Combining metadynamics simulation and experiments to characterize dendrimers in solution

Soft Matter

Volumn 9, Issue 9, 2013, Pages 2593-2597

  Pavan, Giovanni M ^a   Barducci, Alessandro ^b,c,e   Albertazzi, Lorenzo ^d   Parrinello, Michele ^b,c  

^a UNIVERSITY OF APPLIED SCIENCES AND ARTS OF SOUTHERN SWITZERLAND   (Switzerland)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

^c UNIVERSITY OF LUGANO   (Switzerland)

^d EINDHOVEN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Netherlands)

^e EPFL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLASSICAL MOLECULAR DYNAMICS; CONFORMATIONAL FLUCTUATIONS; METADYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR FLEXIBILITY; POLYETHYLENE GLYCOL (PEG);

MOLECULAR DYNAMICS;

DENDRIMERS;

EID: 84875857421     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sm27706b     Document Type: Article

References (50)

1. D. Astruc F. Boisselier C. Ornelas Chem. Rev. 2010 110 1857
2. G. R. Newkome, C. N. Moorefield and F. Vögtle, Dendrimers and dendrons: concepts, syntheses, applications, VCH, Weinheim, 2001
3. J. M. J. Fréchet and D. A. Tomalia, Dendrimers and other dendritic polymers, John Wiley and Sons, New York, 2002
4. D. K. Smith Tetrahedron 2003 59 3797
5. D. A. Tomalia Prog. Polym. Sci. 2005 30 294
6. J. Lim E. E. Simanek Adv. Drug Delivery Rev. 2012 64 826
7. R. J. Amir L. Albertazzi J. Willis A. Khan T. Kang C. J. Hawker Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 3425
8. Q. Wang J. L. Mynar M. Yoshida E. Lee M. Lee K. Okuro K. Kinbara T. Aida Nature 2010 463 339
9. N. D. Weber O. M. Merkel T. Kissel M. A. Muñoz-Fernández J. Controlled Release 2012 157 55
10. S. Jevsevar M. Kunstelj V. G. Porekar Biotechnol. J. 2010 5 113
11. F. M. Veronese Biomaterials 2001 22 405
12. M. J. Joralemon S. McRae T. Emrick Chem. Commun. 2010 46 1377
13. A. S. Karakoti S. Das S. Thevuthasan S. Seal Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 1980 94
14. R. Haag F. Kratz Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 1198
15. J. M. Harri R. B. Chess Nat. Rev. Drug Discovery 2003 2 214
16. A. Abuchowski J. R. McCoy N. C. Palczuk T. van Es F. F. Davis J. Biol. Chem. 1977 252 3582
17. R. B. Greenwald Y. Choe J. McGuire C. D. Conover Adv. Drug Delivery Rev. 2003 55 217
18. F. Alexis E. Pridgen L. K. Molnar O. C. Farokhzad Mol. Pharmacol. 2008 5 505
19. G. Pasut F. M. Veronese Adv. Drug Delivery Rev. 2009 61 1177
20. P. K. Maiti T. Cagin W. A. Goddard Macromolecules 2004 37 6236
21. M. Ballauff C. N. Likos Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 2998
22. P. K. Maiti T. Cagin W. A. Goddard Macromolecules 2005 38 979
23. Y. Liu V. S. Bryantsev M. S. Diallo W. A. Goddard J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2798
24. L. Albertazzi M. Brondi G. M. Pavan S. S. Sato G. Signore B. Storti G. M. Ratto F. Beltram PLoS One 2011 6 e28450
25. G. M. Pavan M. A. Mintzer E. E. Simanek O. M. Merkel T. Kissel A. Danani Biomacromolecules 2010 11 721
26. C. C. Lee E. R. Gillies M. E. Fox S. J. Guilladeu J. M. J. Fréchet E. E. Dy F. C. Szoka Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 106 16649
27. I. Gitsov K. L. Wooley C. J. Hawker P. T. Ivanova J. M. J. Fréchet Macromolecules 1993 26 5621
28. S. J. Guillaudeu M. E. Fox Y. M. Haidar E. E. Dy F. C. Szoka J. M. J. Fréchet Bioconjugate Chem. 2008 19 461
29. L. Albertazzi F. M. Milker G. M. Pavan F. Salomone G. Bardi M. Panniello E. Amir T. Kang K. Killops C. Brauche R. J. Amir C. J. Hawker Biomacromolecules 2012 13 4089
30. S. Natali J. Mijovic Macromolecules 2009 42 6799
31. H. Lee R. M. Venable A. D. MacKerell R. W. Pastor Biophys. J. 2008 95 1590
32. H. Lee R. G. Larson Macromolecules 2011 44 2291
33. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562
34. A. Barducci M. Bonomi M. Parrinello Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 826
35. A. Barducci G. Bussi M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 2008 100 020603
36. M. Garzoni N. Cheval A. Fahmi A. Danani G. M. Pavan J. Am. Chem. Soc. 2012 134 3349
37. A. O. Kasimova G. M. Pavan A. Danani K. Mondon A. Cristiani L. Scapozza R. Gurny M. Moeller J. Phys. Chem. B 2012 116 4338
38. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781
39. M. Bonomi D. Branduardi G. Bussi C. Camilloni D. Provasi P. Raiteri D. Donadio F. Marinelli F. Pietrucci R. A. Broglia M. Parrinello Comput. Phys. Commun. 2009 180 1961
40. M. Bonomi A. Barducci M. Parrinello J. Comput. Chem. 2009 30 1615
41. A. Barducci M. Bonomi M. Parrinello Biophys. J. 2010 98 L44 L46
42. D. A. Tomalia Soft Matter 2010 6 456
43. D. A. Tomalia J. Nanopart. Res. 2009 11 1251
44. D. A. Tomalia New J. Chem. 2012 36 264
45. A. Ortega D. Amoros J. G. de la Torre Biophys. J. 2011 101 892
46. G. D. Echenique R. R. Schmidt J. J. Freire J. G. H. Cifre J. G. de la Torre J. Am. Chem. Soc. 2009 131 8548
47. H. Yang J. J. Morris S. T. Lopina J. Colloid Interface Sci. 2004 273 148
48. J. Lim G. M. Pavan O. Annunziata E. E. Simanek J. Am. Chem. Soc. 2012 134 1942
49. L. B. Jensen K. Mortensen G. M. Pavan M. R. Kasimova D. K. Jensen V. Gadzhyeva H. M. Nielsen C. Foged Biomacromolecules 2010 11 3571
50. G. Doni M. A. Kostiainen A. Danani G. M. Pavan Nano Lett. 2011 11 723