Mini review: The future of the protein data bank

Biopolymers

Volumn 99, Issue 3, 2013, Pages 218-222

  Berman, Helen M ^a   Kleywegt, Gerard J ^b   Nakamura, Haruki ^c   Markley, John L ^d  

^a RUTGERS UNIVERSITY   (United States)

^b WELLCOME TRUST SANGER INSTITUTE   (United Kingdom)

^c OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

^d UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

Archive; Protein Data Bank; Structural biology

Indexed keywords

ARCHIVE; GLOBAL COMMUNITY; INTERNATIONAL COLLABORATIONS; PROTEIN DATA BANK; STRUCTURAL BIOLOGY; STRUCTURAL DATA; TECHNICAL CHALLENGES;

DATABASE SYSTEMS; INTERNATIONAL COOPERATION;

PROTEINS;

POLYMER; PROTEIN;

PROTEIN DATA BANK; PROTEIN STRUCTURE; REVIEW; MOLECULAR MODEL; PROTEIN DATABASE; TRENDS;

DATABASES, PROTEIN; MODELS, MOLECULAR;

EID: 84872793995     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.22132     Document Type: Review

References (25)

1. Berman, H. Acta Crystallogr A: Foundations of Crystallography 2008, 64, 88-95.
2. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535-542.
3. Berman, H. M.; Henrick, K.; Nakamura, H. Nat Struct Biol 2003, 10, 980.
4. Berman, H. M.; Westbrook, J. D.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Research 2000, 28, 235-242.
5. Velankar, S.; Alhroub, Y.; Best, C.; Caboche, S.; Conroy, M. J.; Dana, J. M.; Fernandez Montecelo, M. A.; van Ginkel, G.; Golovin, A.; Gore, S. P.; Gutmanas, A.; Haslam, P.; Hendrickx, P. M.; Heuson, E.; Hirshberg, M.; John, M.; Lagerstedt, I.; Mir, S.; Newman, L. E.; Oldfield, T. J.; Patwardhan, A.; Rinaldi, L.; Sahni, G.; Sanz-Garcia, E.; Sen, S.; Slowley, R.; Suarez-Uruena, A.; Swaminathan, G. J.; Symmons, M. F.; Vranken, W. F.; Wainwright, M.; Kleywegt, G. J. Nucleic Acids Res 2012, 40, D445-D452.
6. Kinjo, A. R.; Suzuki, H.; Yamashita, R.; Ikegawa, Y.; Kudou, T.; Igarashi, R.; Kengaku, Y.; Cho, H.; Standley, D. M.; Nakagawa, A.; Nakamura, H. Nucleic Acids Res 2012, 40, D453-D460.
7. Ulrich, E. L.; Akutsu, H.; Doreleijers, J. F.; Harano, Y.; Ioannidis, Y. E.; Lin, J.; Livny, M.; Mading, S.; Maziuk, D.; Miller, Z.; Nakatani, E.; Schulte, C. F.; Tolmie, D. E.; Kent Wenger, R.; Yao, H.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res 2008, 36, D402-D408.
8. Tagari, M.; Newman, R.; Chagoyen, M.; Carazo, J. M.; Henrick, K. Trends Biochem Sci 2002, 27, 589.
9. Murshudov, G. N.; Skubak, P.; Lebedev, A. A.; Pannu, N. S.; Steiner, R. A.; Nicholls, R. A.; Winn, M. D.; Long, F.; Vagin, A. A. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 2011, 67, 355-367.
10. Henrick, K.; Feng, Z.; Bluhm, W. F.; Dimitropoulos, D.; Doreleijers, J. F.; Dutta, S.; Flippen-Anderson, J. L.; Ionides, J.; Kamada, C.; Krissinel, E.; Lawson, C. L.; Markley, J. L.; Nakamura, H.; Newman, R.; Shimizu, Y.; Swaminathan, J.; Velankar, S.; Ory, J.; Ulrich, E. L.; Vranken, W.; Westbrook, J.; Yamashita, R.; Yang, H.; Young, J.; Yousufuddin, M.; Berman, H. M. Nucleic Acids Res 2008, 36, D426-D433.
11. Lawson, C. L.; Dutta, S.; Westbrook, J. D.; Henrick, K.; Berman, H. M. Acta Cryst 2008, D64, 874-882.
12. Read, R. J.; Adams, P. D.; Arendall, W. B., III; Brunger, A. T.; Emsley, P.; Joosten, R. P.; Kleywegt, G. J.; Krissinel, E. B.; Lutteke, T.; Otwinowski, Z.; Perrakis, A.; Richardson, J. S.; Sheffler, W. H.; Smith, J. L.; Tickle, I. J.; Vriend, G.; Zwart, P. H. Structure 2011, 19, 1395-1412.
13. Gore, S.; Velankar, S.; Kleywegt, G. J. Acta Crystallographica 2012, D68, 478-483.
14. Henderson, R.; Sali, A.; Baker, M. L.; Carragher, B.; Devkota, B.; Downing, K. H.; Egelman, E. H.; Feng, Z.; Frank, J.; Grigorieff, N.; Jiang, W.; Ludtke, S. J.; Medalia, O.; Penczek, P. A.; Rosenthal, P. B.; Rossmann, M. G.; Schmid, M. F.; Schroder, G. F.; Steven, A. C.; Stokes, D. L.; Westbrook, J. D.; Wriggers, W.; Yang, H.; Young, J.; Berman, H. M.; Chiu, W.; Kleywegt, G. J.; Lawson, C. L. Structure 2012, 20, 205-214.
15. Fitzgerald, P. M. D.; Westbrook, J. D.; Bourne, P. E.; McMahon, B.; Watenpaugh, K. D.; Berman, H. M. In International Tables for Crystallography; Hall, S. R.; McMahon, B., Eds.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2005; pp 295-443.
16. Westbrook, J. D.; Fitzgerald, P. M. D. In Structural Bioinformatics, 2nd ed.; Bourne, P. E.; Gu, J., Eds.; Wiley: Hoboken, NJ, 2009; pp 271-291.
17. Berman, H. M.; Kleywegt, G. J.; Nakamura, H.; Markley, J. L. Structure 2012, 20, 391-396.
18. Chaudhry, C.; Farr, G. W.; Todd, M. J.; Rye, H. S.; Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Horwich, A. L.; Sigler, P. B. EMBO J 2003, 22, 4877-4887.
19. Beck, M.; Forster, F.; Ecke, M.; Plitzko, J. M.; Melchior, F.; Gerisch, G.; Baumeister, W.; Medalia, O. Science 2004, 306, 1387-1390.
20. Belousoff, M. J.; Shapira, T.; Bashan, A.; Zimmerman, E.; Rozenberg, H.; Arakawa, K.; Kinashi, H.; Yonath, A. Proc Natl Acad Sci USA 2011, 108, 2717-2722.
21. Religa, T. L.; Sprangers, R.; Kay, L. E. Science 2010, 328, 98-102.
22. Nikolov, D. B.; Chen, H.; Halay, E. D.; Usheva, A. A.; Hisatake, K.; Lee, D. K.; Roeder, R. G.; Burley, S. K. Nature 1995, 377, 119-128.
23. Doyle, D. A.; Morais Cabral, J.; Pfuetzner, R. A.; Kuo, A.; Gulbis, J. M.; Cohen, S. L.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Science 1998, 280, 69-77.
24. Cherezov, V.; Rosenbaum, D. M.; Hanson, M. A.; Rasmussen, S. G.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Choi, H. J.; Kuhn, P.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K.; Stevens, R. C. Science 2007, 318, 1258-1265.
25. Deisenhofer, J.; Epp, O.; Sinning, I.; Michel, H. J Mol Biol 1995, 246, 429-457.