.; Brandin, E.; Deamer, D. W. Biophys. J. 1999, 77 (6) 3227-3233
18. Renner, S.; Geltinger, S.; Simmel, F. C. Small 2010, 6 (2) 190-194
19. Stoddart, D.; Heron, A. J.; Mikhailova, E.; Maglia, G.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106 (19) 7702-7707
20. Ayub, M.; Bayley, H. Nano Lett. 2012, 12 (11) 5637-5643
21. Wendell, D.; Jing, P.; Geng, J.; Subramaniam, V.; Lee, T. J.; Montemagno, C.; Guo, P. Nat. Nanotechnol. 2009, 4 (11) 765-772
22. Butler, T. Z.; Pavlenok, M.; Derrington, I. M.; Niederweis, M.; Gundlach, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2008, 105 (52) 20647-20652
23. Derrington, I. M.; Butler, T. Z.; Collins, M. D.; Manrao, E.; Pavlenok, M.; Niederweis, M.; Gundlach, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2010, 107 (37) 16060-16065
24. Kowalczyk, S. W.; Tuijtel, M. W.; Donkers, S. P.; Dekker, C. Nano Lett. 2010, 10 (4) 1414-1420
25. Storm, A. J.; Storm, C.; Chen, J. H.; Zandbergen, H.; Joanny, J. F.; Dekker, C. Nano Lett. 2005, 5 (7) 1193-1197
26. Wanunu, M.; Sutin, J.; McNally, B.; Chow, A.; Meller, A. Biophys. J. 2008, 95 (10) 4716-4725
27. Skinner, G. M.; van den Hout, M.; Broekmans, O.; Dekker, C.; Dekker, N. H. Nano Lett. 2009, 9 (8) 2953-2960
28. van den Hout, M.; Vilfan, I. D.; Hage, S.; Dekker, N. H. Nano Lett. 2010, 10 (2) 701-707
29. van den Hout, M.; Skinner, G. M.; Klijnhout, S.; Krudde, V.; Dekker, N. H. Small 2011, 7 (15) 2217-2224
30. Cacciuto, A.; Luijten, E. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 238104
31. Sakmann, B.; Neher, E. Single-Channel Recording, 2 nd ed.; Plenum Press: New York, 1995.
32. Meller, A. J. Phys.: Condens. Matter 2003, 15 (17) R581-R607
33. Meller, A.; Nivon, L.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86 (15) 3435-3438
34. de Zoysa, R. S. S.; Krishantha, D. M. M.; Zhao, Q. T.; Gupta, J.; Guan, X. Y. Electrophoresis 2011, 32 (21) 3034-3041
35. Deamer, D. W.; Branton, D. Acc. Chem. Res. 2002, 35 (10) 817-825
36. Henrickson, S. E.; Misakian, M.; Robertson, B.; Kasianowicz, J. J. Phys. Rev. Lett. 2000, 85 (14) 3057-3060
37. Wanunu, M.; Morrison, W.; Rabin, Y.; Grosberg, A. Y.; Meller, A. Nat. Nanotechnol. 2010, 5 (2) 160-165
38. Purnell, R.; Schmidt, J. Methods Mol. Biol. 2012, 870, 39-53
39. Priyakumar, U. D.; Hyeon, C.; Thirumalai, D.; MacKerell, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (49) 17759-17761
40. Shelton, V. M.; Sosnick, T. R.; Pan, T. Biochemistry 1999, 38 (51) 16831-16839
41. Lambert, D.; Draper, D. E. Biochemistry. 2012, 51 (44) 9014-9026
42. Muthukumar, M. J. Chem. Phys. 2010, 132, 19
43. Butler, T. Z.; Gundlach, J. H.; Troll, M. Biophys. J. 2007, 93 (9) 3229-3240
44. Cheley, S.; Malghani, M. S.; Song, L. Z.; Hobaugh, M.; Gouaux, J. E.; Yang, J.; Bayley, H. Protein Eng. 1997, 10 (12) 1433-1443
45. Maglia, G.; Heron, A. J.; Stoddart, D.; Japrung, D.; Bayley, H. Methods Enzymol. 2010, 475, 591-623