DNA origami nanopillars as standards for three-dimensional superresolution microscopy

Nano Letters

Volumn 13, Issue 2, 2013, Pages 781-785

  Schmied, Jürgen J ^a   Forthmann, Carsten ^a   Pibiri, Enrico ^a   Lalkens, Birka ^a   Nickels, Philipp ^b   Liedl, Tim ^b   Tinnefeld, Philip ^a,b  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF BRAUNSCHWEIG   (Germany)

^b UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

biophysics; DNA origami; fluorescence; nanotechnology; single molecules; superresolution

Indexed keywords

DNA ORIGAMIS; NANOPILLARS; PHOTOVOLTAICS; PLASMONIC DEVICES; SINGLE MOLECULE; SITE SELECTIVE; SOLID SUBSTRATES; SUPER RESOLUTION; SUPER-RESOLUTION MICROSCOPY; THREE-DIMENSIONAL FLUORESCENCES;

BIOPHYSICS; DNA; FLUORESCENCE; NANOTECHNOLOGY; OPTICAL RESOLVING POWER; SCAFFOLDS; THREE DIMENSIONAL;

NANOSTRUCTURES;

DNA; NANOMATERIAL;

ARTICLE; CHEMISTRY; FLUORESCENCE MICROSCOPY; PARTICLE SIZE; SURFACE PROPERTY; THREE DIMENSIONAL IMAGING;

DNA; IMAGING, THREE-DIMENSIONAL; MICROSCOPY, FLUORESCENCE; NANOSTRUCTURES; PARTICLE SIZE; SURFACE PROPERTIES;

MLCS; MLOWN;

EID: 84873667475     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl304492y     Document Type: Article

References (41)

1. Fan, Z.; Razavi, H.; Do, J. W.; Moriwaki, A.; Ergen, O.; Chueh, Y. L.; Leu, P. W.; Ho, J. C.; Takahashi, T.; Reichertz, L. A.; Neale, S.; Yu, K.; Wu, M.; Ager, J. W.; Javey, A. Nat. Mater. 2009, 8 (8) 648-53
2. Law, M.; Greene, L. E.; Johnson, J. C.; Saykally, R.; Yang, P. Nat. Mater. 2005, 4 (6) 455-9
3. Lee, M. H.; Takei, K.; Zhang, J.; Kapadia, R.; Zheng, M.; Chen, Y. Z.; Nah, J.; Matthews, T. S.; Chueh, Y. L.; Ager, J. W.; Javey, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51 (43) 10760-4
4. Wang, K.; Crozier, K. B. ChemPhysChem 2012, 13 (11) 2639-48
5. Oh, Y. J.; Jeong, K. H. Adv. Mater. 2012, 24 (17) 2234-7
6. Senanayake, P.; Hung, C. H.; Shapiro, J.; Lin, A.; Liang, B.; Williams, B. S.; Huffaker, D. L. Nano Lett. 2011, 11 (12) 5279-83
7. Caldwell, J. D.; Glembocki, O.; Bezares, F. J.; Bassim, N. D.; Rendell, R. W.; Feygelson, M.; Ukaegbu, M.; Kasica, R.; Shirey, L.; Hosten, C. ACS Nano 2011, 5 (5) 4046-55
8. Kaji, N.; Tezuka, Y.; Takamura, Y.; Ueda, M.; Nishimoto, T.; Nakanishi, H.; Horiike, Y.; Baba, Y. Anal. Chem. 2004, 76 (1) 15-22
9. Kaji, N.; Okamoto, Y.; Tokeshi, M.; Baba, Y. Chem. Soc. Rev. 2010, 39 (3) 948-56
10. Kuo, C. W.; Shiu, J. Y.; Chien, F. C.; Tsai, S. M.; Chueh, D. Y.; Chen, P. Electrophoresis 2010, 31 (18) 3152-8
11. Xie, C.; Lin, Z.; Hanson, L.; Cui, Y.; Cui, B. Nat. Nanotechnol. 2012, 7 (3) 185-90
12. Xie, C.; Hanson, L.; Cui, Y.; Cui, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108 (10) 3894-9
13. Rothemund, P. W. Nature 2006, 440 (7082) 297-302
14. Douglas, S. M.; Dietz, H.; Liedl, T.; Hogberg, B.; Graf, F.; Shih, W. M. Nature 2009, 459 (7245) 414-8
15. Liedl, T.; Hogberg, B.; Tytell, J.; Ingber, D. E.; Shih, W. M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5 (7) 520-4
16. Stein, I. H.; Schuller, V.; Bohm, P.; Tinnefeld, P.; Liedl, T. ChemPhysChem 2011, 12 (3) 689-95
17. Bai, X. C.; Martin, T. G.; Scheres, S. H.; Dietz, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109 (49) 20012-7
18. Sacca, B.; Meyer, R.; Erkelenz, M.; Kiko, K.; Arndt, A.; Schroeder, H.; Rabe, K. S.; Niemeyer, C. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49 (49) 9378-83
19. Andersen, E. S.; Dong, M.; Nielsen, M. M.; Jahn, K.; Subramani, R.; Mamdouh, W.; Golas, M. M.; Sander, B.; Stark, H.; Oliveira, C. L.; Pedersen, J. S.; Birkedal, V.; Besenbacher, F.; Gothelf, K. V.; Kjems, J. Nature 2009, 459 (7243) 73-6
20. Stein, I. H.; Steinhauer, C.; Tinnefeld, P. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (12) 4193-5
21. Steinhauer, C.; Jungmann, R.; Sobey, T. L.; Simmel, F. C.; Tinnefeld, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48 (47) 8870-8873
22. Bui, H.; Onodera, C.; Kidwell, C.; Tan, Y.; Graugnard, E.; Kuang, W.; Lee, J.; Knowlton, W. B.; Yurke, B.; Hughes, W. L. Nano Lett. 2010, 10 (9) 3367-72
23. Pal, S.; Deng, Z.; Wang, H.; Zou, S.; Liu, Y.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (44) 17606-9
24. Ding, B.; Deng, Z.; Yan, H.; Cabrini, S.; Zuckermann, R. N.; Bokor, J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132 (10) 3248-3249
25. Kuzyk, A.; Schreiber, R.; Fan, Z.; Pardatscher, G.; Roller, E. M.; Hogele, A.; Simmel, F. C.; Govorov, A. O.; Liedl, T. Nature 2012, 483 (7389) 311-4
26. Acuna, G. P.; Bucher, M.; Stein, I. H.; Steinhauer, C.; Kuzyk, A.; Holzmeister, P.; Schreiber, R.; Moroz, A.; Stefani, F. D.; Liedl, T.; Simmel, F. C.; Tinnefeld, P. ACS Nano 2012, 6 (4) 3189-95
27. Acuna, G. P.; Moller, F. M.; Holzmeister, P.; Beater, S.; Lalkens, B.; Tinnefeld, P. Science 2012, 338 (6106) 506-10
28. Huang, B.; Wang, W.; Bates, M.; Zhuang, X. Science 2008, 319 (5864) 810-3
29. Prabhat, P.; Gan, Z.; Chao, J.; Ram, S.; Vaccaro, C.; Gibbons, S.; Ober, R. J.; Ward, E. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104 (14) 5889-94
30. Juette, M. F.; Gould, T. J.; Lessard, M. D.; Mlodzianoski, M. J.; Nagpure, B. S.; Bennett, B. T.; Hess, S. T.; Bewersdorf, J. Nat. Methods 2008, 5 (6) 527-9
31. Shtengel, G.; Galbraith, J. A.; Galbraith, C. G.; Lippincott-Schwartz, J.; Gillette, J. M.; Manley, S.; Sougrat, R.; Waterman, C. M.; Kanchanawong, P.; Davidson, M. W.; Fetter, R. D.; Hess, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 3125-3130
32. Pavani, S. R.; Thompson, M. A.; Biteen, J. S.; Lord, S. J.; Liu, N.; Twieg, R. J.; Piestun, R.; Moerner, W. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106 (9) 2995-9
33. Baddeley, D.; Cannell, M.; Soeller, C. Nano Res. 2011, 4 (6) 589-598
34. Schmied, J. J.; Gietl, A.; Holzmeister, P.; Forthmann, C.; Steinhauer, C.; Dammeyer, T.; Tinnefeld, P. Nat. Methods 2012, 9 (12) 1133-1134
35. Heilemann, M.; van de Linde, S.; Schuttpelz, M.; Kasper, R.; Seefeldt, B.; Mukherjee, A.; Tinnefeld, P.; Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47 (33) 6172-6176
36. Heilemann, M.; Margeat, E.; Kasper, R.; Sauer, M.; Tinnefeld, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 (11) 3801-3806
37. van de Linde, S.; Heilemann, M.; Sauer, M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2012, 63, 519-40
38. Rust, M. J.; Bates, M.; Zhuang, X. Nat. Methods 2006, 3 (10) 793-5
39. Kauert, D. J.; Kurth, T.; Liedl, T.; Seidel, R. Nano Lett. 2011, 11 (12) 5558-63
40. Lin, C.; Jungmann, R.; Leifer, A. M.; Li, C.; Levner, D.; Church, G. M.; Shih, W. M.; Yin, P. Nat. Chem. 2012, 4 (10) 832-839
41. Egner, A.; Hell, S. Aberrations in Confocal and Multi-Photon Fluorescence Microscopy Induced by Refractive Index Mismatch. In Handbook Of Biological Confocal Microscopy; Pawley, J. B., Ed.; Springer: Berlin, 2006; pp 404-413.