Effect of DNA hairpin loops on the twist of planar DNA origami tiles

Langmuir

Volumn 28, Issue 4, 2012, Pages 1959-1965

  Li, Zhe ^a   Wang, Lei ^a,b   Yan, Hao ^a   Liu, Yan ^a  

^a ARIZONA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b SHANDONG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARBITRARY SHAPE; DNA HAIRPIN; DNA LOOPS; DNA NANOTECHNOLOGY; EXPERIMENTAL OBSERVATION; HELICAL TWIST; ORIGINAL DESIGN; REPULSIVE INTERACTIONS; SIMULATION SOFTWARE; STRUCTURAL FEATURE; STRUCTURAL MODELS; SYSTEMATIC DESIGNS; TWISTED RIBBON; VIRAL GENOME;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; COMPUTER SIMULATION; COMPUTER SOFTWARE; MECHANICAL PROPERTIES; MODEL STRUCTURES; OLIGONUCLEOTIDES;

DNA;

SINGLE STRANDED DNA;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GENETICS; INVERTED REPEAT;

DNA, SINGLE-STRANDED; INVERTED REPEAT SEQUENCES; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 84863010933     PISSN: 07437463     EISSN: 15205827     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la2037873     Document Type: Article

References (64)

1. Seeman, N. C. Nature 2003, 421, 427-431
2. Gothelf, K. V.; LaBean, T. H. Org. Biomol. Chem. 2005, 3, 4023-4037
3. Aldaye, F. A.; Palmer, A.; Sleiman, H. F. Science 2008, 321, 1795-1799
4. Lin, C.; Liu, Y.; Yan., H. Biochemistry 2009, 48, 1663-1674
5. Fu, T. J.; Seeman, N. C. Biochemistry 1993, 32, 3211-3220
6. Winfree, E.; Liu, F.; Wenzler, L. A.; Seeman, N. C. Nature 1998, 394, 539-544
7. Mao, C.; Sun, W.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5437-5443
8. LaBean, T. H.; Yan, H.; Kopatsch, J.; Liu, F.; Winfree, E.; Reif, J. H.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1848-1860
9. Yan, H.; Park, S. H.; Finkelstein, G.; Reif, J. H.; LaBean, T. H. Science 2003, 301, 1882-1884
10. Liu, D.; Wang, M.; Deng, Z.; Walulu, R.; Mao, C. Tensegrity J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2324-2325
11. Ding, B.; Sha, R.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10230-10231
12. Rothemund, P. W. K.; Papadakis, N.; Winfree, E. PLoS Biol. 2004, 2, 2041-2053
13. Chelyapov, N.; Brun, Y.; Gopalkrishnan, M.; Reishus, D.; Shaw, B.; Adleman, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13924-13925
14. Rothemund, P.; Ekani-Nkodo, A.; Papadakis, N.; Kumar, A.; Fygenson, D.; Winfree, E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16344-16352
15. Mitchell, J. C.; Harris, J. R.; Malo, J.; Bath, J.; Turberfield, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16342-14363
16. Malo, J.; Mitchell, J. C.; Venien-Bryan, C.; Harris, J. R.; Wille, H.; Sherratt, D. J.; Turberfield, A. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3057-3061
17. Mathieu, F.; Liao, S.; Kopatsch, J.; Wang, T.; Mao, C.; Seeman, N. C. Nano Lett. 2005, 5, 661-665
18. Park, S. H.; Barish, R.; Li, H.; Reif, J. H.; Finkelstein, G.; Yan, H.; LaBean, T. H. Nano Lett. 2005, 5, 693-696
19. Ke, Y.; Liu, Y.; Zhang, J.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4414-4421
20. Chen, J.; Seeman, N. C. Nature 1991, 350, 631-633
21. Zhang, Y.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1661-1669
22. Goodman, R. P.; Berry, R. M.; Turberfield, A. J. Chem. Commun. 2004, 1372-1373
23. Shih, W. M.; Quispe, J. D.; Joyce, G. F. Nature 2004, 427, 618-621
24. Goodman, R. P.; Schaap, I. A. T.; Tardin, C. F.; Erben, C. M.; Berry, R. M.; Schmidt, C. F.; Turberfield, A. J. Science 2005, 310, 1661-1665
25. He, Y.; Ye, T.; Su, M.; Zhang, C.; Ribbe, A. E.; Jiang, W.; Mao, C. Nature 2008, 452, 198-201
26. Zheng, J.; Birktoft, J. J.; Chen, Y.; Wang, T.; Sha, R.; Constantinou, P. E.; Ginell, S. L.; Mao, C.; Seeman, N. C. Nature 2009, 461, 74-77
27. Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607-609
28. Alivisatos, A. P.; Johnsson, K. P.; Peng, X.; Wilson, T. E.; Loweth, C. J.; Bruchez, M. P., Jr; Schultz, P. G. Nature 1996, 382, 609-611
29. Le, J. D.; Pinto, Y.; Seeman, N. C.; Musier-Forsyth, K.; Taton, T. A.; Kiehl, R. A. Nano Lett. 2004, 4, 2343-2347
30. Li, H.; Park, S. H.; Reif, J. H.; LaBean, T. H.; Yan., H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 418-419
31. Sharma, J.; Chhabra, R.; Liu, Y.; Ke, Y.; Yan, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 730-735
32. Zheng, J.; Constantinou, P. E.; Micheel, C.; Alivisatos, A. P.; Kiehl, P. A.; Seeman, N. C. Nano Lett. 2006, 6, 1502-1504
33. Chhabra, R.; Sharma, J.; Ke, Y.; Liu, Y.; Rinker, S.; Lindsay, S.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10304-10305
34. Sharma, J.; Chhabra, R.; Andersen, C. S.; Gothelf, K. V.; Yan, H.; Liu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7820-7821
35. Rinker, S.; Ke, Y.; Liu, Y.; Chhabra, R.; Yan, H. Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 418-422
36. Sharma, J.; Chhabra, R.; Cheng, A.; Brownell, J.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2009, 323, 112-116
37. Bhatia, D.; Mehtab, S.; Krishnan, R.; Indi, S. S.; Basu, A.; Krishnan, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 4134-4137
38. Mastroianni, A. J.; Claridge, S. A.; Alivisatos, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (24) 8455-8459
39. Rothemund, P. W. K. Nature 2006, 440, 297-302
40. Anderson, E. S.; Dong, M.; Nielsen, M. M.; Jahn, K.; Subramani, R.; Mamdouh, W.; Golas, M.m.; Sander, B.; Stark, H.; Oliveira, C. L. P. Nature 2009, 459, 73-76
41. Douglas, S. M.; Dietz, H.; Liedl, T.; Högberg, B.; Graf, F.; Shis, W. M. Nature 2009, 459, 414-418
42. Dietz, H.; Douglas, S. M.; Shih, W. M. Science 2009, 325, 725-730
43. Pound, E.; Ashton, J. R.; Becerril, H. A.; Woolley, A. T. Nano Lett. 2009, 9, 4302-4305
44. Kuzuya, A.; Komiyama, M. Chem. Commum. 2009, 28, 4182-4184
45. Ke, Y.; Douglas, S. M.; Liu, M.; Sharma, J.; Cheng, A.; Leung, A.; Liu, Y.; Shih., W. M.; Yan, H. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15903-15908
46. Zhao, Z.; Yan, H.; Liu, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 1414-1417
47. Liedl, T.; Högberg, B.; Tytell, J.; Ingber, D. E.; Shih, W. M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 520-524
48. Han, D.; Pal, S.; Liu, Y.; Yan, H. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 712-717
49. Ke, Y.; Lindsay, S.; Chang, Y.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2008, 319, 180-183
50. Shen, W.; Zhong, H.; Neff, D.; Norton, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6660-6661
51. Kuzyk, A.; Laitinen, K. T.; Törmä, P. Nanotechnology 2009, 2, 235305-235310
52. Kuzuya, A.; Kimura, M.; Numajiri, K.; Koshi, N.; Ohnishi, T.; Okada, F.; Komiyama, M. ChemBioChem 2009, 10, 1811-1815
53. Maune, H. T.; Han, S.; Barish, R. D.; Bockrath, M.; Goddard, W. A., III; Rothemund, P. W. K.; Winfree, E. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 61-66
54. Ding, B.; Deng, Z.; Yan, H.; Cabrini, S.; Zuckermann, R. N.; Bokor, J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3248-3249
55. Pal, S.; Deng, Z.; Ding, B.; Yan, H.; Liu, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 2700-2704
56. Voigt, N. V.; Tørring, T.; Rotaru, A.; Jacobsen, M. F.; Ravnsbæk, J. B.; Subramani, R.; Mamdouh, W.; Kjems, J.; Mokhir, A.; Basenbacher, F. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 200-203
57. Lund, K.; Manzo, A. J.; Dabby, N.; Michelotti, N.; Johnson-Buck, A.; Nangreave, J.; Taylor, S.; Pei, R.; Stojanovic, M. N.; Walter, N. G.; Winfree, E.; Yan, H. Nature 2010, 465, 206-210
58. Endo, M.; Sugita, T.; Katsuda, Y.; Hidaka, K.; Sugiyama, H. Chem.-Eur. J. 2010, 16, 5362-5368
59. Liu, W.; Zhong, H.; Wang, R.; Seeman., N. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 264-267
60. Li, Z.; Liu, M.; Wang, L.; Nangreave, J.; Yan, H.; Liu., Y. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 13545-13552
61. Jungmann, R.; Scheible, M.; Kuzyk, A.; Pardatscher, G.; Castro, C. E.; Simmel, F. C. Nanotechnology 2011, 22, 275301
62. Douglas, S. M.; Marblestone, A. H.; Teerapittayanon, S.; Vazquez, A.; Church, G. M.; Shih, W. M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5001-5006
63. Castro, C. E.; Kilchherr, F.; Kim, D.; Shiao, E. L.; Wauer., T.; Wortmann, P.; Bathe, M.; Dietz, H. Nat. Methods. 2011, 8, 221-229
64. Zhang, J.; Liu, Y.; Ke, Y.; Yan, H. Nano Lett. 2006, 6, 248-251