A systematic approach to identify cooperatively bound homotrimers

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 117, Issue 1, 2013, Pages 174-182

  Yang, Jack ^a   Waller, Mark P ^a  

^a UNIVERSITY OF MÜNSTER   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASES; COMPUTATIONAL PROCEDURES; COOPERATIVE BINDING; COOPERATIVITY; GASPHASE; HOMOTRIMERS; MOLECULAR COMPLEXES; THREE-BODY INTERACTION;

BINDING ENERGY; BIOCHEMISTRY; MOLECULAR CRYSTALS;

OLIGOMERS;

EID: 84872284931     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp310067m     Document Type: Article

References (78)

1. Schneider, H.-J. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 3924-3977
2. Meyer, E. A.; Castellano, R. K.; Diederich, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 1210-1250
3. French, R. H.; Parsegian, V. A.; Podgornik, R.; Rajter, R. F.; Jagota, A.; Luo, J.; Asthagiri, D.; Chaudhury, M. K.; Chiang, Y.-m.; Granick, S.; Kalinin, S.; Kardar, M.; Kjellander, R.; Langreth, D. C.; Lewis, J. Rev. Mod. Phys. 2010, 82, 1887-1944
4. Catlow, C. R. A.; Bromley, S. T.; Hamad, S.; Mora-Fonz, M.; Sokol, A. A.; Woodley, S. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 786-811
5. Elrod, M. J.; Saykally, R. J. Chem. Rev. 1994, 94, 1975-1997
6. Frank, H.; Wen, W. Discuss. Faraday Soc. 1957, 24, 133-140
7. Hirschberg, J.; Brunsveld, L.; Ramzi, A.; Vekemans, J.; Sijbesma, R.; Meijer, E. Nature 2000, 407, 167-170
8. Frontera, A.; Quiñonero, D.; Costa, A.; Ballester, P.; Deyá, P. M. New J. Chem. 2007, 31, 556-560
9. Blanchard, M. D.; Hughes, R. P.; Concolino, T. E.; Rheingold, A. L. Chem. Mater. 2000, 12, 1604-1610
10. Markvoort, A.; ten Eikelder, H.; Hilbers, P.; de Greef, T.; Meijer, E. Nat. Commun. 2011, 2, 209
11. Kulkarni, C.; Reddy, S. K.; George, S. J.; Balasubramanian, S. Chem. Phys. Lett. 2011, 515, 226-230
12. Deshmukh, M. M.; Bartolotti, L. J.; Gadre, S. R. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 312-321
13. Mandal, A.; Prakash, M.; Kumar, R. M.; Parthasarathi, R.; Subramanian, V. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 2250-2258
14. Riley, K. E.; Pitoǎák, M.; Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Rev. 2010, 110, 5023-5063
15. Cohen, A. J.; Mori-Sánchez, P.; Yang, W. Chem. Rev. 2012, 112, 289-320
16. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463-1473
17. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787-1799
18. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 289-300
19. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 2011, 502, 1-13
20. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 157-167
21. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 107-126
22. Goerigk, L.; Grimme, S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 291-309
23. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993
24. Valdes, H.; Pluháčkova, K.; Pitoňák, M.; Řezáč, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2747-2757
25. Gráfová, L.; Pitoňák, M.; Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2365-2376
26. Řezáč, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 141-151
27. Schneebeli, S. T.; Bochevarov, A. D.; Friesner, R. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 658-668
28. Antony, J.; Brüske, B.; Grimme, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8440-8447
29. de Lange, K.; Lane, J. J. Chem. Phys. 2011, 135, 064304
30. Alkorta, I.; Blanco, F.; Elguero, J.; Estarellas, C.; Frontera, A.; Quiñonero, D.; Deyá, P. M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1186-1194
31. Prohens, R.; Portell, A.; Puigjaner, C.; Barbas, R.; Alcobé, X.; Font-Bardia, M.; Tomás, S. CrystEngComm 2012, 14, 5745-5748
32. Woodley, S.; Catlow, R. Nat. Mater. 2008, 7, 937-946
33. Hartke, B. Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 879-887
34. Dieterich, J. M.; Hartke, B. Mol. Phys. 2010, 108, 279-291
35. Takeuchi, H. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 104-109
36. Kabeláč, M.; Valdes, H.; Sherer, E. C.; Cramer, C. J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 5000-5008
37. Mahadevi, A. S.; Neela, Y. I.; Sastry, G. N. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 15211-15220
38. Musumeci, D.; Hunter, C. A.; Prohens, R.; Scuderi, S.; McCabe, J. F. Chem. Sci. 2011, 2, 883-890
39. Li, H.; Lu, Y.; Liu, Y.; Zhu, X.; Liu, H.; Zhu, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 9948-9955
40. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169
41. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theo. Chem. Acc. 1997, 97, 119-124
42. Sierka, M.; Hogekamp, A.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9136-9148
43. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
44. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822-8824
45. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 34, 7406-7406
46. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
47. Grimme, S.; Ehrlich, S.; Goerigk, L. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456-1465
48. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297-3305
49. Tao, J.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 146401
50. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618-622
51. Thom H. Dunning, J. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
52. Cybulski, S. M.; Lytle, M. L. J. Chem. Phys. 2007, 127, 141102
53. Heßelmann, A.; Jansen, G.; Schütz, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014103
54. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864-B871
55. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, A1133-A1138
56. Slater, J. C. The Self-Consistent Field for Molecular and Solids, Quantum Theory of Molecular and Solids; McGraw-Hill: New York, 1974; Vol. 4.
57. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200-1211
58. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
59. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
60. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
61. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
62. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
63. Ernzerhof, M.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5029-5036
64. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158-6170
65. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 034108
66. Perdew, J. P.; Schmidt, K. AIP Conf. Proc. 2001, 577, 1-20
67. Grimme, S. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 9955-9964
68. Wiegand, T.; Eckert, H.; Ekkert, O.; Fröhlich, R.; Kehr, G.; Erker, G.; Grimme, S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4236-4249
69. Strunk, T.; Wolf, M.; Brieg, M.; Klenin, K.; Biewer, A.; Tristram, F.; Ernst, M.; Kleine, P. J.; Heilmann, N.; Kondov, I.; Wenzel, W. J. Comput. Chem. 2012, 10.1002/jcc.23089
70. Grimme, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 3430-3434
71. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10200-10207
72. Lanzarotti, E.; Biekofsky, R. R.; Estrin, D. A.; Marti, M. A.; Turjanski, A. G. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 1623-1633
73. Tauer, T. P.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 10475-10478
74. Rodríguez-Ropero, F.; Casanovas, J.; Alemá, C. J. Comput. Chem. 2008, 29, 69-78
75. Adam, M. S.; Gutmann, M. J.; Leech, C. K.; Middlemiss, D. S.; Parkin, A.; Thomas, L. H.; Wilson, C. C. New J. Chem. 2010, 34, 85-91
76. Coutsias, E. A.; Seok, C.; Dill, H. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1849-1857
77. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023
78. Helgaker, T.; Klopper, W.; Koch, H.; Noga, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9639-9646