Reducing grid dependence in finite-difference poisson-boltzmann calculations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 8, 2012, Pages 2741-2751

  Wang, Jun ^a   Cai, Qin ^a,b   Xiang, Ye ^a,c   Luo, Ray ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b University of California at Irvine   (United States)

^c SHANGHAI NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84865091561     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300341d     Document Type: Article

References (85)

1. Davis, M. E.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 1990, 90, 509
2. Sharp, K. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 234
3. Gilson, M. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 216
4. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144
5. Roux, B.; Simonson, T. Biophys. Chem. 1999, 78, 1
6. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161
7. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129
8. Baker, N. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 137
9. Chen, J. H.; Im, W. P.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728
10. Feig, M.; Chocholousova, J.; Tanizaki, S. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 194
11. Im, W.; Chen, J. H.; Brooks, C. L. Peptide Solvation H-Bonds 2006, 72, 173
12. Koehl, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 142
13. Lu, B. Z.; Zhou, Y. C.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Commun. Comput. Phys. 2008, 3, 973
14. Wang, J.; Tan, C. H.; Tan, Y. H.; Lu, Q.; Luo, R. Commun. Comput. Phys. 2008, 3, 1010
15. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671
16. Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1989, 10, 386
17. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 47
18. Luty, B. A.; Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1114
19. Nicholls, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435
20. Forsten, K. E.; Kozack, R. E.; Lauffenburger, D. A.; Subramaniam, S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5580
21. Holst, M.; Saied, F. J. Comput. Chem. 1993, 14, 105
22. Im, W.; Beglov, D.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1998, 111, 59
23. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6507
24. Bashford, D. Lect. Notes Comput. Sci. 1997, 1343, 233
25. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327
26. Luo, R.; David, L.; Gilson, M. K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1244
27. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A.; Alexov, E.; Chiabrera, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 2002, 23, 128
28. Madura, J. D.; Briggs, J. M.; Wade, R. C.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; Ilin, A.; Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Bagheri, B.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 57
29. Nicholls, A.; Sharp, K. A.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1991, 11, 281
30. Wang, J.; Cai, Q.; Li, Z. L.; Zhao, H. K.; Luo, R. Chem. Phys. Lett. 2009, 468, 112
31. Cai, Q.; Wang, J.; Zhao, H. K.; Luo, R. J. Chem. Phys. 2009, 130, 145101
32. Baker, N.; Holst, M.; Wang, F. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1343
33. Cortis, C. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1591
34. Holst, M.; Baker, N.; Wang, F. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1319
35. Chen, L.; Holst, M. J.; Xu, J. C. SIAM J. Numer. Anal. 2007, 45, 2298
36. Shestakov, A. I.; Milovich, J. L.; Noy, A. J. Colloid Interface Sci. 2002, 247, 62
37. Xie, D.; Zhou, S. BIT Numerical Mathematics 2007, 47, 853
38. Hoshi, H.; Sakurai, M.; Inoue, Y.; Chujo, R. J. Chem. Phys. 1987, 87, 1107
39. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117
40. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J. Comput. Chem. 1988, 9, 171
41. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; Vankeulen, B. A. M.; Vanderploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1991, 97, 144
42. Rashin, A. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 1725
43. Yoon, B. J.; Lenhoff, A. M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1080
44. Bharadwaj, R.; Windemuth, A.; Sridharan, S.; Honig, B.; Nicholls, A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 898
45. Purisima, E. O.; Nilar, S. H. J. Comput. Chem. 1995, 16, 681
46. Zhou, H. X. Biophys. J. 1993, 65, 955
47. Liang, J.; Subramaniam, S. Biophys. J. 1997, 73, 1830
48. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 569
49. Boschitsch, A. H.; Fenley, M. O.; Zhou, H. X. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2741
50. Lu, B. Z.; Cheng, X. L.; Huang, J. F.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19314
51. Totrov, M.; Abagyan, R. Biopolymers 2001, 60, 124
52. Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151
53. Connolly, M. L. J. Appl. Crystallogr. 1983, 16, 548
54. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709
55. Swanson, J. M. J.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 14769
56. Tan, C. H.; Yang, L. J.; Luo, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18680
57. Wang, J.; Tan, C.; Chanco, E.; Luo, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 1194
58. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J. Comput. Chem. 1990, 11, 603
59. Eisenhaber, F.; Argos, P. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1272
60. You, T.; Bashford, D. J. Comput. Chem. 1995, 16, 743
61. Lu, Q.; Luo, R. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11035
62. Grant, J. A.; Pickup, B. T.; Nicholls, A. J. Comput. Chem. 2001, 22, 608
63. Grant, J. A.; Pickup, B. T. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3503
64. Ye, X.; Wang, J.; Luo, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1157
65. Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1991, 12, 909
66. Mohan, V.; Davis, M. E.; McCammon, J. A.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6428
67. Kottmann, S. T. Theor. Chem. Acc. 2008, 119, 421
68. Bruccoleri, R. E.; Novotny, J.; Davis, M. E. J. Comput. Chem. 1997, 18, 268
69. Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Luo, R. Chem. Phys. Lett. 2011, 514, 368
70. Osher, S.; Fedkiw, R. P. Level Set Methods and Dynamic Implicit Surfaces; Springer: New York, 2003.
71. Sethian, J. A. Level Set Methods and Fast Marching Methods: Evolving Interfaces in Computational Geometry, Fluid Mechanics, Computer Vision, and Materials Science; Cambridge University Press: Cambridge, U.K.; New York, 1999.
72. Can, T.; Chen, C. I.; Wang, Y. F. J. Mol. Graphics 2006, 25, 442
73. Landau, L. D.; Lifshitz, E. M.; Pitaevskii, L. P. Electrodynamics of Continuous Media; Pergamon Press: Oxford, 1984.
74. Gilson, M. K.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 3591
75. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
76. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, A.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; X., W.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; The Regents of the University of California: San Francisco, CA, 2008.
77. Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 7684
78. Ye, X.; Cai, Q.; Luo, R., in preparation.
79. Luty, B. A.; Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 768
80. Chocholousova, J.; Feig, M. J. Comput. Chem. 2006, 27, 719
81. Vorobjev, Y. N.; Hermans, J. Biophys. J. 1997, 73, 722
82. Cheng, H. L.; Dey, T. K.; Edelsbrunner, H.; Sullivan, J. Discrete Comput. Geom. 2001, 25, 525
83. Cheng, H. L.; Shi, X. W. Comput. Geom.: Theory Appl. 2009, 42, 196
84. Edelsbrunner, H. Discrete Comput. Geom. 1999, 21, 87
85. Shi, X. W.; Koehl, P. Commun. Comput. Phys. 2008, 3, 1032