Bridging static and dynamical descriptions of chemical reactions: An ab initio study of CO 2 interacting with water molecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 4029-4039

  Gallet, Grégoire A ^a   Pietrucci, Fabio ^a   Andreoni, Wanda ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84869010583     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300581n     Document Type: Article

References (60)

1. Tossell, J. Environ. Sci. Technol. 2009, 43, 2575-2580
2. Puxty, G.; Rowland, R.; Allport, A.; Yang, Q.; Bown, M.; Burns, R.; Maeder, M.; Attalla, M. Environ. Sci. Technol. 2009, 43, 6427-6433
3. Chen, W.; Hou, Y.; Hung, C. Appl. Energy 2011, 92, 185-193
4. Adamczyk, K.; Premont-Schwarz, M.; Pines, D.; Pines, E.; Nibbering, E. Science 2009, 326, 1690-1694
5. Wang, X.; Conway, W.; Burns, R.; McCann, N.; Maeder, M. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 1734-1740
6. Hänggi, P.; Talkner, P.; Borkovec, M. Rev. Mod. Phys. 1990, 62, 251-341
7. Truhlar, D. G.; Garrett, B. C.; Klippenstein, S. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12771-12800
8. Porter, R. N. Annu. Rev. Phys. Chem. 1974, 25, 317-355
9. Schatz, G. C. Annu. Rev. Phys. Chem. 1988, 39, 317-340
10. Light, J. C.; Zhang, D. H. Faraday Discuss. 1998, 110, 105-118
11. Clary, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 12649-12653
12. Voth, G.; Chandler, D.; Miller, W. J. Chem. Phys. 1989, 91, 7749-7760
13. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161-2200
14. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474
15. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562-12566
16. Laio, A.; Gervasio, F. Rep. Prog. Phys. 2008, 71, 126601-126622
17. Barducci, A.; Bonomi, M.; Parrinello, M. Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 826-843
18. Stirling, A.; Papai, I. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 16854-16859
19. Stirling, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 14683-14687
20. Galib, M.; Hanna, G. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 15024-15035
21. Loerting, T.; Tautermann, C.; Kroemer, R. T.; Kohl, I.; Hallbrucker, A.; Mayer, E.; Liedl, K. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 891-894
22. Tautermann, C. S.; Voegele, A. F.; Loerting, T.; Kohl, I.; Hallbrucker, A.; Mayer, E.; Liedl, K. R. Chem.-Eur. J. 2002, 8, 66-73
23. Lewis, M.; Glaser, R. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6814-6818
24. Jena, N.; Mishra, P. Theor. Chem. Acc. 2005, 114, 189-199
25. Nguyen, M. T.; Matus, M. H.; Jackson, V. E.; Ngan, V. T.; Rustad, J.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10386-10398
26. Baltrusaitis, J.; Grassian, V. H. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 2350-2356
27. Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 054103-054112
28. Bolhuis, P.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291-318
29. Kumar, P. P.; Kalinichev, A. G.; Kirkpatrick, R. J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 204315-204322
30. Lin, C.-L.; Chu, S.-Y. J. Chin. Chem. Soc. 2002, 49, 777-781
31. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5692-5695
32. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463-1473
33. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1787-1799
34. Geissler, P. L.; Dellago, C.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3706-3710
35. Laio, A.; Rodriguez-Fortea, A.; Gervasio, F. L.; Ceccarelli, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6714-6721
36. Branduardi, D.; De Vivo, M.; Rega, N.; Barone, V.; Cavalli, A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 539-543
37. McQuarrie, D. A.; Simon, J. D. Molecular Thermodynamics; University Science Books: Sausalito, CA, 1999.
38. Marx, D.; Parrinello, M. Z. Phys. B 1994, 95, 143-144
39. Magid, E.; Turbeck, B. Biochim. Biophys. Acta 1968, 165, 515-524
40. Pocker, Y.; Bjorkquist, D. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 6537-6543
41. Nguyen, M. T.; Raspoet, G.; Vanquickenborne, L. G.; Van Duijnen, P. T. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7379-7388
42. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396-1396
43. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
44. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
45. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
46. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200-1211
47. CPMD; IBM Corp.: Armonk, NY, 1990, - 2012; MPI für Festkörperforschung Stuttgart: Stuttgart, 1997, - 2001.
48. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993-2006
49. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810-2821
50. Zhao, Y.; Truhlar, D. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
51. Valiev, M.; Bylaska, E.; Govind, N.; Kowalski, K.; Straatsma, T.; Dam, H. V.; Wang, D.; Nieplocha, J.; Apra, E.; Windus, T.; de Jong, W. Comput. Phys. Commun. 2010, 181, 1477-1489
52. Baroni, S.; de Gironcoli, S.; Dal Corso, A.; Giannozzi, P. Rev. Mod. Phys. 2001, 73, 515-562
53. Billeter, S. R.; Curioni, A.; Andreoni, W. Comput. Mater. Sci. 2003, 27, 437-445
54. Shanno, D. F. Math. Comput. 1970, 24, 647-656
55. Fletcher, R. Comput. J. 1970, 13, 317-322
56. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519
57. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
58. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961-1972
59. Crespo, Y.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Laio, A. Phys. Rev. E 2010, 81, 055701-055704
60. Daura, X.; Gademann, K.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W.; Mark, A. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236-240