Another piece of the membrane puzzle: Extending slipids further

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 774-784

  Jämbeck, Joakim P M ^a   Lyubartsev, Alexander P ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84872131879     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300777p     Document Type: Article

References (126)

1. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4871-4880
2. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1331, 235-270
3. Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2000, 79, 426-433
4. Högberg, C.-J.; Nikitin, A. M.; Lyubartsev, A. P. J. Comput. Chem. 2008, 29, 2359-2369
5. Nagle, J. F.; Tristram-Nagle, S. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1469, 159-195
6. Nagle, J. F.; Tristam-Nagle, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 474-480
7. Kučerka, N.; Liu, Y.; Chu, N.; Petrache, H. I.; Tristram-Nagle, S.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2005, 88, 2626-2637
8. Takamori, S. Cell 2006, 127, 831-846
9. Wu, N. A. N.; Palczewski, K.; Mu, D. J. Pharmacol. Rev. 2008, 60, 43-78
10. Simons, K.; Ikonen, E. Nature 1997, 70, 270-572
11. Brown, D. A.; London, E. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1997, 14, 111-136
12. Ahmed, S. N.; Brown, D. A.; London, E. Biochemistry 1997, 36, 10944-10953
13. Contreras, F. X.; Ernst, A. M.; Haberkant, P.; Björkholm, P.; Lindahl, E.; Gönen, B.; Tischer, C.; Elofsson, A.; von Heijne, G.; Thiele, R.; Pepperkok, C.; Wieland, F.; Brügger, B. Nature 2012, 481, 525-529
14. Ikonen, E. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2008, 9, 125-138
15. Nezil, F. A. Biophys. J. 1992, 61, 1176-1183
16. Martinez, G. V.; Dykstra, E. M.; Lope-Piedrafita, S.; Job, C.; Brown, M. F. Phys. Rev. E 2002, 66, 050902
17. Hofsäß, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2196-2206
18. Warschawski, D.; Devaux, P. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 987-996
19. Purdy, P.; Fox, M.; Graham, J. Cryobiology 2005, 51, 102-112
20. Hung, W.; Lee, M.; Chen, F.; Huang, H. W. Biophys. J. 2007, 92, 3960-3967
21. Róg, T.; Pasenkiewicz-Gierulab, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 97-121
22. Edholm, O.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2005, 89, 1827-1832
23. Alwarawrah, M.; Dai, J.; Huang, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7516-7523
24. Kuwabara, P. E.; Labousse, M. Trends Genet. 2002, 18, 193-201
25. Epand, R. M. Prog. Lipid Res. 2006, 45, 279-294
26. Ollila, O. H. S.; Róg, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Struct. Biol. 2007, 159, 311-323
27. Kaiser, H. J.; Or, A.; Róg, T.; Nyholm, T. K. M.; Chai, W.; Feizi, T.; Lingwood, D.; Vattulainen, I.; Simons, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 16628-16633
28. Pan, J.; Mills, T. T.; Tristam-Nagle, S.; Nagle, J. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 198103
29. Pan, J.; Tristam-Nagle, S.; Nagle, J. F. Phys. Rev. E 2009, 80, 021931
30. Eriksson, E. S. E.; Eriksson, L. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 560-574
31. Wennberg, C. L.; van der Spoel, D.; Hub, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5351-5361
32. Saito, H.; Shinoda, W. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 15421-15250
33. Ridder, A. N. J. A.; Kuhn, A.; Killian, J. A.; de Kruijff, B. EMBO Rep. 2001, 21, 403-408
34. Poolman, B.; Spitzer, J. J.; Wood, J. M. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1666, 88-104
35. Kimura, T.; Yeliseev, A. A.; Vukoti, K.; Rhodes, S. D.; Cheng, K.; Rice, K. C.; Gawrisch, K. J. Biol. Chem. 2012, 287, 4076-4087
36. Lyubartsev, A. P.; Rabinovich, A. L. Soft Matter 2011, 7, 25-39
37. Gumbart, J.; Wang, Y.; Aksimebtiev, A.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 423-431
38. Lindahl, E.; Sansom, M. S. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 425-431
39. Stansfeld, P. J.; Sansom, M. S. P. Structure 2012, 19, 1562-1572
40. Vivcharuk, V.; Tomberli, B.; Tolokh, I. S.; Gray, C. G. Phys. Rev. E 2008, 77, 031913
41. Tolokh, I. S.; Vivcharuk, V.; Tomberli, B.; Gray, C. G. Phys. Rev. E 2009, 80, 031911
42. Hyvönen, M. T.; Kovanen, P. T. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 294-305
43. Sonne, J.; Jensen, M. O.; Hansen, F. Y.; Hemmingsen, L.; Peters, G. Biophys. J. 2007, 92, 4157-4167
44. Siu, S. W. I.; Vácha, R.; Jungwirth, P.; Böckmann, R. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 125103
45. Jójart, B.; Martinek, T. A. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2051-2058
46. Rosso, L.; Gould, I. R. J. Comput. Chem. 2008, 29, 24-37
47. Taylor, J.; Whiteford, N. E.; Bradley, G.; Watson, G. W. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 638-649
48. Berger, O.; Edholm, O.; Jähnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
49. Jähnig, F. Biophys. J. 1996, 71, 1348-1349
50. Marrink, S. J.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6122-6172
51. Kukol, A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 615-626
52. Ulmschneider, J. P.; Ulmschneider, M. B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1803-1813
53. Klauda, J. B.; Venable, R. M.; Freites, J. A.; O'Connor, J. W. O.; Tobias, D. J.; Mondragon-Ramirez, C.; Vorobyov, I.; MacKerell, A. D., Jr.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830-7843
54. Poger, W. F.; van Gunsteren, D.; Mark, A. E. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1117-1125
55. Dickson, C. J.; Rosso, L.; Betz, R. M.; Walker, R. C.; Gould, I. R. Soft Matter 2012, 8, 9617-9627
56. Höljte, M.; Förster, T.; Brandt, B.; Engels, T.; von Rybinski, W.; Höljte, H. D. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1511, 156-167
57. Lim, J. B.; Rogaski, B.; Klauda, J. B. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 203-210
58. Poger, D.; Mark, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 325-336
59. Piggot, T. J.; Piñeiro, A.; Khalid, S. J. Chem. Theory Comput. 2012, [ASAP] DOI: 10.1021/ct3003157.
60. Poger, D.; Mark, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2012, [ASAP] DOI: 10.1021/ct300675z.
61. Jämbeck, J. P. M.; Lyubartsev, A. P. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3164-3179
62. Jämbeck, J. P. M.; Lyubartsev, A. P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2938-2948
63. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
64. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
65. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78, 1950-1958
66. Lyubartsev, A. L. Eur. Biophys. J. 2005, 35, 53-61
67. Pan, J.; Heberle, F. A.; Tristam-Nagle, S.; Szymanski, M.; Koepfinger, M.; Katsaras, J.; Kučerka, N. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1818, 2135-2148
68. Petrache, H. I.; Tristam-Nagle, S.; Gawrisch, K.; Harries, D.; Parsegian, V. A.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2004, 86, 1574-1586
69. Chiu, S. W.; Vasudevan, S.; Jakobsson, E.; Mashi, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2003, 85, 3624-3635
70. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
71. Lee, C.; Wang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
72. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200-1211
73. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
74. Kendall, R. A.; Dunning, T. H.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806
75. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
76. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cancés J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1999, 464, 211-226
77. Pomelli, C. S.; Tomasi, J.; Barone, V. Theor. Chem. Acc. 2001, 105, 446-451
78. Frisch, M. J.; Gaussian09, Revision A.02; Gaussian Inc., Wallingford CT, 2009.
79. Dupradeau, F. Y.; Pigache, A.; Zaffran, T.; Savineau, C.; Lelong, R.; Grivel, N.; Lelong, D.; Rosanski, W.; Cieplak, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 7821-7839
80. Hess, H.; Bekker, B.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
81. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
82. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519
83. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
84. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
85. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
86. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, T.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
87. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simlations of Liquids; Oxford University Press: Oxford, U. K., 1984; pp 64-65.
88. Wong-ekkabut, J.; Karttunen, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2905-2911
89. Wong-ekkabut, J.; Miettinen, M. S.; Dias, C.; Karttunen, M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 555-557
90. Åqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021-8024
91. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
92. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
93. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. Comput. Phys. Commun. 2000, 565-589
94. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
95. Roux, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4856-4868
96. Kubo, R. Rev. Mod. Phys. 1966, 29, 255-284
97. Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4155-4168
98. Braun, A. R.; Brandt, O.; Edholm, E. G.; Nagle, J. F.; Sachs, J. N. Biophys. J. 2011, 100, 2112-2120
99. Gurtovenko, A. A.; Miettinen, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21126-21134
100. Miettinen, A. A.; Gurtovenko, M. S.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9226-9234
101. Cordomí, A.; Edholm, O.; Perez, J. J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1397-1408
102. Gurtovenko, A. A.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1878-1890
103. Cordomí, A.; Edholm, O.; Perez, J. J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2125-2134
104. Maulik, P. R.; Sripada, P. K.; Shipley, G. G. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1062, 211-219
105. Metcalf, R.; Pandit, S. A. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 4500-4509
106. Niemelä, P. S.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2006, 90, 851-863
107. Niemelä, P.; Hyvönen, M. T.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2004, 87, 2976-2989
108. Anézo, C.; de Vries, A. H.; Höltje, H. D.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9424-9433
109. Chiu, S.-W.; Pandit, S. A.; Scott, H. L.; Jakobsson, E. J. Phys. Chem. B. 2009, 113, 2748-2763
110. Kučerka, N.; Nagle, J. F.; Sachs, J. N.; Feller, S. E.; Pencer, J.; Jackson, A.; Katsaras, J. Biophys. J. 2008, 95, 2356-2367
111. Kučerka, N.; Holland, B. W.; Gray, C. G.; Tomberli, B.; Katsaras, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 321-239
112. Maulik, P. R.; Shipley, G. G. Biochemistry 1996, 34, 8025-8034
113. Bartels, T.; Lankalapalli, R. S.; Bittman, R.; Beyer, K.; Brown, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14521-14532
114. Klauda, J. B.; Kučerka, N.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2006, 90, 2796-2807
115. Kučerka, N.; Nieh, M.-P.; Katsaras, J. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1808, 2761-2771
116. Vermeer, L. S.; de Groot, B. L.; Reat, V.; Milon, A.; Czaplicki, J. Eur. Biophys. J. 2007, 36, 919-931
117. Pandit, S. A.; Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Grama, A.; Scott, H. L. Langmuir 2008, 24, 6858-6865
118. Martinez-Seara, H.; Róg, T.; Pasenkiewicz-Gierulab, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M.; Reigada, R. Biophys. J. 2008, 95, 3295-3305
119. Trouard, T. P.; Nevzorov, A. A.; Alam, T. M.; Job, C.; Zajicek, J.; Brown, M. F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8802-8818
120. Rawicz, W.; Smith, B. A.; McIntosh, T. J.; Simon, S. A.; Evans, E. Biophys. J. 2008, 94, 4725-4736
121. Khelashvili, G.; Pabst, G.; Harries, D. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7524-7534
122. Hodzic, A.; Rappolt, M.; Amenitsch, H.; Laggner, P.; Pabst, G. Biophys. J. 2008, 94, 3935-3944
123. Mathai, J. C.; Tristam-Nagle, S.; Nagle, J. F.; Zeidel, M. L. J. Gen. Physiol. 2008, 131, 69-76
124. Aittoniemi, J.; Niemelä, P. S.; Hyvönen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1125-1137
125. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998, 108, 10220-10230
126. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954-9960