Fluorescence and visual detection of single nucleotide polymorphism using cationic conjugated polyelectrolyte

Langmuir

Volumn 28, Issue 1, 2012, Pages 889-895

  Wang, Yifan ^a   Zhan, Ruoyu ^a   Li, Tianhu ^b   Pu, Kan Yi ^a   Wang, Yanyan ^a   Tan, Yoke Cheng ^c   Liu, Bin ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^b Nanyang Technological University   (Singapore)

^c DSO NATIONAL LABORATORIES   (Singapore)

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2 ,1 ,3-BENZOTHIADIAZOLE; CATIONIC CONJUGATED POLYMER; CLOSE PROXIMITY; CONJUGATED POLYELECTROLYTES; DETECTION LIMITS; DNA LIGASES; DNA TARGETS; ESCHERICHIA COLI (E. COLI); FLUORENES; FLUORESCENT COLORS; IN-SITU; PEPTIDE NUCLEIC ACID; POINT MUTATIONS; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS; VISUAL DETECTION;

COLOR; CONJUGATED POLYMERS; ENERGY TRANSFER; ESCHERICHIA COLI; FLUORESCENCE; FLUORINE CONTAINING POLYMERS; NUCLEOTIDES;

DNA;

CATION; ELECTROLYTE;

ARTICLE; METHODOLOGY; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SPECTROFLUOROMETRY;

CATIONS; ELECTROLYTES; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 84862916669     PISSN: 07437463     EISSN: 15205827     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la203714e     Document Type: Article

References (53)

1. Irizarry, K.; Kustanovich, V.; Li, C.; Brown, N.; Nelson, S.; Wong, W.; Lee, C. J. Nat. Genet. 2000, 26 (2) 233-236
2. McCarthy, J. J.; Hilfiker, R. Nat. Biotechnol. 2000, 18 (5) 505-508
3. Kirk, B. W.; Feinsod, M.; Favis, R.; Kliman, R. M.; Barany, F. Nucleic. Acids. Res. 2002, 30 (15) 3295-3311
4. Venter, J. C. Science 2001, 291 (5507) 1304-1351
5. Halushka, M. K.; Fan, J. B.; Bentley, K.; Hsie, L.; Shen, N. P.; Weder, A.; Cooper, R.; Lipshutz, R.; Chakravarti, A. Nat. Genet. 1999, 22 (3) 239-247
6. Hall, J. G.; Eis, P. S.; Law, S. M.; Reynaldo, L. P.; Prudent, J. R.; Marshall, D. J.; Allawi, H. T.; Mast, A. L.; Dahlberg, J. E.; Kwiatkowski, R. W.; de Arruda, M.; Neri, B. P.; Lyamichev, V. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97 (15) 8272-8277
7. Ross, P.; Hall, L.; Smirnov, I.; Haff, L. Nat. Biotechnol. 1998, 16 (13) 1347-1351
8. Schmalzing, D.; Belenky, A.; Novotny, M. A.; Koutny, L.; Salas-Solano, O.; EI-Difrawy, S.; Adourian, A.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Nucleic Acids. Res. 2000, 28 (19) e43
9. Landegren, U.; Kaiser, R.; Sanders, J.; Hood, L. Science 1988, 241 (4869) 1077-1080
10. Wu, D. Y.; Wallace, R. B. Genomics 1989, 4 (4) 560-569
11. Tobe, V. O.; Taylor, S. L.; Nickerson, D. A. Nucleic Acids. Res. 1996, 24 (19) 3728-3732
12. Huh, Y. S.; Lowe, A. J.; Strickland, A. D.; Batt, C. A.; Erickson, D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (6) 2208-2213
13. Xu, Y. Z.; Karalkar, N. B.; Kool, E. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19 (2) 148-152
14. Sando, S.; Abe, H.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (4) 1081-1087
15. Wallace, R. B.; Shaffer, J.; Murphy, R. F.; Bonner, J.; Hirose, T.; Itakura, K. Nucleic Acids. Res. 1979, 6 (11) 3543-3557
16. Liu, G.; Wan, Y.; Gau, V.; Zhang, J.; Wang, L. H.; Song, S. P.; Fan, C. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130 (21) 6820-6825
17. Huang, Y.; Zhang, Y. L.; Xu, X. M.; Jiang, J. H.; Shen, G. L.; Yu, R. Q. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (7) 2478-2480
18. Rosi, N. L.; Mirkin, C. A. Chem. Rev. 2005, 105 (4) 1547-1562
19. Li, H. X.; Rothberg, L. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (35) 10958-10961
20. Xu, W.; Xue, X. J.; Li, T. H.; Zeng, H. Q.; Liu, X. G. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48 (37) 6849-6852
21. Li, J. S.; Deng, T.; Chu, X.; Yang, R. H.; Jiang, J. H.; Shen, G. L.; Yu, R. Q. Anal. Chem. 2010, 82 (7) 2811-2816
22. Komiyama, M.; Ye, S.; Liang, X. G.; Yamamoto, Y.; Tomita, T.; Zhou, J. M.; Aburatani, H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125 (13) 3758-3762
23. Ho, H. A.; Boissinot, M.; Bergeron, M. G.; Corbeil, G.; Dore, K.; Boudreau, D.; Leclerc, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41 (9) 1548-1551
24. Nilsson, K. P. R.; Inganas, O. Nat. Mater. 2003, 2 (6) 419-424
25. Tang, Y. L.; Teng, F.; Yu, M. H.; An, L. L.; He, F.; Wang, S.; Li, Y. L.; Zhu, D. B.; Bazan, G. C. Adv. Mater. 2008, 20 (4) 703-705
26. Zhan, R. Y.; Fang, Z.; Liu, B. Anal. Chem. 2010, 82 (4) 1326-1333
27. Liu, B.; Bazan, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (7) 1942-1943
28. Hong, J. W.; Henme, W. L.; Keller, G. E.; Rinke, M. T.; Bazan, G. C. Adv. Mater. 2006, 18 (7) 878-882
29. Pu, K. Y.; Liu, B. Macromolecules 2008, 41 (18) 6636-6640
30. Shi, J. B.; Pu, K. Y.; Zhan, R. Y.; Liu, B. Macromol. Chem. Phys. 2009, 210 (15) 1195-1200
31. Yu, D. Y.; Zhang, Y.; Liu, B. Macromolecules 2008, 41 (11) 4003-4011
32. Pu, K. Y.; Cai, L. P.; Liu, B. Macromolecules 2009, 42 (16) 5933-5940
33. Pu, K. Y.; Zhan, R. Y.; Liu, B. Chem. Commun. 2010, 46 (9) 1470-1472
34. Lizardi, P. M.; Huang, X. H.; Zhu, Z. R.; Bray-Ward, P.; Thomas, D. C.; Ward, D. C. Nat. Genet. 1998, 19 (3) 225-232
35. Hardenbol, P.; Baner, J.; Jain, M.; Nilsson, M.; Namsaraev, E. A.; Karlin-Neumann, G. A.; Fakhrai-Rad, H.; Ronaghi, M.; Willis, T. D.; Landegren, U.; Davis, R. W. Nat. Biotechnol. 2003, 21 (6) 673-678
36. Fire, A.; Xu, S. Q. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92 (10) 4641-4645
37. Li, J.; Zhong, W. W. Anal. Chem. 2007, 79 (23) 9030-9038
38. Konry, T.; Hayman, R. B.; Walt, D. R. Anal. Chem. 2009, 81 (14) 5777-5782
39. Jarvius, J.; Melin, J.; Goransson, J.; Stenberg, J.; Fredriksson, S.; Gonzalez-Rey, C.; Bertilsson, S.; Nilsson, M. Nat. Methods 2006, 3 (9) 725-727
40. Zhang, S. B.; Wu, Z. S.; Shen, G. L.; Yu, R. Q. Biosens. Bioelectron. 2009, 24 (11) 3201-3207
41. Schweitzer, B.; Wiltshire, S.; Lambert, J.; O'Malley, S.; Kukanskis, K.; Zhu, Z. R.; Kingsmore, S. F.; Lizardi, P. M.; Ward, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97 (18) 10113-10119
42. Lee, H. J.; Wark, A. W.; Corn, R. M. Analyst 2008, 133 (8) 975-983
43. Zhao, W. A.; Ali, M. M.; Brook, M. A.; Li, Y. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47 (34) 6330-6337
44. Stromberg, M.; Goransson, J.; Gunnarsson, K.; Nilsson, M.; Svedlindh, P.; Stromme, M. Nano Lett. 2008, 8 (3) 816-821
45. Schweitzer, B.; Roberts, S.; Grimwade, B.; Shao, W. P.; Wang, M. J.; Fu, Q.; Shu, Q. P.; Laroche, I.; Zhou, Z. M.; Tchernev, V. T.; Christiansen, J.; Velleca, M.; Kingsmore, S. F. Nat. Biotechnol. 2002, 20 (4) 359-365
46. Blab, G. A.; Schmidt, T.; Nilsson, M. Anal. Chem. 2004, 76 (2) 495-498
47. Li, N.; Jablonowski, C.; Jin, H. L.; Zhong, W. W. Anal. Chem. 2009, 81 (12) 4906-4913
48. Li, J. S.; Deng, T.; Chu, X.; Yang, R. H.; Jiang, J. H.; Shen, G. L.; Yu, R. Q. Anal. Chem. 2010, 82 (7) 2811-2816
49. Ash, C.; Farrow, J. A. E.; Dorsch, M.; Stackebrandt, E.; Collins, M. D. Int. J. Syst. Bacteriol. 1991, 41 (3) 343-346
50. Radnedge, L.; Agron, P. G.; Hill, K. K.; Jackson, P. J.; Ticknor, L. O.; Keim, P.; Andersen, G. L. Appl. Environ. Microbiol. 2003, 69 (5) 2755-2764
51. Liu, B.; Bazan, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128 (4) 1188-1196
52. Egholm, M.; Buchardt, O.; Christensen, L.; Behrens, C.; Freier, S. M.; Driver, D. A.; Berg, R. H.; Kim, S. K.; Norden, B.; Nielsen, P. E. Nature 1993, 365 (6446) 566-568
53. Li, K.; Liu, B. Anal. Chem. 2009, 81 (10) 4099-4105