Vibrational assignment of the ultrafast infrared spectrum of the photoactivatable flavoprotein AppA

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 35, 2012, Pages 10722-10729

  Haigney, Allison ^a   Lukacs, Andras ^b   Brust, Richard ^a   Zhao, Rui Kun ^b   Towrie, Michael ^c   Greetham, Gregory M ^c   Clark, Ian ^c   Illarionov, Boris ^e   Bacher, Adelbert ^d   Kim, Ryu Ryun ^e   Fischer, Markus ^e   Meech, Stephen R ^b   Tonge, Peter J ^a  

^a STONY BROOK UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF EAST ANGLIA   (United Kingdom)

^c Science and Technology Facilities Council   (United Kingdom)

^d TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

^e UNIVERSITY OF HAMBURG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN; ISOTOPES; LIGHT ABSORPTION; PHOTOEXCITATION; SPECTROSCOPY; STRUCTURAL DYNAMICS; XYLENE;

BLUE LIGHT; BLUF DOMAINS; DFT CALCULATION; FLAVIN CHROMOPHORES; HYDROGEN BONDING NETWORK; INFRARED SPECTRUM; MODEL COMPOUND; PHOTO-SENSORS; PHOTOACTIVATABLE; PROTEIN MATRIX; STRUCTURAL CHANGE; TIME-RESOLVED INFRARED; TIME-SCALES; ULTRA-FAST; VIBRATIONAL ASSIGNMENT;

CHROMOPHORES;

EID: 84865974857     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp305220m     Document Type: Article

References (32)

1. Rockwell, N. C.; Su, Y. S.; Lagarias, J. C. Annu. Rev. Plant Biol. 2006, 57, 837
2. Filipek, S.; Stenkamp, R. E.; Teller, D. C.; Palczewski, K. Annu. Rev. Physiol. 2003, 65, 851
3. Kort, R.; Hoff, W. D.; Van West, M.; Kroon, A. R.; Hoffer, S. M.; Vlieg, K. H.; Crielaand, W.; Van Beeumen, J. J.; Hellingwerf, K. J. Embo J. 1996, 15, 3209
4. Losi, A. Photochem. Photobiol. Sci. 2004, 3, 566
5. Briggs, W. R.; Christie, J. M.; Salomon, M. Antioxid. Redox Signal 2001, 3, 775
6. Essen, L. O. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 51
7. Gomelsky, M.; Klug, G. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 497
8. Anderson, S.; Dragnea, V.; Masuda, S.; Ybe, J.; Moffat, K.; Bauer, C. Biochemistry 2005, 44, 7998
9. Laan, W.; van der Horst, M. A.; van Stokkum, I. H.; Hellingwerf, K. J. Photochem. Photobiol. 2003, 78, 290
10. Stelling, A. L.; Ronayne, K. L.; Nappa, J.; Tonge, P. J.; Meech, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15556
11. Lukacs, A.; Haigney, A.; Brust, R.; Zhao, R. K.; Stelling, A. L.; Clark, I. P.; Towrie, M.; Greetham, G. M.; Meech, S. R.; Tonge, P. J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16893
12. Tishler, M.; Pfister, K.; Babson, R. D.; Ladenburg, K.; Fleming, A. J. J. Am. Chem. Soc. 1947, 69, 1487
13. Haigney, A.; Lukacs, A.; Zhao, R. K.; Stelling, A. L.; Brust, R.; Kim, R. R.; Kondo, M.; Clark, I.; Towrie, M.; Greetham, G. M.; Illarionov, B.; Bacher, A.; Romisch-Margl, W.; Fischer, M.; Meech, S. R.; Tonge, P. J. Biochemistry 2011, 50, 1321
14. Greetham, G. M.; Burgos, P.; Cao, Q.; Clark, I. P.; Codd, P. S.; Farrow, R. C.; George, M. W.; Kogimtzis, M.; Matousek, P.; Parker, A. W.; Pollard, M. R.; Robinson, D. A.; Xin, Z. J.; Towrie, M. Appl. Spectrosc. 2010, 64, 1311
15. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; J. Cioslowski; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.;; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision A.1; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
16. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502
17. Kondo, M.; Nappa, J.; Ronayne, K. L.; Stelling, A. L.; Tonge, P. J.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 20107
18. Abe, M.; Kyogoku, Y.; Kitagawa, T.; Kawano, K.; Ohishi, N.; Takaisuzuki, A.; Yagi, K. Spectrochim. Acta A 1986, 42, 1059
19. Abe, M.; Kyogoku, Y. Spectrochim. Acta A 1987, 43, 1027
20. Kitagawa, T.; Nishina, Y.; Kyogoku, Y.; Yamano, T.; Ohishi, N.; Takai-Suzuki, A.; Yagi, K. Biochemistry 1979, 18, 1804
21. Wu, J.; Bell, A. F.; Luo, L.; Stephens, A. W.; Stankovich, M. T.; Tonge, P. J. Biochemistry 2003, 42, 11846
22. Kim, M.; Carey, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 7015
23. Nishina, Y.; Sato, K.; Miura, R.; Matsui, K.; Shiga, K. J. Biochem. 1998, 124, 200
24. Bowman, W. D.; Spiro, T. G. Biochemistry 1981, 20, 3313
25. Eisenberg, A. S.; Schelvis, J. P. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 6179
26. Copeland, R. A.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. 1986, 90, 6648
27. Unno, M.; Kikuchi, S.; Masuda, S. Biophys. J. 2010, 98, 1949
28. Hazekawa, I.; Nishina, Y.; Sato, K.; Shichiri, M.; Miura, R.; Shiga, K. J. Biochem. 1997, 121, 1147
29. Wolf, M. M.; Zimmermann, H.; Diller, R.; Domratcheva, T. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7621
30. Unno, M.; Kumauchi, M.; Sasaki, J.; Tokunaga, F.; Yamauchi, S. Biochemistry 2002, 41, 5668
31. Unno, M.; Sano, R.; Masuda, S.; Ono, T. A.; Yamauchi, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12620
32. Tonge, P. J.; Pusztai, M.; White, A. J.; Wharton, C. W.; Carey, P. R. Biochemistry 1991, 30, 4790