Optimizing the accuracy and efficiency of fast hierarchical multipole expansions for MD simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 3628-3636

  Lorenzen, Konstantin ^a   Schwörer, Magnus ^a   Tröster, Philipp ^a   Mates, Simon ^a   Tavan, Paul ^a  

^a UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84867366825     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300080n     Document Type: Article

References (48)

1. van Gunsteren, W. F.; Bakowies, D.; Baron, R.; Chandrasekhar, I.; Christen, M.; Daura, X.; Gee, P.; Geerke, D. P.; Glättli, A.; Hünenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Oostenbrink, C.; Schenk, M.; Trzesniak, D.; van der Vegt, N. F. A.; Yu, H. B. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4064-4092
2. Tavan, P.; Carstens, H.; Mathias, G. In Protein Folding Handbook; Buchner, J.; Kiefhaber, T., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim,Germany, 2005; Vol. 1; pp 1170-1195.
3. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
4. Ponder, J.; Case, D. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27-85
5. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A.; Van Gunsteren, W. J. Comput. Chem. B 2004, 25, 1656-1676
6. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451-5459
7. Hünenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1998, 108, 6117-6134
8. Mathias, G.; Egwolf, B.; Nonella, M.; Tavan, P. J. Chem. Phys. 2003, 118, 10847-10860
9. Darden, T. A.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
10. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
11. Luty, B. A.; Tironi, I. G.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3014-3021
12. Hünenberger, P. H.; McCammon, J. A. Biophys. Chem. 1999, 78, 69-88
13. Niedermeier, C.; Tavan, P. J. Chem. Phys. 1994, 101, 734-748
14. Niedermeier, C.; Tavan, P. Mol. Simul. 1996, 17, 57-66
15. Eichinger, M.; Grubmüller, H.; Heller, H.; Tavan, P. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1729-1749
16. Allen, M. P.; Tildesley, D. Computer Simulations of Liquids; Clarendon: Oxford, U.K., 1987.
17. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1934, 2, 351-361
18. Lingenheil, M.; Denschlag, R.; Tavan, P. Eur. Biophys. J. 2010, 39, 1177-1192
19. Denschlag, R.; Schreier, W. J.; Rieff, B.; Schrader, T. E.; Koller, F. O.; Moroder, L.; Zinth, W.; Tavan, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 6204-6218
20. Greengard, L.; Rokhlin, V. J. Comput. Phys. 1987, 73, 325-348
21. Appel, A. A. SIAM J. Sci. Stat. Comput. 1985, 6, 85-103
22. Barnes, J.; Hut, P. Nature 1986, 324, 446-449
23. Figueirido, F.; Levy, R. M.; Zhuo, R.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9835-9849
24. Challacombe, M.; White, C.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 10131-10139
25. Amisaki, T. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1075-1087
26. Ding, H.-Q.; Karasawa, N.; Goddard, W. A., III J. Chem. Phys. 1992, 97, 4309-4315
27. Ding, H.-Q.; Karasawa, N.; Goddard, W. A., III Chem. Phys. Lett. 1992, 196, 6-10
28. Shimada, J.; Kaneko, H.; Takada, T. J. Comput. Chem. 1994, 15, 28-43
29. Warren, M. S.; Salmon, J. K. Comput. Phys. Commun. 1995, 87, 266-290
30. Dehnen, W. Astrophys. J. 2000, 536, L39-L42
31. Dehnen, W. J. Comput. Phys. 2002, 179, 27-42
32. Martinetz, T.; Berkovich, S.; Schulten, K. IEEE Trans. Neural Networks 1993, 4, 558-569
33. Dersch, D. R.; Tavan, P. In Proceedings of the International Conference on Artificial Neural Networks 1994, (ICANN'94), Sorrento, Italy, May 26-29, 1994; Moreno, M.; Morasso, P., Eds.; Springer: London, 1994; pp 1067-1070.
34. Takahahi, K. Z.; Narumi, T.; Yasuoka, K. J. Chem. Phys. 2011, 135, 174108
35. Wu, X.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 2005, 122, 044107
36. Shanker, B.; Huang, H. J. Comput. Phys. 2007, 226, 732-753
37. Schmitz, M.; Tavan, P. In Modern methods for theoretical physical chemistry of biopolymers; Tanaka, S.; Lewis, J., Eds.; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 2006; Chapter 8, pp 157-177.
38. Hinsen, K.; Felderhof, B. U. J. Math. Phys. 1992, 33, 3731-3735
39. Buckingham, A. D. Adv. Chem. Phys. 1967, 12, 107-147
40. Eichinger, M.; Tavan, P.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10452-10467
41. Hutter, J.; Alavi, A.; Deutsch, T.; Bernasconi, M.; Goedecker, S.; Marx, D.; Tuckerman, M.; Parrinello, M. CPMD: Car-Parinello Molecular Dynamics, version 3.10; IBM Corporation and Max-Planck Institut, Stuttgart: Armonk, NY and Stuttgart, Germany, 1997; www.cpmd.org.
42. Laio, A.; VandeVondele, J.; Rothlisberger, U. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6941-6947
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
44. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129-145
45. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
46. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
47. Kräutler, V.; van Gunsteren, W. F.; Hünenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2001, 22, 501-508
48. Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, 98-103