Structure determination of enterovirus 71

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 68, Issue 9, 2012, Pages 1217-1222

  Plevka, Pavel ^a   Perera, Rushika ^a   Cardosa, Jane ^b   Kuhn, Richard J ^a   Rossmann, Michael G ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b Sentinext Therapeutics   (Malaysia)

Author keywords

enterovirus 71; molecular replacement; rotation function; viruses

Indexed keywords

CAPSID PROTEIN; SERINE PROTEINASE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENTEROVIRUS; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; STRUCTURAL HOMOLOGY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CAPSID PROTEINS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; ENTEROVIRUS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SERINE ENDOPEPTIDASES; STRUCTURAL HOMOLOGY, PROTEIN;

HUMAN ENTEROVIRUS 71; PICORNAVIRIDAE;

EID: 84865708034     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444912025772     Document Type: Article

References (36)

1. Alexander, J. P., Baden, L., Pallansch, M. A. & Anderson, L. J. (1994). J. Infect. Dis. 169, 905-908.
2. Arnold, E., Erickson, J. W., Fout, G. S., Frankenberger, E. A., Hecht, H.-J., Luo, M., Rossman, M. G. & Rueckert, R. R. (1984). J. Mol. Biol. 177, 417-430.
3. Arnold, E. & Rossmann, M. G. (1990). J. Mol. Biol. 211, 763-801.
4. Belnap, D.M., McDermott, B. M., Filman, D. J., Cheng, N., Trus, B. L., Zuccola, H. J., Racaniello, V. R., Hogle, J. M. & Steven, A. C. (2000). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 97, 73-78.
5. Brunger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., DeLano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., Read, R. J., Rice, L. M., Simonson, T. & Warren, G. L. (1998). Acta Cryst. D54, 905-921.
6. Chan, L. G., Parashar, U. D., Lye, M. S., Ong, F. G., Zaki, S. R., Alexander, J. P., Ho, K. K., Han, L. L., Pallansch, M. A., Suleiman, A. B., Jegathesan, M. & Anderson, L. J. (2000). Clin. Infect. Dis. 31, 678-683.
7. Chen, V. B., Arendall, W. B., Headd, J. J., Keedy, D. A., Immormino, R. M., Kapral, G. J., Murray, L. W., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2010). Acta Cryst. D66, 12-21.
8. Colonno, R. J., Condra, J. H., Mizutani, S., Callahan, P. L., Davies, M. E. & Murcko, M. A. (1988). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 85, 5449-5453.
9. Emsley, P. & Cowtan, K. (2004). Acta Cryst. D60, 2126-2132.
10. Filman, D. J., Syed, R., Chow, M., Macadam, A. J., Minor, P. D. & Hogle, J. M. (1989). EMBO J. 8, 1567-1579.
11. Hafenstein, S., Bowman, V. D., Chipman, P. R., Bator Kelly, C. M., Lin, F.,Medof,M. E. & Rossmann, M. G. (2007). J. Virol. 81, 12927-12935.
12. Icenogle, J. P., Minor, P. D., Ferguson, M. & Hogle, J. M. (1986). J. Virol. 60, 297-301.
13. Jones, T. A., Bergdoll, M. & Kjeldgaard, M. (1990). Crystallographic and ModelingMethods in Molecular Design, edited by C. Bugg & S. Ealick, pp. 189-195. New York: Springer-Verlag.
14. Jones, T. A., Zou, J.-Y., Cowan, S. W. & Kjeldgaard, M. (1991). Acta Cryst. A47, 110-119.
15. Kelley, L. A. & Sternberg, M. J. (2009). Nature Protoc. 4, 363-371.
16. Kleywegt, G. J. & Brunger, A. T. (1996). Structure, 4, 897-904.
17. Kleywegt, G. J. & Read, R. J. (1997). Structure, 5, 1557-1569.
18. Lin, J., Cheng, N., Chow, M., Filman, D. J., Steven, A. C., Hogle, J. M. & Belnap, D. M. (2011). J. Virol. 85, 9974-9983.
19. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658-674.
20. McMinn, P., Lindsay, K., Perera, D., Chan, H. M., Chan, K. P. & Cardosa, M. J. (2001). J. Virol. 75, 7732-7738.
21. Miyamura, K., Nishimura, Y., Abo, M., Wakita, T. & Shimizu, H. (2011). J. Gen. Virol. 92, 287-291.
22. Muckelbauer, J. K., Kremer, M., Minor, I., Diana, G., Dutko, F. J., Groarke, J., Pevear, D. C. & Rossmann, M. G. (1995). Structure, 3, 653-667.
23. Olson, N. H., Kolatkar, P. R., Oliveira, M. A., Cheng, R. H., Greve, J. M.,McClelland, A., Baker, T. S. & Rossmann, M. G. (1993). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 90, 507-511.
24. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
25. Plevka, P., Hafenstein, S., Harris, K. G., Cifuente, J. O., Zhang, Y., Bowman, V. D., Chipman, P. R., Bator, C. M., Lin, F., Medof, M. E. & Rossmann, M. G. (2010). J. Virol. 84, 12665-12674.
26. Plevka, P., Perera, R., Cardosa, J., Kuhn, R. J. & Rossmann, M. G. (2012). Science, 336, 1274.
27. Rossmann, M. G. (1989). J. Biol. Chem. 264, 14587-14590.
28. Rossmann, M. G. (1994). Protein Sci. 3, 1712-1725.
29. Rossmann, M. G., Arnold, E., Erickson, J. W., Frankenberger, E. A., Griffith, J. P., Hecht, H.-J., Johnson, J. E., Kamer, G., Luo, M., Mosser, A. G., Rueckert, R. R., Sherry, B. & Vriend, G. (1985). Nature (London), 317, 145-153.
30. Rossmann, M. G., Ford, G. C.,Watson, H. C. & Banaszak, L. J. (1972). J. Mol. Biol. 64, 237-245.
31. Sherry, B., Mosser, A. G., Colonno, R. J. & Rueckert, R. R. (1986). J. Virol. 57, 246-257.
32. Smyth, M., Pettitt, T., Symonds, A. & Martin, J. (2003). Arch. Virol. 148, 1225-1233.
33. Smyth, M., Tate, J., Hoey, E., Lyons, C., Martin, S. & Stuart, D. (1995). Nature Struct. Biol. 2, 224-231.
34. Tong, L. & Rossmann, M. G. (1997). Methods Enzymol. 276, 594-611.
35. Wang, X. et al. (2012). Nature Struct. Mol. Biol. 19, 424-429.
36. Winn, M. D. et al. (2011). Acta Cryst. D67, 235-242.