Identifying metastable states of folding proteins

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 3810-3819

  Jain, Abhinav ^a   Stock, Gerhard ^a  

^a UNIVERSITY OF FREIBURG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84867385671     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300077q     Document Type: Article

References (46)

1. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412-425
2. Das, P.; Moll, M.; Stamati, H.; Kavraki, L. E.; Clementi, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 9885-9890
3. Nguyen, P. H. Proteins 2006, 65, 898
4. Lange, O. F.; Grubmüller, H. Proteins 2006, 70, 1294-1312
5. Hegger, R.; Altis, A.; Nguyen, P. H.; Stock, G. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 028102
6. Onuchic, J. N.; Schulten, Z. L.; Wolynes, P. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 545-600
7. Dill, K. A.; Chan, H. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 10-19
8. Wales, D. J. Energy Landscapes; Cambridge University Press: Cambridge, U. K., 2003.
9. Rao, F.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2004, 342, 299-306
10. Noe, F.; Horenko, I.; Schütte, C.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155102
11. Bowman, G. R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 10890-10895
12. Riccardi, L.; Nguyen, P. H.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16660-16668
13. Altis, A.; Otten, M.; Nguyen, P. H.; Hegger, R.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 245102
14. Schütte, C.; Fischer, A.; Huisinga, W.; Deuflhard, P. J. Comp. Phys 1999, 151, 146-168
15. Swope, W.; Pitera, J.; Suits, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6571-6581
16. Chodera, J. D.; Singhal, N.; Pande, V. S.; Dill, K. A.; Swope, W. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155101
17. Buchete, N.-V.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6057-69
18. Krivov, S.; Muff, S.; Caflisch, A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8701-8714
19. Noé, F.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19011-19016
20. Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Boxer, G.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 124101
21. Keller, B.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2010, 132, 074110
22. Carmi, S.; Krapivsky, P. L.; ben Avraham, D. Phys. Rev. E 2008, 78, 066111
23. Rao, F. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 1580-1583
24. Rao, F.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 9152-9157
25. Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Senne, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schütte, C.; Noe, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105
26. Keller, B.; Hünenberger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1032-1044
27. Schütte, C.; Noe, F.; Lu, J.; Sarich, M.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2011, 134, 204105
28. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740-4
29. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature (London) 2002, 420, 102
30. Kubelka, J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2003, 329, 625-30
31. Fernández, A.; Yi Shen, M.; Colubri, A.; Sosnick, T. R.; Berry, R. S.; Freed, K. F. Biochemistry 2003, 42, 664-71
32. Lei, H.; Wu, C.; Liu, H.; Duan, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 4925-30
33. Ensign, D. L.; Kasson, P. M.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2007, 374, 806-16
34. Jain, A.; Hegger, R.; Stock, G. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2769-2773
35. Rajan, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. PLoS One 2010, 5, e9890
36. Reiner, A.; Henklein, P.; Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4955-4960
37. Beauchamp, K. A.; Ensign, D. L.; Das, R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 12734-12739
38. Hartigan, J. A.; Wong, M. A. Appl. Stat. 1979, 28, 100-108
39. Stillinger, F. H.; Weber, T. A. Science 1984, 225, 983-989
40. Wales, D. J.; Scheraga, H. A. Science 1999, 285, 1368-1372
41. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517
42. Cossio, P.; Laio, A.; Pietrucci, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10421-10425
43. Mu, Y.; Nguyen, P. H.; Stock, G. Proteins 2005, 58, 45
44. Altis, A.; Nguyen, P. H.; Hegger, R.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2007, 126, 244111
45. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880-10889
46. Graf, J.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Schwalbe, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1179-1189