Elucidating the molecular origin of hydrolysis energy of pyrophosphate in water

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 7, 2012, Pages 2239-2246

  Hong, Jooyeon ^a   Yoshida, Norio ^b   Chong, Song Ho ^a   Lee, Chewook ^a   Ham, Sihyun ^a   Hirata, Fumio ^c  

^a Sookmyung Women's University   (South Korea)

^b KYUSHU UNIVERSITY   (Japan)

^c INSTITUTE FOR MOLECULAR SCIENCE   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84863680038     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300099e     Document Type: Article

References (41)

1. Meyerhof, O.; Lohmann, K. Biochem. Z. 1932, 253, 431-461
2. Lipmann, F. Adv. Enzymol. 1941, 1, 99-162
3. Hill, T. L.; Morales, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1951, 73, 1656-1660
4. Boyd, D. B.; Lipscomb, W. N. J. Theor. Biol. 1969, 25, 403-420
5. Albery, R. A.; Goldberg, R. N. Biochemistry 1992, 31, 10610-10615
6. Hayes, D. M.; Kenyon, G. L.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 4762-4763
7. Hayes, D. M.; Kenyon, G. L.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 4331-4340
8. Ewig, C. S.; Van Wazer, J. R. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 79-86
9. Ma, B.; Meredith, C.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. 1994, 98, 8216-8223
10. Hansia, P.; Guruprasad, N.; Vishveshwara, S. Biophys. Chem. 2006, 119, 127-136
11. Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. Molecular Biology of the Cell; Garland Science: New York, 2008
12. Ruben, E. A.; Plumley, J. A.; Chapman, M. S.; Evanseck, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3349-3358
13. Arabi, A. A.; Matta, C. F. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 3360-3368
14. George, P.; Witonsky, R. J.; Trachtman, M.; Wu, C.; Dorwart, W.; Richman, L.; Richman, W.; Shurayh, F.; Lentz, B. Biochim. Biophys. Acta 1970, 223, 1-15
15. Hofmann, K. P.; Zundel, G. Experimentia 1974, 30, 139-140
16. de Meis, L. Biochim. Biophys. Acta 1989, 973, 333-349
17. Romero, P. J.; de Meis, L. J. Biol. Chem. 1989, 264, 7869-7873
18. Saint-Martin, H.; Ortega-Blake, I.; Leś, A.; Adamowicz, L. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1207, 12-23
19. Colvin, M. E.; Evleth, E.; Akacem, Y. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4357-4362
20. Akola, J.; Jone, R. O. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 11774-11783
21. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6387-6396
22. Tang, E.; Di Tommaso, D.; de Leeuw, N. H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 13804-13815
23. Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10095-10112
24. Sato, H.; Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9463-9468
25. Yoshida, N.; Hirata, F. J. Mol. Liq. 2011, 159, 83-92
26. Tang, E.; Di Tommaso, D.; de Leeuw, N. H. J. Chem. Phys. 2009, 130, 234502
27. Chong, S.-H.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5225-5238
28. Wang, L.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7294-7301
29. Sharp, K. A.; Honig, B. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 301-332
30. Still, W.; Tempczyk, A.; Hawley, R.; Henrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129
31. Wang, Y.-N.; Topol, I. A.; Collins, J. R.; Burt, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13265-13273
32. Rosta, E.; Kamerlin, S. C. L.; Warshel, A. Biochemistry 2008, 47, 3725-3735
33. Kamerlin, S. C. L.; Haranczyk, M.; Warshel, A. ChemPhysChem 2009, 10, 1125-1134
34. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, A1133-A1138
35. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengay, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Comperts, R.; Startmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenbuerg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chem, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004
37. Ribeiro, A. J. M.; Ramos, M. J.; Fernandes, P. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2281-2292
38. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
39. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
40. Pettitt, B. M.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1982, 77, 1451-1457
41. van Kampen, N. G. Stochastic Processes in Physics and Chemistry; North-Holland: Amsterdam, 1981