Neutral loss fragmentation pattern based screening for arginine-rich natural products in xenorhabdus and photorhabdus

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 16, 2012, Pages 6948-6955

  Fuchs, Sebastian W ^a   Sachs, Christian C ^a   Kegler, Carsten ^a   Nollmann, Friederike I ^a   Karas, Michael ^a   Bode, Helge B ^a  

^a GOETHE UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOSYNTHESIS GENE CLUSTER; COLLISION INDUCED DISSOCIATION; CUSTOMIZED SOFTWARE; FRAGMENT IONS; FRAGMENTATION PATTERNS; MALDI-MS; NATURAL PRODUCTS; NEUTRAL LOSS; NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASES; RELATIVE MASS; STRUCTURAL UNIFORMITY; SUPERNATANTS;

BIOCHEMISTRY; GENE ENCODING; IONS; STRAIN;

ARGININE;

ARGININE; BIOLOGICAL PRODUCT; PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMISTRY; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; PHOTORHABDUS; XENORHABDUS;

AMINO ACID SEQUENCE; ARGININE; BIOLOGICAL AGENTS; PEPTIDES; PHOTORHABDUS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; XENORHABDUS;

EID: 84865495161     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac300372p     Document Type: Article

References (27)

1. Forst, S.; Dowds, B.; Boemare, N. E.; Stackebrandt, E. Annu. Rev. Microbiol. 1997, 51, 47-72
2. Herbert, E. E.; Goodrich-Blair, H. Nat. Rev. Microbiol. 2007, 5, 634-646
3. Bode, H. B. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 224-230
4. Chaston, J. M.; Suen, G.; Tucker, S. L.; Andersen, A. W.; Bhasin, A.; Bode, E.; Bode, H. B.; Brachmann, A. O.; Cowles, C. E.; Cowles, K. N.; Darby, C.; de Leon, L.; Drace, K.; Du, Z. J.; Givaudan, A.; Tran, E. E. H.; Jewell, K. A.; Knack, J. J.; Krasomil-Osterfeld, K. C.; Kukor, R.; Lanois, A.; Latreille, P.; Leimgruber, N. K.; Lipke, C. M.; Liu, R. Y.; Lu, X. J.; Martens, E. C.; Marri, P. R.; Medigue, C.; Menard, M. L.; Miller, N. M.; Morales-Soto, N.; Norton, S.; Ogier, J. C.; Orchard, S. S.; Park, D.; Park, Y.; Qurollo, B. A.; Sugar, D. R.; Richards, G. R.; Rouy, Z.; Slominski, B.; Slominski, K.; Snyder, H.; Tjaden, B. C.; van der Hoeven, R.; Welch, R. D.; Wheeler, C.; Xiang, B. S.; Barbazuk, B.; Gaudriault, S.; Goodner, B.; Slater, S. C.; Forst, S.; Goldman, B. S.; Goodrich-Blair, H. PLoS ONE 2011, 6 (11) e27909
5. Nolan, E. M.; Walsh, C. T. ChemBioChem 2009, 10, 34-53
6. Kersten, R. D.; Yang, Y. L.; Xu, Y. Q.; Cimermancic, P.; Nam, S. J.; Fenical, W.; Fischbach, M. A.; Moore, B. S.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 794-802
7. Blum, W.; Aichholz, R.; Ramstein, P.; Kuhnol, J.; Bruggen, J.; O'Reilly, T.; Florsheimer, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 41-49
8. Rinehart, K. L.; Holt, T. G.; Fregeau, N. L.; Stroh, J. G.; Keifer, P. A.; Sun, F.; Li, L. H.; Martin, D. G. J. Org. Chem. 1990, 55, 4512-4515
9. Lee, M. S.; Yost, R. A. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988, 15, 193-204
10. Schlosser, A.; Pipkorn, R.; Bossemeyer, D.; Lehmann, W. D. Anal. Chem. 2001, 73, 170-176
11. Qu, J.; Liang, Q. L.; Luo, G.; Wang, Y. M. Anal. Chem. 2004, 76, 2239-2247
12. Fuchs, S. W.; Proschak, A.; Jaskolla, T. W.; Karas, M.; Bode, H. B. Org. Biomol. Chem. 2011, 9, 3130-3132
13. Proschak, A.; Schultz, K.; Herrmann, J.; Dowling, A. J.; Brachmann, A. O.; ffrench-Constant, R.; Müller, R.; Bode, H. B. ChemBioChem 2011, 12, 2011-2015
14. Bode, H. B.; Reimer, D.; Fuchs, S. W.; Kirchner, F.; Dauth, C.; Kegler, C.; Lorenzen, W.; Brachmann, A. O.; Grün, P. Chem. - Eur. J. 2012, 18, 2342-2348
15. Jaskolla, T. W.; Lehmann, W. D.; Karas, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 12200-12205
16. Jaskolla, T.; Fuchs, B.; Karas, M.; Schiller, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 867-874
17. Dikler, S.; Kelly, J. W.; Russell, D. H. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 1337-1349
18. Fujii, K.; Ikai, Y.; Mayumi, T.; Oka, H.; Suzuki, M.; Harada, K. Anal. Chem. 1997, 69, 3346-3352
19. Fujii, K.; Shimoya, T.; Ikai, Y.; Oka, H.; Harada, K. Tetrahedron Lett. 1998, 39, 2579-2582
20. Nozawa, Y.; Sakai, N.; Arai, K.; Kawasaki, Y.; Harada, K. J. Microbiol. Methods 2007, 70, 306-311
21. Baeumlisberger, D.; Arrey, T. N.; Rietschel, B.; Rohmer, M.; Papasotiriou, D. G.; Mueller, B.; Beckhaus, T.; Karas, M. Proteomics 2010, 10, 3905-3909
22. Medema, M. H.; Blin, K.; Cimermancic, P.; de Jager, V.; Zakrzewski, P.; Fischbach, M. A.; Weber, T.; Takano, E.; Breitling, R. Nucleic Acids Res. 2011, 39, W339-W346
23. Bachmann, B. O.; Ravel, J. Methods Enzymol. 2009, 458, 181-217
24. Röttig, M.; Medema, M. H.; Blin, K.; Weber, T.; Rausch, C.; Kohlbacher, O. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 362-367
25. Brachmann, A. O.; Kirchner, F.; Kegler, C.; Kinski, S. C.; Schmitt, I.; Bode, H. B. J. Biotechnol. 2012, 157, 96-99
26. Eleftheriou, S.; Gatos, D.; Panagopoulos, A.; Stathopoulos, S.; Barlos, K. Tetrahedron Lett. 1999, 40, 2825-2828
27. Boszormenyi, E.; Ersek, T.; Fodor, A.; Fodor, A. M.; Foldes, L. S.; Hevesi, M.; Hogan, J. S.; Katona, Z.; Klein, M. G.; Kormany, A.; Pekar, S.; Szentirmai, A.; Sztaricskai, F.; Taylor, R. A. J. J. Appl. Microbiol. 2009, 107, 746-759